View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2865R-Insertion-1 (Length: 744)

Name: NF2865R-Insertion-1
Description: NF2865R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2865R-Insertion-1
NF2865R-Insertion-1
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (9-744)||(30119733-30120468)
chr7 (100-429)||(30131048-30131380)
chr7 (303-687)||(30124833-30125220)
chr7 (124-242)||(28180503-28180624)
chr7 (303-633)||(30165661-30165982)
chr7 (309-388)||(28180357-28180436)
chr7 (326-416)||(28180988-28181078)
chr7 (9-168)||(30123949-30124109)
chr7 (607-744)||(30130727-30130867)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-300)||(29261168-29261459)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (307-416)||(21426586-21426695)
chr2 (129-270)||(21430104-21430244)
chr2 (104-272)||(21426387-21426551)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (307-416)||(43164831-43164940)
chr8 (303-409)||(41311160-41311266)
chr8 (512-573)||(43164671-43164732)
chr8 (186-231)||(43165016-43165061)
chr8 (512-573)||(41310993-41311054)
[»] scaffold1051 (1 HSPs)
scaffold1051 (116-269)||(1971-2121)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (9-42)||(48852581-48852614)
chr4 (514-575)||(48863631-48863692)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 30120468 - 30119733
Alignment:
Q  9 gaatccatccaccggagtccacaaacaaatacctaggtcacctatgactattggaatcaagcttaatattctcaatcgcgatattttaaggtttttgtat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30120468 gaatccatccaccggagtccacaaacaaatacctaggtcacctatgactattggaatcaagcttaatattctcaatcgcaatattttaaggtttttgtat 30120369  T
Q  109 ggctttgcatacgaaccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctagtttgattaccttgg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30120368 ggctttgcatacgaaccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctggtttgattaccttgg 30120269  T
Q  209 agattttctcattgagagctaataggtggaaacaagttgaggttggttttcatttaccttatatggtaattaatactaatcgtccttccaacaaagttgg 308  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30120268 agattttctcattgagaactaataagtggaaacaagttgaggttggttttcatttaccttatatggtaattaatactaatcgtccttccaacaaagttgg 30120169  T
Q  309 gttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaatatcagag 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30120168 gttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaatatcagag 30120069  T
Q  409 atagctctgcctaaggatttttgtgttacttattctatacaatatgatttgttggtgcttgatgggcttattagtgcatggattgtggacatggatgtag 508  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30120068 atagctctgccaaaggatttttgtgttacttattctatacaatatgatttgttggtgcttgatgggcttattagtgcatggattgtggacatggatgtag 30119969  T
Q  509 tggagatatgggtaatgcaagaatatgcagtgtattcatcttggattaagactcttgttttttctatacgtcctgatccggacttctttctagtatattt 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  30119968 tggagatatgggtaatgcaagaatatgcagtgcattcatcttggattaagactcttgttttttctatacgtcctgatccggacttcttccttgtatattt 30119869  T
Q  609 tacaaattgtggtgatatagttggaacagatggtcatgatgaattggtgaagtttaattacaaaggccagctgctagagaatctctcatatcatagctgt 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30119868 tacaaattgtggtgatatagttggaacagatggtcatgatgaattggtgaagtttaattacaaaggccagctgctagagaatctctcatatcattgctgt 30119769  T
Q  709 ttttcgggtagatccaaaatggtcgtgtatacagag 744  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30119768 ttttcaggtagatccaaaatggtcgtgtatacagag 30119733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 100 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 30131380 - 30131048
Alignment:
Q  100 tttttgtatggctttgcatacgaaccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctagtttga 199  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||| |||||||||       
T  30131380 tttttgtatggcttggcatatgaaccatcaactgatgattacttggtagttttagggtcctatgaatgcgatgatggctatgatcggatatctagttcac 30131281  T
Q  200 ttaccttggagattttctcattgagagctaataggtggaaacaagttgaggttggttttcatttaccttatatggtaatta---atactaatcgtccttc 296  Q
    ||  ||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||| || |||||| || |||||| ||||||  |   ||||   |  || |   |  |      
T  30131280 ttgacttggggattttctcattgagagctattagctgaaaacaaattcaggttgcttctcatttgccttatgagagtattacccactctgaaaatggtct 30131181  T
Q  297 caacaaagttgggttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacg 396  Q
    || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |  | | |||||||||| |||||| |||||||||||| |    
T  30131180 caccagagtcgggttgttcttgaatggggctattcattggctggtttataattatgagacaagaagggatgttattatagcctttaatttaaaggaaatg 30131081  T
Q  397 acaatatcagagatagctctgcctaaggatttt 429  Q
    ||||| ||||||||| |||| || || ||||||    
T  30131080 acaatgtcagagataactcttccaaatgatttt 30131048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 303 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 30125220 - 30124833
Alignment:
Q  303 agttgggttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaata 402  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  30125220 agttgggttgttcttgaatgggactattcattggctggttcataatcatgagaccaacaaggatgttattgttgcctttgatttaaaggaagcgacaatg 30125121  T
Q  403 tcagagatagctctgcctaaggatttttgt----gttacttattctatacaatatgatttgttggtgcttgatgggcttattagtgcatggattgtggac 498  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||| |     |||| | | || || | ||||||||||| ||  ||| ||| ||||| |||  ||||||| | ||     
T  30125120 tcagaaatagctcttccaaatgatttttataccgattac-tctcctgtagattatgatttgttagtatttggtggacttatcagtttatggattcttgag 30125022  T
Q  499 atggatgtagtggagatatgggtaatgcaagaatatgcagtgtattcatcttggattaagactcttgttttttctatacgtcctgatccggacttctttc 598  Q
    ||||||| |||  ||||| |||| ||||| ||||| ||| || |||| | ||||| |   ||||||||||||||||| | ||||| |||| |||| |  |    
T  30125021 atggatgcagttaagatacgggtgatgcatgaatacgcaatggattcctgttggactcgaactcttgttttttctatgcatcctgctccgcacttttccc 30124922  T
Q  599 tagtatattttacaaattgtggtgatatagttggaacagatggtcatgatgaattggtgaagtttaattacaaaggccagctgctagag 687  Q
     | |||  |||||||| |  ||||||||||||||||| ||| ||   | || ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  30124921 caatatcctttacaaaattcggtgatatagttggaactgattgtaggggtggattcgtgaagtttaatgacaaaggacagctgctagag 30124833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 124 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 28180624 - 28180503
Alignment:
Q  124 ccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgc---tataatgactatgatcgggtatctagtttgattaccttggagattttctcat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || ||| || ||||| |||||||||||  |||   || |||||||||||||    
T  28180624 ccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgcggtgatgatggctttgatccggtatctagttcaattgaattagagattttctcat 28180525  T
Q  221 tgagagctaataggtggaaaca 242  Q
    |||||||||||| |||||||||    
T  28180524 tgagagctaataagtggaaaca 28180503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 303 - 633
Target Start/End: Original strand, 30165661 - 30165982
Alignment:
Q  303 agttgggttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaata 402  Q
    |||||||| |||||| |||||  ||||||||||| ||||| ||||| || ||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  30165661 agttgggtcgttcttcaatggttctattcattggctggtttataattatcagactgaaatggatgttattattgcctttgatttaaaggaagcgacaatg 30165760  T
Q  403 tcagagatagctctgcctaaggatttttgtgttacttattctatacaatatgatttgttggtgcttgatgggcttattagtgcatggattgtggacatgg 502  Q
     ||||||||||||| || || |||| || |  |    |||        ||||||||||||||  || |||| ||||| |||| ||||| |||||| | |     
T  30165761 gcagagatagctcttccaaatgattgttctcgtgga-att--------tatgatttgttggtatttcatggacttatcagtgtatggaatgtggagaggt 30165851  T
Q  503 atgtagtggagatatgggtaatgcaagaatatgcagtgtattcatcttggattaagactcttgttttttctatacgtcctgatccggacttctttctagt 602  Q
     |  |||  |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||| | | ||||  || ||| || | || | |    
T  30165852 ctacagttaagatatgggtgatgcaagaatacgcagtgcattcatcttggactacgactcttgatttttcttttcatcctcctctggatttttctccaat 30165951  T
Q  603 atattttacaaattgtggtgatatagttgga 633  Q
    ||  ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30165952 atgctttacaaattgcggtgatatagttgga 30165982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 309 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 28180436 - 28180357
Alignment:
Q  309 gttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaa 388  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  28180436 gttgctcttaaacggggctattcattggttggttcataatcatgagaccaagaggaatgttattattgtctttgatttaa 28180357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 326 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 28181078 - 28180988
Alignment:
Q  326 ctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaatatcagagatagctct 416  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  28181078 ctattcattggctggtttataattatgagaccaaaattggtgttattattgcctttgatttaaaggaaatgacaatgtcagatatagctct 28180988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30124109 - 30123949
Alignment:
Q  9 gaatccatccaccggagtccacaaacaaatacctaggtcacctatgactattggaatcaagcttaatattctcaatcgcgatattttaaggtttttgtat 108  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||  |||| ||||||| | || | | ||||| || |||||   ||||| |   ||||||||||    
T  30124109 gaatccatccaccggagtctaccagcaaatacctaggtcttctataactattgtattcgatcataataatcccaatcataatattctcgtgtttttgtat 30124010  T
Q  109 ggctttgcatacgaacc-gtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgc 168  Q
    | |||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  30124009 gcctttgcttacgaacccgttaacatatgattacttggtagttttggggtcctacaaatgc 30123949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 607 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 30130867 - 30130727
Alignment:
Q  607 tttacaaattgtggtgatatagttggaacagatggtcatga---tgaattggtgaagtttaattacaaaggccagctgctagagaatctctcatatcata 703  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||   || ||||  |||||||||| | ||||| || ||||||||| ||  ||| |||||||    
T  30130867 tttacaaattgcggtgatatagttggaatagttgatcatgaacgtggattgaagaagtttaataataaaggacacctgctagagcatgactcctatcata 30130768  T
Q  704 gctgtttttcgggtagatccaaaatggtcgtgtatacagag 744  Q
      |||||||| |  |||||| ||||||  ||||||||||||    
T  30130767 tttgtttttcagaaagatcccaaatggcggtgtatacagag 30130727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 9 - 300
Target Start/End: Original strand, 29261168 - 29261459
Alignment:
Q  9 gaatccatccaccggagtccacaaacaaatacctaggtcacctatgactattggaatcaagcttaatattctcaatcgcgatattttaaggtttttgtat 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||    
T  29261168 gaatccatcaaccggagtccacaaacaaatacctagatcacctatgactattggaatcaagcttaatattctcaatcacaatattttaaggtttttctat 29261267  T
Q  109 ggctttgcatacgaaccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctagtttgattaccttgg 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  29261268 ggctttgcatatgaaccgtcaactgatgattacttcgtagttttaaggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctagattgattcccttgg 29261367  T
Q  209 agattttctcattgagagctaataggtggaaacaagttgaggttggttttcatttaccttatatggtaattaatactaatcgtccttccaac 300  Q
    | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29261368 atattttctcattgagagctaataagtagaaacaagttgatgttggttttcatttaccttatatggtaattaatactaatcgtccttccaac 29261459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 9e-29; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 307 - 416
Target Start/End: Original strand, 21426586 - 21426695
Alignment:
Q  307 gggttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaatatcag 406  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  21426586 gggtcgttcttaaatggggctattcattggctggttcataattctgagaccaaccgggatgttattattgcccttgatttaaaggaaacaacaatgtcag 21426685  T
Q  407 agatagctct 416  Q
    ||||||||||    
T  21426686 agatagctct 21426695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 270
Target Start/End: Original strand, 21430104 - 21430244
Alignment:
Q  129 aactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctagtttgattaccttggagattttctcattgagagct 228  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||| | ||||| ||| |||   |||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  21430104 aactgatgattacttggtagttttcgagtcctacgaattcaataatcactctgagtcggtatctagttcaattgacttagagattttctcattgagagct 21430203  T
Q  229 aataggtggaaacaagttgaggttggttttcatttaccttat 270  Q
    |||   |||||| || ||||||||| || |||||| ||||||    
T  21430204 aatcaatggaaa-aaattgaggttgcttctcatttgccttat 21430244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 272
Target Start/End: Original strand, 21426387 - 21426551
Alignment:
Q  104 tgtatggctttgcatacgaaccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctagtttgattac 203  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||| |||||||| |||    || || |||  || |  ||| ||||||  |||      
T  21426387 tgtatgccttggcatacgaaccgtcaa----tgattacttggtagttttggggtcctacaaagttgatgatcacttggagcctgtacctagttcaattga 21426482  T
Q  204 cttggagattttctcattgagagctaataggtggaaacaagttgaggttggttttcatttaccttatat 272  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  21426483 cttgaagattttctcattgagagctcataaatggaaacaaattgaggttgcttctcatttgccttatat 21426551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 307 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 43164940 - 43164831
Alignment:
Q  307 gggttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaatatcag 406  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||  | ||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  43164940 gggtcgttcttgaatggttctattcattggctggtttataattatgagactgaaatagatgttattattgcctatgatttaaaggaaaagacaatgtcag 43164841  T
Q  407 agatagctct 416  Q
    |||| |||||    
T  43164840 agattgctct 43164831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 303 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 41311266 - 41311160
Alignment:
Q  303 agttgggttgttcttgaatggggctattcattgggtggttcataatcatgagaccaacatgaatgttattattgcctttgatttaaaggaaacgacaata 402  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||| || || || ||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |     
T  41311266 agttgggtcgttcttgaatggttctattcattggctggtttatgatgataagactgaaatggatgttattattgcctttgatttaaaggaaatgacactg 41311167  T
Q  403 tcagaga 409  Q
    |||||||    
T  41311166 tcagaga 41311160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 43164732 - 43164671
Alignment:
Q  512 agatatgggtaatgcaagaatatgcagtgtattcatcttggattaagactcttgttttttct 573  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||  |||||| ||| |||||||    
T  43164732 agatatgggtaatgcaagaatacgctgtgcattcatcttggaccaagacttttgatttttct 43164671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 43165061 - 43165016
Alignment:
Q  186 ggtatctagtttgattaccttggagattttctcattgagagctaat 231  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43165061 ggtatctagttcgattgacttggagattttctcattgagagctaat 43165016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 512 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 41311054 - 41310993
Alignment:
Q  512 agatatgggtaatgcaagaatatgcagtgtattcatcttggattaagactcttgttttttct 573  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  41311054 agatatgggtgatgcaagaatacgcaatacattcatcttggactaagacttttgatttttct 41310993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1051 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1051
Description:

Target: scaffold1051; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 2121 - 1971
Alignment:
Q  116 catacgaaccgtcaactgatgattacttggtagttttagggtcctataaatgctataatgactatgatcgggtatctagtttgattaccttggagatttt 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||| | || || ||| |     || |||| |||| | |  ||||||||||||    
T  2121 catatgaaccgtcaactgatgattacttggtagttttggggtactaccaatacgatgataacttttt---ggaatctggtttaactgacttggagatttt 2025  T
Q  216 ctcattgagagctaataggtggaaacaagttgaggttggttttcatttacctta 269  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| || ||| |||||    
T  2024 ctcattgagagctaataagtggaaacaaattgagtttggttctcctttgcctta 1971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 42
Target Start/End: Original strand, 48852581 - 48852614
Alignment:
Q  9 gaatccatccaccggagtccacaaacaaatacct 42  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48852581 gaatccatccaccggagttcacaaacaaatacct 48852614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 514 - 575
Target Start/End: Original strand, 48863631 - 48863692
Alignment:
Q  514 atatgggtaatgcaagaatatgcagtgtattcatcttggattaagactcttgttttttctat 575  Q
    |||||||| ||| ||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  48863631 atatgggtgatggaagaatacggagtgcattcatcttggattaaaactcttgtgctttctat 48863692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University