View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2859-Insertion-1 (Length: 940)

Name: NF2859-Insertion-1
Description: NF2859
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2859-Insertion-1
NF2859-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-940)||(39513888-39514821)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 882; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 39514821 - 39513888
Alignment:
Q  7 aaaggtatggatataattgaaagaatgtgagaaggacaaatacctctattttcaaggtaatccagtctcatgtgtaaatcatcagcagttagttgtgaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39514821 aaaggtatggatataattgaaggaatgtgaaaaggacaaatacctctattttcaaggtaatccagtctcatgtgtaaatcatcagcagttaattgtgaca 39514722  T
Q  107 aaacttccatgttcactgacgtagaacttcttctcatctctctctcaagtacatcaacacaaagcctatccttgtgagactccttcccctccaccgtttt 206  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||    
T  39514721 aaacttccatgttcactgacatggaacttcttctcatctctctctcaagtacatcaacacaaagcctatccttgtgagactccttccccgtcgccgtttt 39514622  T
Q  207 ctcatgataatcctttcgccttgtcaatctctgacaaattgaaagagcagtttgtccatcaagagtggtttctgatgcacaagctccgtttttcaatagt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39514621 ctcatgataatcctttcgccttgtcaatctctgacaaattgaaagagcagtttgtccatcaagagtggtttctgatgcacaagctccgtttttcaatagt 39514522  T
Q  307 gcaaccaaaatggatggatcctttcgtcttgcggcaacatgaagaaccgtgtatccacgaggatttttaaggagaatatcagccaatccaagtgtaagaa 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39514521 gcaaccaaaatggatggatcctttcgtcttgcggcaacatgaagaaccgtgtatccgcgaggatttttaaggagaatatcagccaatccaagtgtaagaa 39514422  T
Q  407 cttcttgaacaaccttagaatcacaatatgcacaagcatagtgcagtgcataggcatcatcaagagtcacactagattcgtctaaaagaagcttcagtaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39514421 cttcttgaacaaccttagaatcacaatatgcacaagcatagtgcagtgcataggcatcatcaagagtcacactagattcgtctaaaagaagcttcagtaa 39514322  T
Q  507 ctcgacgtcgtcagagtccaatgccttaaggattttcctgatactcttatcactcacaatcacaggttccacttccattgaatccggtgttgattccggc 606  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39514321 ctcgacgtcatcagagtccaatgccttaaggattttcctgatactcttatcactcacaatcacaggttccacttccattgaatccggtgttgattccggc 39514222  T
Q  607 agagattggactcggagggatttgatttcagtcacaacttcatgaggaagttctctttccaaatatatgatttccatgtcagaccttgctactctctgaa 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39514221 agagattggactcggagggatttgatttcagtcacaacttcatgaggaagttctctttccaaatatatgatttccatgtcagaccttgctactctctgaa 39514122  T
Q  707 tgcaatgagagagaagctggtcttgtttgcagtgatgtgcagccattagaattggaatgacatcttctacaagagccttgtcaacataatttaggagaaa 806  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39514121 tgcaatgagagagaagttggtcttgtttgcagtgatgtgcagccattagaattggaatgacatcttctacaagagccttgtcaacataatttaggagaca 39514022  T
Q  807 cctctgcatcagtaaagagatatttacattagattagttccaaaaagactcaagtttttctttttcttctggcctattccatgtagcacaaaggaaaaga 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39514021 cctctgcatcagtaaagagatatttacattagattagttcaaaaaagactcaagtttttctttttcttctggcctattccatgtagcacaaaggaaaaga 39513922  T
Q  907 aagagatttcttttgaaaattatagtatcaagtc 940  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39513921 aagagatttcttttgaaaattatagtatcaagtc 39513888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University