View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2880-Insertion-3 (Length: 582)

Name: NF2880-Insertion-3
Description: NF2880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2880-Insertion-3
NF2880-Insertion-3
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (8-582)||(52173951-52174525)
chr1 (103-209)||(49710780-49710886)
chr1 (103-206)||(49683173-49683276)
chr1 (46-86)||(49728741-49728781)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (8-581)||(31595071-31595644)
chr7 (8-581)||(31608274-31608847)
chr7 (8-581)||(31576014-31576587)
chr7 (8-581)||(31604680-31605253)
chr7 (8-581)||(31618284-31618857)
chr7 (8-581)||(31614555-31615121)
chr7 (8-563)||(31585424-31585979)
chr7 (27-581)||(31541055-31541606)
chr7 (54-581)||(31572485-31573008)
chr7 (28-581)||(31438658-31439211)
chr7 (224-581)||(31532595-31532949)
chr7 (17-271)||(33305100-33305354)
chr7 (325-581)||(33304810-33305068)
chr7 (17-176)||(31532422-31532581)
chr7 (172-293)||(21898213-21898334)
chr7 (25-77)||(21898417-21898469)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-581)||(15063005-15063576)
chr4 (126-247)||(29083976-29084098)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (10-229)||(1958-2177)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (174-293)||(31189590-31189709)
chr6 (174-239)||(31145532-31145597)
chr6 (174-239)||(31171845-31171910)
chr6 (160-209)||(31201383-31201432)
chr6 (175-247)||(30955236-30955308)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 52174525 - 52173951
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52174525 agttctttcttcctccaatcatttcaagaatcaacatgccataactgtatatatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactatatacttctgg 52174426  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  52174425 cgccatatatcctatagttcctcttgtgccaagtattgacacaacactatccttcctttggcatatttttgctagtccgaaatcagatatttttgggcaa 52174326  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52174325 aagtcttcatccaaaataatgttttgaggtttgatatcaagatgcaaaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctttagcaatgccaa 52174226  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
     || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    
T  52174225 ttgcaatttggaacaaagtgttccaattaaaatcacaaacagcttcagaaaatccacttttatagatgaactgatccaatgatccttggcgcatgaattc 52174126  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52174125 atatattagtgctcttttgttcacctcataacaatagcctaaaagtgacacaatgttcacgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 52174026  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgtat 582  Q
    ||||| ||||  || ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||    
T  52174025 tcttctccatccccctttaactcgtttattactttaacagccacttgacgaccatcaggtaaacttgctttgtat 52173951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 103 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 49710886 - 49710780
Alignment:
Q  103 tctggagccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttg 202  Q
    |||||||| |||||||||   ||||| |||| ||||| |||||| ||||| || || || ||| |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  49710886 tctggagcaatatatcctggtgttccccttgcaccaaatattgatacaatgctttcttttcttagacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttg 49710787  T
Q  203 gacaaaa 209  Q
    |||||||    
T  49710786 gacaaaa 49710780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 49683276 - 49683173
Alignment:
Q  103 tctggagccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttg 202  Q
    |||||||| |||||||||   || || |||| ||||| |||||| ||||| || || || ||| |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  49683276 tctggagcaatatatcctggtgtcccccttgcaccaaatattgatacaatgctttcttttcttggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttg 49683177  T
Q  203 gaca 206  Q
    ||||    
T  49683176 gaca 49683173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 46 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 49728781 - 49728741
Alignment:
Q  46 ccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaa 86  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  49728781 ccataactatatacatcagatttgtgagagacgccaccaaa 49728741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 581
Target Start/End: Original strand, 31595071 - 31595644
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31595071 agttctttcttcctccaatcatttcaagaatcaacataccataactgtatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctgctaaatacttctgg 31595170  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  31595171 cgccatatatcctatagttcctcttgtccccggtattgacacaatactatcattcatttgacatatttttgctagtccaaaatcagagatttttgggcaa 31595270  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |    
T  31595271 aagttttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagtatccttgaactacatccttgatgcaagtactctaaacctctagcaatgccga 31595370  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
      | ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || || | |||||||| ||||||||||||    
T  31595371 tagcaatttggaacaaagtgttcgaatcaaaatcacaaacagcgtcaggaaatccacttttatagatgaatttgtctagtgatcctttgggcatgaactc 31595470  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  31595471 atatattagtgctcttttatttgcctcgtaacaataacctaaaagtgacacaatgttcatgtgtgatgttctactgatgctagcaacttcatttatgaac 31595570  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  31595571 tcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccacttgacgaccatccgttaaacttgctttgta 31595644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 581
Target Start/End: Original strand, 31608274 - 31608847
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31608274 agttcttccttcctccaatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 31608373  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     |||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  31608374 cgccatatatcctatagttcctcgtgtccccaatattgacacaatactgtccttcctttgacatattttagcaagtccaaaatcagatatttttggacaa 31608473  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  31608474 aagtcttcatccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgtagtatccttgaactacatccttgatgcaagtactcgagacctctagcaatgccga 31608573  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
      | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| | ||    
T  31608574 tagcaacttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaacagcgtcaggaaatccactcttatagatgaacttatccagggatcctttgggcatgtattc 31608673  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| | ||||  || ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  31608674 atatattagcgctcttttattcacctcataacaaaaacctaagagtgacacaatgttcaggtgtgatgttctactgatgctagcaacttcatttatgaac 31608773  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  31608774 tcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccacttgacgaccatccgttaaacttgctttgta 31608847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 581
Target Start/End: Original strand, 31576014 - 31576587
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  31576014 agttcttccttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaactccaccaaatgatctattaaatgcttctgg 31576113  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     |||||||||||||| ||||||||||  || | |||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  31576114 tgccatatatcctattgttcctcttgcccctaatattgacacaatactatccttcttttggcatattttcgctagtccaaaatcagagatttttgggcaa 31576213  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31576214 aaatcatcatccaaaagaatgttttgaggttttatatcaagatgcagaatccttgaactgcatccttggtgcaagtactctagacctctagcaatgccaa 31576313  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
     ||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||    
T  31576314 ttgctatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatagcgttaggaaattcacttttatagatgaacttatccaatgatccattgggcatgaattc 31576413  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31576414 atatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttcatgtgtgatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaat 31576513  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||||||    
T  31576514 tcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccacttgacgaccatcaattaaacttgctttgta 31576587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 581
Target Start/End: Original strand, 31604680 - 31605253
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  31604680 agttcttccttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaactccaccaaatgatctattaaatgcttctgg 31604779  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     |||||||||||||| ||||||||||  || | |||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  31604780 tgccatatatcctattgttcctcttgcccctaatattgacacaatactatccttcttttggcatattttcgctagtccaaaatcagagatttttgggcaa 31604879  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31604880 aaatcatcatccaaaagaatgttttgaggttttatatcaagatgcagaatccttgaactgcatccttggtgcaagtactctagacctctagcaatgccaa 31604979  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
     ||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||    
T  31604980 ttgctatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatagcgttaggaaattcacttttatagatgaacttatccaatgatccattgggcatgaattc 31605079  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605080 atatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttcatgtgtgatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaat 31605179  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||||||    
T  31605180 tcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccacttgacgaccatcaattaaacttgctttgta 31605253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 581
Target Start/End: Original strand, 31618284 - 31618857
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31618284 agttcttccttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatctgtacgaaactccaccaaacgctctactaaatatttctgg 31618383  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     ||||| |||||||||||||||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  31618384 tgccatgtatcctatagttcctcttgcccctaatattgacacaatactatccttcctttggcatattttagctagtccaaaatctgagatttttggacaa 31618483  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  31618484 aaatcttcatccaaaagaatgttttgaggttttatatcaagatgtagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagacctttagcaatgccaa 31618583  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
     || |||| | || ||||||||||||| |||||||||||  || | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  31618584 ttgcaattcgaaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatggcattaggaaattcacttttgtagatgaacttatccaatgatcctttgggcatgaattc 31618683  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    ||||||||| |||||||||||| | || |||||||| |||| ||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31618684 atatattagcgctcttttgttctcttcgtaacaatatcctaaaagcgacacaatgttcatatgtgatgtcctactaatgctagcaacttcatttatgaat 31618783  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    ||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||    
T  31618784 tcttctccatttccctttgtctcgcttattactttcactgccacttgacgactattatataaacttgctttgta 31618857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 581
Target Start/End: Original strand, 31614555 - 31615121
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  31614555 agttctttcttcctccaatcatttcaagaatcaacattccataactatatacatcagatttgtaagaaactccgccaaatgctctgctaaatacttctgg 31614654  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  31614655 tgccatatatcctatagttcctcttgtacctaatattgacacaatactatccttcttttggcatattttcgctagtccaaaatcagagatttttgggcaa 31614754  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||       |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  31614755 aaatcttcatccaaaagaatgttttgaggtttggtatcaagatacagaatccttgagcta-------gatgcaagtactctagacctctagcgatgccaa 31614847  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
     || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || |||||| ||    
T  31614848 ttgcaatttggaacaaagtgttccaattaaaatcacaaatagcattaggaaattcacttttgtagatgaaactatccaatgatcctttggacatgaattc 31614947  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31614948 atatattagtgctcttttgttcacctcataacaaaagcctaaaagggatacaatgttcatgtgtaatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaat 31615047  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||| ||||||||| ||||| |||||||||||   |||| ||||||||||    
T  31615048 tcttctccatttccctttgactcatttagtactttcaccgccacatgacgaccatcaattaaacttgctttgta 31615121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 8 - 563
Target Start/End: Original strand, 31585424 - 31585979
Alignment:
Q  8 agttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctgg 107  Q
    |||||||| | |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||| |||||| | |||| ||||||    
T  31585424 agttcttcctacctccgataatttctagaatcagcatgccataactatacacatcagacttgtgagaaactccaccaaaggctctaatgaatatttctgg 31585523  T
Q  108 agccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaa 207  Q
     |||||||||||||||||||||||||  || || ||||| ||| ||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31585524 tgccatatatcctatagttcctcttgcccctagcattgacacagtactatccttctttcggcatatttttgctagtccaaaatcagatatttttggacaa 31585623  T
Q  208 aagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaa 307  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  31585624 aaatcttcatccaaaagaatgttttggggtttgatatcaagatgcagaatcctcgaactacatccttgatgcaaatactctaaacctctagcaatgccaa 31585723  T
Q  308 gtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactc 407  Q
     || ||||||||| ||||||||||||| ||||||| | | ||| | |||||||   ||| ||||||| |||||| |||||||||||| || |||||| ||    
T  31585724 ctgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcatatatagcattaggaaattggcttctatagataaacttacccaatgatcctttggacatgaattc 31585823  T
Q  408 atatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaat 507  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31585824 atatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgatacaatgttgatgtgtgatgttctactaatgctagaaacttcatttatgaat 31585923  T
Q  508 tcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatc 563  Q
    ||||| |||||||| || | ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31585924 tcttctccatttcccttagtttcatttattactttcaccgccacatgacgaccatc 31585979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 27 - 581
Target Start/End: Original strand, 31541055 - 31541606
Alignment:
Q  27 catttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctggagccatatatcctatagtt 126  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| |||||| ||| ||  || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  31541055 catttctagaattaacataccataactatatacatcagacttatgagaaactccaccatatgttcggctgaatacttctggtgctatatatcctatagtt 31541154  T
Q  127 cctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaa 226  Q
    |||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| ||||||||||    
T  31541155 cctcttgtgccaagtaaagacacaatactatcattcctttggcatactttagctagtccaaaatcagagattttggggcaaaaattttcatccaaaagaa 31541254  T
Q  227 tgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaagtgtaatttggaaaaaagt 326  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || | || ||||||| | || ||    
T  31541255 tgttttgtggtttgatatcaagatgcaaaattcttgaaatacatccttgatgcaagtattctagtcctcgagcaattccgattgcaatttggtacaatgt 31541354  T
Q  327 gttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactcatatattagtgctcttttg 426  Q
     |||||||  |||  ||||| ||| | | ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31541355 cttccaatccaaactacaaatagcatcatgaaatccacttttaagaatgaacttatccaatgatcctttgggcaagaactcatatattagtgctcttttg 31541454  T
Q  427 ttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttccccatttccttttg 526  Q
    ||   |||||||||| | || | ||| || |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  31541455 tt---ctcataacaaaatcccaaaagtgagacaatgttcacatgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaaatcttctccatttcccttag 31541551  T
Q  527 attcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    | || ||||| | ||||||||| |||||||||||||| | |||  ||||||||||    
T  31541552 actcatttataattttcactgctacttgacgaccatcaggtaagtttgctttgta 31541606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 54 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 31573008 - 31572485
Alignment:
Q  54 atatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctggagccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaata 153  Q
    |||||||||||| |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||    
T  31573008 atatacatcagacttgtgagaaactccaccaaacactctgctaaatacttcaggagctatgtatcctatagttccccttgtgccaagtatggacacaata 31572909  T
Q  154 ctatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgca 253  Q
    |||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  31572908 ctatccttcctttggcatatttgagctagtccaaaatcagagatttttgggcaaaaatcttcatccaaaagaatgttttg-ggttttatatcaagatgca 31572810  T
Q  254 gaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaagtgtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttg 353  Q
     |||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| | || |||| || | || ||||||||||  |||| |||||  ||       
T  31572809 aaatccttgaaatacatccttgttgcaagtattcgagtcctctagctatgcctattgcaattcggtacaacgtgttccaatccaaattacaaagtgcact 31572710  T
Q  354 aggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactcatatattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagg 453  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| || | ||| || |  |||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||  | || | |||     
T  31572709 aggaaatccacttttaaagatgaacttgtctagtgaaccatttggcatgaattcatatattagtgctcttttgtt---ctcataacagaaacccaaaagt 31572613  T
Q  454 gacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccactt 553  Q
    || |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||| || |||||||    
T  31572612 gagacaatgttcacatgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatctcccttagattcgtttattactttaaccgccactt 31572513  T
Q  554 gacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    ||| |||||| | |||| ||||||||||    
T  31572512 gacaaccatcaggtaaacttgctttgta 31572485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 28 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 31439211 - 31438658
Alignment:
Q  28 atttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctggagccatatatcctatagttc 127  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| || || || ||  | ||||||||||    
T  31439211 atttcgagagtcaacatgccataactgtatacatcagacttagaagaaactccaccaaatgctcgactgaatacctcgggtgctatgaagcctatagttc 31439112  T
Q  128 ctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaat 227  Q
    ||||||| |||||||  ||||||| ||| || ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  31439111 ctcttgtgccaagtagggaaacaacactctctttcttttgacatattttagctagaccaaaatcagatatttttggacaaaaatcttcatctaaaagaat 31439012  T
Q  228 gttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaagtgtaatttggaaaaaagtg 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||| |  |||    
T  31439011 gttttgaggtttgatatcaagatgcaaaattcttgaaatacaaccttgatgtaagtactctagtcctctagcaatgctaattgcaatatggaacattgtg 31438912  T
Q  328 ttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactcatatattagtgctcttttgt 427  Q
    |||||||  |||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || | || |||||| |||||||| | ||| |||||||    
T  31438911 ttccaatccaaatcacaaatagcatttggaaatccacttttatatatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgt 31438812  T
Q  428 tcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttccccatttccttttga 527  Q
    ||   ||||||||| | || | ||| || |||||||||   ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||| ||  |    
T  31438811 tcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgca 31438712  T
Q  528 ttcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
     ||  ||||||||||||| || || ||||| ||||| | |||| ||||||||||    
T  31438711 ctcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggtaaacttgctttgta 31438658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 224 - 581
Target Start/End: Original strand, 31532595 - 31532949
Alignment:
Q  224 gaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaagtgtaatttggaaaaa 323  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | || ||||||| | ||    
T  31532595 gaatgttttgtggtttgatatcaagatgcaaaatccttgaattacatccttgatgcaagtattctagtccttgagcaatgccgattgcaatttggtacaa 31532694  T
Q  324 agtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactcatatattagtgctctt 423  Q
     | ||||||||  |||  ||||| ||| | ||| || ||||||||   |||||| ||||| |||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||    
T  31532695 tgcgttccaatctaaactacaaatagcatcaggcaacccacttttgaggatgaatttatctaatgatcctctggacatgaattcatatattagtgctctt 31532794  T
Q  424 ttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttccccatttcctt 523  Q
    |||||   |||||| ||| | || | ||| || || ||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||| |    
T  31532795 ttgtt---ctcatagcaaaaacccaaaagtgaaacgatgttcacatgtgatgttctactaatgcttgcaacttcatttgtgaattcttctctatttccct 31532891  T
Q  524 ttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  31532892 ttgactcgtttattactttcaccgccacttcacgaccatcaggtaagtttgctttgta 31532949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 33305354 - 33305100
Alignment:
Q  17 ttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctggagccatata 116  Q
    |||| ||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||| || || | |||||| |||||||||| || |||||||||||| || || || ||    
T  33305354 ttcccccgatcatttctagtattaacataccataactgtatacatcggacttatgagaaactccaccaaatgttcgactaaatacttccggtgctatgta 33305255  T
Q  117 tcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||      
T  33305254 tcctatagttcctcttgtaccaagtatggatacaatgctatccttcctttgacatatttgagctagtccaaaatctgagatttttgggcaaaaatcttaa 33305155  T
Q  217 tccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatc 271  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  33305154 tccaaaagaatgttttggggtttgacatcaagatgcaaaatccttgaaatacatc 33305100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 325 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 33305068 - 33304810
Alignment:
Q  325 gtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactcatatattagtgctcttt 424  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||| | |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||    
T  33305068 gtgttccaatccaaatcacaaatagcatcaggagatccacttatatggatgaacttatccaatgatcctttgggcatgaattcatatatcagagctcttt 33304969  T
Q  425 tgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcg--tgtg---tgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttccccattt 519  Q
    |||||   ||||||||| | || | ||| || |||||||||   ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  33304968 tgttc---tcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgacgtgacgttctactaatgctagcaacttcatttataaattcttctccattt 33304872  T
Q  520 ccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    || || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||    
T  33304871 cccttggactcttttattactttcactgccacttgacgaccatcaggtaagcttgctttgta 33304810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 176
Target Start/End: Original strand, 31532422 - 31532581
Alignment:
Q  17 ttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctggagccatata 116  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||| || |||||| |||||||| || || ||    
T  31532422 ttcctccaatcatttctagaattaacatcccataactgtatacatcagacttgtgagaaactccaccatatgttcgactaaacacttctggtgctatgta 31532521  T
Q  117 tcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttt 176  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||| |||| || |||||    
T  31532522 tcctatggttcctcttgtgccaagtatagacacaatactgtcattcttttggcatatttt 31532581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 21898334 - 21898213
Alignment:
Q  172 atttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatc 271  Q
    ||||| || |||||||||||||  |||||||| ||||| || || ||||  |||||||| || || |||||||| ||||||| |||||| |||  |||||    
T  21898334 attttcgccagtccaaaatcagcgatttttgggcaaaaatcatcatccagcagaatgttgtggggcttgatatccagatgcacaatcctcgaagcacatc 21898235  T
Q  272 cttgatgcaagtactctagtcc 293  Q
    ||||||||||||| || |||||    
T  21898234 cttgatgcaagtagtccagtcc 21898213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 21898469 - 21898417
Alignment:
Q  25 atcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaac 77  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  21898469 atcatgtcaataatcaacattccataactatatatatcagatttttcagaaac 21898417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 10 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 15063576 - 15063005
Alignment:
Q  10 ttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctggag 109  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||  ||||||| |||| |||||||||||| || |    
T  15063576 ttcttttttcctccggtcatttcaagaatcaacatgccataactgtatacatcagacttagaagaaactgcaccaaaagctcgactaaatacttccggtg 15063477  T
Q  110 ccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaa 209  Q
      || || ||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||| || ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||    
T  15063476 atatgtagcctatagttcctcttgtcccaagcatggacacaacactctctttcttttgacatattttagcaagaccaaaatcagatatttttgggcaaaa 15063377  T
Q  210 gtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatccttgatgcaagtactctagtcctctagcaatgccaagt 309  Q
     ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| || |||||||| |||| ||||||||||| |    
T  15063376 atcttcatctaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcaaaattcttgaaatacaaccttgatgtaaatactctagacctcgagcaatgccaatt 15063277  T
Q  310 gtaatttggaaaaaagtgttccaatgaaaatcacaaacagcttgaggaaatccacttttatagatgaacttatccaatgatccttggggcatgaactcat 409  Q
       |||||||| || ||||||||||  |||||||||| ||| |  |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| | || |||||| ||||    
T  15063276 acgatttggaataatgtgttccaatccaaatcacaaatagcatttggaaatccacttttgtatatgaacttatctaatgatccattggacatgaattcat 15063177  T
Q  410 atattagtgctcttttgttcccctcataacaatagcctacaagggacacaatgttcgtgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattc 509  Q
    |||| | |||||||||||||  |||||||||| | || | ||| || |||| |||| | ||||||||| |  | ||||| |||||||||||||| |||||    
T  15063176 atatcaatgctcttttgttcttctcataacaaaaacccaaaagtgaaacaacgttcatatgtgatgtttttgttatgcttgcaacttcatttataaattc 15063077  T
Q  510 ttccccatttccttttgattcgtttattactttcactgccacttgacgaccatcggataaaattgctttgta 581  Q
    ||| || ||||| ||  | ||| |||| |||||||| || || ||||| ||||| | |||| | ||||||||    
T  15063076 ttctccgtttcccttgcactcgcttatcactttcaccgctacatgacggccatcaggtaaactggctttgta 15063005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 247
Target Start/End: Original strand, 29083976 - 29084098
Alignment:
Q  126 tcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatc--agaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaa 223  Q
    |||| |||| |||||||| || ||||||||||  |||  |||||| ||||| ||||||||||||||  |||  ||||||| ||||| || || |||||||    
T  29083976 tcctattgtgccaagtatagacacaatactatgattctcttgacatattttagctagtccaaaatcttagatttttttgg-caaaaatcgtcatccaaaa 29084074  T
Q  224 gaatgttttgaggtttgatatcaa 247  Q
    |||||||||| |||||||||||||    
T  29084075 gaatgttttggggtttgatatcaa 29084098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 229
Target Start/End: Original strand, 1958 - 2177
Alignment:
Q  10 ttcttctttcctccgatcatttcaagaatcaacatgccataactatatacatcagatttgtaagaaacaccaccaaatgctctactaaatacttctggag 109  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||  ||||||| |||| |||||||||||| || |    
T  1958 ttcttttttcctccggtcatttcaagaatcaacatgccataactgtatacatcagacttagaagaaactgcaccaaaagctcgactaaatacttccggtg 2057  T
Q  110 ccatatatcctatagttcctcttgtaccaagtattgaaacaatactatccttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaa 209  Q
      || || ||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||| || ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||    
T  2058 atatgtagcctatagttcctcttgtcccaagcatggacacaacactctctttcttttgacatattttagcaagaccaaaatcagatatttttgggcaaaa 2157  T
Q  210 gtcttcgtccaaaagaatgt 229  Q
     ||||| || ||||||||||    
T  2158 atcttcatctaaaagaatgt 2177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 293
Target Start/End: Original strand, 31189590 - 31189709
Alignment:
Q  174 ttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaagatgcagaatccttgaactacatcct 273  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |  || || ||||||||||| || ||||| || || | ||| | ||| ||||   ||||||||    
T  31189590 ttttgcaagtccaaaatctgaaatttttggacataaattctcatctaaaagaatgttatgtggttttatgtcgaaatgtaaaattcttgtggtacatcct 31189689  T
Q  274 tgatgcaagtactctagtcc 293  Q
      ||||||||||||||||||    
T  31189690 ctatgcaagtactctagtcc 31189709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 239
Target Start/End: Original strand, 31145532 - 31145597
Alignment:
Q  174 ttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggttt 239  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||| || |||||    
T  31145532 ttttgcaagtccaaaatctgaaatctttggacataagttttcatctaaaagaatgttatgtggttt 31145597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 239
Target Start/End: Original strand, 31171845 - 31171910
Alignment:
Q  174 ttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggttt 239  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||| || |||||    
T  31171845 ttttgcaagtccaaaatctgaaatctttggacataagttttcatctaaaagaatgttatgtggttt 31171910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 209
Target Start/End: Original strand, 31201383 - 31201432
Alignment:
Q  160 ttcctttgacaaatttttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaa 209  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31201383 ttccttggacaaagttttgcaagtccaaaatctgaaatctttggacaaaa 31201432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 175 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30955308 - 30955236
Alignment:
Q  175 tttgctagtccaaaatcagaaatttttggacaaaagtcttcgtccaaaagaatgttttgaggtttgatatcaa 247  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || | ||| || ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  30955308 tttgcaagtccaaaatctgaaatctttggacataaattttcatctaaaagaatgttatgtggttttatatcaa 30955236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University