View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2841_high_1 (Length: 296)

Name: NF2841_high_1
Description: NF2841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2841_high_1
NF2841_high_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-285)||(26901776-26902050)
chr4 (10-285)||(26897314-26897588)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (10-296)||(24046951-24047237)
chr3 (10-296)||(23674675-23674961)
chr3 (10-296)||(23679180-23679466)
chr3 (10-285)||(24051428-24051703)
chr3 (237-285)||(23674647-23674695)
chr3 (237-285)||(23679152-23679200)
chr3 (237-285)||(24046923-24046971)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-285)||(27205727-27206001)
chr5 (10-285)||(27210192-27210467)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-285)||(26406572-26406847)
chr1 (10-285)||(26411038-26411313)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-120)||(24859182-24859292)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Original strand, 26901776 - 26902050
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26901776 attatactgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 26901875  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26901876 acatactgcttac-ttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 26901974  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  26901975 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagtggcggttacaac 26902050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Original strand, 26897314 - 26897588
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26897314 attatactgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 26897413  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26897414 acatactgcttac-ttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 26897512  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  26897513 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaaagatagtggcggttacaac 26897588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 243; Significance: 1e-135; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 10 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 24047237 - 24046951
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24047237 attatactgttgcaggatcttgagcggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaataaaaactgattttgttgaattcacc 24047138  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24047137 acatactgcttactttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 24047038  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaactctaacataat 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  24047037 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaaagatagtggtggttacaattctatcataat 24046951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 10 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 23674961 - 23674675
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23674961 attatactgttgcaggatcttgagcgaaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaataaaaactgattttgttgaattcacc 23674862  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23674861 acatactgcttactttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 23674762  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaactctaacataat 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  23674761 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaaagatagtggtggttacaattctatcataat 23674675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 10 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 23679466 - 23679180
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23679466 attatactgttgcaggatcttgagcgaaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaataaaaactgattttgttgaattcacc 23679367  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23679366 acatactgcttactttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 23679267  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaactctaacataat 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  23679266 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaaagatagtggtggttacaattctatcataat 23679180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 24051703 - 24051428
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24051703 attatactgttgcaggatcttgagcgaaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaataaaaactgattttgttgaattcacc 24051604  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24051603 acatactgcttactttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 24051504  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  24051503 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaaagatagtggcggttacaac 24051428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 23674695 - 23674647
Alignment:
Q  237 tggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23674695 tggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagtggcggttacaac 23674647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 23679200 - 23679152
Alignment:
Q  237 tggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23679200 tggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagtggcggttacaac 23679152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 24046971 - 24046923
Alignment:
Q  237 tggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  24046971 tggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagtggcggttacaac 24046923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Original strand, 27205727 - 27206001
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27205727 attatactgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 27205826  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27205827 acatactgcttacgttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 27205926  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  27205927 cctaaataaagacaatcatt-tgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaacgatagtggcggttacaac 27206001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Original strand, 27210192 - 27210467
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27210192 attatactattgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 27210291  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27210292 acatactacttacgttcaacttagcattacaaagcctttatatagactagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 27210391  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||    
T  27210392 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaacgatagtggcggttacaac 27210467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 26406847 - 26406572
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26406847 attatactgttgcaggatcttgagcggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaataaaaactgattttgttgaattcacc 26406748  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26406747 acatactgcttactttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 26406648  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  26406647 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaaagatagtggcggttacaac 26406572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 26411313 - 26411038
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26411313 attatactgttgcaggatcttgagcggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaataaaaactgattttgttgaattcacc 26411214  T
Q  110 acatactgcttacattcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaagttgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26411213 acatactgcttactttcaacttagcattacaaagcctttatataggctagaaggaaactgatagagaatacaaataggttgataacaaacctaccataaa 26411114  T
Q  210 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgcttcctaaagatagcggtggttacaac 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  26411113 cctaaataaagacaatcattatgatgatggttacaattctatcataatgtttcctaaagatagtggcggttacaac 26411038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24859292 - 24859182
Alignment:
Q  10 attattctgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24859292 attatactgttgcaggattttgagtggaaacgtgactttttatactatacttccactggtggatgaacattgaagaaaaactgattttgttgaattcacc 24859193  T
Q  110 acatactgctt 120  Q
     ||||||||||    
T  24859192 gcatactgctt 24859182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University