View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2853_1D_low_23 (Length: 267)

Name: NF2853_1D_low_23
Description: NF2853_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2853_1D_low_23
NF2853_1D_low_23
[»] chr6 (42 HSPs)
chr6 (12-267)||(26656959-26657214)
chr6 (12-267)||(26762930-26763185)
chr6 (20-267)||(26647481-26647731)
chr6 (20-267)||(26753449-26753699)
chr6 (12-263)||(26885064-26885315)
chr6 (12-263)||(27591955-27592209)
chr6 (12-263)||(27697520-27697774)
chr6 (12-267)||(27337025-27337283)
chr6 (12-267)||(27397765-27398023)
chr6 (12-263)||(27676554-27676808)
chr6 (12-196)||(26862574-26862758)
chr6 (23-267)||(26803451-26803698)
chr6 (12-263)||(27717433-27717687)
chr6 (37-253)||(27679969-27680188)
chr6 (12-263)||(27530238-27530489)
chr6 (12-243)||(25484053-25484287)
chr6 (12-243)||(26143862-26144096)
chr6 (35-267)||(27603634-27603869)
chr6 (12-263)||(27610054-27610308)
chr6 (37-263)||(31285578-31285807)
chr6 (37-267)||(28787257-28787490)
chr6 (37-267)||(28793378-28793611)
chr6 (14-267)||(26824815-26825071)
chr6 (12-243)||(25511886-25512119)
chr6 (12-243)||(25580716-25580950)
chr6 (37-263)||(27426546-27426775)
chr6 (53-263)||(27705188-27705401)
chr6 (37-263)||(26624290-26624519)
chr6 (37-263)||(26730267-26730496)
chr6 (12-243)||(26056916-26057150)
chr6 (12-243)||(26076886-26077120)
chr6 (12-243)||(25539537-25539771)
chr6 (12-89)||(27215446-27215523)
chr6 (12-130)||(25492389-25492507)
chr6 (23-112)||(28782106-28782195)
chr6 (39-111)||(28227973-28228045)
chr6 (39-139)||(28326499-28326599)
chr6 (39-139)||(28504135-28504235)
chr6 (34-89)||(29477176-29477231)
chr6 (41-112)||(29827009-29827080)
chr6 (69-111)||(31289320-31289362)
chr6 (39-111)||(28235586-28235658)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (16-267)||(28126605-28126859)
chr1 (16-267)||(28163306-28163560)
chr1 (37-196)||(267344-267503)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (12-263)||(2473-2727)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (23-267)||(3642-3889)
scaffold0277 (37-267)||(12605-12838)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (37-267)||(8506-8739)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (37-263)||(60588-60817)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (37-263)||(18074780-18075009)
chr4 (14-137)||(5090013-5090136)
chr4 (37-263)||(18654407-18654636)
chr4 (37-243)||(18678510-18678719)
chr4 (37-93)||(18698503-18698559)
chr4 (37-93)||(18723188-18723244)
chr4 (37-93)||(18730607-18730663)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (37-267)||(29272768-29273001)
chr8 (12-89)||(35984293-35984370)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (55-112)||(16691904-16691961)
[»] scaffold0038 (2 HSPs)
scaffold0038 (39-111)||(28471-28543)
scaffold0038 (39-111)||(35748-35820)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (39-111)||(57383-57455)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 42)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 12 - 267
Target Start/End: Original strand, 26656959 - 26657214
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26656959 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggttcggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 26657058  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttcctt 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26657059 aactgtcacgggatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttcctt 26657158  T
Q  212 caggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26657159 caggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 26657214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 12 - 267
Target Start/End: Original strand, 26762930 - 26763185
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26762930 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggttcggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 26763029  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttcctt 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26763030 aactgtcacgggatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttcctt 26763129  T
Q  212 caggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26763130 caggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 26763185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Original strand, 26647481 - 26647731
Alignment:
Q  20 aactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtca 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||| ||||||    
T  26647481 aactggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtca 26647580  T
Q  120 cggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggc-ttttaga--gacaatgttccttcaggt 216  Q
     || ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||   |||| || ||  || ||    
T  26647581 tgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagt 26647680  T
Q  217 tatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26647681 tatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttccctta 26647731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Original strand, 26753449 - 26753699
Alignment:
Q  20 aactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtca 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||| ||||||    
T  26753449 aactggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtca 26753548  T
Q  120 cggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggc-ttttaga--gacaatgttccttcaggt 216  Q
     || ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||   |||| || ||  || ||    
T  26753549 tgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagt 26753648  T
Q  217 tatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26753649 tatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttccctta 26753699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Original strand, 26885064 - 26885315
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  26885064 tgttgacaaaatggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttacta 26885163  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttcctt 211  Q
    |  || ||  |  |||| | ||||||||  ||| ||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||| |||||| |||||||    
T  26885164 acgtgccatagggtagatagaacatatgaagtagaagggatatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaaagacaaagttcctt 26885263  T
Q  212 caggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
     |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||    
T  26885264 taggttatgaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcc 26885315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27592209 - 27591955
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||    
T  27592209 tgttgacaaactggatcagctagatgctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttacta 27592110  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
     ||||||| || ||||||| ||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |   || || ||||    
T  27592109 gactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggcttttaaaaatgagaaagttc 27592010  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||  ||||||||| || |||||    
T  27592009 cttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttcc 27591955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27697774 - 27697520
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||    
T  27697774 tgttgacaaactggatcagctacaggctttggctggaggactcgattggtttggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttacta 27697675  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt---agagacaatgttc 208  Q
     ||  ||| || ||||||| ||| ||||| ||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   || ||||||||||    
T  27697674 gaccatcatgggatagaaaaaacgtatgcagtaaaagggttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttc 27697575  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    | ||| | ||  |||| |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||    
T  27697574 catcaaggtacaaagagattttaagtcgtgcagtttcatatgtttctggccttcc 27697520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 27337283 - 27337025
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||    
T  27337283 tgttgaccaactggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttacta 27337184  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttc 208  Q
    | |||||| || ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||   |||| || |    
T  27337183 acctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggcttttaagaataacaaagtac 27337084  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    |  || ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||    
T  27337083 cgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattccctta 27337025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 27398023 - 27397765
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||    
T  27398023 tgttgaccaactggatcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttacta 27397924  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttc 208  Q
    | |||||| || ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||   |||| || |    
T  27397923 acctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggcttttaagaataacaaagtac 27397824  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    |  || ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||    
T  27397823 cgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattccctta 27397765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27676808 - 27676554
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||    
T  27676808 tgttgacaaactggatcagctagaggctttggctggaagactcgattggtttggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttacta 27676709  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
     ||||||| || ||||||| ||||||||| ||| ||| | |  ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |   || || ||||    
T  27676708 gactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggcttttaaaaatgagaaagttc 27676609  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||  ||||||||| || |||||    
T  27676608 cttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttcc 27676554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 196
Target Start/End: Original strand, 26862574 - 26862758
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  26862574 tgttgacaaactggaacagctagaggcattagctggaggacttgattggtttggtcatggaagtagagtcatcattaccactcgagataaacacttacta 26862673  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttta 196  Q
    |  || || || ||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  26862674 acatgccatgggatagaaagaacatatgcggtaaacgggctacatgagacagaagcttttgaattgttgaggtggatggctttta 26862758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 23 - 267
Target Start/End: Original strand, 26803451 - 26803698
Alignment:
Q  23 tggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacgg 122  Q
    ||||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || || | | |||| |     
T  26803451 tggagcaactacatgctttggctggaggacctgattggtttggccatggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacatttactgaccagtcatga 26803550  T
Q  123 aatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttat 219  Q
     ||||||| ||||||||| ||| | ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |    |||| || |||||| |||||    
T  26803551 tatagaaagaacatatgcagtagaggggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaataacaaagtaccttcaagttat 26803650  T
Q  220 gaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26803651 gaagacattttaaatcgtgcagtttcatatgcttcaggtcttccctta 26803698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27717687 - 27717433
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||||  || |||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  27717687 tgttgacaatatgaagcaactacatgctttggctggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagacaaacacttacta 27717588  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
    | |||||| || ||| |||  |   |||  ||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||    
T  27717587 acctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttc 27717488  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||    
T  27717487 cttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 27717433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 37 - 253
Target Start/End: Original strand, 27679969 - 27680188
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||| |||| | |||| || |||||||  |||     
T  27679969 gctttggctggaggacttgattggttcggatgtggaagcagagtcatcattaccactcgaaacaaagacttactaagcagtcatggcatagaaagtacac 27680068  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt---agagacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||| ||| ||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   || || || |||||||||||||| ||||| |||||||     
T  27680069 atgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgataaagttccttcaggttacgaagacattttaaa 27680168  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgctt 253  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  27680169 ccgtgcagttgcatatgctt 27680188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27530489 - 27530238
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||  ||| || |||||||||||||| ||| || | |||||||| |||    
T  27530489 tgttgacaaactggatcagctagaggccttggctggaggacttgattggttcggtcctgggagtagagtcatcattactactcgaaacaaacacttacta 27530390  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttagagacaatgttcctt 211  Q
    ||   ||| || |||||||  ||| |||| ||| ||||| |  ||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  27530389 aagattcatgggatagaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgcgacagaagctctcgaattgttgaggtggatggctttcaaagaaaatgttcctt 27530290  T
Q  212 caggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    || || ||||||| ||||||| ||||||| || | |||||||| || |||||    
T  27530289 caagtcatgaagacattttaaaccgtgcacttacttatgcttctggccttcc 27530238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 25484053 - 25484287
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  25484053 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacacttacta 25484152  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
      |||||| || ||   ||  ||| |||| ||| |||   |  ||| ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||| |   ||||| ||||    
T  25484153 gcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttc 25484252  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtt 243  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  25484253 cttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagtt 25484287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 26143862 - 26144096
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  26143862 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcatggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttacta 26143961  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
      |||||| || ||   ||  ||| |||| ||| |||   |  ||| ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||| |   ||||| ||||    
T  26143962 gcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttc 26144061  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtt 243  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26144062 cttcaagttatgaagaaattttaaaccgtgtagtt 26144096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 35 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 27603869 - 27603634
Alignment:
Q  35 aggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataac 134  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||| |||| | |||| |  ||||||| ||     
T  27603869 aggctttggcaggagaacctgattggtttgggcttggaagcagggtcatcattaccactcgagacagacacttactaaccagtcatgatatagaaagaaa 27603770  T
Q  135 atatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttccttcaggttatgaagaaatttta 231  Q
     |||||  || ||||| | | | |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||   |||| || ||||||| |||||||||  |||||    
T  27603769 gtatgcattagaagggttgtgtaggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaagaataacaaagtaccttcagtttatgaagacgtttta 27603670  T
Q  232 agccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27603669 aaccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 27603634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27610308 - 27610054
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||||  || |||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  27610308 tgttgacaatatgaagcaactacatgctttggctggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattgccactcgagacaaacacttgcta 27610209  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt---agagacaatgttc 208  Q
    | |||||| || ||| |||  |   ||   ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   || ||||||||||    
T  27610208 acctgtcatgggataaaaagtatgcataaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttc 27610109  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||| || |||||    
T  27610108 cttcaggttacgaagagattttaaaccgtgctgttgcatatgcttctggccttcc 27610054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 263
Target Start/End: Original strand, 31285578 - 31285807
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||   |||| || ||| |||  |||     
T  31285578 gctttggctggaggacttgattggttcggccgtggaagcagagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagtagtcatgggataaaaagtacac 31285677  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt---agagacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||| ||| ||||| |  ||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||   || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||     
T  31285678 atgcagtagaagggttgaatgggactgaagctcttgaattgttaaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttacgaagacattttaaa 31285777  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    |||||||||| ||||| |||| || |||||    
T  31285778 ccgtgcagttgcatattcttctggccttcc 31285807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 267
Target Start/End: Original strand, 28787257 - 28787490
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||   |||| || |||||||  |||     
T  28787257 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattacgactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacac 28787356  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||  || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||   |||| || |||||| ||||||||||  ||||||     
T  28787357 atgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 28787456  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
     ||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  28787457 tcgtgcagtttcttatgcttcgggccttccctta 28787490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 267
Target Start/End: Original strand, 28793378 - 28793611
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||   |||| || |||||||  |||     
T  28793378 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattacgactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacac 28793477  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||  || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||   |||| || |||||| ||||||||||  ||||||     
T  28793478 atgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 28793577  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
     ||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  28793578 tcgtgcagtttcgtatgcttcgggccttccctta 28793611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 14 - 267
Target Start/End: Original strand, 26824815 - 26825071
Alignment:
Q  14 ttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaa 113  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || || |     
T  26824815 ttgacaaactggagcaactagatgctttggctggaggatttgattggttcggtaatggcagcagagtcatcattacaactcgagacaaacaattacttac 26824914  T
Q  114 ctgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttcct 210  Q
    |  ||| |  |||||| |||  ||||  ||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |    |||| || ||     
T  26824915 caatcatgagatagaattaatgtatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttaaggtggatggcttttaaaaataacaaagtaccg 26825014  T
Q  211 tcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    ||| |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  26825015 tcaagttatgaacacattttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttccctta 26825071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 25511886 - 25512119
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  25511886 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggctggaggacttgactggttcggtcctggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacacttacta 25511985  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
      |||||| ||| || || | ||| |||| ||| ||||| |  ||| || |||||| |||   ||||||||  | |||||||||| |   ||||| ||||    
T  25511986 gcctgtcatggattacaagt-acacatgcagtagaagggttgaatgagatagaagctcttattttgttgaggcgaatggcttttaaacatgacaaagttc 25512084  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtt 243  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  25512085 cttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagtt 25512119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 25580716 - 25580950
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  25580716 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcatggaagcagtgtcatcattaccactcgtgataaacacttacta 25580815  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
      |||||| || ||   ||  ||| |||| ||| |||   |  ||| ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||| |   ||||| ||||    
T  25580816 gcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttc 25580915  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtt 243  Q
    |||||  ||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  25580916 cttcaatttatgaagagattttaaaccgtgtagtt 25580950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27426775 - 27426546
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||| |||  |||||| |  ||||||| |||||    
T  27426775 gctttggctggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacat 27426676  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||| ||||||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||| ||||||||| |||||||| | ||||| |     
T  27426675 atgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaa 27426576  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
     |||| |||| | |||||||| || |||||    
T  27426575 tcgtgtagttgcttatgcttctggccttcc 27426546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 53 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27705401 - 27705188
Alignment:
Q  53 ttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggct 152  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||  || |||  | ||||||| ||||||| | ||| ||||| |    
T  27705401 ttgattggtttggccctggaagcagagttatcatcaccactcgaaataaacacttactagcctctcataggatagaaaaaacatatccagtagaagggtt 27705302  T
Q  153 atatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatat 249  Q
      |||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||    
T  27705301 gaatgggatagatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaacgttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatat 27705202  T
Q  250 gcttcaggacttcc 263  Q
    ||||| || |||||    
T  27705201 gcttctggccttcc 27705188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 263
Target Start/End: Original strand, 26624290 - 26624519
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||| || | |||||| | |||| |  ||| || ||| |||  |||     
T  26624290 gctttggctggagggcttgattggttcggacgtggaagcagggtcataattaccactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacac 26624389  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||| ||| ||||| | ||||||||||| |  | |||||||||||| ||||||||||||| |   ||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  26624390 atgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaa 26624489  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    |||||||||| |||||||||| || |||||    
T  26624490 ccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 26624519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 263
Target Start/End: Original strand, 26730267 - 26730496
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||| || | |||||| | |||| |  ||| || ||| |||  |||     
T  26730267 gctttggctggagggcttgattggttcggacgtggaagcagggtcataattaccactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacac 26730366  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||| ||| ||||| | ||||||||||| |  | |||||||||||| ||||||||||||| |   ||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  26730367 atgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaa 26730466  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    |||||||||| |||||||||| || |||||    
T  26730467 ccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 26730496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 26056916 - 26057150
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||    
T  26056916 tgttgacaaactggagcagctagacgctttggctggaggacttgattggttcggtcttggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacgcttacta 26057015  T
Q  112 aactgtcacg-gaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgtt 207  Q
      || ||| | ||||| || | ||| |||| ||| ||||| |  ||| ||||||||| |||||||| |||||  | |  ||||||| |   ||||| |||    
T  26057016 gcctatcatgtgaatacaagt-acacatgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagtt 26057114  T
Q  208 ccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtt 243  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  26057115 ccttcaagttatgaagatattttaaaccgtgtagtt 26057150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 26076886 - 26077120
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||    
T  26076886 tgttgacaaactggagcagctagacgctttggctggaggacttgattggttcggtcttggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacgcttacta 26076985  T
Q  112 aactgtcacg-gaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgtt 207  Q
      || ||| | ||||| || | ||| |||| ||| ||||| |  ||| ||||||||| |||||||| |||||  | |  ||||||| |   ||||| |||    
T  26076986 gcctatcatgtgaatacaagt-acacatgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagtt 26077084  T
Q  208 ccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtt 243  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  26077085 ccttcaagttatgaagatattttaaaccgtgtagtt 26077120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 25539537 - 25539771
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||  ||    
T  25539537 tgttgacaaactagagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcattaccactcgtgatacacatttatta 25539636  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
      |||||| || ||   ||  ||| |||  ||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||| |   ||||| ||||    
T  25539637 gcctgtcatgggattacaagtacacatgtagtaaaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcgtttaaaaatgacaaagttc 25539736  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtt 243  Q
    ||||  |||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  25539737 cttcgagttatgaagagattttaaaccgtgtagtt 25539771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 89
Target Start/End: Original strand, 27215446 - 27215523
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattac 89  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  27215446 tgttgacaaactagagcagctagaggctttggctggaggacttgattggtttggtggtggaagtagagtcatcattac 27215523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 12 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 25492507 - 25492389
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||| | |||    
T  25492507 tgttgacagactggagcagctagaggatttggctgaaggacttgattggttcggtcgtggaagcggagttatcattaccactcgagacaaacacatacta 25492408  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaa 130  Q
    | | |||| || |||||||    
T  25492407 accagtcatgggatagaaa 25492389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 112
Target Start/End: Original strand, 28782106 - 28782195
Alignment:
Q  23 tggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaa 112  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  28782106 tggagcaactacatgctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaa 28782195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 111
Target Start/End: Original strand, 28227973 - 28228045
Alignment:
Q  39 tttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| | ||| |||||||||||| || | ||||| ||||||    
T  28227973 tttggctggaggacttgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcgaaacaaacaattgcta 28228045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 139
Target Start/End: Original strand, 28326499 - 28326599
Alignment:
Q  39 tttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacatat 138  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||||||  ||||||| || |||| | |||||    
T  28326499 tttggctggaggacttgattggttcggtcctggcagtagagtgatcgttaccactcgagacaaacatttgctaaaaagtcacgggattgaaagagcatat 28326598  T
Q  139 g 139  Q
    |    
T  28326599 g 28326599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 139
Target Start/End: Original strand, 28504135 - 28504235
Alignment:
Q  39 tttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacatat 138  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||||||  ||||||| || |||| | |||||    
T  28504135 tttggctggaggacttgattggttcggtcctggcagtagagtgatcgttaccactcgagacaaacatttgctaaaaagtcacgggattgaaagagcatat 28504234  T
Q  139 g 139  Q
    |    
T  28504235 g 28504235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 29477231 - 29477176
Alignment:
Q  34 gaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattac 89  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||  |||||||    
T  29477231 gaggctttggctggaggacttgattggtttggtcctggtagcagagttgtcattac 29477176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 41 - 112
Target Start/End: Original strand, 29827009 - 29827080
Alignment:
Q  41 tggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaa 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||| |||| ||| |||||||||||| ||||  |||| |||||||    
T  29827009 tggcgggaggacttgattggtttggtcctggcagcatagtgatcattaccactcgagaccaacatttgctaa 29827080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 69 - 111
Target Start/End: Original strand, 31289320 - 31289362
Alignment:
Q  69 tggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  31289320 tggaagcagagtcatcattaccacttgagacaaacaattgcta 31289362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 111
Target Start/End: Original strand, 28235586 - 28235658
Alignment:
Q  39 tttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||  |||||| | ||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  28235586 tttggcgggagaaattgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcgagacaaacaattgcta 28235658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 28126859 - 28126605
Alignment:
Q  16 gacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaact 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||    
T  28126859 gacaaactggagcagctagaggctttggctggaggacttgattggttcggtcgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagagaaacacttactaacct 28126760  T
Q  116 gtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttc 212  Q
    |||| || |||||||  ||  |||| ||||||||| | ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    |||| ||||||||    
T  28126759 gtcatgggatagaaagtacgcatgcggtaaaagggttgtatgtaacaaaagcacttgaattgttgaggtggatggcttttaaacataacaaagttccttc 28126660  T
Q  213 aggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    | ||||||| ||  |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28126659 aagttatgatgatgttttaaaccgggcagtttcatatgcttcaggccttccctta 28126605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 28163560 - 28163306
Alignment:
Q  16 gacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaact 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||    
T  28163560 gacaaactggagcagctggaggctttggctggaggactcgattggttcggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacct 28163461  T
Q  116 gtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttc 212  Q
    |||| || |||||||  |   || | ||| ||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |    |||| ||||||||    
T  28163460 gtcatgggatagaaagtatgcattcggtagaagggttgtatgggacggaagcgcttgaattgttgacgtggatggcttttaaaaataacaaagttccttc 28163361  T
Q  213 aggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    | ||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28163360 aagttatgaagatgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcaggccttccctta 28163306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 37 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 267503 - 267344
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||| || |||||||| |||| || || || |||| |||||| || |||||||  ||      
T  267503 gctttggctggaggacttgattggttcggctatggaagcagagtcgtcgttaccactcgagacaagcaattactaacctgtcatgggatagaaagtacgc 267404  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttta 196  Q
    |||  ||| ||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  267403 atgaagtagaagggttgtatgggaccgaagctcttgaattgttgagttggatggctttta 267344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 89; Significance: 6e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2727 - 2473
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||||||  || |||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  2727 tgttgacaatatgaagcaactacatgctttggctggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagacaaacacttacta 2628  T
Q  112 aactgtcacggaatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttc 208  Q
    | |||||| || ||| |||  |   |||  ||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||    
T  2627 acctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttc 2528  T
Q  209 cttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||    
T  2527 cttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttcc 2473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 89; Significance: 6e-43; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 23 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 3889 - 3642
Alignment:
Q  23 tggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacgg 122  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||   |||| ||    
T  3889 tggagcaactacaggctttggcaggagaacctgattggtttggccttggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttgctaagaagtcatgg 3790  T
Q  123 aatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttccttcaggttat 219  Q
     |||||||  ||  |||  || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||   |||| || |||||| |||||    
T  3789 gatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttat 3690  T
Q  220 gaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
    |||||  ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  3689 gaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttccctta 3642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 12838 - 12605
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||   |||| || ||| |||  ||      
T  12838 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgc 12739  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||  || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||   |||| || |||||| ||||||||||  ||||||     
T  12738 atgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 12639  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
     |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  12638 tcgtgcagtttcatatgcttcgggccttccctta 12605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 267
Target Start/End: Original strand, 8506 - 8739
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||   |||| || ||| |||  ||      
T  8506 gctttggcaggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgc 8605  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||  || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||   |||| || |||||| ||||||||||  ||||||     
T  8606 atgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaa 8705  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
     |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  8706 tcgtgcagtttcatatgcttcgggccttccctta 8739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 263
Target Start/End: Original strand, 60588 - 60817
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||| |||  |||||| |  ||||||| |||||    
T  60588 gctttggctggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacat 60687  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||| ||||||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||| ||||||||| |||||||| | ||||| |     
T  60688 atgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaa 60787  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
     |||| |||| | |||||||| || |||||    
T  60788 tcgtgtagttgcttatgcttctggccttcc 60817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 263
Target Start/End: Original strand, 18074780 - 18075009
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||| |||  |||||| |  ||||||| |||||    
T  18074780 gctttggctggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacat 18074879  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||| ||||||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||| ||||||||| |||||||| | ||||| |     
T  18074880 atgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaa 18074979  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
     |||| |||| | |||||||| || |||||    
T  18074980 tcgtgtagttgcttatgcttctggccttcc 18075009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 5090136 - 5090013
Alignment:
Q  14 ttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaa 113  Q
    ||||||||||| | || ||| ||| |||||| |||| || |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  5090136 ttgacaaactgaaacaactacaggttttggccggagaacctgattggtttggtcttggcagcagagtcatcattaccactcgagacaaacacttgctaaa 5090037  T
Q  114 ctgtcacggaatagaaataacata 137  Q
     ||||| || || || ||||||||    
T  5090036 atgtcatgggattgatataacata 5090013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 18654636 - 18654407
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |  | |||||||| |||| |  ||| |  |||||||| |       
T  18654636 gctttggctggaggacgtgattggttcggttgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgc 18654537  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||  ||||||||| | | |  |  | | || |||||||||||||| ||||||||||||| |    |||| ||||||||| |||||||||| |||||||     
T  18654536 atgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaatttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaa 18654437  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcc 263  Q
    |||||||||| | |||||||| || |||||    
T  18654436 ccgtgcagttgcgtatgcttctggccttcc 18654407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 18678719 - 18678510
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |  | |||||||| |||| |  ||| |  |||||||| |       
T  18678719 gctttggccggaggacgtgattggttcggttgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgc 18678620  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt---agagacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||  ||||||||| | | | ||  | | || |||||||||||||| ||||||||||||   ||  |||| ||||||||| |||||||||| |||||||     
T  18678619 atgaagtaaaagggatgtctagggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaa 18678520  T
Q  234 ccgtgcagtt 243  Q
     |||||||||    
T  18678519 acgtgcagtt 18678510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 18698559 - 18698503
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccact 93  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  18698559 gctttggctggaggacgtgattggttcggctgtggaagcagagttatcattaccact 18698503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 18723244 - 18723188
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccact 93  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||    
T  18723244 gctttggctggaggacctgattggttcggctctggaagcagagttatcattaccact 18723188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 18730663 - 18730607
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccact 93  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  18730663 gctttggctggaggacgtgattggttcggctgtggaagcatagttatcattaccact 18730607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 8e-30; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 29273001 - 29272768
Alignment:
Q  37 gctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacggaatagaaataacat 136  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||  ||||| || ||| |||  |       
T  29273001 gctttggctggaggacatgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattactactcgagacaaacacttgctaacttgtcatgggataaaaagtatgc 29272902  T
Q  137 atgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttt-aga--gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaag 233  Q
    |||  ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||   |||| || ||||||  |||||||||  ||||||     
T  29272901 atgaagtagaagggctgtatgggacaaaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaa 29272802  T
Q  234 ccgtgcagtttcatatgcttcaggacttccctta 267  Q
     |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  29272801 tcgtgcagtttcatatgcttcgggccttccctta 29272768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 12 - 89
Target Start/End: Original strand, 35984293 - 35984370
Alignment:
Q  12 tgttgacaaactggagcagctagaggctttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattac 89  Q
    |||||||||| | || ||||||||||| ||||  |||||  |||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  35984293 tgttgacaaaatagaacagctagaggccttggttggagggtttgattggcttggttctggcagcagagttatcattac 35984370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 112
Target Start/End: Original strand, 16691904 - 16691961
Alignment:
Q  55 gattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaa 112  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  16691904 gattggtttggtcctggaagtagagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaa 16691961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 111
Target Start/End: Original strand, 28471 - 28543
Alignment:
Q  39 tttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| | ||| |||||||||||| || | ||||| ||||||    
T  28471 tttggctggaggacttgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcgaaacaaacaattgcta 28543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 111
Target Start/End: Original strand, 35748 - 35820
Alignment:
Q  39 tttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||  |||||| | ||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  35748 tttggcgggagaaattgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcgagacaaacaattgcta 35820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 57455 - 57383
Alignment:
Q  39 tttggcaggaggacttgattggtttggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgcta 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  ||| || | ||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||    
T  57455 tttggctggaggacttgattggtttggtcctggtagtaaagtgatcattaccactcgagacgaacaattgcta 57383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University