View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2880R-Insertion-17 (Length: 703)

Name: NF2880R-Insertion-17
Description: NF2880R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2880R-Insertion-17
NF2880R-Insertion-17
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (9-352)||(54180372-54180715)
chr4 (382-703)||(54180022-54180342)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (382-683)||(1211060-1211363)
chr3 (10-345)||(1210683-1211023)
chr3 (580-648)||(38102604-38102671)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (382-683)||(41942793-41943096)
chr5 (382-683)||(41948307-41948610)
chr5 (9-277)||(22794428-22794699)
chr5 (10-345)||(41947929-41948270)
chr5 (516-692)||(22794935-22795110)
chr5 (14-323)||(41942419-41942734)
chr5 (382-482)||(22794822-22794922)
chr5 (280-324)||(22794720-22794764)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 9 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 54180715 - 54180372
Alignment:
Q  9 ttatgtaccatactatgctggtcttgatataagtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggtta 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  54180715 ttatgtaccatactatgctggtcttgatataagtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccaaaaaaattagtgaaatggtta 54180616  T
Q  109 gcacaacaacctcaatggaaaagagtatatggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180615 gcacaacaacctcaatggaaaagagtatatggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaag 54180516  T
Q  209 attggggaacaaagttgatgtttttaccggaagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgtggttatgataatgaattttcaattccatatcc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180515 attggggaacaaagttgatgtttttaccggaagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgtggttatgataatgaattttcaattccatatcc 54180416  T
Q  309 aacttattttcatcctaataatgatgctcaaatttttgggtggc 352  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54180415 aacttattttcatcctactaatgatgctcaaatttttgggtggc 54180372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 382 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 54180342 - 54180022
Alignment:
Q  382 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180342 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 54180243  T
Q  482 ttggatgctattatggttataccaaagatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggggga 581  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180242 ttggatgctattatggttataacaaagatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgtttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggggga 54180143  T
Q  582 ttcttacacaaggagatcaacttttgattcgatttttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtagcattt 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  54180142 ttcttacacaaggagatcaacttttgattcga-ttttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtggcattt 54180044  T
Q  682 tcttacaaatagttccaactac 703  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  54180043 tcctacaaatagttccaactac 54180022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 382 - 683
Target Start/End: Original strand, 1211060 - 1211363
Alignment:
Q  382 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 481  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||    
T  1211060 tatttgtttacatttgtcggtgctccaaggcctgattcaccatcttctattagaaatcagttaatcgaacattgcgaatcttctaagagttgtaaacgtg 1211159  T
Q  482 ttggatgctattatggttataccaa---agatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggg 578  Q
    ||||||| ||| |||||| ||  ||   | |  ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1211160 ttggatgttatcatggttctagtaagaaaaaaagttgtcgcgatcctgttcaagttatggataattttcagaattcggttttttgtttacaaccgccggg 1211259  T
Q  579 ggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgatttttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtagca 678  Q
    ||||||||  || || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||| ||| |||    
T  1211260 ggattcttttactagaagatcaatttttgattcga-ttttggcgggttgtattcctgttttcttgcatccactatcagcatacaagcaatatttgtggca 1211358  T
Q  679 ttttc 683  Q
    |||||    
T  1211359 ttttc 1211363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 345
Target Start/End: Original strand, 1210683 - 1211023
Alignment:
Q  10 tatgtaccatactatgctggtcttgatataagtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttag 109  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||| |||| ||||||| |||| || |||||| |||||||       || |||||||||||||    
T  1210683 tatgtaccattctatgctggtcttgatgcaggtcaatatctatgggaatttaatatttccatgagagataaatcaccaaatgaatt-gtgaaatggttag 1210781  T
Q  110 cacaacaacctcaatggaaaagagtatatggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaaga 209  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| | |||  | |||||  | || |  |    
T  1210782 cacaacaatctcagtggaaaagattgcatggtaaagatcatttcatggttggtggaagaattggttgtgatttttggagagaaggtgatttagatcataa 1210881  T
Q  210 ttggggaacaaagttgatgtttttaccggaagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgt---ggt---tatgataatgaattttcaattcca 303  Q
    ||||||||||||| | ||||| || || |||| ||||||||||||  | || | |||||||||||||    ||   ||||| ||||||||| ||||||||    
T  1210882 ttggggaacaaagctaatgttcttgccagaagtaagtaacatgtcatttttgttaatagaatcatgtaaatgtttatatgacaatgaatttccaattcca 1210981  T
Q  304 tatccaacttattttcatcctaataatgatgctcaaattttt 345  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||| | ||||||||    
T  1210982 tatccaacttattttcatgctacaaatgatgatgaaattttt 1211023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 580 - 648
Target Start/End: Original strand, 38102604 - 38102671
Alignment:
Q  580 gattcttacacaaggagatcaacttttgattcgatttttggcgggttgtattcctgttttctttcatcc 648  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| | | |||||||||||||| || ||||||||    
T  38102604 gattcatacacaagaagatcaatttttgattcaattttag-ctggttgtattcctgtgttttttcatcc 38102671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 382 - 683
Target Start/End: Original strand, 41942793 - 41943096
Alignment:
Q  382 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 481  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |||    
T  41942793 tatttgttttcatttgtcggtgctccaagacctaattcaacatcttctattagaaatgagttaatcaaacattgtgaatcttctaagagttgcaaatttg 41942892  T
Q  482 ttggatgctattatggtt---ataccaaagatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggg 578  Q
    || |||| ||| ||||||    ||  ||| |  ||||  ||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||| ||||||||||||||||||   ||    
T  41942893 ttcgatgttatcatggttctagtaagaaaaaaagttgccgcgatcctgttcaagttatggataattttcagaattcggttttttgtttacaaccggttgg 41942992  T
Q  579 ggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgatttttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtagca 678  Q
    ||||||||  || || |||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||| ||| |||    
T  41942993 ggattcttttactagaagatcaatatttgattcga-ttttggcaggttgtattcctgttttcttgcatccactgtcagcatacaagcaatatttgtggca 41943091  T
Q  679 ttttc 683  Q
    |||||    
T  41943092 ttttc 41943096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 382 - 683
Target Start/End: Original strand, 41948307 - 41948610
Alignment:
Q  382 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 481  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||    
T  41948307 tatttgtttacatttgtcggtgctccaaggcctgattcaccatcttctgttagaaatcagttaatcaaacattgcgaatcttctaagagttgtaaacgtg 41948406  T
Q  482 ttggatgctattatggttataccaa--agatc-gttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggg 578  Q
    ||||||| ||| |||||| ||  ||  | ||  ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||| || |||||||||||||||  |||    
T  41948407 ttggatgttatcatggttctagtaagaaaataagttgtcgcgatcctgttcaagttatggataattttcagaattcggtattttgtttacaaccgatggg 41948506  T
Q  579 ggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgatttttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtagca 678  Q
    ||||||||  || ||  |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||| |||    
T  41948507 ggattcttttactagatgatcaatttttgattcaatttt-ggcgggttgtattcctgttttctttcatccactatcagcatacaagcaatatttgtggca 41948605  T
Q  679 ttttc 683  Q
    |||||    
T  41948606 ttttc 41948610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 277
Target Start/End: Original strand, 22794428 - 22794699
Alignment:
Q  9 ttatgtaccatactatgctggtcttgatataagtcaatatctttgggga---tttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatgg 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| || |||  ||||||||||||   |||||| |||| |||||||||||||| ||       ||||||||||||    
T  22794428 ttatgtaccatactacgctggtctcgatgtaggtcggtatctttggggaggatttaatatttccataagagatgaatcgccgaatcaattagtgaaatgg 22794527  T
Q  106 ttagcacaacaacctcaatggaaaagagtatatggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatg 205  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| ||| |||| ||| || |||    
T  22794528 ttagcacaacaatctcaatggaaacgaatgtatggtaaggatcatttcatggttggtggaagagttggatatgattttaggagaggaagcgataaagatg 22794627  T
Q  206 aagattggggaacaaagttgatgtttttaccggaagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgtg 277  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| | |||||||| ||||||||  |||| |||  ||||||||| ||||    
T  22794628 aagattggggaacaaagctaatgtttctgccggaagctagtaacattacgattttactaatagaatcgtgtg 22794699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 345
Target Start/End: Original strand, 41947929 - 41948270
Alignment:
Q  10 tatgtaccatactatgctggtcttgatataagtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttag 109  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||| |||| ||||||| |||| || |||||| |||||||       || |||||||||||||    
T  41947929 tatgtaccattctatgctggtcttgatgcaggtcaatatctatgggaatttaatatttccattagagataaatcaccaaatgaatttgtgaaatggttag 41948028  T
Q  110 cacaacaacctcaatggaaaagagtatatggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaaga 209  Q
     ||||||| |||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||  | |||||  | || |  |    
T  41948029 gacaacaatctcagtggaaaagattgcatggtaaagatcatttcatggttggtggaagaattggttgtgattttaggagagaaggtgattcagatcataa 41948128  T
Q  210 ttggggaacaaagttgatgtttttaccggaagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgt---ggt---tatgataatgaattttcaattcca 303  Q
    ||||||||||||| | ||||| || || |||| ||||||||||||  | || | |||||||||||||   |||   ||||| ||||||||| ||||||||    
T  41948129 ttggggaacaaagctaatgttcttgccagaagtaagtaacatgtcatttttgttaatagaatcatgtaaaggtttatatgacaatgaatttccaattcca 41948228  T
Q  304 tatccaacttattttcatcctaataatgatgctcaaattttt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||    
T  41948229 tatccaacttattttcatcctacaaatgatgatgaaattttt 41948270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 516 - 692
Target Start/End: Original strand, 22794935 - 22795110
Alignment:
Q  516 tggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccgggggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgatt 615  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||| || || |||||||  || || ||||||||||||||||||| |    
T  22794935 tggcgatcccgttcatgttctggatgtttttcagaaatcagttttttgtttacaacctcctggtgattcttttaccagaagatcaacttttgattcga-t 22795033  T
Q  616 tttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtagcattttcttacaaata 692  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||| | || ||||||||| ||| |||||||| || |||||    
T  22795034 tttggccggctgtattcctgttttctttcatccacattcagcgtataagcaatatatgtggcattttcctaaaaata 22795110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 14 - 323
Target Start/End: Original strand, 41942419 - 41942734
Alignment:
Q  14 taccatactatgctggtcttgatataagtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttagcaca 113  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||| ||||||| |||| || | |||| |||||||       || |||||||||||||||||    
T  41942419 taccatactatgctggtcttgatgcaggtcaatatctatgggaatttaatatttccatgatagataaatcaccaaatgaatttgtgaaatggttagcaca 41942518  T
Q  114 acaacctcaatggaaaagagtatatggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaagattgg 213  Q
    |||| |||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||  | | |||    |||| ||||      
T  41942519 acaatctcagtggaaaagattgcatggtaaagatcatttcatggttggtggaagaattggttgtgattttaggagagaaggagatttggatgatgatttt 41942618  T
Q  214 ggaacaaagttgatgtttttaccggaagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgt---ggtt---atgataatgaattttcaattccatatc 307  Q
    ||||||||| | ||||  || || |||  ||||||| ||||  | || | ||||||||| |||   ||||   |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  41942619 ggaacaaagctaatgtccttgccagaattaagtaacgtgtcatttttgttaatagaatcgtgtaaaggtttatatgacaatgaatttccaattccatatc 41942718  T
Q  308 caacttattttcatcc 323  Q
    ||||||||||||||||    
T  41942719 caacttattttcatcc 41942734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 382 - 482
Target Start/End: Original strand, 22794822 - 22794922
Alignment:
Q  382 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 481  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  22794822 tatttgttttcatttgtcggtgctccaaggccaaatttaacatcttcaattagaaacgagttaatcgatcattgtcaatcttctaagagttgcaaacttg 22794921  T
Q  482 t 482  Q
    |    
T  22794922 t 22794922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 324
Target Start/End: Original strand, 22794720 - 22794764
Alignment:
Q  280 tatgataatgaattttcaattccatatccaacttattttcatcct 324  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22794720 tatgagaatgaatttgcaattccatatccaacttattttcatcct 22794764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University