View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2836_high_12 (Length: 251)

Name: NF2836_high_12
Description: NF2836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2836_high_12
NF2836_high_12
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (9-250)||(4712839-4713080)
chr7 (9-250)||(4846794-4847035)
chr7 (9-250)||(4697963-4698204)
chr7 (9-250)||(4784608-4784849)
chr7 (9-250)||(4862991-4863232)
chr7 (9-250)||(4817037-4817278)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Original strand, 4712839 - 4713080
Alignment:
Q  9 cttcgtcatattcacttagtttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712839 cttcgtcatattcacttagtttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaac 4712938  T
Q  109 atctctatggttcggataacgaacctcttaggtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712939 atctctatggttcggataacgaacctcttaggtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaa 4713038  T
Q  209 gcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatatt 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713039 gcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatatt 4713080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Original strand, 4846794 - 4847035
Alignment:
Q  9 cttcgtcatattcacttagtttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaac 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||| |||||| ||||||    
T  4846794 cttcgtcatattcacttggtttccctcattggatattgcaacgaagatgcagagatgattctagtttatgacttcatgcaacgtggtactctcagtgaac 4846893  T
Q  109 atctctatggttcggataacgaacctcttaggtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaa 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  4846894 atctctatggttcggataatgaacctcttaggtggaatcaaagactcgagattctattaggtgcagcaagggggttgaattatcttcatgaaggtgcgaa 4846993  T
Q  209 gcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatatt 250  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  4846994 gcacaatatcatacatcgtgacgttaagagtacaaacatatt 4847035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Original strand, 4697963 - 4698204
Alignment:
Q  9 cttcgtcatattcacttagtttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaac 108  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||     
T  4697963 cttcgtcacattcacttggtttctctcattggatattgcaacgaaggtgcagagatgattctcgtttacgacttcatggaacgtggcactcttcgtgaat 4698062  T
Q  109 atctctatggttcggataacgaacctcttaggtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  | |||||  | ||||||||  | |||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||    
T  4698063 atctctatggttcggataacgaacctcttacttggaagaagagactcgagattctattgggggcagcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaa 4698162  T
Q  209 gcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatatt 250  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  4698163 gcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatatt 4698204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Original strand, 4784608 - 4784849
Alignment:
Q  9 cttcgtcatattcacttagtttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaac 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||| |||  |||||     
T  4784608 cttcgtcatattcacttggtttcacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcagtctatgtgaat 4784707  T
Q  109 atctctatggttcggataacgaacctcttaggtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaa 208  Q
    |||| ||||| || |||||| |||||||||  ||||| || || ||| | ||||||||| |||| ||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  4784708 atctttatggatcagataacaaacctcttacctggaagcagaggcttgagattctattaggtgccgcgcgggggttgcattatctgcatgcaggtgcgaa 4784807  T
Q  209 gcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatatt 250  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4784808 gcacaatatcatacaccgtgacgtgaagagtacaaacatatt 4784849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 4863232 - 4862991
Alignment:
Q  9 cttcgtcatattcacttagtttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaac 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||     
T  4863232 cttcgtcatattcacttggtttctctcattggatattgcaacgaaggtgaggagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcactctccgtgaat 4863133  T
Q  109 atctctatggttcggataacgaacctcttaggtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaa 208  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||  | |||||| | ||||| ||  | ||||||||||| || |||||||||||||  ||||  ||    
T  4863132 atctttatggttcggataatgaacctcttacttggaagaagagacttgagattctgttgggggcagcaagggggttacattatcttcatgctggtgtaaa 4863033  T
Q  209 gcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatatt 250  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  4863032 gcacaatatcatacaccgtgacgtgaagagtaccaacatatt 4862991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Original strand, 4817037 - 4817278
Alignment:
Q  9 cttcgtcatattcacttagtttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaac 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||| |||  |||||     
T  4817037 cttcgtcatattcacttggtttcacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcagtctatgtgaat 4817136  T
Q  109 atctctatggttcggataacgaacctcttaggtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaa 208  Q
    |||| ||||| || |||||| |||||||||  ||||| || || ||| | ||||||||| |||| ||  |||| ||||||||| | |||| |||||||||    
T  4817137 atctttatggatcagataacaaacctcttacctggaagcagaggcttgagattctattaggtgccgcgcgggggttgcattatttgcatgcaggtgcgaa 4817236  T
Q  209 gcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatatt 250  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  4817237 gcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtacaaacatatt 4817278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University