View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2846_high_10 (Length: 383)
Name: NF2846_high_10
Description: NF2846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2846_high_10 |
 | |
|
| [»] scaffold0002 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 42280463 - 42280098
Alignment:
| Q |
1 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatatccatcattagtttatgcaaaaggtgaaaacgaaaacataagatggaa |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42280463 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatatccatcattattttatgcaaaaggtgaaaacgaaaacataagatggaa |
42280364 |
T |
|
| Q |
101 |
atgggaaataatttaaataaacctatgctatgtttccgaggcttctaattattaggtcaatattcattactgtaataaatcaatctgaatttagcatcag |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42280363 |
atgggaaataatttaatcaaacctatgctatgtttccgaggcttctaattattaggtcaatattcattactgtaa---atcaatctgaatttagcatcag |
42280267 |
T |
|
| Q |
201 |
aaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattgacaactgcaagaacttctt |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42280266 |
aaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattgacaactgcaagaacttctt |
42280167 |
T |
|
| Q |
301 |
ttgaccaaaggaccctgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaaaagt |
369 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42280166 |
ttgaccaaaggaccccgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaaaagt |
42280098 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 42268458 - 42268075
Alignment:
| Q |
1 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatatccatcattagtttatgcaaaaggtgaaaacgaaaacataagatggaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
42268458 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatagccatcattattttatgcacaaggtgaaaatgaaaacataagttggaa |
42268359 |
T |
|
| Q |
101 |
atgggaaataatttaaataaacctatgctatgtttccgaggc-ttctaattattaggtcaatattcattactgtaataaatcaatctgaatttagcatca |
199 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
42268358 |
atgggaaataatttaatcaaacctatgctttgtttccgaggctttcgaattatgaggtcaatattcattact---ataaatcaatctaaatttagcatca |
42268262 |
T |
|
| Q |
200 |
gaaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattga----------------- |
282 |
Q |
| |
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|
| T |
42268261 |
gaaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattgacaactgcggtggccttc |
42268162 |
T |
|
| Q |
283 |
caactgcaagaacttcttttgaccaaaggaccctgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaaaagt |
369 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42268161 |
caactgcaagaacttcttttgaccaaaggaccccgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaaaagt |
42268075 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 42254318 - 42253940
Alignment:
| Q |
1 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatatccatcattagtttatgcaaaaggtgaaaacgaaaacataagatggaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
42254318 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagat-attttatgcaaatatcaatcattattttatggaaaaggtgaaa-cgaaaacgtaagatggaa |
42254221 |
T |
|
| Q |
101 |
atgggaaataatttaaataaacctatgctatgtttccgaggcttctaattattaggtcaatattcattactgtaataaatcaatctgaatttagcatcag |
200 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
42254220 |
atgagaaataatttaatcaaacttatgcaatgtttacgaggcttctaattgtgaggtcaatattcattactgtaa---atcaatatgaatttagcatcag |
42254124 |
T |
|
| Q |
201 |
aaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattga-----------------c |
283 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
42254123 |
aaaatgggaaatgtgaattataccaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtacttgacaactggggtggtcttcc |
42254024 |
T |
|
| Q |
284 |
aactgcaagaacttcttttgaccaaaggaccctgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaaaa |
367 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42254023 |
aactgctagaacttcttttgaccaaaggacctcgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaaaa |
42253940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 42259913 - 42259535
Alignment:
| Q |
1 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatatccatcattagtttatgcaaaaggtgaaaacgaaaacataagatggaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
42259913 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacatattatgcaaatatccatcattattttatggaaaaggtgaaaacgaaaacgtaatatggaa |
42259814 |
T |
|
| Q |
101 |
atgggaaataatttaaataaacctatgctatgtttccgaggcttctaattattaggtcaatattcattactgtaataaatcaatctgaatttagcatcag |
200 |
Q |
| |
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|
|
| T |
42259813 |
atgagaaataatttaatcaaaactatgcaatgtttacgaggcttctaattatgaggtcaatattcattactg---taaatccatatgaatttagcatcgg |
42259717 |
T |
|
| Q |
201 |
aaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattga-----------------c |
283 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |
|
|
| T |
42259716 |
aaaataggaaatgtgaattataccaacctagaaatccattcagagattatttcagaataaggaagcatctggaagtacttgacaagggaggtggtcttcc |
42259617 |
T |
|
| Q |
284 |
aactgcaagaacttcttttgaccaaaggaccctgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaa |
365 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
42259616 |
aactgctagaacttcttttgaccaaaggaccccaaaagctatacaaagaagagatatcaaatgttgtagagaaagacacaaa |
42259535 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 42308366 - 42308083
Alignment:
| Q |
1 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatatccatcattagtttatgcaaa-aggtgaaaacgaaaacataagatgga |
99 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||| | | | ||| ||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
42308366 |
tcttgcaaactatttgagaatgtttctctacaaagaacataatatgcaaatagccatcattatcatatggacagatgtgcaaaa-aaaacataaaatgga |
42308268 |
T |
|
| Q |
100 |
aatgggaaataatttaaataaacctatgctatgtttccgaggcttctaattattaggtcaatattcattactgtaataaatcaatctgaatttagcatca |
199 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||| || ||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
42308267 |
aatgagaaataatttgaggaaatctatgttatgtttccaaggctt-taattatgaggtcagaatacattattgtaa---atcaatctaaattgggcatca |
42308172 |
T |
|
| Q |
200 |
gaaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattgacaactg |
288 |
Q |
| |
|
||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
42308171 |
gaaaaagggaaaggagaattataccaacctagaaatccattctgagattattttggaataaggaagcatgtggaagtactcgacaactg |
42308083 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 42313494 - 42313307
Alignment:
| Q |
84 |
gaaaacataagatggaaatgggaaataatttaaataaacctatgctatgtttccgaggcttctaattattaggtcaatattcattactgtaataaatcaa |
183 |
Q |
| |
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|
|
| T |
42313494 |
gaaaacataaaatggaaatgagaaataatttgatgaaa--tatgttatgtttctaagacttctaattactagttcagaattcattattgcaaaa---cga |
42313400 |
T |
|
| Q |
184 |
tctgaatttagcatcagaaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagta |
277 |
Q |
| |
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||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
42313399 |
tctaaatcaggcatcagaaaa-gggaaaggtgaattacaccaacctagaaatccagtctgagattatttcggaataaggaagcacgtggaagta |
42313307 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 291 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 42308063 - 42307998
Alignment:
| Q |
291 |
agaacttcttttgaccaaaggaccctgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaa |
356 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
42308063 |
agaacttcttttgaccaaaggaccccggacgctatccaaagatgagatataaaatgtcatagagaa |
42307998 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0002 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:
Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 488748 - 488370
Alignment:
| Q |
1 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacacattatgcaaatatccatcattagtttatgcaaaaggtgaaaacgaaaacataagatggaa |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| |
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|
| T |
488748 |
tcttgcaaactatttgagaaagcttctctgcaaagaacatattatgcaaatatccatcattattttatggaaaaggtgaaaacgaaaacgtaatatggaa |
488649 |
T |
|
| Q |
101 |
atgggaaataatttaaataaacctatgctatgtttccgaggcttctaattattaggtcaatattcattactgtaataaatcaatctgaatttagcatcag |
200 |
Q |
| |
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||| |||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| | |
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| T |
488648 |
atgagaaataatttaatcaaaactatgcaatgtttacgaggcttctaattatgaggtcaatattcattactg---taaatccatatgaatttagcatcgg |
488552 |
T |
|
| Q |
201 |
aaaatgggaaatgtgaattatacaaacctagaaatccattctgagattatttcagaataaggaagcatgtggaagtaattga-----------------c |
283 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |
|
|
| T |
488551 |
aaaataggaaatgtgaattataccaacctagaaatccattcagagattatttcagaataaggaagcatctggaagtacttgacaagggaggtggtcttcc |
488452 |
T |
|
| Q |
284 |
aactgcaagaacttcttttgaccaaaggaccctgaaagctatacaaagatgagatatcaaatgttatagagaaacacacaaa |
365 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
488451 |
aactgctagaacttcttttgaccaaaggaccccaaaagctatacaaagaagagatatcaaatgttgtagagaaagacacaaa |
488370 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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