View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2876_low_3 (Length: 443)

Name: NF2876_low_3
Description: NF2876
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2876_low_3
NF2876_low_3
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (19-426)||(8035826-8036233)
chr4 (19-426)||(8041240-8041650)
chr4 (19-420)||(8410954-8411358)
chr4 (19-426)||(9138424-9138834)
chr4 (19-356)||(8416620-8416960)
chr4 (19-360)||(8358990-8359325)
chr4 (197-360)||(8354614-8354777)
chr4 (18-360)||(43144299-43144641)
chr4 (75-267)||(8404062-8404254)
chr4 (102-360)||(8356024-8356282)
chr4 (79-257)||(9576894-9577072)
chr4 (292-356)||(8403967-8404031)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-426)||(33084105-33084510)
chr2 (103-291)||(24845317-24845504)
chr2 (284-356)||(24844593-24844665)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (75-271)||(5476606-5476802)
chr7 (292-360)||(5476502-5476570)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Original strand, 8035826 - 8036233
Alignment:
Q  19 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8035826 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 8035925  T
Q  119 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8035926 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaact 8036025  T
Q  219 tgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctactataacaaagatcaagaaatgt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8036026 tgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatccgtgttattcctactataacaaagatcaagaaatgt 8036125  T
Q  319 caaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacacttcccatacccgttaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagt 418  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8036126 caaagaatgagagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacacttcccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaatgagt 8036225  T
Q  419 ttatatag 426  Q
    ||||||||    
T  8036226 ttatatag 8036233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Original strand, 8041240 - 8041650
Alignment:
Q  19 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 118  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  |||||  |||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8041240 agtaaaagaactaagatttggagtagaaagcgaaaattggacagctgatacataggttatagtcaaattggataatgtctgattagatatgcagaggact 8041339  T
Q  119 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaact 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  8041340 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacgtgacagtttggaaaagggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaatc 8041439  T
Q  219 tgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctact---ataacaaagatcaagaaa 315  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    || || || |||   ||||||||| ||||||||    
T  8041440 tgaaaaaattaagatgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatacccgtcataccaactataataacaaagctcaagaaa 8041539  T
Q  316 tgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacacttcccatacccgttaattttcaaagagagtagtggatttatattaatg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8041540 tgtcaaagagtgagagccaaagattaaaggaagtaactcagattttggacaccttccatacccattaattttcaaagagagtagcggatttatattaatg 8041639  T
Q  416 agtttatatag 426  Q
    |||||| ||||    
T  8041640 agtttacatag 8041650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 8411358 - 8410954
Alignment:
Q  19 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 118  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||     |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8411358 agtaaaagaactaagatatggagtagaaagcgaaaattggtcagctaatacattacttatagtcaaactggataatgtctgattagatatgcagaggact 8411259  T
Q  119 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatc-gagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaac 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||  || | ||| |||||| | |||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8411258 tgtgcatcttcaatcaaagaacaa-tacctgagcaccaaagtcttcagcacatgacattttggaaaagggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaag 8411160  T
Q  218 ttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctactataa---caaagatcaagaa 314  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    || || ||||||||||   ||||| |||||||    
T  8411159 ttgaaaaatttaagatgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaa 8411060  T
Q  315 atgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacacttcccatacccgttaattttcaaagagagtagtggatttatattaat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8411059 atgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattttggacactttccatacccattaattttcaaagagagtagtggatttatattaat 8410960  T
Q  415 gagttt 420  Q
    ||||||    
T  8410959 gagttt 8410954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Original strand, 9138424 - 9138834
Alignment:
Q  19 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 118  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||| |||||||| ||||||  |||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9138424 agtaaaagaactaagatttggagcagaaagtgaatattggtcagctgatacttttcttatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 9138523  T
Q  119 tgtgcatcctcaatcaaagaaca-gctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||     
T  9138524 tgtgcatcctcaatcaaagaacaagcaat-gagaaccaaagtattcaacacgtgacagtttggaaaggggtcagcacagtgatcgtgagttgcaacaaag 9138622  T
Q  218 ttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctactataacaaagatcaagaaatg 317  Q
    | |||  ||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||    ||| ||| ||| |||| |||| ||||||||||    
T  9138623 tggaaccattgaagatgcaaggttcttaatgctggtatgtgaagagattttggacactttgcatacccgtttttcatacaataagaaaggtcaagaaatg 9138722  T
Q  318 tcaaagagtgagagccaaagattaaagggag---taactcagattttggacacttcccatacccgttaattttcaaagagagtagtggatttatattaat 414  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  9138723 tcaaagagcgagagccaaagagtaaagggagtaataactcagattttggacactttgcatacccaaaaattttcaaagagagaagtggatttattttaat 9138822  T
Q  415 gagtttatatag 426  Q
    ||||||||||||    
T  9138823 gagtttatatag 9138834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 8416960 - 8416620
Alignment:
Q  19 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 118  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||  |||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8416960 agtaaaagaactaagatttggagtagaaagcgaaaattggtcagctgatacgtaggatatagtcaaattggataatgtctgattagatatgcagaggact 8416861  T
Q  119 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |  || ||||||| |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  8416860 tgtgcatcctcaatcaaagaacaaccactgataaccaaagtattcagcacatgacagtttgaaaagggctcagcacaatgatcgtgagttgcaacaaagt 8416761  T
Q  219 tgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctact---ataacaaagatcaagaaa 315  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    || || ||||||   |||| |||| ||||||||    
T  8416760 taaaaaatttaagatgcaaggttcttaatgcaggtaagtgaagagattttggacacttcgcataccagtcatacctactataataagaaagctcaagaaa 8416661  T
Q  316 tgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcag 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  8416660 tgtcaaagagtgagagccaaagattaacgggagtatctcag 8416620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 360
Target Start/End: Original strand, 8358990 - 8359325
Alignment:
Q  19 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 118  Q
    ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  8358990 agtaaaaaaactaagatttggagtagaaagcgaaaattggtcagctaatacgtaggatatagtcaaattggataatgtctgattagatatgcagaggatt 8359089  T
Q  119 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaact 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||    | |||   |||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |    
T  8359090 tgtgcatcatcaatcaaagaacaatacttgagctgcaaagtgttcaacacatgacagtttgaaaaggggtcagcacagtgatagtgagttgtaacaaagt 8359189  T
Q  219 tgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctactataacaaagatcaagaaatgt 318  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    ||||     |||| || |||| |||||||||||    
T  8359190 tgaagcatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaggtgaagagattttggacacttcgcatacccgtta-----acta-aagaaagctcaagaaatgt 8359283  T
Q  319 caaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattt 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  8359284 caaagagtgagagccaaagattaaagggaggaactcatattt 8359325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 197 - 360
Target Start/End: Original strand, 8354614 - 8354777
Alignment:
Q  197 tgattgtgagttgcaacaaacttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctac 296  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  8354614 tgatggtgagttgcaacaaagttgacacatttgagatgcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtctccgtgttattcctac 8354713  T
Q  297 tataacaaagatcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattt 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8354714 tataacaaagatcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcggattt 8354777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 360
Target Start/End: Original strand, 43144299 - 43144641
Alignment:
Q  18 aagtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggac 117  Q
    ||||||||||  ||||  ||||||||||||| ||| |||| | ||||   ||||| |||||||| ||| |||| ||||  | |||||||||||| |||||    
T  43144299 aagtaaaagacttaagatttggagtagaaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggac 43144398  T
Q  118 ttgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaac 217  Q
    || |||||||| ||||||||||||       || |||||| |||| ||| |||||||||||  ||| ||||||||| | |||| ||| |||||||||||     
T  43144399 ttttgcatcctgaatcaaagaacaatccctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaag 43144498  T
Q  218 ttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctactataacaaagatcaagaaatg 317  Q
    |||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  || | |   |  ||||| || |||  |||| |  |||||||    
T  43144499 ttgacatatttgagatacaaagttcttaatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatg 43144598  T
Q  318 tcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattt 360  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||    
T  43144599 tcaaagagtgagagactgagattaaagggagtaaatcagattt 43144641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 75 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 8404254 - 8404062
Alignment:
Q  75 atatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgaca 174  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||      ||| |||||| |||||||| |||||      
T  8404254 atatagtcaaactggacagtgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaatcacaaaacctgagcaccaaagtattcaacgcatgaag 8404155  T
Q  175 gttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaacttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattt 267  Q
    ||||  |||||| ||| || | |||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||||| || ||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  8404154 gtttgaaaagggatcaacatagtgatcgtgagttgcaacaaagttgacgtattcaagatgtaaagttcttaatacaggcaaatgaaaagattt 8404062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 102 - 360
Target Start/End: Original strand, 8356024 - 8356282
Alignment:
Q  102 tagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgatt 201  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||   |||   ||| || |||||| |||| ||| |||||||||||  ||| ||||| ||| | ||||     
T  8356024 tagatatgcaaaggacttgtgcgtcctcaatcaatttacaatcatcaagtaccaaagtatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcggcatagtgatg 8356123  T
Q  202 gtgagttgcaacaaacttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctactataa 301  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |  | |   |  || |||||||||     
T  8356124 gtgagttgcaacaaagttgacacattcgagatgcaaagttcttaatgcaggaaattgaagagattttggacacactacaacccagccatgcctactatat 8356223  T
Q  302 caaagatcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattt 360  Q
     |||| |  |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  8356224 gaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagaggtcgagattaaagggagtaactcagattt 8356282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 79 - 257
Target Start/End: Original strand, 9576894 - 9577072
Alignment:
Q  79 agtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttt 178  Q
    ||||||||  || ||||| | |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||   | |||| |||||  ||||||||||  |||||||     
T  9576894 agtcaaatgtgaaagtgtataattagatatgcagaggacttgtgtttccttaatcaaacaacaataaccgagcaccaatgtattcaacacgagacagttc 9576993  T
Q  179 tgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaacttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagt 257  Q
      |||||| |||||||| ||| ||| ||||||| |||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9576994 gaaaagggatcagcacagtgactgttagttgcagcaaagtagaagtattcaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagt 9577072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 8404031 - 8403967
Alignment:
Q  292 cctactataacaaagatcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcag 356  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  8404031 cctacgataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagaggttaagattaaaggtagtaactcag 8403967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 33084510 - 33084105
Alignment:
Q  19 agtaaaagaactaagccttggagtagaaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggact 118  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||| |  ||   |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33084510 agtaaaagaactaagatttggagtagaaagtgaatattggtcagttgatatgtaacatatagtcaaattggatagtgtctgattagacatgtagaggact 33084411  T
Q  119 tgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |    
T  33084410 tgtgcatcctcaatcaaagaacaaccactgagaaccaaagtattcaacacgtgacagtttggaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaaagaagt 33084311  T
Q  219 tgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttattcctactataacaaagatcaagaaatgt 318  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  33084310 tgaaaaattgaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttg---------cattcctaccataagaaagctcaagaaatgt 33084220  T
Q  319 caaagagtgagagccaaagattaaaggga----gtaactcagattttgga---cacttcccatacccgttaattttcaaagagagtagtggatttatatt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||   |||  || |  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  33084219 caaagagtgagagccaaagattaaagggagtacgtaactcagattttggacagcacgaccgacgcccattaattttcaaagagagaagtggatttatttt 33084120  T
Q  412 aatgagtttatatag 426  Q
    || ||||||| ||||    
T  33084119 aacgagtttacatag 33084105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 103 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 24845504 - 24845317
Alignment:
Q  103 agatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattg 202  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| || || | |   || || ||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||||||| | |||| |    
T  24845504 agatatgcaaaggatttgtgcatcctcactcaatgagcacccagtaagtactaaagtatttaacacatgacagttt-gaaaaaggtcagcatagtgatgg 24845406  T
Q  203 tgagttgcaacaaacttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatctgtgttatt 291  Q
    |||||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24845405 tgagttgctacaaagttgacacatttgagatgcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatccgtgttatt 24845317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 284 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 24844665 - 24844593
Alignment:
Q  284 gtgttattcctactataacaaagatcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcag 356  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  24844665 gtgttattcctactataagaaagatcaagaaatgtcaaagaatgagagccaaagattgaagagagtaactcag 24844593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 6e-38; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 75 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 5476802 - 5476606
Alignment:
Q  75 atatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacagctatcgagaaccaaaatattcaacacatgaca 174  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |    ||| |||||| |||||||| |||||      
T  5476802 atatagtcaaattggacagtgtctgattagatatgcagaggactagtgcatcctcaatcaaataacaacacctgagcaccaaagtattcaacgcatgaag 5476703  T
Q  175 gttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaacttgaaatatttaagatgcaaggttcttaatgcaggcaagtgaagagattttgga 271  Q
    ||||  |||||| ||| || | |||| | ||||||||||||| ||||  |||| |||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  5476702 gtttgaaaagggatcaacatagtgatcgcgagttgcaacaaagttgacgtattcaagatgtaaagttcttaatgcaggcaaatgtagagattttgga 5476606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 292 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 5476570 - 5476502
Alignment:
Q  292 cctactataacaaagatcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcagattt 360  Q
    ||||| |||| |||| ||||| |||||||| |||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||    
T  5476570 cctacgataagaaagctcaaggaatgtcaaggagttagaggctaaaattaaagggagtaaatcagattt 5476502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University