View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2856-Insertion-1 (Length: 1032)

Name: NF2856-Insertion-1
Description: NF2856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2856-Insertion-1
NF2856-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-1016)||(32095912-32096922)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 32096922 - 32095912
Alignment:
Q  8 gaaaccaccaccaccacctcccaatgcctcctcaaatacatcctcttcacagtcccatacctccacaccaaaaaccatgacgaaacctcccctcaaactc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32096922 gaaaccaccaccaccacctcccaatgcctcctcaaatacatcctcttcacagtcccatacctccacaccaaaaaccatgacgaaacctcccctcaaactc 32096823  T
Q  108 atgatgcaggcgttgacccctcctccaagttacgcggcaagggaacaccgcaagacgagctgagcgccaaccatgtcctcgcggagcgacgaagaagaga 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32096822 atgatgcaggcgttgacccctcctccaagttacgtggcaagggaacaccgcaagacgagctgagcgccaaccatgtcctcgcggagcgacgaagaagaga 32096723  T
Q  208 gaaactcaatgagaggttcattattttaagatcattggttccattcgtgacaaaaatggacaaggcttctatattaggtgacactattgagtacttgaaa 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32096722 gaaactcaatgaaaggttcattattttaagatcattggttccattcgtgacaaaaatggacaaggcttctatattaggtgacactattgagtacttgaaa 32096623  T
Q  308 cagctaagaagaaagatacaagatcttgaaacacgtaaccgtcagatagagattgaacaacaaagtaggagtggtgtaacggttttggtgggtccaacag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32096622 cagctaagaagaaagatacaagatcttgaaacacgtaaccgtcagatagagactgaacaacaaagtaggagtggtgtaacggttttggtgggtccaacag 32096523  T
Q  408 ataagaaaaaggtgaggattgtggaagagtgtggagccacgagagcgaaagcagttgagacggaggttgtttcgtcggttcaggtttcgattattgagag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32096522 ataagaaaaaggtgaggattgtggaagagtgtggagccacgagagcgaaagcagttgagacggaggttgtttcgtcggttcaggtttcgattattgagag 32096423  T
Q  508 tgatgctttgttggagattgagtgtttgcatagagaaggattgttgcttgatgttatggtaatgttgggggagttgaggattgaggttattggagttcaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32096422 tgatgctttgttggagattgagtgtttgcatagagaaggattgttgcttgacgttatggtaatgttgagggagttgaggattgaggttattggagttcaa 32096323  T
Q  608 tcttcgcttaataatggtgtttttgttgcggagttgagggctaaggtgaaggaaaatggtggaaatgggaagaaagttagtattgttgaagttaagagag 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32096322 tcttcgcttaataatggtgtttttgttgcggagttgagggctaaggtgaaggaaaatggtggaaatgggaagaaagttagtattgtggaagttaagagag 32096223  T
Q  708 cacttaaccaaattatacctcacaacatttagtgcatgattgaaattgacgatgagtttgataaaatcacagtgatatcgtgattttcttaaagttttaa 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  32096222 cacttaaccaaattatacctcacaacatttagtgcatgattgaaattgacgatgagtttgataaaatcacagtgatatcgtaatttttttaaagttttaa 32096123  T
Q  808 agagtgatttttgacaaaacaatagtggtatagtggtgattctgtcaaacttattgttaatccaaatatatatttggatcaacggtggactttggc-aaa 906  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||| | |||    
T  32096122 agagtaatttttggcaaaacaatagtggtacagt-gtgattctgtcaaacttattgttaatccaaatatatgtttgaatcaacggt-gaatttgccaaaa 32096025  T
Q  907 ccagaatgattatgtccaatctcacttgtaaatctaaacaggtaatgattatggatttggcatc-----tacattggcttataatgtacatatattatca 1001  Q
     |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||     ||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  32096024 tcagaatgattatgt-caatctcac-tgtgaatctaaacaggtaatgattatgattttggcatctcgtatacattggcttaatatgtacatata-tatca 32095928  T
Q  1002 tctc-agccatgaccc 1016  Q
    |||| |||||||||||    
T  32095927 tctcaagccatgaccc 32095912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University