View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2856_low_10 (Length: 359)
Name: NF2856_low_10
Description: NF2856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2856_low_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 345
Target Start/End: Original strand, 14340693 - 14341025
Alignment:
| Q |
13 |
gagatataaccggttcaatatccaatccaactattatatagcaatttggttatagaactaatacttgtcattcctatggtttagagattatacaatcatg |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
14340693 |
gagatataaccggttcaatatccaatccaattattatatagcaacttggttatagaactaatacttgtcattcctatggtttagagattatacaatcaag |
14340792 |
T |
|
| Q |
113 |
gagcaagagtgttttggattcacaatacaggtcctattggatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagagtaacttggatgc |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14340793 |
gagcaagagtgttttggattcacaatacaggtcctattggatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagagtaacttggatgc |
14340892 |
T |
|
| Q |
213 |
caatggctgtgttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaaa |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14340893 |
caatggctgtgttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaaa |
14340992 |
T |
|
| Q |
313 |
tttacatatgttgatgtttacacagtcaaatat |
345 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14340993 |
tttacatatgttgatgtttacacagtcaaatat |
14341025 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 13 - 345
Target Start/End: Original strand, 3601813 - 3602145
Alignment:
| Q |
13 |
gagatataaccggttcaatatccaatccaactattatatagcaatttggttatagaactaatacttgtcattcctatggtttagagattatacaatcatg |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |
|
|
| T |
3601813 |
gagatataaccggttcaatatccaatccaatcattatatagcaatttggttatagaactaatacttgtcattcctatggtttagaaattatacaatgaag |
3601912 |
T |
|
| Q |
113 |
gagcaagagtgttttggattcacaatacaggtcctattggatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagagtaacttggatgc |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3601913 |
aggcaagagtgttttggattcacaacacaggtcctattgaatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagggtaacttggatgc |
3602012 |
T |
|
| Q |
213 |
caatggctgtgttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaaa |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3602013 |
caatggctgtgttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaaa |
3602112 |
T |
|
| Q |
313 |
tttacatatgttgatgtttacacagtcaaatat |
345 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
3602113 |
tttacatatgttgatgtttacacggtcaaatat |
3602145 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 21 - 345
Target Start/End: Original strand, 3590893 - 3591203
Alignment:
| Q |
21 |
accggttcaatatccaatccaactattatatagcaatttggttatagaactaatacttgtcattcctatggtttagagattatacaatcatggagcaaga |
120 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| | || |||||| |
|
|
| T |
3590893 |
accggttcaatctccaatccaattattatatagcattttggttatagaactaatagttgtcattcttatggtttagaaattatacaatgaaggggcaaga |
3590992 |
T |
|
| Q |
121 |
gtgttttggattcacaatacaggtcctattggatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagagtaacttggatgccaatggct |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3590993 |
gtgttttggattcacaatacaggtcctattggatgttcatcc--------cttctattatccacacaagaagg------gtaacttagatgccaatggct |
3591078 |
T |
|
| Q |
221 |
gtgttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaaatttacata |
320 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3591079 |
gtgttaaacctcacaataagcttgctcaagaatataactggtagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaaagtttccattagccaaatttacata |
3591178 |
T |
|
| Q |
321 |
tgttgatgtttacacagtcaaatat |
345 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
3591179 |
tgttgatgtttacacagtaaaatat |
3591203 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 3568817 - 3569139
Alignment:
| Q |
17 |
tataaccggttcaatatccaatccaactattatatagcaatttggttatagaac-----taatacttgtcattcctatggtttagagattatacaatcat |
111 |
Q |
| |
|
|||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || || |||||| | |||| | |
|
|
| T |
3568817 |
tataacaggtacaatctccaatccaattattatatagcaatttggttttagaacagaactaatacttgtcattactctgttttaga---ttcacaacgaa |
3568913 |
T |
|
| Q |
112 |
ggagcaagagtgttttggattcacaatacaggtcctattggatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagagtaacttggatg |
211 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||| ||||||||||||||| | ||| |||||||| |
|
|
| T |
3568914 |
cgggcaagagtgttttcgattcacaatacaggtcctattggatgcttaccctatgataacatctattatccacacaagaaggggaa------cttggatg |
3569007 |
T |
|
| Q |
212 |
ccaatggctgtgttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaa |
311 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
3569008 |
ccaatggttgttttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatagaacaggcagctaaaaga-caagcgtttcagctaaggagaaagtttccattagccaa |
3569106 |
T |
|
| Q |
312 |
atttacatatgttgatgtttacacagtcaaata |
344 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
3569107 |
atttacatatgttgatgtttacacagtaaaata |
3569139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 345
Target Start/End: Original strand, 1409234 - 1409548
Alignment:
| Q |
25 |
gttcaatatccaatccaactattatatagcaatttggttatagaactaatacttgtcattcctatggtttagagattatacaatcatggagcaagagtgt |
124 |
Q |
| |
|
||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| | | |||||| | || |||||||||| |
|
|
| T |
1409234 |
gttcaatcttcagtccgactattatatagcaatttggttttagaactaatacttgtcattactatgttttagcaactctacaatgaaggggcaagagtgt |
1409333 |
T |
|
| Q |
125 |
tttggattcacaatacaggtcctattggatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagagtaacttggatgccaatggctgtgt |
224 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||| || || ||| ||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
1409334 |
tttggattcacaatgtaggtccaattggatgcttgccctataataacatctattatccacacaagaagg------gtaacttggatgtctatggctgtgt |
1409427 |
T |
|
| Q |
225 |
taaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaaatttacatatgtt |
324 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
1409428 |
tatacctcacaatgagcttgctcaagaatataacaggcagctaaaagacaaagtgtttcagctaaggcgaaagtttccattagccaagtttacatatgtt |
1409527 |
T |
|
| Q |
325 |
gatgtttacacagtcaaatat |
345 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
1409528 |
gatgtgtacacagccaaatat |
1409548 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 347
Target Start/End: Original strand, 1412370 - 1412596
Alignment:
| Q |
115 |
gcaagagtgttttggattcacaatacaggtcctattggatgtataccctattattacttcttttatccacacaagaacgagaagagtaacttggatgcca |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||| |||| |||||||| | ||||| | || |||| |
|
|
| T |
1412370 |
gcaagagtgttctggatacacaatacaggtccaattggatgcttgcccttcaattacttctcttatgagcacaagaagg------gtaacctagacgcca |
1412463 |
T |
|
| Q |
215 |
atggctgtgttaaacctcacaacgagcttgctcaggaatataacaggcagctaaaagaccaagtgtttcagctaaggagaatgtttccattagccaaatt |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||| ||| | | ||||| |||| ||||| | ||||||| |||||||||| | | |||||||||| | | | |||||||| |
|
|
| T |
1412464 |
atggctgtgtgaaacctcagaacaaaatagctcaagaatttaacaagaagctaaaggaccaagtgtcttatctaaggagaaaactcctacaggccaaatt |
1412563 |
T |
|
| Q |
315 |
tacatatgttgatgtttacacagtcaaatatga |
347 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | |||| || ||||||||| |
|
|
| T |
1412564 |
tacatatgttgatatgtacaaagccaaatatga |
1412596 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University