View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2853-Insertion-3 (Length: 768)

Name: NF2853-Insertion-3
Description: NF2853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2853-Insertion-3
NF2853-Insertion-3
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (10-751)||(38576008-38576747)
chr7 (455-751)||(26494433-26494729)
chr7 (10-158)||(26494731-26494879)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (10-751)||(31987745-31988485)
chr3 (10-751)||(53709114-53709854)
chr3 (497-751)||(51408823-51409077)
chr3 (579-730)||(37382384-37382535)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-751)||(30792177-30792917)
chr8 (112-158)||(39531768-39531814)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (80-751)||(27363669-27364339)
chr4 (375-751)||(45194672-45195048)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (10-751)||(14530-15270)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (10-751)||(195821-196561)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (10-751)||(22469441-22470181)
chr2 (10-751)||(34525068-34525808)
chr2 (10-751)||(22463387-22464126)
chr2 (10-288)||(22475662-22475940)
chr2 (10-121)||(35650484-35650595)
chr2 (644-751)||(35650376-35650483)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-751)||(21974507-21975247)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-751)||(26541374-26542105)
chr5 (699-751)||(203290-203342)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (10-120)||(22256614-22256724)
chr6 (699-743)||(24073144-24073188)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 38576747 - 38576008
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38576747 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctatttaaaggata 38576648  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38576647 cgagggcaaggatatgatggagcttcagatataagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 38576548  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38576547 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctattgctagtagttgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 38576448  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38576447 gagtgcatcttgcaagagaagggatgctttgatggagacataacacaaagatattttgaaaaaa-cttgagagtggtgagatatctacaggaaggggctt 38576349  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38576348 gaaccaatcatctactcttgctagacccggggatactagatggggttcaaatcatactaagttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 38576249  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38576248 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgata-aaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 38576150  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38576149 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaagattgttagtgccatggaattaattaatgtcgtcaaagc 38576050  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38576049 tcagttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 38576008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 455 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 26494729 - 26494433
Alignment:
Q  455 ttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcg 554  Q
    |||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26494729 ttcacatcatactaccttgcttcgtctggatcagatgtggtcctccgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcg 26494630  T
Q  555 gcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgc 654  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26494629 gcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgc 26494530  T
Q  655 taagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagctcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
     ||||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26494529 aaagaaaagatcttaatattgtgctcgccatggaattaattaatgtagtcaaaactcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 26494433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 26494879 - 26494731
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26494879 atttcttgctctgcatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaaaaatgctctttatgatattattgatcgttacaagttatctatttcaaggata 26494780  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatg 158  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  26494779 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatg 26494731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Original strand, 31987745 - 31988485
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31987745 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttattgtattcttgatcgttacaagttatctattttaaggata 31987844  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31987845 cgagggcaaggatatgatggagcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 31987944  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31987945 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatctccttgattgtaacaacatc 31988044  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31988045 aagtgcatcttgcaagagaagggatgctttgatggagacacaacacaaagatattttgaaaaaa-cttgagagtggtgagatatctacaggaaggggctt 31988143  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31988144 gaaccaatcatctactcttgctagacccggggatactagatggggttcacatcatactacgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 31988243  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31988244 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggaaagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 31988343  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31988344 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaataaaagatcttaatattgttagtgccatggaattaattaatgtcgtcaaagc 31988443  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31988444 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 31988485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Original strand, 53709114 - 53709854
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  53709114 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttataaggcactaaagaatgctctttattgtattcttgaacgttacaagttatctatttaaaggata 53709213  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53709214 cgagggcaaggatatgatggagcttcaaatatgataggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 53709313  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  53709314 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtcagttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatctccatgattgtaacaacatc 53709413  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53709414 aagtgcatcttgcaagagaagggatgctttgatggagacacaacacaaagatattttgaaaaaa-cttgagagtggtgagatatctacaggaaggggctt 53709512  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  53709513 gaaccaatcatctactcttgctagagccgggaatactagatggggttcacatcatactacattgcttcgtttggatcagatgcggtcctccgtgttagtg 53709612  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53709613 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaagatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 53709712  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53709713 tgttaaagttgtttagtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaatatcttaatattgttagtgccatggaattaattaatgtcgtcaaagc 53709812  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  53709813 tcggttggccacattgagagataatggttgggacaatttatt 53709854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 497 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 51409077 - 51408823
Alignment:
Q  497 ctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttc 596  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51409077 ctccgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagttttaaatttgctttc 51408978  T
Q  597 attttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaatta 696  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  51408977 attttgaagttaatgttaaagctgtttggtatcacaatcgatctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggaattaatta 51408878  T
Q  697 acgtcgtcaaagctcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51408877 atgtcgtcagagctcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 51408823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 579 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 37382535 - 37382384
Alignment:
Q  579 agctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgtta 678  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||      
T  37382535 agctttagatttgttttcatttggaagttaatgttgaagttatttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcgtgcaaagaaaagatcttaatattgtgt 37382436  T
Q  679 ctgccatggaattaattaacgtcgtcaaagctcggttggccacattgagaga 730  Q
     |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  37382435 ttgccatggaattaattgatgtcgtcaaagctcgattgaccacattgagaga 37382384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 30792917 - 30792177
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  30792917 atttcttgctctacatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgattgttacaagttatctatttcgaggata 30792818  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30792817 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 30792718  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  30792717 gttatgctcatcgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatctccttgattgttacaacatc 30792618  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| ||||||||||||       |||| || |||||||||||| |||||||| |||||    
T  30792617 aagtgcatcttgcaagagaagagatgctttgacggaggcacaacataaagatattttg-agtagacttgtgactggtgagatatctacaggaagaggctt 30792519  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    | |||||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||    
T  30792518 gcaccaatcatctagtctcgctagacccggggatactagatggggttcccatcatactaccttgcttcgtttggatcatatgtggtcttctatgttagtg 30792419  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  30792418 gtgcttagtatggttgatcaagatggacgtgaaccatctcaagcgacgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagataa 30792319  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||| || |||||||     
T  30792318 tgttaaatttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttacaaagaaaatatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaagt 30792219  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30792218 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 30792177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 158
Target Start/End: Original strand, 39531768 - 39531814
Alignment:
Q  112 agggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatg 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  39531768 agggcaaggatatgatggagcttcaaacatgagaggtgaatttaatg 39531814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 474; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 751
Target Start/End: Original strand, 27363669 - 27364339
Alignment:
Q  80 gatcgttacaagttatctatttcaaggatacgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctag 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  27363669 gatcgttacaagttatctatttcaaggatacgagggcaaggatatgatggagcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcttag 27363768  T
Q  180 atgaaaatccttatgctttctatgtccattgttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatt 279  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  27363769 atgaaaacccttatgctttctatgtccattgttatgatcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagtttctcatctattaatgatttctt 27363868  T
Q  280 tgagtacatctccttgattataacaacatcaagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttga 379  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| ||||||||||||       |||||    
T  27363869 tgagtacatctccttgattgtaacaacatctagtacatcttgcaagagaagggatgctttgacggaggcacaacataaagatattttgcataga-cttga 27363967  T
Q  380 gagtggtgagatatccacaggaaggggcttgaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgt 479  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  27363968 gagtggtgagatatctacaggaaggggctcgcaccaatcatctactctcgctagacccggggatactaggtggggttcacatcatactaccttgcttcgt 27364067  T
Q  480 ttggatcagatgtggtcctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggaga 579  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27364068 ctggatcagatgtggtcctccgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggaga 27364167  T
Q  580 gctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttac 679  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||       
T  27364168 gctttaaattttctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacaagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgct 27364267  T
Q  680 tgccatggaattaattaacgtcgtcaaagctcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27364268 tgccatggaattaattaatgttgtcaaaactcggttggccacattgaaagatagtggttgggataatttatt 27364339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 375 - 751
Target Start/End: Original strand, 45194672 - 45195048
Alignment:
Q  375 cttgagagtggtgagatatccacaggaaggggcttgaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgc 474  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||    
T  45194672 cttgagagtggtgagatatctacaggaaggggtaagaaccagtcatctactctcgctagacctggggatactagatggggttcacatcatactaccttgc 45194771  T
Q  475 ttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaat 574  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45194772 ttcgtttggatcagatgtggtccttcgtgttagtggtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaat 45194871  T
Q  575 ggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatatt 674  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  45194872 tgagagctttaaatttgctttcattttgaagttaatgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatatt 45194971  T
Q  675 gttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagctcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    ||   |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  45194972 gtgcttgccatggaattaattaatgtcgtcaaagatcggttggccacattgagaaatagcgattgggataatttatt 45195048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Original strand, 14530 - 15270
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14530 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 14629  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14630 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 14729  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  14730 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 14829  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | ||||| |||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  14830 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttgagtaaa-ctatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 14928  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14929 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 15028  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15029 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 15128  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| || |||||| |    
T  15129 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaatc 15228  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15229 tcggtttgccacattgagagataatggttgggataatttatt 15270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Original strand, 195821 - 196561
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  195821 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 195920  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  195921 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 196020  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  196021 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 196120  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | ||||| |||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  196121 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttgagtaaa-ctatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 196219  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  196220 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 196319  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  196320 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 196419  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| || |||||| |    
T  196420 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaatc 196519  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  196520 tcggtttgccacattgagagataatggttgggataatttatt 196561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Original strand, 22469441 - 22470181
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22469441 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttgtgatattcttgaccgttacacgttatctatttcaaggata 22469540  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22469541 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 22469640  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  22469641 gctatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttgattgtaacaacatc 22469740  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  22469741 aagtacatcttgtaagagaagggattctttgacggaggcacaacacgaagatattttgagtaaa-ctatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttc 22469839  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22469840 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatactaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 22469939  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22469940 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 22470039  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| || |||||| |    
T  22470040 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaatc 22470139  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22470140 tcggtttgccacattgagagataatggttgggataatttatt 22470181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Original strand, 34525068 - 34525808
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34525068 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 34525167  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34525168 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 34525267  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  34525268 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 34525367  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | ||||| |||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34525368 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttgagtaaa-ctatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 34525466  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34525467 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 34525566  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34525567 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 34525666  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| || |||||| |    
T  34525667 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaatc 34525766  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34525767 tcggtttgccacattgagagataatggttgggataatttatt 34525808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Original strand, 22463387 - 22464126
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22463387 attttttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 22463486  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22463487 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgggaggtgaatttaatggtttacaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 22463586  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  22463587 gttatgctcaccgcttgaaattggtgattgtgtctgttgctagtagttgttcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 22463686  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||        ||   ||||||||||||||| ||| ||||||| |     
T  22463687 aagtgcatcttgtaagagaagggatgctttgacggaggcacaacacgaagatatttt-tagtaaactatcgagtggtgagatatctacaagaaggggttc 22463785  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22463786 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggagttcacatcatactaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 22463885  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22463886 gtgctt-gtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagctggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 22463984  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  22463985 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaagc 22464084  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22464085 tcggtttgccacattgagagataatggttgggataatttatt 22464126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 10 - 288
Target Start/End: Original strand, 22475662 - 22475940
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22475662 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttctgaggcactaaagaatgctctttgtgatattcttgaccgttacacgttatctatttcaaggata 22475761  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22475762 cgagggcaaggatatgatggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 22475861  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacat 288  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22475862 gctatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacat 22475940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 35650595 - 35650484
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35650595 atttcttgctctacatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgctctttatggtagtcttgatcgttacaagttatctatttcaaggata 35650496  T
Q  110 cgagggcaagga 121  Q
    ||||| ||||||    
T  35650495 cgaggacaagga 35650484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 644 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 35650483 - 35650376
Alignment:
Q  644 aaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagctcggttggccacattgagagatagtggttgggat 743  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||| |   |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35650483 aaaaatcttgcaaagaaatgatcttaatattttgcttgccttggaattaattaatgtcgtcaaagctcgattggccacattgaaagatagtggttgggat 35650384  T
Q  744 aatttatt 751  Q
    ||||||||    
T  35650383 aatttatt 35650376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 21975247 - 21974507
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21975247 attttttgcactatatcatgtcaaagatactacttttgaggcactaaagaatgctctttatgatattcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 21975148  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21975147 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatgctttctatgtccatt 21975048  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  21975047 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagttgctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 21974948  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | ||||| |||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  21974947 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttgagtaaa-ctatcgagtggtgagatatctacatgaaggggttt 21974849  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21974848 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 21974749  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21974748 gtgcttagtatggttgataaagatggacgttgaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 21974649  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| || |||||| |    
T  21974648 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaatc 21974549  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21974548 tcggtttgccacattgagagataatggttgggataatttatt 21974507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 26542105 - 26541374
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||         ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26542105 atttcttgcactatatcatgtcaaagatactacttccgaggcactaaagaatgct---------attcttgatcgttacacgttatctatttcaaggata 26542015  T
Q  110 cgagggcaaggatatgatgaagcttcagatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagattctagatgaaaatccttatgctttctatgtccatt 209  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  26542014 cgagggcaaggatatgacggggcttcaaatatgagaggtgaatttaatggtttgcaaagaaagatcctagatgaaaacccttatactttctatgtccatt 26541915  T
Q  210 gttatgctcactgcttgcaattggtgattgtgtctgttggtagtagctgctcatctattaatgatttatttgagtacatctccttgattataacaacatc 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  26541914 gttatgctcaccgcttgcaattggtgattgtgtccgttgctagtagtttctcatctattaatgatttctttgagtacatatccttaattgtaacaacatc 26541815  T
Q  310 aagtgcatcttgcaagagaagtgatgctttgatggagacataacacaaagatattttgnnnnnnncttgagagtggtgagatatccacaggaaggggctt 409  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||  | ||||| |||||||||||       ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  26541814 aagtgcatcttgtaagagaatggatgctttgacggaggtacaacacgaagatattttgagtaaa-ctatcgagtggtgagatatctacaggaaggggttt 26541716  T
Q  410 gaaccaatcatctactcttgctagacccagggataatagatggggttcatatcatactatgttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccttgttagtg 509  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26541715 gaaccaatcatgtagtctcgctagacccggggatactagatggggttcacatcatattaccttgcttcgtttggatcagatgtggtcctccgtgttagtg 26541616  T
Q  510 gtgcttagtatggttcatgaagatggacgtggaccatctcaagcggcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgctttcattttgaagttaa 609  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26541615 gtgcttagtatggttgataaagatggacgtggaccatctcaagcagcgggtttgatagaaaaaatggagagctttaaatttgttttcattttgaagttaa 26541516  T
Q  610 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgctaagaaaatatcttaatattgttactgccatggaattaattaacgtcgtcaaagc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| || |||||| |    
T  26541515 tgttaaagttgtttggtatcacaaacgagctttcaaaaatcttgcaaagaaaagatcttaatattgtgcttgccatggatttaattaatgttgtcaaatc 26541416  T
Q  710 tcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26541415 tcggtttgccacattgagagataatggttgggataatttatt 26541374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 699 - 751
Target Start/End: Original strand, 203290 - 203342
Alignment:
Q  699 gtcgtcaaagctcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 751  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  203290 gtcgtcaaagttcggttggccacattgagagatagtggttgggataatttatt 203342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 22256724 - 22256614
Alignment:
Q  10 atttattgctctacatcatgtcaaagatactacttctgagacactaaagaatgctctttattgtattctcgatcgttacaagttatctatttcaaggata 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  22256724 atttcttgctctacatcatgtcaaagatactactttcgaggcactaaagaatgctatttatgatattcttgatcgttacaagttatctattttgaggata 22256625  T
Q  110 cgagggcaagg 120  Q
    |||||||||||    
T  22256624 cgagggcaagg 22256614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 699 - 743
Target Start/End: Original strand, 24073144 - 24073188
Alignment:
Q  699 gtcgtcaaagctcggttggccacattgagagatagtggttgggat 743  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24073144 gtcgtcaaagttcggttgaccacattgagagatagtggttgggat 24073188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University