View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2837_low_1 (Length: 784)

Name: NF2837_low_1
Description: NF2837
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2837_low_1
NF2837_low_1
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (66-532)||(32577548-32578014)
chr4 (7-459)||(28425472-28425924)
chr4 (7-459)||(51259988-51260439)
chr4 (10-459)||(55734287-55734735)
chr4 (531-747)||(32578039-32578251)
chr4 (26-459)||(49950600-49951033)
chr4 (117-459)||(56063279-56063621)
chr4 (7-459)||(28538243-28538693)
chr4 (7-459)||(2064132-2064582)
chr4 (7-238)||(37246315-37246546)
chr4 (84-269)||(26422764-26422949)
chr4 (23-234)||(29656139-29656350)
chr4 (7-256)||(18442602-18442851)
chr4 (335-459)||(26422947-26423072)
chr4 (325-459)||(40360741-40360875)
chr4 (7-129)||(51735430-51735552)
chr4 (7-100)||(56065265-56065358)
chr4 (7-82)||(49119845-49119919)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (7-459)||(39826313-39826765)
chr2 (10-459)||(87836-88285)
chr2 (65-459)||(20514799-20515192)
chr2 (7-355)||(34696360-34696708)
chr2 (7-355)||(34718772-34719120)
chr2 (7-279)||(18345932-18346202)
chr2 (183-407)||(12131613-12131838)
chr2 (7-164)||(12131096-12131253)
chr2 (359-459)||(87634-87734)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (7-459)||(9329059-9329511)
chr7 (7-385)||(22288592-22288970)
chr7 (7-459)||(1580886-1581344)
chr7 (7-307)||(16097912-16098212)
chr7 (213-449)||(29201526-29201762)
chr7 (302-459)||(16096616-16096773)
chr7 (22-265)||(17876885-17877127)
chr7 (7-237)||(16731445-16731662)
chr7 (7-237)||(17709579-17709796)
chr7 (7-108)||(29201409-29201510)
chr7 (397-459)||(3746527-3746589)
chr7 (345-459)||(17876729-17876844)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (7-459)||(22767715-22768167)
chr5 (24-459)||(30223274-30223708)
chr5 (10-459)||(25730118-25730567)
chr5 (7-459)||(8387358-8387815)
chr5 (7-459)||(20204238-20204685)
chr5 (84-459)||(26295635-26296010)
chr5 (7-265)||(12659815-12660073)
chr5 (7-231)||(27291948-27292175)
chr5 (20-216)||(27533378-27533573)
chr5 (226-445)||(27284829-27285046)
chr5 (7-161)||(41941193-41941346)
chr5 (22-98)||(34654064-34654140)
chr5 (9-98)||(15989209-15989298)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (7-459)||(7126500-7126952)
chr8 (20-459)||(43318499-43318937)
chr8 (64-459)||(21371553-21371947)
chr8 (10-459)||(478517-478964)
chr8 (7-459)||(40589173-40589607)
chr8 (326-459)||(8451825-8451958)
chr8 (8-100)||(8451582-8451674)
chr8 (136-246)||(8451700-8451810)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (8-459)||(15606460-15606911)
chr6 (7-459)||(29368494-29368945)
chr6 (7-459)||(30802428-30802878)
chr6 (60-436)||(30803056-30803431)
chr6 (7-459)||(11732108-11732555)
chr6 (7-456)||(19364403-19364843)
chr6 (7-101)||(14679793-14679887)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (7-332)||(36733097-36733422)
chr1 (7-384)||(51112667-51113044)
chr1 (20-366)||(5608709-5609055)
chr1 (391-459)||(5608598-5608666)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-414)||(53496379-53496773)
chr3 (7-279)||(55198977-55199249)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 66 - 532
Target Start/End: Original strand, 32577548 - 32578014
Alignment:
Q  66 ctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaatacca 165  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  32577548 ctcgactttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgccaagctgctctcaattccaactcgcgtttgcagcacagtcgaaagtcctgcctaatacca 32577647  T
Q  166 actttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgat 265  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32577648 actttcacgcgcaaccgtacaacccacgaaagcatgccaatcatcctcaacagctgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgat 32577747  T
Q  266 cgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctc 365  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  32577748 cgaagtcggagacgagtaggaacacaccccctacaaatcctccataacaaattacgtgttttatgaggggaattcaccttcgagattctatgtcactctc 32577847  T
Q  366 cctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatccaagtcaa 465  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  32577848 cctcaacatggaaccgatcagtgtataacaactccatcatagccagtttataaccagtcttaacagtatatctcccgttacgttccatcatccaagtcga 32577947  T
Q  466 aatatacattaatcaaaataaaagccctaaactaaaatcaaagtaaacaacgaggagcccttggcat 532  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32577948 aatatacataaatcaaaataaaagtcctaaactaaaatcaaagtaaacaacgaggagcccttggcat 32578014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 28425924 - 28425472
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| || |    
T  28425924 gacatcattacgagcagcctaaatttgccaaagaaggaaagccactcgaccaacagtgtttcggctttctgaacaacatacgtcaaaaacaaaatctgcc 28425825  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||    
T  28425824 aagcggctctcagttccaacacgcgtttgcagcacagtcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccgtacaacctacaaaagcatgccaat 28425725  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  28425724 catcctcaacagccgtatcacaacaggggcaaaccaactcacattgtacatgtcttgatcgaagtcggagacgagtaggaacacaccccctgcaaatcct 28425625  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28425624 ccataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttctagattctatgccactcttcctcaacatggaaccgatccgtgtgtaacaactccatcata 28425525  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28425524 gccagtttataatcagtcttaacaatatacctcccgttacgtttcatcatcca 28425472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 51259988 - 51260439
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| || |    
T  51259988 gacatctttacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccaacagtgtctcgattttc-gaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 51260086  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||  |||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  51260087 aaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcaccaccgtacaacccacaaaagcatgccaat 51260186  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||  |  |||||||||| ||||| |||||    
T  51260187 catcctcaacagttgtatcacaccaagggcatagcacctcacatagtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcatcagaacacaccccctgcagatcct 51260286  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  51260287 ccataacaaattatgtgctttatgaggggagttcaccttccagattctatgacattctccttcaacatgaaactgatcggtatgtaacaactccatcata 51260386  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  51260387 gccagtttataatcagtcttaacagtatacctcccactacgttccatcatcca 51260439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 55734735 - 55734287
Alignment:
Q  10 atcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaag 109  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||||| | | |||| ||||||||||||| || ||||    
T  55734735 atcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatatctcgtctttctgagcgacatatatcaaaaacaaaatctgccaag 55734636  T
Q  110 ctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcat 209  Q
    ||||||  | |||||| ||||| |||||||||| || |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  55734635 ctgctcataattccaattcgtggttgcagcacagtcaaaagccctgcgcaataccaactctcacgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgccaatcat 55734536  T
Q  210 cctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctcca 309  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | | ||||||||   | ||||||||| | ||||||||| ||||    
T  55734535 cctcaacagccgtatcaccccaggggcagatcatctcacattgtacatatcgtgattgtaatcggagacacgtcggaacacacactctgcaaatcttcca 55734436  T
Q  310 taacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtc 409  Q
    |||||||||| | | |||||| |  |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |    
T  55734435 taacaaattacgagctttatggggagaattcaccttccagattttatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaactccatcatag-c 55734337  T
Q  410 agtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55734336 agtttataaccattcttaacagtatacctcccgttacgttccatcatcca 55734287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 531 - 747
Target Start/End: Original strand, 32578039 - 32578251
Alignment:
Q  531 atatgtcaaggttggataacctgtacggctggctaatttggctcaagaactccgacaagtcctcctttgctcaaacttgggtatgggccaacgcctcatc 630  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32578039 atatgtcaaggttggatgacctgtacggct----aatttggctcaagaactccaacaagtcctcctttgctcaaacttgggtatgggccaacgcctcatc 32578134  T
Q  631 accaatgtaaatgcatgacctaataatctccgatgaatcgagtatatctctgaattttggttaatatcaattcattcgaacatatacttaatccatacag 730  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32578135 accaatgtaaatgcatgacctaataatctccgatgaatcgagtatatctctgaattttggttaatatcaattcattcgaacatatacttaatccatacag 32578234  T
Q  731 tgatttaaattgatttt 747  Q
    |||||||||||||||||    
T  32578235 tgatttaaattgatttt 32578251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 26 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 49951033 - 49950600
Alignment:
Q  26 caaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttccaa 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||| |||||||||| |||||||| | | |||| ||||||||||||| || |||  ||||| ||||||||     
T  49951033 caaatttgccaaagaagtaaagccgcccgaccagcaatgtctcggctttctgagcgacatatatcaaaaacaaaatctgccaaattgctcacagttccag 49950934  T
Q  126 ctcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatc 225  Q
    || | | |||||||||| || |||| || ||||||||| |||| || ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||   | |||     
T  49950933 cttgcggttgcagcacagtcaaaagccccgcccaatactaactctcgcgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgccaatcatcctcaacgtctttatt 49950834  T
Q  226 acaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgtt 325  Q
    |||||| ||||||||   ||| |||||||||||||||||| | |  ||||||||  | ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| | | |    
T  49950833 acaccaagggcagattctctcgcattgtacatgtcgtgattgtaaccggagacgcgtcggaacacactctctgcaaattctccataacaaattacgagct 49950734  T
Q  326 ttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtct 425  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  49950733 ttatgaggggaattcaccttccagattctctgtcactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaactctatcatagccaatttataactagtct 49950634  T
Q  426 taacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49950633 taacaatatacctcccgctacgttccatcatcca 49950600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 117 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 56063621 - 56063279
Alignment:
Q  117 cagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaac 216  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  56063621 cagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccacggtacaacctacaaaagcatgccaatcatcctcaac 56063522  T
Q  217 agttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaa 316  Q
    |||||||||||||||  | || | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  | | || |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  56063521 agttgtatcacaccatagacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgtcgaaatacaccccctgcagatcctccataacaaa 56063422  T
Q  317 ttatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttat 416  Q
    ||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||  |||||||    
T  56063421 ttacgtgttttatgaggggagttcaccttccagattctaagccattctccgtcaacatgaaacctatcggtatgtaacaacttcatcatagcgagtttat 56063322  T
Q  417 aactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  56063321 aaccagtcttaacagtatacctcccactacgttccatcatcca 56063279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 28538243 - 28538693
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| | |||| ||||||||||| | || |    
T  28538243 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtacagccacccgaccagcaatatctcggctttctgaacgacatatatcaaaaacaaagtctgcc 28538342  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||| ||||||||||||| | ||||||| || ||| ||| ||| |||| |||||||| ||  | || ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  28538343 aaactgctcacagttccaactcgcggttgcagcgcagtcgcaagccctacccagtaccaactctcttgtgccaccgtacaacccacaaaagcttgtcaat 28538442  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| || | || ||||||||||||||||| |||| | | ||| ||  |  | ||||||||| | || || |||||    
T  28538443 catcctcaacagtcgttttacaccagggacataccatctcacattgtacatgtcttgattgtaatcgaaggtgcgtcggaacacacaccctacatatcct 28538542  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||  || | ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  28538543 ccataacaaattatgtgctttatgaggggaattcaccttccagattctatgtca--ctgcttcaacatggaaccaatcagtatgtagcaactccatcata 28538640  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | |||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  28538641 gccagcatataaccagtcttaacagtatacctctcgttatgttccatcatcca 28538693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 2064582 - 2064132
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||| |||||||| |||||||||||| | |||| || ||| |||||| || |    
T  2064582 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaaaaagtaaaaccacccgaccatcaatgtcttgactttctgaacgagatatatctaaagcaaaatctgcc 2064483  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||| |||||||||||||   ||||| |||| |  |||| |||||||||| |||||| |||||||| | | |||||||||| |||||||| ||||    
T  2064482 aaactgctcacagttccaactcgcagttgcaacacagttaaaagccctgcccaattccaactctcacgcgccatcgtacaacccacaaaagcatgccaat 2064383  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||| | |  ||||  ||| | ||||||||  | ||||||||| |    
T  2064382 catcctcaacagttgtattacaccaggggaagatcatctcacattgtacatgctgtgattgtaaccggaatcgagtcggaacaca--ctctgcaaatcat 2064285  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    ||||||||||| | | | ||| ||||  |||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| | | |||||||||    
T  2064284 ccataacaaataacgagctttttgaggagaattcaccttccagattctatatcactctccatcaacatggaatcgatcagtatgtagctattccatcata 2064185  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  2064184 gccagtttataataagtcttaatagtatacctcccgtcacgttccatcgtcca 2064132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Original strand, 37246315 - 37246546
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37246315 gacatcattacatgcagcccaaattttccaaagaagtaaagccacacgaccagcaatgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatttgtc 37246414  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||| ||||    
T  37246415 aaactactctcagttccaactcgcgtttgcaacacagtcgaaagtcctgtccaataccaactttcactcgccaccgtacagcccacaaaagcatgccaat 37246514  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcag 238  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  37246515 catcctcaacatccgtatcacaccaggggcag 37246546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 84 - 269
Target Start/End: Original strand, 26422764 - 26422949
Alignment:
Q  84 atatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccat 183  Q
    |||||||||||||||||| || ||||   ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |    
T  26422764 atatgtcaaaaacaaaatctgccaagtgactctcagttccaactcgcgtttgtagcacagtcgaaagtcctgcctaataccaactttcacacgcaaccgt 26422863  T
Q  184 acaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaa 269  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26422864 acaacccacgaaagcatgccaatcttcctcaacagccgtatcacactaagggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgaacgaa 26422949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 234
Target Start/End: Original strand, 29656139 - 29656350
Alignment:
Q  23 gcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttc 122  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  29656139 gcccaaatttgccaaataaataaagccacgcgagcaacaatgtctcggctttctgaacaacatatatcataaacaaaatctgtcaaactgctttcagttc 29656238  T
Q  123 caactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgt 222  Q
    |||||||| |||||| || | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||| | ||    
T  29656239 caactcgtctttgcatcatagttgaaagtcctgcccaataccaactctcatgcgccaccgtacaacccacaaaagcaagtcagtcatcctcaacattcgt 29656338  T
Q  223 atcacaccaggg 234  Q
    ||| ||||||||    
T  29656339 atcgcaccaggg 29656350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 7 - 256
Target Start/End: Original strand, 18442602 - 18442851
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||| |||| ||||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||| || |    
T  18442602 gacatcattacgtgtagcccaaattttccaaagaagtaaagccacctgaccagcaatatctcggctttctgagcgacatatatcaaatacaaaatctgcc 18442701  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || ||||||  ||||| || |||   |||||||||| || |||| | || |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  18442702 aaactgctcatagttctaattcgcagttgcagcacagtcaaaagccatgtccaataccaactctcacgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgtcaat 18442801  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtaca 256  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  18442802 catcctcaatagtcgtatcacaccaggggcagaacatctcacattgtaca 18442851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 335 - 459
Target Start/End: Original strand, 26422947 - 26423072
Alignment:
Q  335 gaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtc-ttaacagta 433  Q
    ||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||    
T  26422947 gaattcaccttccagtttttatgtcactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatatccagtttataacgagtctttaacagta 26423046  T
Q  434 tacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  26423047 tacctcccgttacgtttcatcatcca 26423072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 325 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 40360875 - 40360741
Alignment:
Q  325 tttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtc 424  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||    
T  40360875 tttatgaggggaattcaccttccagattttatgtcactctccttcaacatggaaccgatcaatgtgtaacaactccatcataactagtttataaccagtc 40360776  T
Q  425 ttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||  ||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  40360775 ttggcagtatacctttcgttacgttccatcatcca 40360741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 129
Target Start/End: Original strand, 51735430 - 51735552
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| | | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  51735430 gacatcattatgtgcagctcaaatttgtcaaagaagtaaagccacccaaccagcaatgtctgagctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgtc 51735529  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcg 129  Q
    ||  |||||||||||||||||||    
T  51735530 aaattgctctcagttccaactcg 51735552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 56065358 - 56065265
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaa 100  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  56065358 gacatcattacgggcagcccaaatttgccaaagaagtaaaaacacccgaccaacagtgtctcgattttctgaacaacatatgtcaaaaaaaaaa 56065265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 82
Target Start/End: Original strand, 49119845 - 49119919
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaa 82  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | || ||| ||||||||||||    
T  49119845 gacatcattacgagcagcctaaatttgccaaagaaggaaagccactcgaccaac-aggtttcggctttctgaacaa 49119919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 39826313 - 39826765
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |  |    
T  39826313 gacatcattacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcgaccagcagtgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctaac 39826412  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  39826413 aagcggctctcagttccaactcgcgtttgtagcacagttgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaatcgtacaacccacgaaagcatgccaat 39826512  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  39826513 catcctcaacagccgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatatcgtgatcgaagtcggagacgagtaggaacacaccccttgcaaatcct 39826612  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
     |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39826613 gcataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttctagattctatgccactctccctcaacatggaaccaatcagtgtgtaacaactccatcata 39826712  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39826713 gccagtttataaccagtcttaacagtatacctcccgttacgttccatcatcca 39826765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 88285 - 87836
Alignment:
Q  10 atcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaag 109  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||| |||||||||| |||||| | | | |||| ||||||||||||| || |||     
T  88285 atcattacgtgcagcccaaattttccaaagaagtgaagccacccgaccagcaatgtctcggctttctaagcgacatatatcaaaaacaaaatctgccaaa 88186  T
Q  110 ctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcat 209  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  88185 ctgctcacagttccaactcgcgattgccgcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactctcacatgccaccgtacaacccacaaaagcatgccaatcat 88086  T
Q  210 cctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctcca 309  Q
    ||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||  | |||||||| || ||||||||||||||    
T  88085 cctcaacaaccgtatcacacgaggggcagatcacctcacattgtacatgccgtgattgtaatcggagacgcgtcggaacacatcccctgcaaatcctcca 87986  T
Q  310 taacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtc 409  Q
    |||||||||| | | |||||||   |||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||      
T  87985 taacaaattacgagctttatgatgagaattcaccttccaaattcttttccactcttcttcaacatggaaccgatcagtatgtagcaactccatcatagct 87886  T
Q  410 agtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | |||||||| ||| || | |||||||||||| |||| || || ||||||    
T  87885 attttataaccagtattgatagtatacctcccattacattccaccatcca 87836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 65 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 20515192 - 20514799
Alignment:
Q  65 tctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaatacc 164  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||  ||| |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  20515192 tctcgactttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgccaaactagtcttagttccaactcgcgtttgcagcacagttgaaagtcctgccaaatacc 20515093  T
Q  165 aactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtga 264  Q
    |||| || ||||| ||   ||||||||| |||||||  |||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |  ||    
T  20515092 aactctcccgcgccacggaacaacccacaaaagcataccaatcatcctcaacaaccgtatcacaccaaggacagatcacctcacattgtacatgccacga 20514993  T
Q  265 tcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactct 364  Q
    |   ||| |||||||  | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  20514992 ttatagttggagacgcgtcggaatacaccccctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgaggggaattcaccttccagattctatgtcactct 20514893  T
Q  365 ccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  20514892 ccttcaacatggaaccgatcacggtgtaccaactccatc-tagcaagtttataatcagtcttaacagtatacctcccattacgttccatcatcca 20514799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 355
Target Start/End: Original strand, 34696360 - 34696708
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||| || |    
T  34696360 gacatcattacttgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgactagcaatgtctcggctttctgaacaacatatatcaaaagcaaaatctgcc 34696459  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  34696460 aaactgctctcagttccaactcgcgttttcagcacagttgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgccaat 34696559  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||||| || | | ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||  || | |||  ||||||  ||||| ||||||  || ||||||||    
T  34696560 catcctaaatactcgtatcgcaccagggacagaatacctcacattgtacatgccgcaattgtagttagagacgcgtaggagcacacctcctacaaatcct 34696659  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattcta 355  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  34696660 ccataacaagttacgtgctttatgaggggaattcacctttcagattcta 34696708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 355
Target Start/End: Original strand, 34718772 - 34719120
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||| || |    
T  34718772 gacatcattacttgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgactagcaatgtctcggctttctgaacaacatatatcaaaagcaaaatctgcc 34718871  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  34718872 aaactgctctcagttccaactcgcgttttcagcacagttgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgccaat 34718971  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||||| || | | ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||  || | |||  ||||||  ||||| ||||||  || ||||||||    
T  34718972 catcctaaatactcgtatcgcaccagggacagaatacctcacattgtacatgccgcaattgtagttagagacgcgtaggagcacacctcctacaaatcct 34719071  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattcta 355  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  34719072 ccataacaagttacgtgctttatgaggggaattcacctttcagattcta 34719120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 279
Target Start/End: Original strand, 18345932 - 18346202
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||| ||| | |||| ||||||||||||| | ||    
T  18345932 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccac-cgaccagcaatgtctcggctttctaaacgacatatatcaaaaacaaaatctatc 18346030  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||| ||||||||||||  | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||  ||||    
T  18346031 aaactgctcacagttccaactcacggttgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgctaccgtacaacccac-aaagcataccaat 18346129  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacg 279  Q
    | |||||||||   |||||||||||| | || ||||  |||||||||| || ||||||| | | |||||||||    
T  18346130 cgtcctcaacaaccgtatcacaccagagacaaatcatgtcacattgtatatatcgtgattgtaatcggagacg 18346202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 407
Target Start/End: Original strand, 12131613 - 12131838
Alignment:
Q  183 tacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacacc-aggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgac 281  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||   |||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |  || |||||      
T  12131613 tacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacatttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtgattgtaaccgaagacgcg 12131712  T
Q  282 taggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccg 381  Q
    |  |||||||| | |||||||||||||||||| ||||| | |  ||||||  ||||||| ||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  12131713 tcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgagccttatgatgggaattctccttccggattctatgtcactctccttcaacatggaatcg 12131812  T
Q  382 atcagtgtgtaacaactccatcatag 407  Q
    |||||| || | ||||| ||||||||    
T  12131813 atcagtatgcagcaacttcatcatag 12131838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Original strand, 12131096 - 12131253
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||| |||||||||||| | |||| ||||||| ||||| ||||    
T  12131096 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcaaaaataaaatctgtc 12131195  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaatacc 164  Q
    || |||||| |||||||||| || | ||||||||||  | |||| |||||||||||||    
T  12131196 aaactgctcacagttccaacacgcggttgcagcacacacaaaagccctgcccaatacc 12131253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 359 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 87734 - 87634
Alignment:
Q  359 cactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcc 458  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||| || | |||||||||||| |||| || || |||||    
T  87734 cactcttcttcaacatggaaccgatcaatatgtagcaactccatcatagctagtttataaccagtattgatagtatacctcccattacattccaccatcc 87635  T
Q  459 a 459  Q
    |    
T  87634 a 87634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 9329059 - 9329511
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9329059 gacatcattatgagcagcccaaatttgctaaagaagtaaagtcattcgaccagcagtgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgtc 9329158  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  9329159 aagcggctctcagttccaactcacgtttgcaacacagtcgaaagtcttacccaataccaactttcacgcggaaccgtacaacccacgaaaacatgccaat 9329258  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||    
T  9329259 catcctcaacaactgtaccacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacaagtaggaacacaccccctgaaaatcct 9329358  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9329359 ccataacaaattacgtgttttatgaggggaattcaccttcgagattctatgccactctccctcaacatagaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 9329458  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9329459 gccagtttataaccagtcttaacagtatacctcccgttacgttccatcatcca 9329511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 7 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 22288970 - 22288592
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| |  |    
T  22288970 gacatcgttacgtgcagtccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagctgtgtctcgattttcggaacaacatatgtcaaaaacaaaatctacc 22288871  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |  ||  |||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| || ||||| ||||    
T  22288870 aaaccacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacattcgaaagttctgcccaataccaactctcatgcgccaccgtacaacccacaaacgcatgccaat 22288771  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||| || || || ||    
T  22288770 catcctcaacagtcgtatcacaccacggacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgtcggaacacaccccctacagattct 22288671  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatca 385  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||    
T  22288670 ccataacaaattacgtgctttatgaggggagttcacctttcagattctatgtcattctccttcaacatgaaaccgatca 22288592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 1581344 - 1580886
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||||| |||| ||||| | |||| ||||| ||||| | |  |    
T  1581344 gacatcatttcgtgcagcccaaatttgccaaagaaataaagccacctgaccaacaatgtctcggctttttgaacgacatatatcaaagacaaagtctacc 1581245  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||| |||||| |||||| | ||| | || | ||| ||| |||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  1581244 aaacttctcacagttcaaactcgcggttggaacatagtcgcaagccctgcccaatacaaactctcacgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgccaat 1581145  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||||||||||  ||| ||| || | || || |||| |||||||||||||||||||||| | | ||| ||  |  | ||||||||| | || ||||||||    
T  1581144 catcctcaacaactgtttcagacaaaggacatatcatctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcgaaggagcgtcggaacacactctctacaaatcct 1581045  T
Q  307 ccataacaa------attatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactcc 400  Q
    ||||| |||      ||||   | |||||||| ||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||     
T  1581044 ccatagcaagttacgattacaagctttatgaggggaattcaccttccagattttatgtcattctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaactct 1580945  T
Q  401 atcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
     |||||   |||||||||| | |||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||    
T  1580944 gtcataactagtttataaccaatcttaatagtatacctctcattacgttccatcatcca 1580886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 16098212 - 16097912
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||| |||||| ||| | |||| ||||||||||||| ||||    
T  16098212 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatgtctcggctttcttaacgacatatatcaaaaacaaaatctgtc 16098113  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    ||  |||||  ||||||||  ||    ||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||  ||||||||  |||    
T  16098112 aacatgctcatagttccaatacgcagatgcagaacagtcgaaatccctacccaataccaactctcatgcgccaccgtacaacccataaaagcatgcaaat 16098013  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||| |  | ||||||||| | |||||||||||    
T  16098012 cgtcctcaacagtcgtatcacaccagggacagatcatctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcggagatgcgtcggaacacactctctgcaaatcct 16097913  T
Q  307 c 307  Q
    |    
T  16097912 c 16097912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 213 - 449
Target Start/End: Original strand, 29201526 - 29201762
Alignment:
Q  213 caacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataa 312  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| | |||| |||| |  | |||||||||||  |||||||||||||||     
T  29201526 caacagctgtatcgcaccaggggcagttctcctcacattgtgcatgtcgtgattgtagtctgagatgcatcggaacacaccccatgcaaatcctccatag 29201625  T
Q  313 caaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagt 412  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  29201626 caaattacgtgctttatgaggggaattcaccttccagattctatgtcactctcattcaacatgaagtcgatcagtgggtaacaactccatgatagccagt 29201725  T
Q  413 ttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtt 449  Q
    ||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||    
T  29201726 ttataaccaatcttaacaatatacctcccattacgtt 29201762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 302 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 16096773 - 16096616
Alignment:
Q  302 atcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactcca 401  Q
    ||||||||||| |||||| | | |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  |||| || |||| ||||| ||    
T  16096773 atcctccataataaattacgagctttatgaggggaattcaccttccagattctatgtcactctccttcaacatggaattgatcggtatgtagcaacttca 16096674  T
Q  402 tcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16096673 tcatagtcagtttgtaaccactcttaacagtatacctcccgttacgttccatcatcca 16096616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 22 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 17877127 - 17876885
Alignment:
Q  22 agcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagtt 121  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||| ||||||| || |||||||| | | |||| ||||||| ||||| |||||| |||||| |||||    
T  17877127 agcccaaatttgtcaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatgtcgcggctttctgaccgacatatatcaaaaataaaatttgtcaaactgctcacagtt 17877028  T
Q  122 ccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttg 221  Q
    |||||| | | |||||||| | |  |||| ||| ||||||||||||| |||| | | ||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |  |    
T  17877027 ccaacttgcggttgcagcaaagttaaaagaccttcccaataccaactctcacacaccaccgtacaa-ccacaaaagcatgccaatcatcctcaactgccg 17876929  T
Q  222 tatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgat 265  Q
    ||||||||||||| || ||||   |||||||||||||| |||||    
T  17876928 tatcacaccagggacatatcattgcacattgtacatgttgtgat 17876885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16731662 - 16731445
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| || |    
T  16731662 gacatcattacgtgcagtccaaatttgcaaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcggctttctgagcaatatatatcaaaaacaaaatctgcc 16731563  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||| ||||||             ||||||| || |||| || |||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||| |||||||||||||    
T  16731562 aaactactcacagttc-------------cagcacagtcaaaagccccgcccaataccaactctcacgcgccaccttataacccacaaaagcatgtcaat 16731476  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggca 237  Q
    ||||||||||   ||||| |||||| |||||    
T  16731475 catcctcaacgtctgtattacaccaagggca 16731445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17709796 - 17709579
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| || |    
T  17709796 gacatcattacgtgcagtccaaatttgcaaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcggctttctgagcaatatatatcaaaaacaaaatctgcc 17709697  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||| ||||||             ||||||| || |||| || |||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||| |||||||||||||    
T  17709696 aaactactcacagttc-------------cagcacagtcaaaagccccgcccaataccaactctcacgcgccaccttataacccacaaaagcatgtcaat 17709610  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggca 237  Q
    ||||||||||   ||||| |||||| |||||    
T  17709609 catcctcaacgtctgtattacaccaagggca 17709579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 108
Target Start/End: Original strand, 29201409 - 29201510
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29201409 gacatcattacgtgcaatccaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccagccatgtctcgactttttgaacaacatatgtcaaaaacaaaatatgtc 29201508  T
Q  107 aa 108  Q
    ||    
T  29201509 aa 29201510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 397 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 3746589 - 3746527
Alignment:
Q  397 ctccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3746589 ctccatcatagccagtttgtaagcagtcttaacagtatacctcccgttacgttccatcatcca 3746527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 345 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 17876844 - 17876729
Alignment:
Q  345 tccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataacta-gtcttaacagtatacctcccgt 443  Q
    |||| ||| |||| |||||||| |||||||| || || ||  | |||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  17876844 tccatattatatgtcactctccttcaacatgaaatcgttcgatatgtaacaactccatcatagctagtttataaccaggtcttaatagtatacctcccgt 17876745  T
Q  444 tacgtttcatcatcca 459  Q
    | |||| |||| ||||    
T  17876744 tgcgttccatcttcca 17876729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 22767715 - 22768167
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || |    
T  22767715 gacatcattacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcgaccaacagtgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 22767814  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || | ||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  22767815 aaccggctcttagttccaactcgcgtttgcagcacagtcgaaagttctgcccaataccaactttcacgtgcaaccgtacaacccacgaaagcatgccaat 22767914  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  22767915 catcctcaacagccgtatcacactaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcagagacgagtaggaacacaccccatgcaaatcct 22768014  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||    
T  22768015 ccataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttccagattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcaatgtctaacaactccattata 22768114  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||  | ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  22768115 gccagtttataaacaatcttaactgtatacctcccattacgttccatcatcca 22768167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 24 - 459
Target Start/End: Original strand, 30223274 - 30223708
Alignment:
Q  24 cccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttcc 123  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  30223274 cccaaatttgccaaagaagcaaagccacccgaccagcaatgtctcagctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatatgtcaaactgctcacagttcc 30223373  T
Q  124 aactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgta 223  Q
    |||||| | ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||| | |||    
T  30223374 aactcgcggttgcaacacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccaccatataacccataaaagcatgtcaatcacccttaacaatcgta 30223473  T
Q  224 tcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtg 323  Q
    ||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||| ||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| | |    
T  30223474 tcacaccaggaacatatcaccttacattgtacatgtcgtgattgtagtcagaggcgggttggaacacaccctctgtaaatccttcataacaaattacgag 30223573  T
Q  324 ttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagt 423  Q
    ||||||||| || |||||||||||| || |||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||  |||  ||    
T  30223574 ttttatgagggggattcaccttccagatcctacaccactctccgtcaacatggaaccaatcagtgtgtaacaactccatcatagcca-tttgcaacccgt 30223672  T
Q  424 cttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  30223673 cttaatagtatacctttcgttacgttccatcatcca 30223708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 25730567 - 25730118
Alignment:
Q  10 atcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaag 109  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||     
T  25730567 atcattacgtgcagctcaaatttgccaaagaagtaaagccattcgaccagcaaagtctcgactttctgaacaacatatatcaaaaacaaaatctgccaaa 25730468  T
Q  110 ctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcat 209  Q
    ||  || ||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||| | | |||||||||| |||||||| |||||||    
T  25730467 ctattcacagttccaactcgcggttgcaccacagtcgaaagtcttgcccaataccaactcccacgcgccatcgtacaacccacaaaagcatgccaatcat 25730368  T
Q  210 cctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctcca 309  Q
    |||||| ||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||| | | ||| | | |  | |||||||| || ||| ||||||||||    
T  25730367 cctcaatagtcgtatcacaccaaggacagaccacctcacattgcacatgtcgtgattgtaatcgaaaatgcgtcggaacacatcccctgtaaatcctcca 25730268  T
Q  310 taacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtc 409  Q
    |||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||      
T  25730267 taacaaattacgagctttatgaggggaattcaccttccagattctttgccacgctccttcaacatggaaccgatcggtatgtaacaactcaatcatagct 25730168  T
Q  410 agtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25730167 agtttataaccaatcttgacagtatacctcccgttacgttccatcatcca 25730118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 8387815 - 8387358
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaa-----acaaaat 101  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||||| | ||||  ||||| |||||||||||     |||||||    
T  8387815 gacatcattacgtgcagcccaaattttccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcaattttcgaaacaacatatgtcaaaattaaaacaaaat 8387716  T
Q  102 atgtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatg 201  Q
     || ||| || ||  |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||| || | ||| |||||||||| ||||||||    
T  8387715 ctgccaaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagtcttgcccaataacaactctcatgctccaccgtacaacccacaaaagcatg 8387616  T
Q  202 tcaatcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaa 301  Q
     |||||||||||||||  |||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   |  |||||||||| |||||     
T  8387615 ccaatcatcctcaacaactgtatcacaccacggacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacacgtcagaacacaccccctgcat 8387516  T
Q  302 atcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactcca 401  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  8387515 atcctccataacaaattacatgctttatgaggggagttcaccttccagattctatgtcattctccttcaacatgaaaccgatcggtatgtaacaactcca 8387416  T
Q  402 tcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||    
T  8387415 tcatagccagtttataaccagtcttaacagtatacctcccactacgttccttcatcca 8387358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 20204685 - 20204238
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |  |    
T  20204685 gacatcattacgtgcaacccaaattcgtcaaagaagtaaagccacctgaccagcaatgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatctacc 20204586  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctg-cccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaa 205  Q
    || |||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| ||||||||||||    
T  20204585 aaactgctcacagttccaattcgtggttgcaacacagtcgaaag-cctgacccaataccaactctcacgcgccaccgtgtagcccacaaaagcatgtcaa 20204487  T
Q  206 tcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcc 305  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||| || |||||||||     ||||| | |  ||||| ||  | ||||||||| | || |||||||    
T  20204486 tcatcctcaacaaccgtatcacaccaggggcatatcatctaacattgtac-----gtgattgtaaccggagccgtgttggaacacactctctacaaatcc 20204392  T
Q  306 tccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcat 405  Q
    |||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||| |||||| | || ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  20204391 tccataacaaattacgagctttatgaggggaattcaccttccagattctacgtcattctccttcaacatgaaatcgatcagtatgtaacaactccatcat 20204292  T
Q  406 agtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  20204291 agccagtttataaccagtcttaacagtatacctcccattacgttccatcatcca 20204238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 84 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 26296010 - 26295635
Alignment:
Q  84 atatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccat 183  Q
    |||| ||||||||||||| || |||  | ||| ||||||||||||| | ||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||| |    
T  26296010 atatatcaaaaacaaaatctgccaaatttctcacagttccaactcgcggttgtagcatagtcgaaagccctgcccaataccaactctcttgcgctaccgt 26295911  T
Q  184 acaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgacta 283  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||  | ||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||||  |     
T  26295910 acaacccaaaaaagcatgccaatcatcctcaacattcgtatcacgccacagacagatcagctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcggagacgcgtc 26295811  T
Q  284 ggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgat 383  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | | |||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  26295810 ggaacacactctctgcaaatcctccataataaattacgcgctttatgaggggcattcaccttccagattttatgccactatccttcaacatggaatcgat 26295711  T
Q  384 cagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    |||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| | || ||||||||| ||| |||||||||    
T  26295710 cagtatgtagcaacttcatcatagccagtttataaccagtcttaacaatgtatctcccgttatgttccatcatcca 26295635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 12660073 - 12659815
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| | | |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |    
T  12660073 gacatcattacgtgcaacccaaatttaccaaatatggaaagccacccgaccagcaatgtctcgactttctgaacaacatatgtcaaaaataaaatctgcc 12659974  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| |  |||||||| ||||    
T  12659973 aaactgctctcaaatccaactcgtctttgcagcacagtcgaaagtcctgcccaataccaactctcacacgccaccgtacaacctagaaaagcatgccaat 12659874  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgat 265  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  12659873 catcctcaacaggcgtatcacaccagggacatatcatctcacattgtacatgccgtgat 12659815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 27292175 - 27291948
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagt---aaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatat 103  Q
    |||||||| ||| || || ||||||||||||||||||   |||||||| || ||| |||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |    
T  27292175 gacatcattacgtgctgctcaaatttgccaaagaagttataaagccacccgaccagcaatgtttcgactttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatct 27292076  T
Q  104 gtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtc 203  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| ||| |||| | | |||||||||| ||||||||||    
T  27292075 gtcaaacttctcacagttccaactcgcggttgcagcacaatcgaaagccctgcccataaacaactctcatgcgccatcgtacaacccacaaaagcatgtc 27291976  T
Q  204 aatcatcctcaacagttgtatcacacca 231  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  27291975 aatcatcatcaacatttgtatcacacca 27291948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 216
Target Start/End: Original strand, 27533378 - 27533573
Alignment:
Q  20 gcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||| ||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| ||| || || | |  ||    
T  27533378 gcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatatctcggctttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatctgttaaactacccatag 27533477  T
Q  120 ttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaac 216  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| |||||    
T  27533478 ttccaactcgcgattgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaccgtacaactcac-aaagcatgcaaatcatcatcaac 27533573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 226 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 27285046 - 27284829
Alignment:
Q  226 acaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgtt 325  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||||  | | ||||||| |  |   ||||||||||   |||||| | | |    
T  27285046 acaccacggacagatcagctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcggagacgcgtcgaaacacactctatc--aatcctccatgctaaattacgcgct 27284949  T
Q  326 ttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtct 425  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||| |||||| |||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  27284948 ttatgaggggcattcaccttccagattttataccactctccttcaatatggaatcgatcagtatgtagcaactccatcttagccagtttataaccagtct 27284849  T
Q  426 taacagtatacctcccgtta 445  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  27284848 taagagtatacctcctgtta 27284829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 161
Target Start/End: Original strand, 41941193 - 41941346
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| | ||||||||| || ||||||||||||  ||| ||  || ||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  41941193 gacatcattacgtgtagcccaaatatgtcaaagaagtaaattcacccgatcagcaatgtctcgactttttgaatagcatatgtcaaaaacaaaatctgtc 41941292  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaat 161  Q
     | ||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| || |||||    
T  41941293 ga-ctgctctcagttccaactcatgtttgcagcatagttgaaagtcttgtccaat 41941346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 98
Target Start/End: Original strand, 34654064 - 34654140
Alignment:
Q  22 agcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaa 98  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||    
T  34654064 agccaaaatttgtcaaagaagtaaagccaccctaccaacaatgtcttagctttctgaacaacatatgtcaaaaacaa 34654140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 9 - 98
Target Start/End: Original strand, 15989209 - 15989298
Alignment:
Q  9 catcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaa 98  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||| || ||| |||||||| | |||||||||| | |||| ||||||||||    
T  15989209 catcattacgtgcatcccaaattttctaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtcttggctttctgaacgaaatatatcaaaaacaa 15989298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 7126952 - 7126500
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |    
T  7126952 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccatcaatgtctcggccttctgagcaacatatgtcaaaaacaaaatatgcc 7126853  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || |||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||| ||||    
T  7126852 aaactactctaagttccaactcgcgtttgcaacacagtcgaaagtcctgtccaataccaactttcacgtgccaccgtacaacccacaaatgcatgccaat 7126753  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||| ||||||   ||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  7126752 catcatcaacatccgtaacacatcagaggcagatcaccccacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgagtaggaacacaccccctgcaaatcct 7126653  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7126652 ccataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttcaagattttatgccactatccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 7126553  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    |  |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  7126552 gctagtttataaccagttttaacattatacctcccgttacgttccatcatcca 7126500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Original strand, 43318499 - 43318937
Alignment:
Q  20 gcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcag 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||     
T  43318499 gcagcacaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccagaaatgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgccaaactgctctcat 43318598  T
Q  120 ttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagt 219  Q
    |||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||      
T  43318599 ttccaactcgcgtatgcagcacagacgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgccaatcatcctcaacaac 43318698  T
Q  220 tgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaatta 319  Q
     ||||||||||| |  || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  | | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  43318699 cgtatcacaccaagaacaaatcacctcacattgtacatgacgtgatcgtagtcggagatgcgtcgaaacacaccc-ctgcaaatcctccataataaatta 43318797  T
Q  320 tgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataac 419  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43318798 tgtgctttatgaggggaattcaccttccagattctatgtcattctccttcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagccagtttataac 43318897  T
Q  420 tagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  43318898 cagtcttaacagtatacctcccgttgcgttccatcatcca 43318937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 64 - 459
Target Start/End: Original strand, 21371553 - 21371947
Alignment:
Q  64 gtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaatac 163  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21371553 gtctcgactttctgaacaacttatgtcaaaaataaaatctgccaaactgctctcagttccaactcgcgtttgcagcacagtcgaaagtcctgcccaatac 21371652  T
Q  164 caactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtg 263  Q
    ||||| |||||||| ||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  21371653 caactctcacgcgccactgtacaacctacaaaagcatgccaatcatcctcaacagttgtattacaccagggacagatcacctcacattgtacatgttgtg 21371752  T
Q  264 atcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactc 363  Q
    || | ||||||||||   | || |||| ||| |  |||||||||||||||||||||  || |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21371753 attgtagtcggagacacattgggacac-cccccgacaaatcctccataacaaattacatgctttatgagggaaattcaccttccagattctatgccactc 21371851  T
Q  364 tccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  21371852 tccttcatcatggaaccgatcagtgtgtaccaacttcatcatagccagtttataactaatcttaacagtataccttccgttacgttgcatcatcca 21371947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Original strand, 478517 - 478964
Alignment:
Q  10 atcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaag 109  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||| || |||  ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||     
T  478517 atcattacgtgcaacccaaattttccagtgaagtaaagccacccgaccagaaatgtctcggctttctgaacaacatatatcaaaaacaaaatctgccaaa 478616  T
Q  110 ctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcat 209  Q
    || |||||  |||||||| | || ||||||||   ||| |||  |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  478617 ctactctct-ttccaacttgcgtatgcagcacggacgagagttatgcccaataccaactttcacgtaccaccatacaacccacaaaagcatgccaatcat 478715  T
Q  210 cctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctcca 309  Q
    |||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||  | ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  478716 cctcaacagccgtatcacaccaaggacaaatcacctcacattgtacatgacgtgatcgtagtaagagacgcgtcggaacacaccccctgtaaatcctcca 478815  T
Q  310 taacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtc 409  Q
    ||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  478816 taataaattacgtgctttatgaggggaattcaccttccagatcctatgtcattctccttcaa-atgaaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagcc 478914  T
Q  410 agtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  478915 agtttataatcagtcttaacagtatacctcccgttgcgttccatcatcca 478964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 40589173 - 40589607
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| ||      
T  40589173 gacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaacgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaataaaatctgca 40589272  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  40589273 aaactactcacagttccaactcgtgattgccgcacagtcgaaagtcctacccaataccaactctcatgcgccaccgtacaacccacaaaagcatgtcaat 40589372  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||                  | ||||||||||| |||||||||||    
T  40589373 catcctcaacaaatgtatcacaccagggacaaatcacctcacattgtacatgtcgtg------------------tcggaacacaccctctgcaaatcct 40589454  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    | ||||||||||| | | |||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||| |||||||| ||| ||||| | |||| ||||||| |||||    
T  40589455 cgataacaaattacgagctttatgaggggaattcaccatccagattttatgtcactctccttcaacatgaaactgatcactatgtagcaactccttcata 40589554  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40589555 gccagtttataaccaatcctaacggtatacctcccgttacgttccatcatcca 40589607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 326 - 459
Target Start/End: Original strand, 8451825 - 8451958
Alignment:
Q  326 ttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtct 425  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  8451825 ttatgaggggaattcacattccagattctatgccactctccttcaacatggaaccgatcattgtgtaacaacttcatcatagtcagtttataatcagttt 8451924  T
Q  426 taacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  8451925 taacagtataccttccgttacgttccatcatcca 8451958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 8 - 100
Target Start/End: Original strand, 8451582 - 8451674
Alignment:
Q  8 acatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaa 100  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  8451582 acatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaacgtctcggctttctgaacaacatatatcaaaaaaaaaa 8451674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 136 - 246
Target Start/End: Original strand, 8451700 - 8451810
Alignment:
Q  136 cagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacaccagggg 235  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| || ||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | ||||  |||| |||     
T  8451700 cagcacaatcgaaagccctgcctaataccaactctcacgtgccacagtacaacccacaaaaacatgccaatcatcctcaacattcgtattgcacctggga 8451799  T
Q  236 cagatcacctc 246  Q
    || ||||||||    
T  8451800 caaatcacctc 8451810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 459
Target Start/End: Original strand, 15606460 - 15606911
Alignment:
Q  8 acatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtca 107  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| || ||    
T  15606460 acatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcgactttcagaacaacatatgtcaaagacaaaatttgcca 15606559  T
Q  108 agctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatc 207  Q
    | ||||||  ||| |||||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  ||| |||| |||||| ||||||| |||  |||| ||||    
T  15606560 aactgctcaaagtgccaactcgcgcttgcagcacggtcgaaagccctgcccaataccaacactcatgcgccaccatataacccacaaaaatatgttaatc 15606659  T
Q  208 atcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctc 307  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||    
T  15606660 atcctcaacagctctatcacaccagggaaagatcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgttggaacacaccccctgcaaatcctc 15606759  T
Q  308 cataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatag 407  Q
    ||||||||||||  || |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  15606760 cataacaaattacatgctttatgaggggaatttaccttccatattctatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtaacaactccatcatag 15606859  T
Q  408 tcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
     || |||||||| ||| |||| || ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  15606860 ccaatttataaccagttttaatagcatacctcccattacgttccatcatcca 15606911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 29368494 - 29368945
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| ||||    
T  29368494 gacatcattacgtccagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcgactttctgaacgacatacatcaaaaacaaaatctgtc 29368593  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || ||||||  |||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||| | || ||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  29368594 aaactgctcatagtttcaactcgcggttgcagcacagtcgaaa-tcctggccaataccaactctcatgtgccactgtacaacccacaaaagcatgccaat 29368692  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||| | | ||| |||||  | ||||||||| |  ||||||||||    
T  29368693 catcctcaacagtcgtatcacatcagggacatatcatctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcgaagacgtgtcggaacacactctttgcaaatcct 29368792  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    |||||| |||||| | | |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  29368793 ccataataaattacgagctttatgaggggaattcaccttccatattttatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaactccatcata 29368892  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | || ||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||    
T  29368893 gccaatttataattagtcttaacaatatatctaccgttacatttcatcatcca 29368945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 30802428 - 30802878
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |  |    
T  30802428 gacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagtcaccctaccaacaatgtctcgactttttgaacaacatatgttaaaaacaaaatcttcc 30802527  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| |||||| |||||||| ||| |||||||||| ||| |||| ||||    
T  30802528 aaacttctctcaattccaactcgtgtttgcagtacagtcgaaagtccttcctaatgccaactctcacgcgccaccttacaacccactaaaacatgccaat 30802627  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
     ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||  | ||||||||  | ||||||||  |    
T  30802628 aatcttcaacagtcgtatcacaccagggacagatcacctcacgttgtacatgtcgtgattgtagtcagagacgtgtcggaacaca--ctctgcaaatttt 30802725  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  30802726 ccataaaaaattatgtgttttataaggggaattcaccttccagattctatgacactctctttcaacatgaaaccaatcactgtggaacaactccatcata 30802825  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | ||||||||||  ||| |||||||||||||| |  ||||||| |||| ||||    
T  30802826 gccagtttataatcagttttaacagtataccttcaattacgttccatcttcca 30802878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 60 - 436
Target Start/End: Original strand, 30803056 - 30803431
Alignment:
Q  60 caatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgccca 159  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||| |  ||| || || |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |  |    
T  30803056 caatgtctcgactttttgaacaacatatgtccaacacaaaatcttccaaacttctttcagatccaactcgcgtttgcagcacagtcgaaagtccttcata 30803155  T
Q  160 ataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgt 259  Q
     | |||||| |||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |  || ||||||||||||| |||||||    
T  30803156 -tgccaactctcacgcgccaccgtacaacccacaaaaacatgtcaatcatcttcaacagtcgtatcacactatgtacatatcacctcacattatacatgt 30803254  T
Q  260 cgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgcc 359  Q
    |||||| | ||||||||||   |   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  30803255 cgtgattgtagtcggagacacgtcataacacaccccctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgaggggaattcaccttccagattctatgtc 30803354  T
Q  360 actctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatac 436  Q
     |||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  30803355 tctctctttcaacatgaaaccgatcactgtggaacaactccatcatagtcagtttataaccattcttaccagtatac 30803431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 459
Target Start/End: Original strand, 11732108 - 11732555
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||     ||||||||  | |     
T  11732108 gacatcattacgtgcagcacaaattttcgaaagaagtaaagccactcgaccaacaatgtctcggctttctgaacgacatat-----aaacaaaacttatt 11732202  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||| || |||||||||||| ||||| |||| ||||||| | |||| |||||||||| |||||||| |||  |||| |||| ||| |||| ||||    
T  11732203 aaactgctcacaattccaactcgtggttgcaacacattcgaaagccttgcctaataccaactctcacgcgccaccgcacaatccacaaaatcatgccaat 11732302  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    |||| | |||| | |||||||||| |||  || ||| ||||  |||||||||||||| | | | ||||||||   || |||||||| |  || |||||||    
T  11732303 catcttgaacaatcgtatcacaccggggtaaggtcatctcaatttgtacatgtcgtgcttgtaatcggagacacataagaacacactctttgtaaatcct 11732402  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    |||||||||||||   | |||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||| ||||| |||  ||| |||| ||||| |||||||    
T  11732403 ccataacaaattacaagctttatgagtggaattcaccttccagattttatgtcactctccttcaacttggaatcgactagtatgtagcaacttcatcata 11732502  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    | || ||||||   |||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  11732503 gccaatttatagtcagtcttaatattatacctaccgttacgttccatcatcca 11732555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 7 - 456
Target Start/End: Original strand, 19364403 - 19364843
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||  || ||| |||||||| | |||||||||| | |||| | ||||| ||||| ||||    
T  19364403 gacatcattacgtgcagcccaaatttgctaaagaaataaagccatccgaccaccaatgtcttggctttctgaacgacatatatgaaaaataaaatttgtc 19364502  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||| ||||||||||||  | ||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||| |||||||| ||||    
T  19364503 aaactgctcacagttccaactcacggttgcaacactatcgaaagcccagcccaataccaactctcacacgccacaatacaacccacaaaagcatgacaat 19364602  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||  ||    ||||||||  |||| ||  ||| ||||||||| | |||||||| | | | | |||||||  |  ||| |||    || ||||||||    
T  19364603 catcct--ac---cgtatcacattagggacaagtcatctcacattgcatatgtcgtgcttgtaattggagacgtgtcagaatacaatatcttcaaatcct 19364697  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    | ||||||||||| | | ||||||||     ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||| ||||  ||||||||| ||    
T  19364698 caataacaaattacgagctttatgag----gttcaccttccagattctatgccactctccttcaacatggaatcaaccagtatgtagtaactccatctta 19364793  T
Q  407 gtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcat 456  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  19364794 gccagtttataaccagtcttaacagtatacctcccgttatgttccatcat 19364843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 14679887 - 14679793
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaat 101  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||    
T  14679887 gacatcattacgtgcaggccaaatttgtaaaagaagtaaagccacccgaccagctatgtctcggctttctgagcgacatatatcaaaaacaaaat 14679793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 7 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 36733422 - 36733097
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  36733422 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcaactttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgtc 36733323  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| | | |||||||||||||    
T  36733322 aaactgctctcagttccaattcgcgtttgcagcacagtcgaaagttctgcccaataccaactttcacacgccaccgtacaactctcaaaagcatgtcaat 36733223  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | | |||||| |  |||||||||||    
T  36733222 cgtcctcaacaactgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatatcgtgatcgaagttggagacgagtcgaaacacatctcctgcaaatcct 36733123  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgag 332  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  36733122 ccataacaaattacgtgttttatgag 36733097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 51113044 - 51112667
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| || |    
T  51113044 gacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcagtgtctcgattttcggaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 51112945  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||| |||| ||||    
T  51112944 aaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacaatcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccaccgtacaacccacaaaaacatgccaat 51112845  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||| |||||||  ||||||| ||||  | || | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||| || || |||||    
T  51112844 cattctcaacaactgtatcataccacagacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgtcggaacacaccccctacagatcct 51112745  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatc 384  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  51112744 ccataacaaattacgtgctttatgaggggagttcaccttccagattctatgccattcttcttcaacatgaaaccgatc 51112667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5609055 - 5608709
Alignment:
Q  20 gcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtcaagctgctctcag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| || ||| || ||| |||    
T  5609055 gcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaataaaatctgccaaactactcacag 5608956  T
Q  120 ttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaatcatcctcaacagt 219  Q
    |||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |    
T  5608955 ttccaactcgcggttgccgcacagtcgaaagtcctgcccaataccaactctcacgcgccacagtacaacccacaaaagcattccaatcatcctcaacaat 5608856  T
Q  220 tgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcctccataacaaatta 319  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||  |  ||||||| || || ||||||||||| |||||||||    
T  5608855 tgtatcacaccaaggacaaatcacctcacattgtacatgtcatgattgtaatcggagacgcgtcagaacacatcccctacaaatcctccacaacaaatta 5608756  T
Q  320 tgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctcc 366  Q
    |  | |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  5608755 taagctttatgaggggaattcaccttccagattctttgccacgctcc 5608709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 391 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 5608666 - 5608598
Alignment:
Q  391 taacaactccatcatagtcagtttataactagtcttaacagtatacctcccgttacgtttcatcatcca 459  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||  |||||| ||| ||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  5608666 taacaactccatcatagctagtttataatcagtcttgacaatatacctcctgttccgttccatcatcca 5608598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 7 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 53496773 - 53496379
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||  | |    
T  53496773 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagctacccgaccagcaatgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatcagcc 53496674  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||| |||||             |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  53496673 aaacttctcacagtt-------------gcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcatgcgctaccgtacaacccacaaaagcatgccaat 53496587  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgactaggaacacacccgctgcaaatcct 306  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||||  | ||||||||| | |||||||||||    
T  53496586 catcctcaacattcgtatcacaccacggacagatcagctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcggagacgcgtcggaacacactctctgcaaatcct 53496487  T
Q  307 ccataacaaattatgtgttttatgagaggaattcaccttccaaattctatgccactctccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactccatcata 406  Q
    |||||| |||||| | | |||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  53496486 ccataataaattacgcgctttatgaggggcattcaccttccagattttatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaactccatcata 53496387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 55199249 - 55198977
Alignment:
Q  7 gacatcatcacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcggccaacaatgtctcgactttctgaacaatatatgtcaaaaacaaaatatgtc 106  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| || |||||||| | || |||||| |||||||||||||||||| || |    
T  55199249 gacatcattacgtgcagcccaaatttgtcaaagaagtaaagccacccgaccagcagtgtctcgattatcggaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 55199150  T
Q  107 aagctgctctcagttccaactcgtgtttgcagcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaaccatacaacccacgaaagcatgtcaat 206  Q
    || || ||  |||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  55199149 aaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagccctacccgataccaactctcacgtgccaccatacaacccacaaaagcatgtcaat 55199050  T
Q  207 catcctcaacagttgtatcacaccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacg 279  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |  || | || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  55199049 catcctcaacaactgtatcacaccacgaacatagcatctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacg 55198977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University