View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2865-Insertion-1 (Length: 948)

Name: NF2865-Insertion-1
Description: NF2865
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2865-Insertion-1
NF2865-Insertion-1
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (6-948)||(24279072-24280015)
chr6 (107-149)||(31036336-31036378)
chr6 (217-265)||(31036229-31036277)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-948)||(12039139-12040082)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-948)||(20162327-20163270)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-948)||(8051846-8052790)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 817; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 817; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 948
Target Start/End: Original strand, 24279072 - 24280015
Alignment:
6 caggatcatacaagagctcacagaaaaagatattatggaagattccgggggcacatccttcagggacgtcaatctttttcctgacttcacatttaccttc 105  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24279072 caggatcatacaagagctcacaaaaaaagatattatggaagattccgggggcacatccttcagggacgtcaatctttttcctgacttcacatttaccttc 24279171  T
106 tatggattgtacagatattgtacatgtttcgtcactgtaatacacctaaaagcataaatcaagatatctgagtcacaatataaacagttgcacagagaca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
24279172 tatggattgtacagatattgtacatgcttcgtcactgtaatacacctaaaagcacaaatcaagatatctgagtca--atataaacagttgcacagagaca 24279269  T
206 atgaacaacaaaatgaacacacaaagatcaggtcacttatcaaagtcaattcagagcaagtataaatgacttagtaccnnnnnnnnnnnnntcatgaagt 305  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||             |||||||||    
24279270 atgaacaacaaaatgaacacataaagatcaggtcacttatcaaagtcaattcagaacaagtataaatgacttagtaccaaaaaaagaaaaatcatgaagt 24279369  T
306 tataataacttgtatgtaactttttacctcttgcacatcagaacagtatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttctgactttgata 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
24279370 tataataacttgtatgtaactttttacctcttgcacatcagaacagtatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttcttactttgata 24279469  T
406 tctgtagattttatttcagcttgttttgtttccttctttgcaatgatctcaagcacttggcatataacataagctctcagccctacgttcctcccactct 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
24279470 tctgtagattttatttcagcttgttttgtttccttctttgcaatgatctcaagcacttggcatataacataagctctcagccctacattcctcccactct 24279569  T
506 tatgagttccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcagttccctccaatacaaaactagactt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24279570 tatgagttccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcagttccctccaatacaaaactagactt 24279669  T
606 ggatgaatttactttgaaaacgtccttctcctcttcggcttcctgtaactggcaagattgacaaacgccagaccctagacccagtgtatcaaacggaagg 705  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
24279670 ggatgaatttattttgaaaacgtccttctcctcttcggcttcctgtaactggcaagattgacaaacgccagaccctagaccaagtgtatcaaacggaagg 24279769  T
706 ctaaagaaagcacctctttcaggccaatacaagcttttacagtaatatttagtaggcagtcctttctttttcctttcttctgctctttccctgtcgattt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
24279770 ctaaagaaagcacctctttcaggccaatacaagcttttacagtaatattcagtaggcagtcctttctttttactttcttctgctctttccctgtcgattt 24279869  T
806 tatctgcaatgatggtattctttcgatgttgatgcccccgaggtgtttttcggatgcttgcaacatttatctgcttaacatcctgcagtccc-aatccct 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
24279870 tatctgcaatgatggtattctttcgatgttgatgcccccaaggtgtttttcggatgcttgcaacatttatctgcttaacattctgcagtcccaaatccct 24279969  T
905 gcactcattagtcaaaa--gactccctctcgttagctgcattgcca 948  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
24279970 gcactcattagtcaaaaacacctccctctcgttagctgcattgcca 24280015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 31036378 - 31036336
Alignment:
107 atggattgtacagatattgtacatgtttcgtcactgtaataca 149  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
31036378 atggattgtatagatattgtacatgtttcatcactgtaataca 31036336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 217 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 31036277 - 31036229
Alignment:
217 aatgaacacacaaagatcaggtcacttatcaaagtcaattcagagcaag 265  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
31036277 aatgaacacacaaaaatcaagtcagttatcaaagtcaattcagatcaag 31036229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 948
Target Start/End: Complemental strand, 12040082 - 12039139
Alignment:
6 caggatcatacaagagctcacagaaaaagatattatggaagattccgggggcacatccttcagggacgtcaatctttttcctgacttcacatttaccttc 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
12040082 caggatcatacaagagctcacagaaaaagacattatggaagattccgggggcacatccatcagggacgtcaatctttttcctgacttgacatttaccttc 12039983  T
106 tatggattgtacagatattgtacatgtttcgtcactgtaatacacctaaaagcataaatcaagatatctgagtcacaatataaacagttgcacagagaca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
12039982 tatggattgtacagatattgtacatgtttcatcactgtaatacacctaaaagcataaatcgatatatctgagtca--atattaacagttgcacagagaca 12039885  T
206 atgaacaacaaaatgaacacacaaagatcaggtcacttatcaaagtcaattcagagcaagtataaatgacttagtaccnnnnnnnnnnnnntcatgaagt 305  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||             ||||  |||    
12039884 atgaacaacaatatgaacacacaaaggtcaggtcacttatcaaagtcaattctgaacaagtatgaatgacttagtaccaaaaaatgaaaaatcatttagt 12039785  T
306 tataataacttgtatgtaactttttacctcttgcacatcagaacagtatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttctgactttgata 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12039784 tataataacttgtatgtaaccttttacctcttgcacatcagaacagtatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttctgactttgata 12039685  T
406 tctgtagattttatttcagcttgttttgtttccttctttgcaatgatctcaagcacttggcatataacataagctctcagccctacgttcctcccactct 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12039684 tctgtagattttatttcagcttgttttgtttccttcttggcaatgatctcaagcacttggcatataacataagctctcagccctacgttcctcccactct 12039585  T
506 tatgagttccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcagttccctccaatacaaaactagactt 605  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
12039584 tatgagctccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcggttccctccaacacaaaactagattt 12039485  T
606 ggatgaatttactttgaaaacgtccttctcctcttcggcttcctgtaactggcaagattgacaaacgccagaccctagacccagtgtatcaaacggaagg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12039484 ggatgaatttactttgaaaacgtccttctcctcttcggcttcctgtaacttgcaagattgacagacgccagaccctagacccagtgtatcaaacggaagg 12039385  T
706 ctaaagaaagcacctctttcaggccaatacaagcttttacagtaatatttagtaggcagtcctttctttttcctttcttctgctctttccctgtcgattt 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12039384 ctaaagaaagcacctctttcaggccagtacaagcttttacagtaatattcagtaggcggtcctttctttttcctttcttctgctctttccctgtcgattt 12039285  T
806 tatctgcaatgatggtattctttcgatgttgatgcccccgaggtgtttttcggatgcttgcaacatttatctgcttaacatcctgcagtccc-aatccct 904  Q
    |||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
12039284 tatctgcaatgatgttagccttacgatgttgatgcccccaaggtgtttttcggatgcttacaacatttatctgcttaacatcgtgcagtcccaaatccct 12039185  T
905 gcactcattagtcaaaa--gactccctctcgttagctgcattgcca 948  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
12039184 gcactcattagtcaaaaacacctccctctcgttagctgcattgcca 12039139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 948
Target Start/End: Original strand, 20162327 - 20163270
Alignment:
6 caggatcatacaagagctcacagaaaaagatattatggaagattccgggggcacatccttcagggacgtcaatctttttcctgacttcacatttaccttc 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
20162327 caggatcatacaagagctcacagaaaaagacattatggaagattccgggggcacatccttcagggacgtcaatctttttcctgactttacatttaccttc 20162426  T
106 tatggattgtacagatattgtacatgtttcgtcactgtaatacacctaaaagcataaatcaagatatctgagtcacaatataaacagttgcacagagaca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||    
20162427 tatggattgtacagatattgtacatgtttcatcattgtaatacacctaaaagtataaatctatatatctgagtca--atattaacagttgcatagagaca 20162524  T
206 atgaacaacaaaatgaacacacaaagatcaggtcacttatcaaagtcaattcagagcaagtataaatgacttagtaccnnnnnnnnnnnnntcatgaagt 305  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||             ||||  |||    
20162525 attaacaacaatatgaacacacaaaggtcaggtcacttatcaaagtcaattctgaacaagtatgaatgacttagtaccaaaaaatgaaaaatcatttagt 20162624  T
306 tataataacttgtatgtaactttttacctcttgcacatcagaacagtatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttctgactttgata 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20162625 tataataacttgtatgtaactttttacctcttgcacatcagaacagtatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttctgactttgata 20162724  T
406 tctgtagattttatttcagcttgttttgtttccttctttgcaatgatctcaagcacttggcatataacataagctctcagccctacgttcctcccactct 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
20162725 tctgtagattttatttcagcttgttttgtttccttcttggcaatgatctcaagcacttggcatataacataagctctcagccctacgttcctcccaccct 20162824  T
506 tatgagttccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcagttccctccaatacaaaactagactt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20162825 tatgagttccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcagttccctccaatacaaaactagactt 20162924  T
606 ggatgaatttactttgaaaacgtccttctcctcttcggcttcctgtaactggcaagattgacaaacgccagaccctagacccagtgtatcaaacggaagg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
20162925 ggatgaatttactttgaaaacgtccttctccttttcggcttcttgtaacttgcaagattgacagacaccagaccctagacccagtgtatcaaacggaagg 20163024  T
706 ctaaagaaagcacctctttcaggccaatacaagcttttacagtaatatttagtaggcagtcctttctttttcctttcttctgctctttccctgtcgattt 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20163025 ctaaagaaagcacctctttcaggccagtacaagcttttacagtaatattcagtagggagtcctttctttttcctttcttctgctctttccctgtcgattt 20163124  T
806 tatctgcaatgatggtattctttcgatgttgatgcccccgaggtgtttttcggatgcttgcaacatttatctgcttaacatcctgcagtccc-aatccct 904  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
20163125 tatctgcaatgatgttatcctttcgatgttgatgtccccaaggtgttttttggatgcttacaacatttatctgcttaacatcctgcagtcccaaatccct 20163224  T
905 gcactcattagtcaaaa--gactccctctcgttagctgcattgcca 948  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
20163225 gcactcattagtcaaaaacacctccctctcgttagctgcattgcca 20163270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 667; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 948
Target Start/End: Original strand, 8051846 - 8052790
Alignment:
6 caggatcatacaagagctcacagaaaaagatattatggaagattccgggggcacatccttcagggacgtcaatctttttcctgacttcacatttaccttc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8051846 caggatcatacaagagctcacagaagaagacattatggaagattctgggggcacttccttcagggacgtcaatctttttcctgacttcacatttaccttc 8051945  T
106 tatggattgtacagatattgtacatgtttcgtcactgtaatacacctaaaagcataaatcaagatatctgagtcacaatataaacagttgcacagagaca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
8051946 tatggattgtacagatattgtacatgtttcatcgctgtaatacacctaaaagcataaaacatgatatctgagtca--atataaacaattgcacagagaca 8052043  T
206 atgaacaacaaaatgaacacacaaagatcaggtcacttatcaaagtcaattcagagcaagtataaatgacttagtaccnnnnnnnnnnnnntcatgaagt 305  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||             |||| ||||    
8052044 atgaacaacaatatgaacgcacaaagatcaggtcacttatcaaagtcaattcagaacaagtatgaatgacttagtaccaaaaataaaaaa-tcattaagt 8052142  T
306 tataataacttgtat--gtaactttttacctcttgcacatcagaacagtatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttctgactttga 403  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8052143 tataataacttgtatatgtaactttttacctcgtgtacatcagaacaatatgccttctcacttgatacatcttccggtcggaagaaccttctgactttga 8052242  T
404 tatctgtagattttatttcagcttgttttgtttccttctttgcaatgatctcaagcacttggcatataacataagctctcagccctacgttcctcccact 503  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||||    
8052243 tctctctagatgttatttcagcttgttttgtttccttcttggcaatgatctcgagcacttggcatataacataagctttcaatcctacgtttctcccact 8052342  T
504 cttatgagttccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcagttccctccaatacaaaactagac 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
8052343 cttatgagttccctgctctattttttcctcaaattcaaaaggactgacataaacatagtcattgagagaatattcagttccctccaatacaaaactggac 8052442  T
604 ttggatgaatttactttgaaaacgtccttctcctcttcggcttcctgtaactggcaagattgacaaacgccagaccctagacccagtgtatcaaacggaa 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
8052443 ttggatgaatttactttgaaaacgtccttctcctcttcggcttcctgtaacttgcaagattgacagacgcctgaccctagacccagcgtatcaaacggaa 8052542  T
704 ggctaaagaaagcacctctttcaggccaatacaagcttttacagtaatatttagtaggcagtcctttctttttcctttcttctgctctttccctgtcgat 803  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
8052543 ggctaaagaaagcacctctttcaggccagtacaagcttttacagtaatattcagtaggcaatcctttcattttcctttcttctgctctttccctgtcgat 8052642  T
804 tttatctgcaatgatggtattctttcgatgttgatgcccccgaggtgtttttcggatgcttgcaacatttatctgcttaacatcctgcagtcc-caatcc 902  Q
    ||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||    
8052643 tttatctgcaacgatgttagcctttcgatgttgatgcccccaaggtgttttttggatggttacaatatttatctgcttaacatcctgcagtcctaaatcc 8052742  T
903 ctgcactcattagtcaaaa--gactccctctcgttagctgcattgcca 948  Q
     ||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||    
8052743 ttgcactcattagtcaaaaacacctctctctcgttagctgcattgcca 8052790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University