View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2877_low_1 (Length: 786)

Name: NF2877_low_1
Description: NF2877
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2877_low_1
NF2877_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-771)||(12550673-12551424)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 12551424 - 12550673
Alignment:
Q  20 gtgactttgaccaataatgttttcctcaacattatttgaagattttcgatacaatcaagacatgcatgattatgagagtagcaaaaacaaaactgcatgc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12551424 gtgactttgaccaataatgttttcctcaacattatttgaagattttcgatacaatcaagacatgcatgattatgagagtagcaaaaacaaaactgcatgc 12551325  T
Q  120 ccatgaagtgaacaaacgtacgtaggatgttgcagggtgtgacgcagaatttaattatgaaacaggaaaactaaattgatttctaactctgaaataatgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12551324 ccatgaagtgaacaaacgtacgtaggatgttgcagggtgtgacgcagaatttaattatgaaacaggaaaactaaattgatttctaactctgaaataatgt 12551225  T
Q  220 tggttgttcaattagtttagtgttagattttaaataaaagtttgtgacaacgatctaaattataacatcaagacctttgttgttttgcgatcacgatcat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12551224 tggttgttcaattagtttagtgttagattttaaataaaagtttgtgacaacgatctaaattataacatcaagatctttgttgttttgcgatcacgatcat 12551125  T
Q  320 caactatattatataatggttttagactagtctaaggtccaatctcttgcgaactcacaagtcacaaccctcttttaaagcacacttgacccaaagacca 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12551124 caactatattatataatggttttagactagtctaaggtccaatctcttgcgaactcacaagtcacaaccctcttttaaagcacacttgacccaaagacca 12551025  T
Q  420 atccacctggcataagattcttgaaatttgtaacgcctcaacgagttcaatgaccttgaacggctgcaagagcacaccattaatgaagggtgtcatatgt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12551024 atccacctggcataagattcttgaaatttgtaacgcctcaacgagttcaatgccctcgaacggctgcaagagcacaccattaatgaagggtgtcatatgt 12550925  T
Q  520 aacgttcctccctttacgcatcaacagctcctttctaggattgtataaataatccttctcacaacaatgcaaggtacacaatttctcaactcgtaaacct 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12550924 aacgttcctccctttacgcatcaacagctcctttctaggattgtataaatactctttctcacaacaatgcaaggtacacaatttctcaactcgtaaacct 12550825  T
Q  620 cacactctttggtcacttactatcttagacgtcagagtgctccaatccagataactttctcgatctatccagatcaataatgactttctttcatatcata 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12550824 cacactctttggtcacttactatcttatacgtcagagtgctccaatccagataactttctcggtctatccagatcaataatgactttctttcatatcata 12550725  T
Q  720 gatcgacacgtgtgtgaccataattgttaccccaatttaaaaccttactttt 771  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12550724 gatcgacatgtgtgtgaccataattgttaccccaatttaaaaccttactttt 12550673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University