View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2854_low_1 (Length: 704)

Name: NF2854_low_1
Description: NF2854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2854_low_1
NF2854_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-686)||(55396109-55396794)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 55396794 - 55396109
Alignment:
Q  1 tgacaggaacggaagaggagaggggtaattaaaaggaaatgtgatgtaattacctgttgagaccataactggaaagtctcatgatcgtcttggtaaacac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396794 tgacaggaacggaagaggagaggggtaattaaaaggaaatgtgatgtaattacctgttgagaccataactggaaagtctcatgatcgtcttggtaaacac 55396695  T
Q  101 taatccataatctttctggaggcaaaccaaactcaatggtagataagtcccatgcccattgaatagcttgttttttgaaataatcaccaaagctgaagtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396694 taatccataatctttctggaggcaaaccaaactcaatggtagataagtcccatgcccattgaatagcttgttttttgaaataatcaccaaagctgaagtt 55396595  T
Q  201 accaagcatctcaaagaaggtatgatgtcgtgaggtatgaccaacattgttgatatcattagtacggatgcagcgttgtgaagtagtagcacgagggact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396594 accaagcatctcaaagaaggtatgatgtcgtgaggtatgaccaacattgttgatatcattagtacggatgcagcgttgtgaagtagtagcacgagggact 55396495  T
Q  301 tgtctaggaagttttccaagaaagataggtttgaattgaagcataccagcaatggtgaggagaacagtagggtcatctggaacgagagaagcactgggaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396494 tgtctaggaagttttccaagaaagataggtttgaattgaagcataccagcaatggtgaggagaacagtagggtcatctggaacgagagaagcactgggaa 55396395  T
Q  401 ggaccttgtgaccacgggaagcataaaaactaagaaatctttcccgtatggaatctccactcacacaattactatcattgtcttgcgagttcggtgatga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396394 ggaccttgtgaccacgggaagcataaaaactaagaaatctttcccgtatggaatctccactcacacaattactatcattgtcttgcgagttcggtgatga 55396295  T
Q  501 caacgacgatgatgtacagaaggaaagaagaagacgacgacgtagatgtagttgtttgaaagagataaatcctcctcctgctgctgctgctaatgtaaca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  55396294 caacgacgatgatgtacagaagggaagaagaagacgacgacgtagatgtagttgtttgaaagagataaatcctcctgctgctgctgctgctaatgtaaca 55396195  T
Q  601 ttcatattcgtatcatgatgacaataagaataacaattaatacgaaggaaggaaggttaattaattaccggtagaagtggaagtag 686  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55396194 ttcatattcgtattatgatgacaataagaataacaattaatacgaaggaaggaaggttaattaattaccggtagaagtggaagtag 55396109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University