View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2858_low_2 (Length: 991)

Name: NF2858_low_2
Description: NF2858
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2858_low_2
NF2858_low_2
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-981)||(13652670-13653651)
chr5 (2-861)||(13658254-13659127)
chr5 (86-861)||(13647726-13648510)
chr5 (921-981)||(13658137-13658197)
chr5 (323-450)||(26672115-26672242)
chr5 (323-450)||(26943713-26943840)
chr5 (323-410)||(26901401-26901488)
chr5 (385-434)||(20156862-20156911)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (349-421)||(894462-894534)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 893; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 893; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 981
Target Start/End: Complemental strand, 13653651 - 13652670
Alignment:
Q  1 tcaaatacatacttctttttgtgatgttgataaacataaaaatatgagaagtttctagtaggagaattgtaggggacaccccatattt-atgggctagta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13653651 tcaaatacatacttctttttgtgatgttgatagacataaaaatatgagaagtttttagtaggagaattgtaggggacaccccatattttatgggctagta 13653552  T
Q  100 gaccttatatagtgaatcaaatcttggaggttgttgtaggaggaaccatcaggatttacactcttggaagccaaatccgccattttagtagcagattttg 199  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13653551 gaccttatatactgaatcaaatcttggaggttgttgtaggaggaaccatcaggatttacactcttggaagccaaatccgccattttagtagcagattttg 13653452  T
Q  200 aaaactcctccttcttgttcaccataatatcattcaccatattctcaacaacattcctatcacaaacatctttcatatccaatccaagcttccaaacctc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13653451 aaaactcctccttcttgttcaccataatatcattcaccatattctcaacaacattcctatcacaaacatctttcatatccaatccaagcttccaaacctc 13653352  T
Q  300 actcacaaacctactattaagcggttgatcagaaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatccacta 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13653351 actcacaaacctactattaagcggttgatcagaaaaataaggccaacaaatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatccacta 13653252  T
Q  400 tgtgtcaaaaaagcaccaattgcctcatgtgacaaaacttcctcttgtggagcccactccacaatcaaacctctctccttagtagtcctttccttaagtt 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||    
T  13653251 tgtgtcaaaaaagcaccaattgccttatgtgacaaaacttcctcttgtggagcccactccacaatcaaacctttctccttactagtcccttcctcaagtt 13653152  T
Q  500 cttttattagtgttttttcttgtaccatgtttggtctaatcacccacaagaatgcttttttgctgtttaacaaaccgtgccaaaactcaagtatttcttc 599  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13653151 cttttattagtcttttttcttgtaccatgtttggtctaatcacccacaagaatgcttttttgctgttcaacaaaccgtgccaaaactcaagtatttcttc 13653052  T
Q  600 tctcgtcattgttgtggtgcttccaaagctaacatatacaactgacttcaacggttgagattcgagccatgtcatgcaggttctatccactttgaagaaa 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13653051 tctcgtcattgttgtggtgcttccaaagctaacatatacaactgacttcaacggttgagattcgagccatgtcatgcaggttctatccactttgaagaaa 13652952  T
Q  700 ttggagttgaaagatgatgatgttgnnnnnnncatggtattgaggtggtggtgaagtgggccaatagtgtagagtttggggaagtggagacgaatttggg 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13652951 ttggagttgaaagatgatgatgttgtttttttcatggtattgaggtggtggtgaagtgggccaatagtgtagagtttggggaagtggagacgaatttggg 13652852  T
Q  800 agagaattggggactctagatcttcaaatgtgttgagtattactgcattgcctttaagtgatgcttgggttagttgtaaaactttgtctaaaacgttatg 899  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  13652851 agagaattggggactctaaatcttcaaatgtgttgagtattactgcattgcctttaagtgatgcttgggttagttgtaaaactttgtctaaaatgatatg 13652752  T
Q  900 gtccattttgtttgatgtaccgaaacgtggaagatctctacatcgaattatgttctccatgcctggcacgtttctgatgatg 981  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13652751 gtccattttgtttgatgtaccgaaacgtggaagatctctacatcgaattatgttctccatgcctggcacgtttcttatgatg 13652670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 13659127 - 13658254
Alignment:
Q  2 caaatacatacttctttttgtgatgttgataaaca----taaaaatatgagaagtttctagtaggagaattgtaggggacaccccatat-ttatgggcta 96  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| || ||| |||    |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| | |   || || ||||||||||    
T  13659127 caaatacatacttatttttatgatcttcatacacacttataaaaatatgagaagtttttagtaggagaattaaagggaaaaattcacatcttatgggcta 13659028  T
Q  97 gtagaccttatatagtgaatcaaatcttggaggttgttgtaggaggaaccatcaggatttacactcttggaagccaaatccgccattttagtagcagatt 196  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||| |  || || |   | || |||     
T  13659027 gtagaccttatatattgaattaaatcttggaagttgttgtaggaggaaccaccaggactcacactcttggatgccaacttagctatatccattgctgatc 13658928  T
Q  197 ttgaaaactcctccttcttgttcaccataatatcattcaccatattctcaacaacattcctatcacaaacatctttcatatccaatccaagcttccaaac 296  Q
    |   ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  13658927 taacaaactcctccttcctattcaccataacatcattcaccatattctccacaaccttcctatcacaaacatctttcatatccaacccaagtttccaaac 13658828  T
Q  297 ctcactcacaaacctactattaagcggttgatcagaaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatcca 396  Q
     ||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13658827 atcactcacaaacctactattaatttgttgatcagcaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatcca 13658728  T
Q  397 ctatgtgtcaaaaaagcaccaattgcctcatgtgacaaaacttcctcttgtggagcccactccacaatcaaacctctctccttagtagtcctttccttaa 496  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| |||| |||||||||| ||||| ||    
T  13658727 ctatgtgtcaaaaaggcaccaattgctttgtgtgacaaaacttcctcttgtggaacccaccccacaatcatccctttctctttagtagtcccttcctcaa 13658628  T
Q  497 gttcttttattagtgttttttcttgtaccatgtttggtctaatcacccacaagaatgcttttttgctgtttaacaaaccgtgccaaaactcaagtatttc 596  Q
    | || || | ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||||||||||| |||||  |||||    
T  13658627 gctccttcaatagtcctttttcttgtaccatgtttggcctaatcacccacaaaaatggttttttgctattcaataaaccgtgccaaatctcaatgatttc 13658528  T
Q  597 ttctctcgtcattgttgtggtgcttccaaagctaacatatacaactgacttcaacggttgagattcgagccatgtcatgcaggttctatccactttgaag 696  Q
    ||||| | ||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13658527 ttctcccttcattggggtgatgctaccaaagctaacatatacaaccgatttcaacggttgagattcaagccatgtcatgcaagttctatccacttcgaag 13658428  T
Q  697 aaatt---------ggagttgaaagatgatgatgttgnnnnnnncatggtattgaggtggtggtgaagtgggccaatagtgtagagtttggggaagtgga 787  Q
    |||||         ||||  | | ||||| |||| ||         |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||   || |    
T  13658427 aaattgctcttggaggaggaggacgatgacgatgatgttttttttgtggtgttgaggtggtggtgaagagggccaatggtgtagagtttaggggcatgaa 13658328  T
Q  788 gacgaatttgggagagaattggggactctagatcttcaaatgtgttgagtattactgcattgcctttaagtgat 861  Q
    |||||||||| ||||||  |||||| |||||||  || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13658327 gacgaatttgagagagagctggggattctagattctcgaacgtgttgagtattagtgcattgcctttaagtgat 13658254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 319; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 86 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 13648510 - 13647726
Alignment:
Q  86 tttatgggctagtagaccttatatagtgaatcaaatcttggaggttgttgtaggaggaaccatcaggatttacactcttggaagccaaatccgccatttt 185  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||| |  || || |     
T  13648510 tttacgggctagtagaccttatatattgaattaaatcttggaagttgttgtaggaggaaccaccaggactcacactcttggatgccaacttagctatatc 13648411  T
Q  186 agtagcagattttgaaaactcctccttcttgttcaccataatatcattcaccatattctcaacaacattcctatcacaaacatctttcatatccaatcca 285  Q
      | || ||| |   ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13648410 cattgctgatctaacaaactcctccttcctattcaccataacatcattcaccatattctccacaaccttcctatcacaaacatctttcatatccaaccca 13648311  T
Q  286 agcttccaaacctcactcacaaacctactattaagcggttgatcagaaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtag 385  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  13648310 agtttccaaacatcactcacaaacctactattaatttgttgatcagcaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactttccaaagttg 13648211  T
Q  386 aattccatccactatgtgtcaaaaaagcaccaattgcctcatgtgacaaaacttcctcttgtggagcccactccacaatcaaacctctctccttagtagt 485  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| | ||||||  |||    
T  13648210 aattccacccattatgtgtcaaaaaagcaccaattgccttatgtgacaaaacttcctcttgtgggacccacccaacaatcaaacctttttccttacgagt 13648111  T
Q  486 cctttccttaagttcttttattagtgttttttcttgtaccatgtttggtctaatcacccacaagaatgcttttttgctgtttaacaaaccgtgccaaaac 585  Q
    || ||||| ||| ||  ||| || |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||   ||||||||| || || ||||| ||||||| |    
T  13648110 cccttcctcaagctcacttaataatcctttttcttgtaccatgtttggcctaatcacccataaaaactgttttttgctattcaataaaccatgccaaatc 13648011  T
Q  586 tcaagtatttcttctctcgtcattgttgtggtgcttccaaagctaacatatacaactgacttcaacggttgagattcgagccatgtcatgcaggttctat 685  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||||    
T  13648010 tcaattatttcttctctcttcattggtgtagtgcttccaaagctaacatatataactgatttcaatggttgagagtcaagccacgccatgcaggttctat 13647911  T
Q  686 ccactttgaagaaattg------gagttgaaagatgatg---atgttgnnnnnnncatggtattgaggtggtggtgaagtgggccaatagtgtagagttt 776  Q
    |||||||||||||||||      |||   ||||||||||   ||| ||         | ||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  13647910 ccactttgaagaaattgctcttagagaaaaaagatgatggaaatgatgattttttggttgtattgaggaggtggtgaagagggcctatggtgtagagttt 13647811  T
Q  777 ggggaagtggagacgaatttgggagagaattggggactctagatcttcaaatgtgttgagtattactgcattgcctttaagtgat 861  Q
     |||||||| | ||||||||||||||| | || ||  |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||    
T  13647810 agggaagtgaatacgaatttgggagaggactgaggcttctagatcctcaaatgtgttgagtatgaatgcatttgctttaagtgat 13647726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 921 - 981
Target Start/End: Complemental strand, 13658197 - 13658137
Alignment:
Q  921 gaaacgtggaagatctctacatcgaattatgttctccatgcctggcacgtttctgatgatg 981  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  13658197 gaaacttggaagatctctacatcgaagcaagttttccatgcctggcacgtttcttatgatg 13658137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 323 - 450
Target Start/End: Original strand, 26672115 - 26672242
Alignment:
Q  323 gttgatcagaaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatccactatgtgtcaaaaaagcaccaattgc 422  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| |   ||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||  | |||||||     
T  26672115 gttgttcagcaaaaaaaggccaacatatcattggaacaccaccacaaacactttccaacgttgaattccaaccattatgtgtcaaaaaccctccaattga 26672214  T
Q  423 ctcatgtgacaaaacttcctcttgtgga 450  Q
       ||||  |||||||||||||||||||    
T  26672215 tgaatgtcccaaaacttcctcttgtgga 26672242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 323 - 450
Target Start/End: Original strand, 26943713 - 26943840
Alignment:
Q  323 gttgatcagaaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatccactatgtgtcaaaaaagcaccaattgc 422  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| |   ||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||  | |||||||     
T  26943713 gttgttcagcaaaaaaaggccaacatatcattggaacaccaccacaaacactttccaacgttgaattccaaccattatgtgtcaaaaaccctccaattga 26943812  T
Q  423 ctcatgtgacaaaacttcctcttgtgga 450  Q
       ||||  |||||||||||||||||||    
T  26943813 tgaatgtcccaaaacttcctcttgtgga 26943840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 410
Target Start/End: Original strand, 26901401 - 26901488
Alignment:
Q  323 gttgatcagaaaaataaggccaacatatcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatccactatgtgtcaaaaa 410  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| |   ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||    
T  26901401 gttgttcagcaaaaaaaggccaacatatcattggaacaccaccacaaacactttctaacgttgaattccaaccactatgtgtcaaaaa 26901488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 385 - 434
Target Start/End: Original strand, 20156862 - 20156911
Alignment:
Q  385 gaattccatccactatgtgtcaaaaaagcaccaattgcctcatgtgacaa 434  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||    
T  20156862 gaattccatccacaatgtgtcaaaaatgcacctattgctttatgtgacaa 20156911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 349 - 421
Target Start/End: Original strand, 894462 - 894534
Alignment:
Q  349 atcataggcacaccacaaaccacactctccaaagtagaattccatccactatgtgtcaaaaaagcaccaattg 421  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||  ||| |||| |||  |||||||| |||||||||    
T  894462 atcataggcacaccattaaccacactctccaaagttgaaccccaaccacaatgactcaaaaaaccaccaattg 894534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University