View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2861_high_3 (Length: 425)

Name: NF2861_high_3
Description: NF2861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2861_high_3
NF2861_high_3
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (18-319)||(4783861-4784162)
chr7 (18-319)||(4816290-4816591)
chr7 (18-417)||(4636533-4636926)
chr7 (18-319)||(4863690-4863991)
chr7 (18-328)||(4666694-4667007)
chr7 (114-314)||(4630700-4630900)
chr7 (18-237)||(4643521-4643740)
chr7 (18-237)||(4672526-4672745)
chr7 (18-357)||(4712101-4712437)
chr7 (21-235)||(4653372-4653586)
chr7 (18-239)||(4697216-4697437)
chr7 (18-179)||(4662899-4663060)
chr7 (18-245)||(4846041-4846268)
chr7 (279-348)||(4846299-4846365)
chr7 (279-328)||(4643445-4643494)
chr7 (268-328)||(4672435-4672495)
chr7 (268-314)||(4697466-4697512)
chr7 (183-242)||(4647378-4647437)
chr7 (197-249)||(4661636-4661688)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-328)||(18925768-18926078)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Original strand, 4783861 - 4784162
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||    
T  4783861 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatgctgctg 4783960  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783961 atgtgataaggtggagtggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 4784060  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  4784061 tctttcgatcaagctacaacgattaccaaaacctatgcctacggtatatcgtgatgtcacgttgaatggaattgagattttgaaaataagtgataaaaat 4784160  T
Q  318 aa 319  Q
    ||    
T  4784161 aa 4784162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Original strand, 4816290 - 4816591
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||    
T  4816290 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaactttttgctg 4816389  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816390 atgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcatggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 4816489  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatat 317  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  4816490 tctttcgatcaagctacatcgattaccaaaacctatgccttcggtatatcgtgatgtcacgttgaatggaattgagattttgaaaataagtgataaaaat 4816589  T
Q  318 aa 319  Q
    ||    
T  4816590 aa 4816591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 4636926 - 4636533
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||||||||   |||||||| ||||||||| | | ||||| ||||  ||  || |    
T  4636926 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcgg 4636827  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||  ||  ||||||      | ||   || |||||||||||||| |||| |    
T  4636826 atgtgatagggtggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgtttctatgg------agggattaatctctcaaattgaaagagttta 4636733  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatat 317  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||||| || ||||||||||| |   | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  4636732 tctttcaatcaagcttcaacgattaccacaacccatgcctacagtatatcgtgatgttattcttaatggaatcgagattttcaaaattagtgataaatat 4636633  T
Q  318 aacaatctcgctggtttgaatcccaacaaacacattatactttcatctaaaaaatcaaagtccaagaagtcaaccatagtcatagttggagtttcatctc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4636632 aacaatctcgctggtttgaatcccaacaaacacattatactatcatctcaaaaacaaaagtccaagaagtcaactgtagtcatagttggagtttcatctc 4636533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 4863991 - 4863690
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||| | | |  | |||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||   ||  ||||    
T  4863991 gtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagattttcatagttaatagtatggctgaggaaaacgctg 4863892  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| | | ||||||||||||||||||||| | ||| ||||    ||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  4863891 atgtgatacggtggagcggttctcgtatggttcctgttcataaggattatactgtgtctataaactctgaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaa 4863792  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatat 317  Q
     |||||| ||||| |||||| |||||||||  | |||  |||    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  4863791 cctttcgctcaagttacaacaattaccaaagaccatgtttacaaaataccgtgatgttacgttgaatggaatcgagatttttaaaataagcgataaaaat 4863692  T
Q  318 aa 319  Q
    ||    
T  4863691 aa 4863690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 4667007 - 4666694
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    |||||||||   ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||    
T  4667007 gtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaaccaagggctg 4666908  T
Q  118 atgtgataaggtggagt---ggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagt 214  Q
    | ||| |    ||||||   |||| || | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||  ||||||||||| |||    
T  4666907 acgtgctttattggagtagtggtgttcgtatggttcctgttcataaggattatgccttgactatggattctcaaggagggagccgtcaaattgaaagagt 4666808  T
Q  215 taatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaa 314  Q
    ||||||||| || ||||| |||||| ||||| || || |   |||    ||  ||||||||    | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  4666807 taatctttcaattaagcttcaacgagtaccagaaactgtctttacaaaatacagtgatgtccttcttaatggaatcgagattttaaaaataagtgacaaa 4666708  T
Q  315 tataacaatctcgc 328  Q
     |||||||||||||    
T  4666707 aataacaatctcgc 4666694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 114 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 4630900 - 4630700
Alignment:
Q  114 gctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaag 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||  ||||||||||||||  |||  ||||   |||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  4630900 gctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgcttatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagag 4630801  T
Q  214 ttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataa 313  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||  |||| || |||| |  ||  | ||||||||||||  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4630800 ttaatctttcaatcaagcttcgacgagcaccagaaactatacacacaatatatcgtgatgtcctgctgaatggaattgagattttcaaaataagtgataa 4630701  T
Q  314 a 314  Q
    |    
T  4630700 a 4630700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4643740 - 4643521
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||| | | |  | |||||||||   |||||||| ||||||||| | | ||||| ||||  ||  || |    
T  4643740 gtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcgg 4643641  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||  | |||||  |||||||||||| |||||| || |||    
T  4643640 atgtgatagggtggagtggtgctcgtttggttcctgttcataaggattatgcaatgtctatggactatcaagaaggaagctctcaacttgaaagagctaa 4643541  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaac 237  Q
    |||||| |||||||| ||||    
T  4643540 tctttcaatcaagcttcaac 4643521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4672745 - 4672526
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||   |    |||||||||   ||||||||||| |||| | | | | |||||||   ||| ||||    
T  4672745 gtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgatagagcctttcagatttttatagctaacactctggctgaggaaagagctg 4672646  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| || ||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  4672645 atgttataagttggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgctgtcactatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaa 4672546  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaac 237  Q
    |||||| || ||||| ||||    
T  4672545 tctttctattaagcttcaac 4672526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 357
Target Start/End: Original strand, 4712101 - 4712437
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | |||||||||   |||||||| || ||  |||||| ||||||||||| |   ||||    
T  4712101 gtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctg 4712200  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||    |||||||||| |    |  |||||||||||||||||||||| ||||  |||   ||||||   ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  4712201 atgtgatttactggagtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgtgaaaatgtactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaa 4712300  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatat 317  Q
     ||||| || ||||| ||||||  |||| ||  |||    ||    || ||||||||||   |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  4712301 cctttcaattaagcttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtgatgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataagtgataaaaat 4712400  T
Q  318 aacaatctcgctggtttgaatcccaacaaacacattatac 357  Q
    ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4712401 aa---tctcgctggtttgaatcccatcaaacacattatac 4712437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4653586 - 4653372
Alignment:
Q  21 aggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatg 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |  | |||||||||   || ||||| || ||| |||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  4653586 aggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatg 4653487  T
Q  121 tgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatct 220  Q
    ||||    |||||   ||||| |||  |||||||||||||||||||||  |||||||||   ||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  4653486 tgatttcatggagcaatgctcgtttgattcctgttcataaggattatgttgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatct 4653387  T
Q  221 ttcgatcaagctaca 235  Q
    | | |||||||||||    
T  4653386 tacaatcaagctaca 4653372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 4697216 - 4697437
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| |    |||||||||   ||||| || ||||||| | ||| |||||| ||   ||  ||||    
T  4697216 gtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatattcatagctaatactttggcggagataaacgctg 4697315  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||    ||||||  | ||||| | |||||||||||||| |||||||| ||| |||||   |||||||  ||||||||||||||||||| | ||||    
T  4697316 atgtgatttcttggagtactactcctatggttcctgttcataaagattatgctgtgtctatgcactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagacttaa 4697415  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacga 239  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  4697416 tctttcaatcaagctacaacga 4697437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 4663060 - 4662899
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | |  | ||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| | ||||  |   || |    
T  4663060 gtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttatagatgataatttagttgaagaattagccg 4662961  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatg 179  Q
    |||||||||||||||||  || || | | ||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  4662960 atgtgataaggtggagtaatggtcgtatggttcctgttcataaggattatggtgtgactatg 4662899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Original strand, 4846041 - 4846268
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || || |||  |  | |||||||||   |||||||| || ||  |||||| ||||||||||| |  |||||    
T  4846041 gtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctg 4846140  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||    |||||||||| |    |  |||||||||||||||||||||| ||||  ||    ||||||   ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  4846141 atgtgattttttggagtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgtgaaaatctactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaa 4846240  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacgattacca 245  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  4846241 tctttcaatcaagcttcaacgattacca 4846268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 279 - 348
Target Start/End: Original strand, 4846299 - 4846365
Alignment:
Q  279 ttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgctggtttgaatcccaacaaac 348  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||   |||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  4846299 ttgaatggaatcgagattttcaaagtaagtgataaa---aacaatctggctggtatgaatcccaacaaac 4846365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 279 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 4643494 - 4643445
Alignment:
Q  279 ttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgc 328  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  4643494 ttgaatggaatcgagattttaaaaataagtgacaaaaataacaatctcgc 4643445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 4672495 - 4672435
Alignment:
Q  268 gtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgc 328  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  4672495 gtgatgtcacattaaatggaatcgagattttcaaagtaagtgataaaaataataatctcgc 4672435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 314
Target Start/End: Original strand, 4697466 - 4697512
Alignment:
Q  268 gtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaa 314  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  4697466 gtgatgtcacattgaatggcatcgagattttgaaaataaatgataaa 4697512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4647437 - 4647378
Alignment:
Q  183 tctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgatta 242  Q
    |||||||| |||||   ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4647437 tctcaaggaggaaggaatcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttcaacgatta 4647378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 197 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4661688 - 4661636
Alignment:
Q  197 ctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaat 249  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||| |||| ||||||    
T  4661688 ctctcaaattgaaagagttgatctttcaatcaagcttcaaccattatcaaaat 4661636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 328
Target Start/End: Original strand, 18925768 - 18926078
Alignment:
Q  18 gtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctg 117  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||  |  | |||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  18925768 gtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctg 18925867  T
Q  118 atgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaa 217  Q
    |||||||    ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||| ||  |||||||| |||||| ||| ||||||    
T  18925868 atgtgattcattggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgtgactatgtactctcgagaaggaagctcgcaaattaaaagagttaa 18925967  T
Q  218 tctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatat 317  Q
    |||||| || ||||||||||||  |||| ||  |||     |    || ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  18925968 tctttcaataaagctacaacgagcaccagaaaatatctactcaaaataccgtaatgtcacattgaatgggatcgagattttgaaaataagtgacaaaaat 18926067  T
Q  318 aacaatctcgc 328  Q
    |||||||||||    
T  18926068 aacaatctcgc 18926078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University