View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2846_low_41 (Length: 217)

Name: NF2846_low_41
Description: NF2846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2846_low_41
NF2846_low_41
[»] scaffold0079 (3 HSPs)
scaffold0079 (19-206)||(5224-5411)
scaffold0079 (98-185)||(5377-5464)
scaffold0079 (122-201)||(5364-5443)
[»] chr7 (29 HSPs)
chr7 (19-206)||(21676058-21676245)
chr7 (19-185)||(28719355-28719521)
chr7 (58-185)||(45148443-45148570)
chr7 (20-185)||(4483628-4483793)
chr7 (17-201)||(16382432-16382616)
chr7 (19-206)||(39292884-39293070)
chr7 (19-161)||(8564726-8564868)
chr7 (57-185)||(46472865-46472992)
chr7 (52-201)||(16369574-16369723)
chr7 (17-201)||(44306321-44306506)
chr7 (101-185)||(16369660-16369744)
chr7 (45-115)||(21539365-21539435)
chr7 (102-185)||(16382411-16382494)
chr7 (102-185)||(44306444-44306527)
chr7 (139-201)||(28719376-28719438)
chr7 (137-206)||(16382464-16382533)
chr7 (102-185)||(39293003-39293086)
chr7 (127-206)||(44306395-44306474)
chr7 (17-119)||(13617699-13617801)
chr7 (122-184)||(21676235-21676297)
chr7 (102-201)||(21676178-21676277)
chr7 (102-183)||(28719320-28719401)
chr7 (139-185)||(8564809-8564855)
chr7 (127-206)||(16369612-16369691)
chr7 (139-206)||(45148459-45148526)
chr7 (126-184)||(9641790-9641850)
chr7 (23-87)||(15979209-15979273)
chr7 (101-149)||(16369697-16369745)
chr7 (82-115)||(15979303-15979336)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (19-199)||(14342867-14343046)
chr5 (19-185)||(20455197-20455363)
chr5 (17-185)||(21108409-21108577)
chr5 (19-185)||(11964850-11965016)
chr5 (44-119)||(20833234-20833309)
chr5 (139-206)||(20455280-20455347)
chr5 (19-100)||(33627605-33627686)
chr5 (137-201)||(21108430-21108494)
chr5 (17-119)||(23414099-23414201)
chr5 (19-97)||(24226686-24226764)
chr5 (129-190)||(11764773-11764833)
chr5 (139-200)||(11964872-11964933)
chr5 (122-157)||(11764802-11764837)
chr5 (139-206)||(14342950-14343017)
chr5 (102-183)||(20455317-20455397)
chr5 (130-164)||(14343051-14343085)
chr5 (102-183)||(11964816-11964896)
[»] chr8 (37 HSPs)
chr8 (19-201)||(25756873-25757055)
chr8 (19-181)||(25294873-25295035)
chr8 (40-185)||(11543414-11543559)
chr8 (40-185)||(22312569-22312714)
chr8 (19-185)||(45560318-45560484)
chr8 (20-201)||(25608941-25609111)
chr8 (23-184)||(3845250-3845409)
chr8 (17-201)||(20177082-20177267)
chr8 (17-201)||(20221809-20221994)
chr8 (122-201)||(19332802-19332881)
chr8 (102-201)||(19332819-19332918)
chr8 (122-185)||(19332876-19332939)
chr8 (102-185)||(20177205-20177288)
chr8 (102-185)||(20221932-20222015)
chr8 (122-185)||(24238445-24238508)
chr8 (122-185)||(25608920-25608983)
chr8 (102-184)||(16000904-16000986)
chr8 (132-185)||(16000940-16000993)
chr8 (127-206)||(20177156-20177235)
chr8 (127-206)||(20221883-20221962)
chr8 (102-181)||(25756856-25756935)
chr8 (139-206)||(25294885-25294952)
chr8 (139-206)||(25756905-25756972)
chr8 (139-201)||(11543435-11543497)
chr8 (143-201)||(24238466-24238524)
chr8 (144-206)||(19332787-19332849)
chr8 (139-201)||(22312590-22312652)
chr8 (139-201)||(45560401-45560463)
chr8 (11-111)||(7469137-7469238)
chr8 (102-183)||(11543379-11543460)
chr8 (58-95)||(19332756-19332793)
chr8 (102-185)||(22312532-22312615)
chr8 (57-108)||(22498526-22498577)
chr8 (135-185)||(17265756-17265806)
chr8 (60-117)||(18042772-18042830)
chr8 (165-206)||(25608973-25609014)
chr8 (98-146)||(11543379-11543427)
[»] scaffold0317 (3 HSPs)
scaffold0317 (19-199)||(14951-15131)
scaffold0317 (139-206)||(15034-15101)
scaffold0317 (102-185)||(15071-15154)
[»] scaffold1204 (3 HSPs)
scaffold1204 (19-201)||(1323-1505)
scaffold1204 (122-185)||(1463-1526)
scaffold1204 (139-206)||(1406-1473)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (27-185)||(11401475-11401633)
chr3 (19-201)||(17759543-17759729)
chr3 (19-201)||(19060863-19061049)
chr3 (11-164)||(8603542-8603695)
chr3 (19-182)||(5229214-5229376)
chr3 (11-185)||(38376904-38377078)
chr3 (18-111)||(25105174-25105267)
chr3 (122-182)||(17759687-17759747)
chr3 (122-182)||(19061007-19061067)
chr3 (127-201)||(38376983-38377057)
chr3 (129-190)||(11516772-11516833)
chr3 (127-190)||(17392274-17392337)
chr3 (139-185)||(5229297-5229343)
chr3 (139-201)||(11401496-11401558)
chr3 (66-182)||(11516746-11516864)
chr3 (136-185)||(14181293-14181342)
chr3 (11-111)||(43428742-43428843)
chr3 (139-206)||(17759630-17759697)
chr3 (139-206)||(19060950-19061017)
chr3 (132-185)||(40040403-40040456)
chr3 (126-184)||(17392241-17392301)
chr3 (129-185)||(37917651-37917707)
chr3 (11-111)||(18968979-18969080)
chr3 (106-183)||(38377036-38377113)
chr3 (136-184)||(31413599-31413647)
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (62-201)||(11374005-11374144)
chr6 (58-185)||(29161586-29161713)
chr6 (44-185)||(16135183-16135324)
chr6 (26-185)||(23220601-23220759)
chr6 (75-164)||(25650019-25650108)
chr6 (19-145)||(17084458-17084584)
chr6 (97-185)||(22594749-22594837)
chr6 (102-199)||(29161667-29161764)
chr6 (135-206)||(22594750-22594821)
chr6 (123-185)||(21930797-21930859)
chr6 (122-185)||(29161761-29161824)
chr6 (102-185)||(11374082-11374165)
chr6 (122-201)||(29161724-29161803)
chr6 (139-201)||(16135204-16135266)
chr6 (139-201)||(23220622-23220684)
chr6 (124-181)||(4172874-4172931)
chr6 (124-181)||(4228483-4228540)
chr6 (102-183)||(23220566-23220647)
chr6 (139-206)||(29161630-29161697)
chr6 (102-183)||(21930762-21930843)
chr6 (139-206)||(11374045-11374112)
chr6 (150-185)||(18104732-18104767)
chr6 (98-144)||(4172885-4172931)
chr6 (98-144)||(4228494-4228540)
chr6 (139-201)||(25650019-25650081)
chr6 (160-201)||(21930818-21930859)
chr6 (126-184)||(22594642-22594702)
chr6 (100-148)||(26505689-26505737)
[»] scaffold0183 (3 HSPs)
scaffold0183 (20-201)||(9695-9877)
scaffold0183 (105-185)||(9674-9754)
scaffold0183 (139-206)||(9727-9794)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (19-201)||(22331603-22331784)
chr2 (19-185)||(18534727-18534893)
chr2 (11-185)||(24561963-24562137)
chr2 (24-201)||(6093725-6093894)
chr2 (113-183)||(6093706-6093776)
chr2 (19-185)||(20272259-20272425)
chr2 (19-97)||(43641704-43641782)
chr2 (97-185)||(22331582-22331670)
chr2 (129-185)||(29113144-29113200)
chr2 (19-199)||(24840690-24840865)
chr2 (80-143)||(45618691-45618754)
chr2 (139-201)||(24562054-24562116)
chr2 (22-97)||(19434681-19434756)
chr2 (139-201)||(18534748-18534810)
chr2 (102-183)||(24562091-24562172)
chr2 (147-206)||(24840720-24840779)
chr2 (19-80)||(45618405-45618466)
chr2 (139-180)||(45618713-45618754)
chr2 (68-148)||(29113144-29113224)
chr2 (82-114)||(45619298-45619330)
[»] scaffold0090 (7 HSPs)
scaffold0090 (19-182)||(5744-5907)
scaffold0090 (19-166)||(1364-1511)
scaffold0090 (139-201)||(1447-1509)
scaffold0090 (139-201)||(5827-5889)
scaffold0090 (103-174)||(35993-36063)
scaffold0090 (129-206)||(35982-36058)
scaffold0090 (122-181)||(36048-36102)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (19-185)||(5371799-5371964)
chr4 (19-199)||(12134852-12135029)
chr4 (19-185)||(19558232-19558398)
chr4 (19-185)||(17376660-17376823)
chr4 (11-185)||(54364664-54364838)
chr4 (44-185)||(14570156-14570297)
chr4 (127-201)||(54364743-54364817)
chr4 (129-201)||(14570177-14570249)
chr4 (139-206)||(5371881-5371948)
chr4 (132-185)||(12134999-12135052)
chr4 (11-95)||(12733052-12733136)
chr4 (17-119)||(49070703-49070805)
chr4 (25-146)||(19082289-19082410)
chr4 (11-111)||(38763665-38763766)
chr4 (102-183)||(5371918-5371998)
chr4 (126-184)||(13595395-13595455)
chr4 (102-183)||(14570122-14570202)
chr4 (127-183)||(19082354-19082410)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (17-185)||(33396200-33396369)
chr1 (60-185)||(77184-77309)
chr1 (24-201)||(20821876-20822049)
chr1 (102-185)||(20821855-20821938)
chr1 (139-201)||(77226-77288)
chr1 (102-183)||(20821820-20821901)
chr1 (40-146)||(21224122-21224229)
chr1 (57-111)||(46144659-46144713)
chr1 (11-111)||(40437479-40437579)
chr1 (17-88)||(49998530-49998602)
[»] scaffold0231 (3 HSPs)
scaffold0231 (27-200)||(14075-14248)
scaffold0231 (127-206)||(14138-14217)
scaffold0231 (122-185)||(14207-14270)
[»] scaffold0174 (2 HSPs)
scaffold0174 (40-206)||(21208-21374)
scaffold0174 (102-200)||(21307-21405)
[»] scaffold0009 (6 HSPs)
scaffold0009 (122-199)||(255643-255720)
scaffold0009 (104-206)||(255551-255653)
scaffold0009 (122-206)||(255606-255690)
scaffold0009 (122-184)||(98348-98412)
scaffold0009 (102-162)||(255660-255720)
scaffold0009 (135-185)||(98324-98374)
[»] scaffold0005 (3 HSPs)
scaffold0005 (44-185)||(247079-247220)
scaffold0005 (129-201)||(247127-247199)
scaffold0005 (102-183)||(247174-247254)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (11-178)||(11488-11656)
scaffold0017 (139-185)||(11518-11564)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (40-110)||(12214-12284)
[»] scaffold0013 (2 HSPs)
scaffold0013 (103-185)||(8429-8511)
scaffold0013 (140-196)||(8429-8485)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (11-101)||(4839-4929)
[»] scaffold0047 (1 HSPs)
scaffold0047 (132-185)||(75912-75965)
[»] scaffold0601 (1 HSPs)
scaffold0601 (11-94)||(2197-2280)
[»] scaffold0088 (1 HSPs)
scaffold0088 (17-119)||(44796-44900)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (11-87)||(34645-34720)


Alignment Details
Target: scaffold0079 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 3)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 5224 - 5411
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5224 gtgttgtattttctccattaattgaattgtgagaaatggtatgaagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgtatatatgttaattgat 5323  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5324 gaggatattgttggtgaatacatatatgtggattgattgtgatattgttgttgaatgcatatatgttgattggttgtgatattgttgg 5411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 98 - 185
Target Start/End: Original strand, 5377 - 5464
Alignment:
Q  98 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5377 aatgcatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaataaatatatgtcaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 5464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 201
Target Start/End: Original strand, 5364 - 5443
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  |||| ||||||||||    
T  5364 gatattgttgttgaatgcatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaataaatatatgtcaattgattgtgatatt 5443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 29)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 21676058 - 21676245
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21676058 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 21676157  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21676158 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgcaatattgttggtgaatgcatatatgtttgttggttgtgatattgttgg 21676245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 28719521 - 28719355
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||  ||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  28719521 gtgttgtattttctcttttacttgaattttgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatagagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgat 28719422  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28719421 tgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 28719355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 58 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 45148570 - 45148443
Alignment:
Q  58 tatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattg 157  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  45148570 tatggagttgttgaactataagatataattgatgttgaatattgcatatatgttaattgatgaggatattgctggtgaatacatatatgttgattggttg 45148471  T
Q  158 tgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45148470 tgatattgttggtgaatacatatatgtt 45148443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4483793 - 4483628
Alignment:
Q  20 tgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatg 119  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||     
T  4483793 tgttgtattttcccctttatttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgatt 4483694  T
Q  120 aggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
      |||||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  4483693 gtgatattgttgttgaatacatatatgttaatggattgtaatattgtcggtgaatgcatatatgtt 4483628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 16382616 - 16382432
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattg 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||| ||| ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||      
T  16382616 aggtgttgtattttctcctttacttggattatgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattacatatatgttgatat 16382517  T
Q  117 atgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||  |||||||||    
T  16382516 attgtgatattgttggtgaatacatatatgtttattgattgtgatattgttggtggatacatatatgttaattgagtgtgatatt 16382432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 39292884 - 39293070
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||| | ||| |||  || ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||    
T  39292884 gtgttgtattctctcctttacgtgtattgtgagaaattgtatggagttgttgaaccatatgatctagtt-atgttgattaatgcatgtatgctaattgat 39292982  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  39292983 ggtgatattgttggtaaatacatatatgttgattgattgtgatatttttgatgaataaatatatgttgattgattgtgatattattgg 39293070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 161
Target Start/End: Original strand, 8564726 - 8564868
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    ||||||||| || ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8564726 gtgttgtatgttctcctttacttgaattgtgagaaatcgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgat 8564825  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 161  Q
       |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| |||||    
T  8564826 tgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat 8564868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 57 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 46472992 - 46472865
Alignment:
Q  57 gtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgatt 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  46472992 gtatggagttgttgaactatatgatatagtttatgttgattaatgcatatattttaattgatggtgatattgtt-gaaaatacatatatgttgattgatt 46472894  T
Q  157 gtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
     ||||||| |||||||||  |||||||||    
T  46472893 atgatattattggtgaatagatatatgtt 46472865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 52 - 201
Target Start/End: Original strand, 16369574 - 16369723
Alignment:
Q  52 aaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgat 151  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||  ||||||||||||   || |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||  |||||||||| ||    
T  16369574 aaatggtaggaagttgttgaattatatgacttagttgatgttggtgaacgcatatatattaattgatggttatattgttggtgaaggcatatatgttaat 16369673  T
Q  152 tgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||    
T  16369674 tgatggtgatattgttggtgaacgcatatatgttaattgatggtgatatt 16369723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 201
Target Start/End: Original strand, 44306321 - 44306506
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaa-ttgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 115  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||| ||||  ||||  ||||||||| ||||||||  ||| |||||||   ||| |||||||||| |||    
T  44306321 aggtgttgtattttctcctttacttgaaattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgatt 44306420  T
Q  116 gatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
     ||    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  44306421 aattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatatt 44306506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 101 - 185
Target Start/End: Original strand, 16369660 - 16369744
Alignment:
Q  101 gcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16369660 gcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaacgcatatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 16369744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 45 - 115
Target Start/End: Original strand, 21539365 - 21539435
Alignment:
Q  45 ttgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 115  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  21539365 ttgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatacatgttaatt 21539435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16382494 - 16382411
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16382494 catatatgtttattgattgtgatattgttggtggatacatatatgttaattgagtgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 16382411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Original strand, 44306444 - 44306527
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  44306444 catatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 44306527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 28719438 - 28719376
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  28719438 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 28719376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 137 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 16382533 - 16382464
Alignment:
Q  137 tacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  16382533 tacatatatgttgatatattgtgatattgttggtgaatacatatatgtttattgattgtgatattgttgg 16382464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Original strand, 39293003 - 39293086
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||   |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  39293003 catatatgttgattgattgtgatatttttgatgaataaatatatgttgattgattgtgatattattggtgaatacatatatgtt 39293086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 206
Target Start/End: Original strand, 44306395 - 44306474
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  44306395 tgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 44306474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 13617801 - 13617699
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattg 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||| | ||||| |||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||    
T  13617801 aggtgttgtattttctcctttacttggaatgtgagaaagtgtatggagttgttgagctatattatatagttgatgttgattaatgtatatatatcaattg 13617702  T
Q  117 atg 119  Q
    |||    
T  13617701 atg 13617699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 184
Target Start/End: Original strand, 21676235 - 21676297
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21676235 gatattgttggtggatacatatatgtcaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgt 21676297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 102 - 201
Target Start/End: Original strand, 21676178 - 21676277
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||| ||||||    ||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| || |||||||||  |||| ||||||||||    
T  21676178 catatatgttgattgattgcaatattgttggtgaatgcatatatgtttgttggttgtgatattgttggtggatacatatatgtcaattgattgtgatatt 21676277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 28719401 - 28719320
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  28719401 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 28719320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 185
Target Start/End: Original strand, 8564809 - 8564855
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8564809 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 8564855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 206
Target Start/End: Original strand, 16369612 - 16369691
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||| ||||    
T  16369612 tgttggtgaacgcatatatattaattgatggttatattgttggtgaaggcatatatgttaattgatggtgatattgttgg 16369691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 45148526 - 45148459
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  45148526 catatatgttaattgatgaggatattgctggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 45148459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 9641850 - 9641790
Alignment:
Q  126 ttgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  9641850 ttgttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagtgcatatatgt 9641790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 87
Target Start/End: Original strand, 15979209 - 15979273
Alignment:
Q  23 tgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagtt 87  Q
    |||||||| | | ||| ||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15979209 tgtattttctactttacttggattgtgagaaattgtatgaagttgttgaactatatgatatagtt 15979273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 149
Target Start/End: Original strand, 16369697 - 16369745
Alignment:
Q  101 gcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttg 149  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  16369697 gcatatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgttg 16369745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 115
Target Start/End: Original strand, 15979303 - 15979336
Alignment:
Q  82 atagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15979303 atagttgatgttgagtaatgcatatatgttaatt 15979336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 199
Target Start/End: Original strand, 14342867 - 14343046
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342867 gtgttgtattttctccattaattgaattgtgagaaatggtatggagttgttgaacaatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 14342966  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |||||||||    
T  14342967 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaacgcgtatacgttgatt-gttgtgata 14343046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Original strand, 20455197 - 20455363
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  20455197 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaactgaatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgat 20455296  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20455297 tgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 20455363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21108577 - 21108409
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattg 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  21108577 aggtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattacatatatgttgattg 21108478  T
Q  117 atgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  21108477 attgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgagtgtgatattgtcggtgaatacatatatgtt 21108409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 11965016 - 11964850
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  11965016 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatgaagttgttgaactaaataatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgag 11964917  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  11964916 tgtgatattgtcggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatcgtcggtgaatgcatatatgtt 11964850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 44 - 119
Target Start/End: Original strand, 20833234 - 20833309
Alignment:
Q  44 attgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatg 119  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20833234 attgtgagaaataatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaagtgatg 20833309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 20455280 - 20455347
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  20455280 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttgg 20455347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 100
Target Start/End: Original strand, 33627605 - 33627686
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataat 100  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  33627605 gtgttgtattttctcctttacttgtattatgaaaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgaagttgattaat 33627686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 21108494 - 21108430
Alignment:
Q  137 tacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||    
T  21108494 tacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgagtgtgatatt 21108430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 23414201 - 23414099
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattg 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||| | ||||| |||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||    
T  23414201 aggtgttgtattttctcctttacttggaatgtgagaaagtgtatggagttgttgagctatattatatagttgatgttgattaatgtatatatatcaattg 23414102  T
Q  117 atg 119  Q
    |||    
T  23414101 atg 23414099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 97
Target Start/End: Original strand, 24226686 - 24226764
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaat 97  Q
    ||||| || ||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24226686 gtgttttactttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatgtagttgatgttgaat 24226764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 129 - 190
Target Start/End: Original strand, 11764773 - 11764833
Alignment:
Q  129 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattg 190  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11764773 ttggtgaatacatatatattgat-gattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattg 11764833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 11964933 - 11964872
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatat 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  11964933 catatatgttgattgagtgtgatattgtcggtgaatacatatatgttaattgattgtgatat 11964872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 157
Target Start/End: Original strand, 11764802 - 11764837
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattg 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11764802 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattg 11764837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 14342950 - 14343017
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  14342950 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 14343017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Original strand, 20455317 - 20455397
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||| | ||||||||    
T  20455317 catatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-gtgttggtgatttcatatatg 20455397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 164
Target Start/End: Original strand, 14343051 - 14343085
Alignment:
Q  130 tggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 164  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14343051 tggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 14343085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11964896 - 11964816
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   ||||| || ||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||| ||||||||||    
T  11964896 catatatgttaattgattgtgatatcgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-gtgttggtgattgcatatatg 11964816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 37)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 25757055 - 25756873
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25757055 gtgttgtattttctcctttacttgacttgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgat 25756956  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  25756955 ggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 25756873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 25295035 - 25294873
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25295035 gtgttgtattttctcctttacttgacttgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgat 25294936  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 181  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  25294935 ggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttggtgaattcatata 25294873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 11543559 - 11543414
Alignment:
Q  40 ttgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatac 139  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||    |||||||||||||||||    
T  11543559 ttgaattgtgagaaatagtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttggttgattgttatattgttggtgaatac 11543460  T
Q  140 atatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11543459 atatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 11543414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22312714 - 22312569
Alignment:
Q  40 ttgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatac 139  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||    
T  22312714 ttgaattgtgagaaatagtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttggttgattgtgatattgttggtgaatac 22312615  T
Q  140 atatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  22312614 atatatgtcaattgattgtaatattgtcggtgaatgcatatatgtt 22312569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Original strand, 45560318 - 45560484
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  45560318 gtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaagttgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgtttgat 45560417  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  45560418 tgtgatattgtttgtgaatacatatattttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatttgtt 45560484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 25609111 - 25608941
Alignment:
Q  20 tgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatg 119  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||       
T  25609111 tgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaactatatgatatagttgatgtggattaatacatatatgttgattg--- 25609015  T
Q  120 aggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
            |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  25609014 --------gttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatgtgttgattggttgtgatatt 25608941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 184
Target Start/End: Original strand, 3845250 - 3845409
Alignment:
Q  23 tgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgagg 122  Q
    |||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||| |||||  |    
T  3845250 tgtattttctcctttacttggattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgataatgattagtgcatatatgttaagtgatggtg 3845349  T
Q  123 atattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    ||||||  ||||||| |||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  3845350 atattg--ggtgaatgcatatatgtcaattgatgttgatattgttggtgaatgcatatatgt 3845409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 201
Target Start/End: Original strand, 20177082 - 20177267
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaa-ttgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 115  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||| ||||  ||||  ||||||||| ||||||||  ||| |||||||   ||| |||||||||| |||    
T  20177082 aggtgttgtattttctcctttacttgaaattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgatt 20177181  T
Q  116 gatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
     ||    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  20177182 aattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatatt 20177267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 201
Target Start/End: Original strand, 20221809 - 20221994
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaa-ttgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 115  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||| ||||  ||||  ||||||||| ||||||||  ||| |||||||   ||| |||||||||| |||    
T  20221809 aggtgttgtattttctcctttacttgaaattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgatt 20221908  T
Q  116 gatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
     ||    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  20221909 aattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatatt 20221994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 122 - 201
Target Start/End: Original strand, 19332802 - 19332881
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  19332802 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgagatattgttggtaaatacatatatgttgattggttgtgatatt 19332881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 102 - 201
Target Start/End: Original strand, 19332819 - 19332918
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  19332819 catatatgttgattgattgagatattgttggtaaatacatatatgttgattggttgtgatattgtgggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 19332918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 122 - 185
Target Start/End: Original strand, 19332876 - 19332939
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19332876 gatattgtgggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 19332939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Original strand, 20177205 - 20177288
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  20177205 catatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 20177288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Original strand, 20221932 - 20222015
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  20221932 catatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 20222015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 122 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 24238508 - 24238445
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24238508 gatattgttggtgaatacatataagttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 24238445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 122 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 25608983 - 25608920
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25608983 gatattgttggtgaatacatatgtgttgattggttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 25608920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 102 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 16000986 - 16000904
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  16000986 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgagtgattgagatgttgttggtgattgcatatatgt 16000904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 132 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16000993 - 16000940
Alignment:
Q  132 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16000993 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtt 16000940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 206
Target Start/End: Original strand, 20177156 - 20177235
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  20177156 tgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 20177235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 206
Target Start/End: Original strand, 20221883 - 20221962
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  20221883 tgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 20221962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 102 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 25756935 - 25756856
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 181  Q
    |||||||||| ||||||   |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  25756935 catatatgttgattgattgtgatatttttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgccggtgaatgcatata 25756856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25294952 - 25294885
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  25294952 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttgg 25294885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25756972 - 25756905
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  25756972 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttgg 25756905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 11543497 - 11543435
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  11543497 catatatgttggttgattgttatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 11543435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 24238524 - 24238466
Alignment:
Q  143 tatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||    
T  24238524 tatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatataagttaattgattgtgatatt 24238466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 206
Target Start/End: Original strand, 19332787 - 19332849
Alignment:
Q  144 atgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  19332787 atgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgagatattgttgg 19332849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 22312652 - 22312590
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||| |||||    
T  22312652 catatatgttggttgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtcaattgattgtaatatt 22312590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Original strand, 45560401 - 45560463
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||| ||||||||||    
T  45560401 catatatgttgtttgattgtgatattgtttgtgaatacatatattttaattgattgtgatatt 45560463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 7469238 - 7469137
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttt-tccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| ||| ||| ||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||| |||    
T  7469238 atcataaggtgttgtattttcctcctttacttgtattatgagaagttgtatggagttgttgaactatatgatatagttgaagctgattaatgaatacatg 7469139  T
Q  110 tt 111  Q
    ||    
T  7469138 tt 7469137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11543460 - 11543379
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| | ||||||||    
T  11543460 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattacatatatg 11543379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 95
Target Start/End: Original strand, 19332756 - 19332793
Alignment:
Q  58 tatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttga 95  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19332756 tatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttga 19332793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #32
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22312615 - 22312532
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||| |||||||    ||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  22312615 catatatgtcaattgattgtaatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatgtt 22312532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #33
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 108
Target Start/End: Original strand, 22498526 - 22498577
Alignment:
Q  57 gtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatat 108  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22498526 gtatggagtggttgaactatattatatagttgatgttgattaatgtatatat 22498577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 17265806 - 17265756
Alignment:
Q  135 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17265806 aatatatatatgttaattgagtgtgatattttcggtgaatgcatatatgtt 17265756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 117
Target Start/End: Original strand, 18042772 - 18042830
Alignment:
Q  60 tggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaa-taatgcatatatgttaattga 117  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||    
T  18042772 tggagtggttgaactatattatatagttgatgttgaattaatgtatatatatcaattga 18042830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 165 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25609014 - 25608973
Alignment:
Q  165 gttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  25609014 gttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 25608973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 11543427 - 11543379
Alignment:
Q  98 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatg 146  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||| ||||||||||    
T  11543427 aatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattacatatatg 11543379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317 (Bit Score: 129; Significance: 6e-67; HSPs: 3)
Name: scaffold0317
Description:

Target: scaffold0317; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 199
Target Start/End: Original strand, 14951 - 15131
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  14951 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgtcgattaatgcatatatgttaattgat 15050  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 199  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  15051 ggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgata 15131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 15034 - 15101
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  15034 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 15101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Original strand, 15071 - 15154
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||  ||||||||    
T  15071 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgataatttcggtgaatgtgtatatgtt 15154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 3)
Name: scaffold1204
Description:

Target: scaffold1204; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 201
Target Start/End: Original strand, 1323 - 1505
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1323 gtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattgcatatatgttaattgat 1422  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  1423 gagaatattgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 1505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 185
Target Start/End: Original strand, 1463 - 1526
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  1463 gatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattatcggtgaatgcgtatatgtt 1526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 1406 - 1473
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| ||||||    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1406 catatatgttaattgatgagaatattgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 1473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 115; Significance: 1e-58; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 27 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 11401633 - 11401475
Alignment:
Q  27 ttttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatat 126  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||    
T  11401633 ttttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatgaagttgttgaactatatgataaagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgatggtgatat 11401534  T
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11401533 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 11401475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 201
Target Start/End: Original strand, 17759543 - 17759729
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatg----ttgaataatgcatatatgttaat 114  Q
    |||||||||||| ||  ||||||| ||||||| |||   |||||||||||| || ||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||||||    
T  17759543 gtgttgtattttctcttttaattggattgtgagaaagtatatggagttgttaaattatatgatatagttgatgcatgttgaatattgcatatatgttaat 17759642  T
Q  115 tgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  17759643 tgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatatt 17759729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 201
Target Start/End: Original strand, 19060863 - 19061049
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatg----ttgaataatgcatatatgttaat 114  Q
    |||||||||||| ||  ||||||| ||||||| |||   |||||||||||| || ||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||||||    
T  19060863 gtgttgtattttctcttttaattggattgtgagaaagtatatggagttgttaaattatatgatatagttgatgcatgttgaatattgcatatatgttaat 19060962  T
Q  115 tgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  19060963 tgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatatt 19061049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 11 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8603695 - 8603542
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgt 110  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8603695 atcataaggtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatgtgt 8603596  T
Q  111 taattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 164  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  8603595 taattgataaggatattgttggtgaatacatatatatcaattgattgtgatatt 8603542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 182
Target Start/End: Original strand, 5229214 - 5229376
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  5229214 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaatcgtatggagttgttgaacaatatgatatagttgatgtcgattaatgcatatatgttgattgat 5229313  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatat 182  Q
       |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||| |||||||||    
T  5229314 tgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-gtgttggtgattgcatatat 5229376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 185
Target Start/End: Original strand, 38376904 - 38377078
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgt 110  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||| ||| ||| ||| ||| ||||  ||||  |||||||||  |||||||| ||| |||||||   |||   |||||||    
T  38376904 atcataaggtgttatattttctcctttacttggattttgagaaataatatgatgttgttgaatcatatgataaagtcgatgttggtgaatatgtatatgt 38377003  T
Q  111 taattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    | |||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  38377004 tgattgattatgatattgttggtgaatacatgtatgttaattgattgtgatattgtcagtgaatgcatatatgtt 38377078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 111
Target Start/End: Original strand, 25105174 - 25105267
Alignment:
Q  18 ggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgtt 111  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||    
T  25105174 ggtgttgtattttctcctttacttgaattgtgggaaattgtatggagttgttgaactaaatgatatagttgaagttgattaatgaatacatgtt 25105267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 122 - 182
Target Start/End: Original strand, 17759687 - 17759747
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatat 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  17759687 gatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatattgtcggagaatgcatatat 17759747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 122 - 182
Target Start/End: Original strand, 19061007 - 19061067
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatat 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19061007 gatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatattgtcggagaatgcatatat 19061067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 201
Target Start/End: Original strand, 38376983 - 38377057
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  38376983 tgttggtgaatatgtatatgttgattgattatgatattgttggtgaatacatgtatgttaattgattgtgatatt 38377057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 129 - 190
Target Start/End: Original strand, 11516772 - 11516833
Alignment:
Q  129 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattg 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11516772 ttggtgaatacatatatgttgattgattgagatgttgttggtgaatacatatatgttaattg 11516833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 17392337 - 17392274
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattg 190  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17392337 tgttagtgaatacatatatgttgatttattgtgatgttgttggtgaatacatatatgttaattg 17392274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 185
Target Start/End: Original strand, 5229297 - 5229343
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5229297 catatatgttgattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 5229343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 11401558 - 11401496
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  11401558 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 11401496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 182
Target Start/End: Original strand, 11516746 - 11516864
Alignment:
Q  66 tgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattg-attgtg-atat 163  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||| |||   ||| |||||||||| ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |    
T  11516746 tgttgaactatgtgaaaaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgattgagatgttgttggtgaatacatatatgttaattgaattgtgaatgt 11516845  T
Q  164 tgttggtgaatgcatatat 182  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  11516846 tgttggtgattgcatatat 11516864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 185
Target Start/End: Original strand, 14181293 - 14181342
Alignment:
Q  136 atacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14181293 atacatatatgttaattgattgtgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 14181342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 111
Target Start/End: Original strand, 43428742 - 43428843
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttt-tccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatg 109  Q
    ||||| |||| |||||||||  || |||| ||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||    
T  43428742 atcataaggtattgtattttcctctattacttgtattatgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagtggaagttgattaatgaatacatg 43428841  T
Q  110 tt 111  Q
    ||    
T  43428842 tt 43428843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 17759630 - 17759697
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| ||||||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  17759630 catatatgttaattgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 17759697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 19060950 - 19061017
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| ||||||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  19060950 catatatgttaattgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 19061017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 185
Target Start/End: Original strand, 40040403 - 40040456
Alignment:
Q  132 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  40040403 gtgaataaatatatgctaattgattgtgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 40040456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 17392301 - 17392241
Alignment:
Q  126 ttgttggtgaatacatatatgttgattg-attgtg-atattgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  17392301 ttgttggtgaatacatatatgttaattgaattgtgaatgttgttggtgattgcatatatgt 17392241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 185
Target Start/End: Original strand, 37917651 - 37917707
Alignment:
Q  129 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37917651 ttggtgaataaatatatgctaattgattctgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 37917707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 11 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 18969080 - 18968979
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttt-tccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| ||| ||| ||| ||| || | | |||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  18969080 atcataaggtgttgtattttcctcctttacttgtattatgagaagttgaatggagctgttgaactatatgatatagttgaagtggattaatgaatacatg 18968981  T
Q  110 tt 111  Q
    ||    
T  18968980 tt 18968979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 106 - 183
Target Start/End: Original strand, 38377036 - 38377113
Alignment:
Q  106 tatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||   ||||||||  |||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  38377036 tatgttaattgattgtgatattgtcagtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttgatgattgcatatatg 38377113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 136 - 184
Target Start/End: Original strand, 31413599 - 31413647
Alignment:
Q  136 atacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  31413599 atacatatatattgattaattatgatgttgttggtgagtgcatatatgt 31413647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 8e-57; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 62 - 201
Target Start/End: Original strand, 11374005 - 11374144
Alignment:
Q  62 gagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11374005 gagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 11374104  T
Q  162 attgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  11374105 attgttggtgaatatgtatatgttaattgatggtgatatt 11374144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 58 - 185
Target Start/End: Original strand, 29161586 - 29161713
Alignment:
Q  58 tatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattg 157  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29161586 tatggagttgtcgaactatatgatatagttgatgttgaatattgcatatatgttaattgatgatgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattg 29161685  T
Q  158 tgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29161686 tgatattgttggtgaatacatatatgtt 29161713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 44 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16135324 - 16135183
Alignment:
Q  44 attgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatat 143  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||    
T  16135324 attgtgagaaattgtatggagttattgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgactgtgatattgttggtgaatacatat 16135225  T
Q  144 atgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16135224 atgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 16135183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 23220759 - 23220601
Alignment:
Q  26 attttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggata 125  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||    
T  23220759 attttctcctttacttgaattgtgagaaattatatg-agttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgata 23220661  T
Q  126 ttgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23220660 ttgttggtgaatacatatatgttaattgattatgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 23220601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 75 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 25650108 - 25650019
Alignment:
Q  75 atatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25650108 atatgatgtagttgatgttgaatagtgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgcgatatt 25650019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 145
Target Start/End: Original strand, 17084458 - 17084584
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||  ||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  17084458 gtgttgtattttctcatttacttgtattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagtttatgttgattaatgcatatatgttgattgat 17084557  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatat 145  Q
       |||| | |||||||||| ||||||    
T  17084558 tgtgatactattggtgaatatatatat 17084584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 97 - 185
Target Start/End: Original strand, 22594749 - 22594837
Alignment:
Q  97 taatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||| |||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  22594749 taatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattggtgaatacatatatgtt 22594837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 102 - 199
Target Start/End: Original strand, 29161667 - 29161764
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 199  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  29161667 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgatggattgagatattgtcggtgaatatatatatgttgattggttgtgata 29161764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 135 - 206
Target Start/End: Original strand, 22594750 - 22594821
Alignment:
Q  135 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  22594750 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattgg 22594821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 123 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21930859 - 21930797
Alignment:
Q  123 atattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21930859 atattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 21930797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 122 - 185
Target Start/End: Original strand, 29161761 - 29161824
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  29161761 gatactgttggtgaatacatatatgttgattgattgggatattgtcggtgaatgcatatatgtt 29161824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Original strand, 11374082 - 11374165
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11374082 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatatgtatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 11374165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 201
Target Start/End: Original strand, 29161724 - 29161803
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||    
T  29161724 gatattgtcggtgaatatatatatgttgattggttgtgatactgttggtgaatacatatatgttgattgattgggatatt 29161803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 16135266 - 16135204
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  16135266 catatatgttgattgactgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 16135204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 23220684 - 23220622
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||    
T  23220684 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattatgatatt 23220622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 181
Target Start/End: Original strand, 4172874 - 4172931
Alignment:
Q  124 tattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 181  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4172874 tattgttggtgaatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4172931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 181
Target Start/End: Original strand, 4228483 - 4228540
Alignment:
Q  124 tattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 181  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4228483 tattgttggtgaatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4228540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 23220647 - 23220566
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  23220647 catatatgttaattgattatgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttgatgattgcatatatg 23220566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 29161630 - 29161697
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  29161630 catatatgttaattgatgatgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 29161697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 21930843 - 21930762
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| | ||| |||||||||| ||||||||||    
T  21930843 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaactgatggcgattttgttggtgattgcatatatg 21930762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 11374045 - 11374112
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  11374045 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 11374112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 150 - 185
Target Start/End: Original strand, 18104732 - 18104767
Alignment:
Q  150 attgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18104732 attgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 18104767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 144
Target Start/End: Original strand, 4172885 - 4172931
Alignment:
Q  98 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatata 144  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  4172885 aatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4172931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 144
Target Start/End: Original strand, 4228494 - 4228540
Alignment:
Q  98 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatata 144  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  4228494 aatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4228540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 25650081 - 25650019
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||    
T  25650081 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgcgatatt 25650019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 160 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 21930859 - 21930818
Alignment:
Q  160 atattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  21930859 atattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 21930818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 126 - 184
Target Start/End: Original strand, 22594642 - 22594702
Alignment:
Q  126 ttgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||||||| |||||||||||    
T  22594642 ttgttggtgaatatatatatgttgaatgattatggtgaattgttggtgagtgcatatatgt 22594702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 100 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 26505737 - 26505689
Alignment:
Q  100 tgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgtt 148  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  26505737 tgcatatatgttaattaatggtgatattgttggtgaatccacatatgtt 26505689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 3)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 9877 - 9695
Alignment:
Q  20 tgttgtattttttccattaattgaattgtga-aaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    ||||||||||| ||  ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  9877 tgttgtattttctcttttacttgaattgtgagaaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgataattgat 9778  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||| |||||    
T  9777 ggtgatattgttggtgaatatagatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttaattgattgtcatatt 9695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 105 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 9754 - 9674
Alignment:
Q  105 atatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  9754 atatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttaattgattgtcatattgtcggtgagtgcatatatgtt 9674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9794 - 9727
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  9794 catatatgataattgatggtgatattgttggtgaatatagatatgttgattgattgtgatattgttgg 9727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 22331784 - 22331603
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    ||||||||| || ||| ||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  22331784 gtgttgtatcttctcctttacttgtattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagtttatgttgattaatgcatatatattaattgat 22331685  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  22331684 ggtgatattgttggt-aatacatatatgttgattgattgtaatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 22331603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 18534893 - 18534727
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  18534893 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgat 18534794  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18534793 tgtgatattcttgatgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 18534727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 185
Target Start/End: Original strand, 24561963 - 24562137
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgt 110  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| |||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  24561963 atcataaggtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttgattaatgcatatatgt 24562062  T
Q  111 taattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    | ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24562063 tgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattttgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 24562137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 24 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 6093894 - 6093725
Alignment:
Q  24 gtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgagga 123  Q
    ||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6093894 gtattttctcctttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttattgttgaatattgcatatatgttaattgatgagga 6093795  T
Q  124 tattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||||||||||        ||||||   |||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||    
T  6093794 tattgttggtgaatacat--------attgatgaggatattgttggtgaatacatatatgctgattgattgtgatatt 6093725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 113 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 6093776 - 6093706
Alignment:
Q  113 attgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  6093776 attgatgaggatattgttggtgaatacatatatgctgattgattgtgatattgtcgacgaatgcatatatg 6093706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 20272425 - 20272259
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| |||||  ||| ||||| ||||||||| ||| |||||||   ||| |||||||||||||||||    
T  20272425 gtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaattgtatgatgttattgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatacatatatgttaattgat 20272326  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       |||||||| ||||||| |||||||| | | || | ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  20272325 tgtgatattgtcggtgaatgcatatatgctaagtgttggtgattttgttggtgattgcatatatgtt 20272259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 43641782 - 43641704
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaat 97  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43641782 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatgtagttgatgttgaat 43641704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22331670 - 22331582
Alignment:
Q  97 taatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||| |||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  22331670 taatacatatatgttgattgattgtaatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatgtgtt 22331582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 129 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 29113200 - 29113144
Alignment:
Q  129 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29113200 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 29113144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 24840865 - 24840690
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| | | ||||||||||| ||||  ||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||||||   |||| ||||    | ||||||    
T  24840865 gtgttgtattttctcc-tcacttgaattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatgtatat----tgattgat 24840771  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 199  Q
       ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||    
T  24840770 tgtgatatggtttgtgaatgcatatatgttgattgattgagatattgttggtgaaaacatatatgttaattgattgtgata 24840690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 80 - 143
Target Start/End: Original strand, 45618691 - 45618754
Alignment:
Q  80 atatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatat 143  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  45618691 atatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatgcatat 45618754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Original strand, 24562054 - 24562116
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||    
T  24562054 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattttgatatt 24562116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 97
Target Start/End: Original strand, 19434681 - 19434756
Alignment:
Q  22 ttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaat 97  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19434681 ttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtaaggagtttttgaactatatgatgtagttgatgttgaat 19434756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 18534810 - 18534748
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  18534810 catatatgttgattgattgtgatattcttgatgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 18534748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Original strand, 24562091 - 24562172
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  24562091 catatatgttaattgattttgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 24562172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24840779 - 24840720
Alignment:
Q  147 ttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  24840779 ttgattgattgtgatatggtttgtgaatgcatatatgttgattgattgagatattgttgg 24840720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 45618466 - 45618405
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatga 80  Q
    |||||||||||| ||  ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  45618466 gtgttgtattttctcttttacttgaattgtgagaaattgtatgaagttgttgaactatatga 45618405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 180
Target Start/End: Original strand, 45618713 - 45618754
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatat 180  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45618713 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatgcatat 45618754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 29113224 - 29113144
Alignment:
Q  68 ttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgtt 148  Q
    ||||| ||||||||  ||||||| |||   ||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29113224 ttgaattatatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 29113144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 114
Target Start/End: Original strand, 45619298 - 45619330
Alignment:
Q  82 atagttgatgttgaataatgcatatatgttaat 114  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45619298 atagttgatgttgagtaatgcatatatgttaat 45619330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 108; Significance: 2e-54; HSPs: 7)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 182
Target Start/End: Original strand, 5744 - 5907
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5744 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgacgttgattaatgcatatatgttgattgat 5843  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatat 182  Q
       ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5844 tgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatat 5907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 166
Target Start/End: Original strand, 1364 - 1511
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1364 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgacgttgattaatgcatatatgttgattgat 1463  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgt 166  Q
       ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  1464 tgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgt 1511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Original strand, 1447 - 1509
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||    
T  1447 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatatt 1509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Original strand, 5827 - 5889
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||    
T  5827 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatatt 5889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Original strand, 35993 - 36063
Alignment:
Q  103 atatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaat 174  Q
    ||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35993 atatatgttgattgattgagatattgttagtgaatacatatatgttga-tgattgtgatattgttggtgaat 36063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 206
Target Start/End: Original strand, 35982 - 36058
Alignment:
Q  129 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| | || |||||||||| ||||    
T  35982 ttggtgaaaatatatatgttgattgattgagatattgttagtgaatacatatatgttga-tgattgtgatattgttgg 36058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 181
Target Start/End: Original strand, 36048 - 36102
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 181  Q
    |||||||||||||||||     ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36048 gatattgttggtgaata-----atgttcattgattgtgatattgttggtgaatacatata 36102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Original strand, 5371799 - 5371964
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||   |||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5371799 gtgttgtattttctcctttgcctgaattgtgagaaactgtatggagttgttga-ctatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgat 5371897  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5371898 tgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 5371964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 199
Target Start/End: Original strand, 12134852 - 12135029
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||  ||| ||| ||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12134852 gtgttgtattttctcttttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatctatgttaattgat 12134951  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 199  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||   || |||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  12134952 gaagatattattggtgaatacatatatgttgattggttatgata---tttgtgaatacatatatgttaattgattgtgata 12135029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 19558398 - 19558232
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||    
T  19558398 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatcgagttgttgaaccatatgatatagttgatgttgattaatacatatctgttgattgat 19558299  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| | |||||||| |||||||    
T  19558298 tgtgatattgttggtgaatacatatatgttaatggattgttatattgtcgatgaatgcagatatgtt 19558232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Original strand, 17376660 - 17376823
Alignment:
Q  19 gtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgat 118  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  ||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  17376660 gtgttgtattttctcctttacttgaattgtgagaaattatatggggttgttaaattatatgatttagttgatgttggttaatgcatatatgttgattgat 17376759  T
Q  119 gaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
       |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17376760 tgtgatattgttggtgaatacatata---tgattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 17376823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 185
Target Start/End: Original strand, 54364664 - 54364838
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgt 110  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| |||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||||||   ||| |||||||||    
T  54364664 atcataaggtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatacatatatgt 54364763  T
Q  111 taattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    | ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54364764 tgatttattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 54364838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14570297 - 14570156
Alignment:
Q  44 attgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatat 143  Q
    ||||||| |||| |||||  ||||||||| | ||||||  ||||||| |||   ||| |||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||    
T  14570297 attgtgagaaatagtatgatgttgttgaattttatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatat 14570198  T
Q  144 atgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14570197 atgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 14570156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 127 - 201
Target Start/End: Original strand, 54364743 - 54364817
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  54364743 tgttggtgaatacatatatgttgatttattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 54364817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 129 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 14570249 - 14570177
Alignment:
Q  129 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  14570249 ttggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 14570177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 206
Target Start/End: Original strand, 5371881 - 5371948
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  5371881 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttgg 5371948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 132 - 185
Target Start/End: Original strand, 12134999 - 12135052
Alignment:
Q  132 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  12134999 gtgaatacatatatgttaattgattgtgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 12135052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 12733136 - 12733052
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttga 95  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  12733136 atcataaggtgttgtattttctcctttacttgtattgtgagaaatggtgcgaagttgttgaactataggatatagttgaagttga 12733052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 49070805 - 49070703
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattg 116  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||| ||||||| |||   |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| | |||||    
T  49070805 aggtgttgtattctctcctttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgagctatattatatagttgatgttgattaatgtatgtatatcaattg 49070706  T
Q  117 atg 119  Q
    |||    
T  49070705 atg 49070703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 146
Target Start/End: Original strand, 19082289 - 19082410
Alignment:
Q  25 tattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggat 124  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||| | |||| | ||| |||| ||||| |||||||| |||| |||||||   |||| |||||| ||||||||||  |||    
T  19082289 tattttctcctttacttgaattgtaagaaattgcatgaagttattgaattatatgatgtagtcgatgttggtgaatgtatatatattaattgatggtgat 19082388  T
Q  125 attgttggtgaatacatatatg 146  Q
    |||||||||||||  |||||||    
T  19082389 attgttggtgaatgtatatatg 19082410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 38763766 - 38763665
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttt-tccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| ||| ||| ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  38763766 atcattaggtgttgtattttcctcctttacttgtattatgaaaagttgtatgaagttgttgaactatatgatatagttgaagtggattaatgaatacatg 38763667  T
Q  110 tt 111  Q
    ||    
T  38763666 tt 38763665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Original strand, 5371918 - 5371998
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||| | ||||||||    
T  5371918 catatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-gtgttggtgatttcatatatg 5371998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 184
Target Start/End: Original strand, 13595395 - 13595455
Alignment:
Q  126 ttgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  13595395 ttgttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagtgcatatatgt 13595455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 14570202 - 14570122
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  14570202 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-ttgtcggtgagtgcatatatg 14570122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 183
Target Start/End: Original strand, 19082354 - 19082410
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||  |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19082354 tgttggtgaatgtatatatattaattgatggtgatattgttggtgaatgtatatatg 19082410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 33396369 - 33396200
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattg-aattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 115  Q
    |||||||||||||| ||  ||| ||| |||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  33396369 aggtgttgtattttctcatttacttggaattgtgagaaataatatgatgttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatgttgcatatatgttaatt 33396270  T
Q  116 gatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33396269 gattaggatattgtcggtgaatacatatatgttgaatgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 33396200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 60 - 185
Target Start/End: Original strand, 77184 - 77309
Alignment:
Q  60 tggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtg 159  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  77184 tggagttgttaaactatatgatatagttgatggtgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacacatatgttaattgattgtg 77283  T
Q  160 atattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||    
T  77284 atattgtgggtgaatgcatatatgtt 77309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 20822049 - 20821876
Alignment:
Q  24 gtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgagga 123  Q
    ||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| || ||  ||||||||| ||||||||| ||||||||| |     || ||||||||| ||||||   ||    
T  20822049 gtattttctcctttatttggattgtgagaaatagtgtgatgttgttgaattatatgataaagttgatgtagg----tgaatatatgttgattgattgtga 20821954  T
Q  124 tattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  20821953 tatggttggtgagtacatatatgttgattgattatgataatgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 20821876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 102 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 20821938 - 20821855
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20821938 catatatgttgattgattatgataatgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 20821855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 201
Target Start/End: Original strand, 77226 - 77288
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||    
T  77226 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacacatatgttaattgattgtgatatt 77288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 20821901 - 20821820
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  20821901 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 20821820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 21224229 - 21224122
Alignment:
Q  40 ttgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactata-tgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaata 138  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||  | || |||| |||||| |||||| || | |||||| | |||||||||  |||||||||||||| |     
T  21224229 ttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgagatgtaatgatgtagttgttgttgattattacatataagctaattgatggtgatattgttggtgagtg 21224130  T
Q  139 catatatg 146  Q
    ||||||||    
T  21224129 catatatg 21224122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 57 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 46144713 - 46144659
Alignment:
Q  57 gtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgtt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||    
T  46144713 gtatggagttgttgaactatatgatatagttgaagtggattaatgaatacatgtt 46144659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 111
Target Start/End: Original strand, 40437479 - 40437579
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgt 110  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||| ||| ||| ||||||| |||| ||  | ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  40437479 atcataaggtattgtatttcctcctttacttggattgtgagaaattgtgcgaagttgttgaactataggatataattgaagttgattaatgaatacatgt 40437578  T
Q  111 t 111  Q
    |    
T  40437579 t 40437579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 88
Target Start/End: Original strand, 49998530 - 49998602
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttt-tccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttg 88  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||| ||| ||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49998530 aggtgttgtattttcctcctttacttgtattatgagaagttgtatgtagttgttgaactatatgatatagttg 49998602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 82; Significance: 7e-39; HSPs: 3)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 200
Target Start/End: Original strand, 14075 - 14248
Alignment:
Q  27 ttttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatat 126  Q
    |||| ||| ||| ||| ||||||| |||| || ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||| ||||||   |||||    
T  14075 ttttctcctttatttggattgtgagaaatagtgtgatgttgttgaattatatgatatagttgatgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 14174  T
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatat 200  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  14175 ggttggtgaatacatatatgttgatcgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatat 14248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 127 - 206
Target Start/End: Original strand, 14138 - 14217
Alignment:
Q  127 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || | |||||||||| ||||    
T  14138 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatggttggtgaatacatatatgttgatcgattgtgatattgttgg 14217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 185
Target Start/End: Original strand, 14207 - 14270
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||| |||||||||||||    
T  14207 gatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatattcggtgcatgcatatatgtt 14270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0174 (Bit Score: 71; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0174
Description:

Target: scaffold0174; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 40 - 206
Target Start/End: Original strand, 21208 - 21374
Alignment:
Q  40 ttgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatac 139  Q
    ||||||||||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||| ||||||   ||||||||| || |||||    
T  21208 ttgaattgtgagaaatagtatgatgttgtggaattatatgataaagtcgatgttgatgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttagtaaatac 21307  T
Q  140 atatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  21308 atatatgttgattgattgtgatattgttgatgagtacatatatgttgattgattgcgatattgttgg 21374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0174; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 102 - 200
Target Start/End: Original strand, 21307 - 21405
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatat 200  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||| |||| ||||    
T  21307 catatatgttgattgattgtgatattgttgatgagtacatatatgttgattgattgcgatattgttggtgagtacatatatgttgattgattgtaatat 21405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 62; Significance: 6e-27; HSPs: 6)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 122 - 199
Target Start/End: Original strand, 255643 - 255720
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 199  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  255643 gatatttttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatcttaattggttgtgata 255720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 104 - 206
Target Start/End: Original strand, 255551 - 255653
Alignment:
Q  104 tatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattct 203  Q
    |||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||  ||||||||  |||| |||||||||| |    
T  255551 tatatgttgattgattttgatattgttggtgaatacatatatgtggattgattgtgatattgttagtaaataaatatatgtggattgattgtgatatttt 255650  T
Q  204 tgg 206  Q
    |||    
T  255651 tgg 255653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 122 - 206
Target Start/End: Original strand, 255606 - 255690
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattcttgg 206  Q
    ||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  255606 gatattgttagtaaataaatatatgtggattgattgtgatatttttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 255690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 184
Target Start/End: Original strand, 98348 - 98412
Alignment:
Q  122 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 184  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| | |||||||||    
T  98348 gatattgttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagttcatatatgt 98412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 162
Target Start/End: Original strand, 255660 - 255720
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 162  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  255660 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatcttaattggttgtgata 255720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 185
Target Start/End: Original strand, 98324 - 98374
Alignment:
Q  135 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  98324 aatacatatatattgattaattatgatattgttggtgaatatatatatgtt 98374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 62; Significance: 6e-27; HSPs: 3)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 185
Target Start/End: Original strand, 247079 - 247220
Alignment:
Q  44 attgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatat 143  Q
    ||||||| |||| |||||  ||||||||| | ||||||  ||||||| |||   ||| |||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||    
T  247079 attgtgagaaatagtatgatgttgttgaattttatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatat 247178  T
Q  144 atgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  247179 atgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 247220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 129 - 201
Target Start/End: Original strand, 247127 - 247199
Alignment:
Q  129 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  247127 ttggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 247199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 183
Target Start/End: Original strand, 247174 - 247254
Alignment:
Q  102 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 183  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  247174 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-ttgtcggtgagtgcatatatg 247254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 61; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 11 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 11656 - 11488
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttga-tgttgaataatgcatatatg 109  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||| ||| ||| ||||||| |||  ||||| |||||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  11656 atcataaggtgttttattttctcctttacttggattgtgagaaagtgtatgaagttgttgagttatattatatagttgaatgttgattaatgcatatatg 11557  T
Q  110 ttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcat 178  Q
    || | |||||  |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| |||||    
T  11556 ttgactgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcat 11488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 11564 - 11518
Alignment:
Q  139 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11564 catatatgttgactgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 11518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 110
Target Start/End: Original strand, 12214 - 12284
Alignment:
Q  40 ttgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgt 110  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12214 ttgaattgtgagaaattgtatggaattgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgt 12284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 185
Target Start/End: Original strand, 8429 - 8511
Alignment:
Q  103 atatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    ||||||||| ||||||   |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  8429 atatatgtttattgattgtgatattgttgatggatacatatatgttaattgattgtggcattgtcggtgaatgcatatatgtt 8511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 196
Target Start/End: Original strand, 8429 - 8485
Alignment:
Q  140 atatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtg 196  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||| |||||    
T  8429 atatatgtttattgattgtgatattgttgatggatacatatatgttaattgattgtg 8485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 4929 - 4839
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatg 101  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  4929 atcataaggtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaagtgtatgaagttgttgagctatattatatagttgatattgattaatg 4839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0047 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0047
Description:

Target: scaffold0047; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 75965 - 75912
Alignment:
Q  132 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 185  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  75965 gtgaatacatatgtgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 75912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0601 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0601
Description:

Target: scaffold0601; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 94
Target Start/End: Original strand, 2197 - 2280
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttg 94  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| ||||  ||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  2197 atcataaggtgttgtattttctcctttacttggattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttg 2280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0088
Description:

Target: scaffold0088; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 119
Target Start/End: Original strand, 44796 - 44900
Alignment:
Q  17 aggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatat--agttgatgttgaataatgcatatatgttaat 114  Q
    |||||||||||||| |||  || ||| | ||||| |||  |||| |||||||||| |||||| ||||  |||||||||||| ||||| |||||| | |||    
T  44796 aggtgttgtattttctcctctacttggaatgtgagaaagtgtatagagttgttgagctatattatatatagttgatgttgattaatgtatatatatcaat 44895  T
Q  115 tgatg 119  Q
    |||||    
T  44896 tgatg 44900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 87
Target Start/End: Original strand, 34645 - 34720
Alignment:
Q  11 atcatcaggtgttgtattttttccattaattgaattgtgaaaaatggtatggagttgttgaactatatgatatagtt 87  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| | ||||| |||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  34645 atcataaggtgttgtattttctcc-ttacttggaatgtgagaaagtgtatggagttgttgagctatattatatagtt 34720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University