View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2853R-Insertion-7 (Length: 620)

Name: NF2853R-Insertion-7
Description: NF2853R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2853R-Insertion-7
NF2853R-Insertion-7
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (9-613)||(41286963-41287564)
chr5 (102-618)||(41316792-41317304)
chr5 (103-618)||(41328833-41329344)
chr5 (99-599)||(41332785-41333281)
chr5 (104-618)||(41366945-41367455)
chr5 (99-618)||(41324856-41325371)
chr5 (102-614)||(31177532-31178040)
chr5 (87-613)||(31187580-31188102)
chr5 (87-618)||(41337573-41338100)
chr5 (100-479)||(41305243-41305618)
chr5 (100-618)||(41310993-41311511)
chr5 (87-614)||(31225675-31226198)
chr5 (100-323)||(41369921-41370144)
chr5 (513-618)||(41432007-41432112)
chr5 (114-229)||(41311682-41311799)
chr5 (138-229)||(41333404-41333497)
chr5 (568-618)||(14235912-14235962)
chr5 (166-227)||(41329533-41329594)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (117-618)||(17248427-17248924)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (168-211)||(62045-62088)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (177-211)||(12609806-12609840)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 41287564 - 41286963
Alignment:
Q  9 ggaacatcatacacattattactgaaagtagtatatggaaattaaacactaaacaggtttgctttggcaa-acagatagtaaggacaacgtgtaatagga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41287564 ggaacatcatacacattattactgaaagtagtatatggaaattaaacactaaacaggtttgctttggcaatacaaatagtaaggacaacgtgtaatagga 41287465  T
Q  108 attaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaatcaaagt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287464 attaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacacttcattccattgagaagcttccaatcaaagt 41287365  T
Q  208 gataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtc 307  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287364 gataaagtaattcagcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctgggcacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtc 41287265  T
Q  308 tgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41287264 tgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccca----atatcttggatctcttccaattgcccaagc 41287169  T
Q  408 attgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287168 attgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaac 41287069  T
Q  508 ctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagctc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  41287068 ctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctcagctt 41286969  T
Q  608 gtgctt 613  Q
    ||||||    
T  41286968 gtgctt 41286963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 102 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 41317304 - 41316792
Alignment:
Q  102 ataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaat 201  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   |||||||||||| ||||||||||||    
T  41317304 ataggaattaagcatagatcgtgttttctacctgcagtaatcccaaatgactcagtcatatccaattcttcattcttcattccattgggaagcttccaat 41317205  T
Q  202 caaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattc 301  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||| |||||||| ||||| | | | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41317204 caaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattc 41317105  T
Q  302 gaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgc 401  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     ||||||||||||||||| ||    
T  41317104 gaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttggatctcttccaatagc 41317009  T
Q  402 caaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcagga 501  Q
    | |||||||||||  |||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||||||   | |||||    
T  41317008 ccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggagcaacagga 41316909  T
Q  502 tgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacct 601  Q
    | |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |    
T  41316908 tacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttttatcaaacactcttcttactt 41316809  T
Q  602 cagctcgtgcttcttcc 618  Q
    ||||| |||||| ||||    
T  41316808 cagcttgtgcttgttcc 41316792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 103 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 41329344 - 41328833
Alignment:
Q  103 taggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaatc 202  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    ||||||||||| |||||||||||||    
T  41329344 taggaattaaacataggtcgtgttttctacctacagtaatcccaaaaaactcagtcatatcaagttcttgatggctcattccattgggaagcttccaatc 41329245  T
Q  203 aaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcg 302  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||| | || | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  41329244 aaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggtatggcaaatgaaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgaattcg 41329145  T
Q  303 aagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgcc 402  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     |||| |||||||||||| |||    
T  41329144 aagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttgaatctcttccaatagcc 41329049  T
Q  403 aaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggat 502  Q
     ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||  | | ||||    
T  41329048 caagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaacgggat 41328949  T
Q  503 gcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctc 602  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||    
T  41328948 gcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactcctttttatcaaacactctacttacttc 41328849  T
Q  603 agctcgtgcttcttcc 618  Q
    | || |||||||||||    
T  41328848 atcttgtgcttcttcc 41328833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 99 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 41333281 - 41332785
Alignment:
Q  99 gtaataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttcc 198  Q
    |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||||  |||| |||||||||    
T  41333281 gtaataggaattaaacatagatcgtgctttcttcctacagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattcttcattttattgggaagcttcc 41333182  T
Q  199 aatcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgta 298  Q
    ||||||||||  |||||||||  |||||||| ||||||| ||| |||| | | || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41333181 aatcaaagtggcaaagtaattgagcaagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaa 41333082  T
Q  299 ttcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaat 398  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     |||| ||||||||||||    
T  41333081 ttcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttgaatctcttccaat 41332986  T
Q  399 tgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagca 498  Q
     ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |     
T  41332985 agcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaattaacaatggtgcaacg 41332886  T
Q  499 ggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttctta 598  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  41332885 ggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacactcttctta 41332786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 104 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 41367455 - 41366945
Alignment:
Q  104 aggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaatca 203  Q
    |||||| || |||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||||||| | |||||||   |||||||||||  ||||||||||||||    
T  41367455 aggaatcaagcataagtcatgttttcttcctactgcaagcccaaatgactccgtcatatctaattcttcattcttcattccatttggaagcttccaatca 41367356  T
Q  204 aagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcga 303  Q
    || || |||||||| |  || | ||| ||||| | |||||||| | | || ||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41367355 aaatggtaaagtaactgagctaaaggtagctctatgttgggtaaggcaaatgcaatacccagacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaa 41367256  T
Q  304 agtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgcca 403  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||| || || ||| |||  || || ||||||||     || |||||||||||||| |||     
T  41367255 agtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcatcaacccaatac----ctcggatctcttccaatagccc 41367160  T
Q  404 aagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatg 503  Q
    ||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  41367159 aagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttctcttggaatcaataatggtatagaaggatg 41367060  T
Q  504 caacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctca 603  Q
    ||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  41367059 caacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctca 41366960  T
Q  604 gctcgtgcttcttcc 618  Q
     || ||||| |||||    
T  41366959 acttgtgctgcttcc 41366945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 99 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 41325371 - 41324856
Alignment:
Q  99 gtaataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttcc 198  Q
    |||||||||||||| ||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||||  |||| |||||||||    
T  41325371 gtaataggaattaagcatagattgtgctttctacctgcagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattcttcattttattgggaagcttcc 41325272  T
Q  199 aatcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgta 298  Q
    |||||||||| ||||||||    |||||||| |  ||||||||||||| | | || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41325271 aatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaattcaacgttgggtaaggcaaatgcaattccgggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgta 41325172  T
Q  299 ttcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaat 398  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||     |||||||||||||||||    
T  41325171 ttcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaatac----cttggatctcttccaat 41325076  T
Q  399 tgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagca 498  Q
     ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||| ||||  |      
T  41325075 agcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaagtaacaacggtacggtt 41324976  T
Q  499 ggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttctta 598  Q
    ||||| | |||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  41324975 ggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcctatcaaaaactcttctta 41324876  T
Q  599 cctcagctcgtgcttcttcc 618  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  41324875 cctcagcttgtgcttcttcc 41324856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 102 - 614
Target Start/End: Original strand, 31177532 - 31178040
Alignment:
Q  102 ataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaat 201  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||  ||||||||||||    
T  31177532 ataggaatcaagcataggtcatgttttcttactacagcaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccattaggaagcttccaat 31177631  T
Q  202 caaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattc 301  Q
    ||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| ||    
T  31177632 caaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtactc 31177731  T
Q  302 gaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgc 401  Q
     |||| ||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||    ||| |||  |||||||||||||||    
T  31177732 aaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgccca----atacctttcatctcttccaattgc 31177827  T
Q  402 caaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcagga 501  Q
    | || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  31177828 ccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaagga 31177927  T
Q  502 tgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacct 601  Q
    |||||||| | |||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  31177928 tgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacacttttcttactt 31178027  T
Q  602 cagctcgtgcttc 614  Q
    ||||| |||||||    
T  31178028 cagcttgtgcttc 31178040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 87 - 613
Target Start/End: Original strand, 31187580 - 31188102
Alignment:
Q  87 taaggacaacgtgtaataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccat 186  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||    
T  31187580 taaggacgacgagtaataggaatcaagcataggtcatgttttcttcctatagccatcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccat 31187679  T
Q  187 tgagaagcttccaatcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcacc 286  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||    
T  31187680 taggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcacc 31187779  T
Q  287 aaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttgg 386  Q
     || ||||||||||| || | |||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||    ||| |||      
T  31187780 gaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgccca----atacctttc 31187875  T
Q  387 atctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaac 486  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| ||||    
T  31187876 atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaac 31187975  T
Q  487 aatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaa 586  Q
    || || | || |||||| | ||||| ||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||    
T  31187976 aaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaa 31188075  T
Q  587 acacttttcttacctcagctcgtgctt 613  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  31188076 acacttttcttacttcagcttgtgctt 31188102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 87 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 41338100 - 41337573
Alignment:
Q  87 taaggacaacgtgtaataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccat 186  Q
    ||||||| ||| |||||||| || || ||||  ||||| ||| |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |    |||||||||    
T  41338100 taaggacgacgagtaatagggatcaaacatacatcatgcttttttccaacagtaagtccaaatgattcagtcatatcaagttcttgatggctcattccat 41338001  T
Q  187 tgagaagcttccaatcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcacc 286  Q
    |  |||| |||||||||||||||||||| || |  |||||||| |||||||| ||||| | | | || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  41338000 ttggaagtttccaatcaaagtgataaagcaacttagcaagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcacc 41337901  T
Q  287 aaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttgg 386  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||    |||  ||||    
T  41337900 aaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaaccca----atactttgg 41337805  T
Q  387 atctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaac 486  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||  |||  ||   ||||||||||||||| ||||    
T  41337804 atctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctctctctactttctcttggaaccaac 41337705  T
Q  487 aatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaa 586  Q
    || |||| || |||||| | ||| | |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  41337704 aaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctacatacccctttttatcaa 41337605  T
Q  587 acacttttcttacctcagctcgtgcttcttcc 618  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  41337604 acactcttcttacctcaacttgtgcttcttcc 41337573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 100 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 41305618 - 41305243
Alignment:
Q  100 taataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttcca 199  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| |    ||||||| ||| ||||||||||    
T  41305618 taataggaatcaaacataggtcgtgttttcttcctacactaagcccaaatgactcggtcatatcaagttcttgatggctcattccgttgggaagcttcca 41305519  T
Q  200 atcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 299  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| || | || | | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41305518 atcaaagttataaagtaattcagcaagaggaagttcaacatttgataaggcaaatgcaatgcccggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 41305419  T
Q  300 tcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaatt 399  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    |||  ||||||||||||||||     
T  41305418 tcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttcaaccca----atactttggatctcttccaatc 41305323  T
Q  400 gccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttgg 479  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||   || | |||||||||||||    
T  41305322 gcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 100 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 41311511 - 41310993
Alignment:
Q  100 taataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttcca 199  Q
    |||||| ||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||   ||||||  |||| ||||||||||    
T  41311511 taatagcaattaaatataggtcgtgttttctacctacagtaatcccaaatgactcagccatatctagttcttcattcttcattttattgggaagcttcca 41311412  T
Q  200 atcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 299  Q
    ||||||  | ||||||||||  |||||||| ||||||| ||| |||| | | || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41311411 atcaaaccggtaaagtaattgagcaagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 41311312  T
Q  300 tcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaatt 399  Q
    || ||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||     |||||||||||||||||     
T  41311311 tcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaacccaatac----cttggatctcttccaata 41311216  T
Q  400 gccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcag 499  Q
    ||| ||||| | | ||  || || |||||    ||||| ||||  | |||||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||  | | |    
T  41311215 gcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactg 41311116  T
Q  500 gatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccac----atacccctttctatcaaacacttttc 595  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||  ||||||||||  ||||| ||||    |||||||||| ||||||||||| |||    
T  41311115 gatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttc 41311016  T
Q  596 ttacctcagctcgtgcttcttcc 618  Q
    |||| ||| || |||||||||||    
T  41311015 ttacttcaacttgtgcttcttcc 41310993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 87 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 31226198 - 31225675
Alignment:
Q  87 taaggacaacgtgtaataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccat 186  Q
    ||||||| ||| || |||||||| || || ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||    
T  31226198 taaggacgacgagtgataggaatcaagcacaggtcattttttcttcctacagaaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccat 31226099  T
Q  187 tgagaagcttccaatcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcacc 286  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||    
T  31226098 taggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcacc 31225999  T
Q  287 aaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttgg 386  Q
     || ||||||||||| || | |||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||    ||| |||      
T  31225998 gaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgccca----atacctttc 31225903  T
Q  387 atctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaac 486  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| ||||    
T  31225902 atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaac 31225803  T
Q  487 aatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaa 586  Q
    || |||  ||  ||||| || |||| ||||||| | || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  |||||| ||||||    
T  31225802 aaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttatcaa 31225703  T
Q  587 acacttttcttacctcagctcgtgcttc 614  Q
    |||  |||||||| |||||| |||||||    
T  31225702 acatgtttcttacttcagcttgtgcttc 31225675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 100 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 41370144 - 41369921
Alignment:
Q  100 taataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttcca 199  Q
    |||||||||| || ||||  |||| ||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||   |||||| ||||| ||||||||||    
T  41370144 taataggaatcaagcataaatcatattttcttactgctgtaatcccaaatgattcagtcatatccaattcttcattcttcatttcattgggaagcttcca 41370045  T
Q  200 atcaaagtgataaagtaattccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 299  Q
    ||||||||| ||||||||    |||||||| | ||||||||| |||| ||| ||   ||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  41370044 atcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaagccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcatcaaatggtatgtat 41369945  T
Q  300 tcgaagtctgtgccattgaaatca 323  Q
    || |||||| | || |||||||||    
T  41369944 tcaaagtctatacctttgaaatca 41369921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 513 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432007
Alignment:
Q  513 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagctcgtgct 612  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  613 tcttcc 618  Q
    ||||||    
T  41432012 tcttcc 41432007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 114 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 41311799 - 41311682
Alignment:
Q  114 cataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactc--agtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaatcaaagtgata 211  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||    
T  41311799 cataggtcatgttttcttccgactgtatgcccaaatgactctcagtcatatcaagttcttcattattcattccattgggaagctttcaatcaaattcata 41311700  T
Q  212 aagtaattccgcaagagg 229  Q
    || |||||| ||||||||    
T  41311699 aaataattcagcaagagg 41311682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 138 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 41333497 - 41333404
Alignment:
Q  138 gtaatcccaaatgactc--agtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaatcaaagtgataaagtaattccgcaagagg 229  Q
    |||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||| |||||| ||||||||    
T  41333497 gtaagcccaaatgactctcaatcatatcaagttcttcattattcattccattgggaagctttcaatcaaattcataaaataattcagcaagagg 41333404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 568 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235912
Alignment:
Q  568 acatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagctcgtgcttcttcc 618  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttcc 14235912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 166 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 41329594 - 41329533
Alignment:
Q  166 gttcttcacaattcattccattgagaagcttccaatcaaagtgataaagtaattccgcaaga 227  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  41329594 gttcttcattattcattccattggaaagctttcaatcaaagtcataaagtaattcagcaaga 41329533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 117 - 618
Target Start/End: Original strand, 17248427 - 17248924
Alignment:
Q  117 aggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacaattcattccattgagaagcttccaatcaaagtgataaagta 216  Q
    ||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||   |||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  17248427 aggtcattttttcttcttattgtaatcccaaatgactcggtcatatctagatcttcattcttcatttcattgggaagcttccaatcaaaatggtaaagta 17248526  T
Q  217 attccgcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccatt 316  Q
    |||  |||||||| | ||||| |||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||    
T  17248527 attgagcaagaggcaactcaatgttgggtatgccaaatgcaatgcccggacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgccttt 17248626  T
Q  317 gaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaag 416  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||     ||| ||||||||||||||||| || |||| |||      
T  17248627 gaaatcaattgggctattaaaaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaacccaatac----ctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagc 17248722  T
Q  417 aaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtt 516  Q
    |||||| ||||| || || |||||||| || || ||| | |||   | | |||||| ||| |||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||    
T  17248723 aacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttttccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtt 17248822  T
Q  517 tctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagctcgtgcttctt 616  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| ||||| | |||||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||| |||    
T  17248823 tctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgctt 17248922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 168 - 211
Target Start/End: Original strand, 62045 - 62088
Alignment:
Q  168 tcttcacaattcattccattgagaagcttccaatcaaagtgata 211  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  62045 tcttcacatttcattccattgggaagcttccaatcaaagtgata 62088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 177 - 211
Target Start/End: Original strand, 12609806 - 12609840
Alignment:
Q  177 ttcattccattgagaagcttccaatcaaagtgata 211  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12609806 ttcattccattgggaagcttccaatcaaagtgata 12609840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University