View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2880_low_3 (Length: 733)

Name: NF2880_low_3
Description: NF2880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2880_low_3
NF2880_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-341)||(54180011-54180342)
chr4 (371-714)||(54180372-54180715)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (38-341)||(1211060-1211366)
chr3 (378-713)||(1210683-1211023)
chr3 (76-143)||(38102604-38102671)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (16-341)||(41948307-41948635)
chr5 (38-341)||(41942793-41943099)
chr5 (446-714)||(22794428-22794699)
chr5 (378-713)||(41947929-41948270)
chr5 (32-207)||(22794935-22795110)
chr5 (400-709)||(41942419-41942734)
chr5 (241-341)||(22794822-22794922)
chr5 (399-443)||(22794720-22794764)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (94-167)||(39485527-39485600)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 10 - 341
Target Start/End: Original strand, 54180011 - 54180342
Alignment:
Q  10 aggagcacagagtagttggaactatttgtaggaaaatgccacacatattgcttgtatgttgattttggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaa 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180011 aggaacacagagtagttggaactatttgtaggaaaatgccacacatattgcttgtatgttgattttggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaa 54180110  T
Q  110 tcgaatcaaaagttgatctccttgtgtaagaatcccccggcggttgtaaacaaaaaactgaattcctaaaagcatccataacatgaacaggatcgccaca 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180111 tcgaatcaaaagttgatctccttgtgtaagaatcccccggcggttgtaaacaaaaaactgaattcctaaaaacatccataacatgaacaggatcgccaca 54180210  T
Q  210 acgatctttggtataaccataatagcatccaacaagtttgcaacccttggaagattcgcaatgttcgattaactcattcctaatagaagatgttacatta 309  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180211 acgatctttgttataaccataatagcatccaacaagtttgcaacccttggaagattcgcaatgttcgattaactcattcctaatagaagatgttacatta 54180310  T
Q  310 ggccttggagcaccaacaaatgaaaacaaata 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180311 ggccttggagcaccaacaaatgaaaacaaata 54180342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 371 - 714
Target Start/End: Original strand, 54180372 - 54180715
Alignment:
Q  371 gccacccaaaaatttgagcatcattattaggatgaaaataagttggatatggaattgaaaattcattatcataaccacatgattctattgataacatcga 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180372 gccacccaaaaatttgagcatcattagtaggatgaaaataagttggatatggaattgaaaattcattatcataaccacatgattctattgataacatcga 54180471  T
Q  471 catgttacttgcttccggtaaaaacatcaactttgttccccaatcttcattttcatcacttcttcttctaaaatcataacttattcttccaccaaccatg 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180472 catgttacttgcttccggtaaaaacatcaactttgttccccaatcttcattttcatcacttcttcttctaaaatcataacttattcttccaccaaccatg 54180571  T
Q  571 aaatgatccttaccatatactcttttccattgaggttgttgtgctaaccatttcactaannnnnnnggtgattcatctcttattgaaacattaaatcccc 670  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180572 aaatgatccttaccatatactcttttccattgaggttgttgtgctaaccatttcactaatttttttggtgattcatctcttattgaaacattaaatcccc 54180671  T
Q  671 aaagatattgacttatatcaagaccagcatagtatggtacataa 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180672 aaagatattgacttatatcaagaccagcatagtatggtacataa 54180715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 6e-76; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 38 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 1211366 - 1211060
Alignment:
Q  38 taggaaaatgccacacatattgcttgtatgttgattttggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaatcgaatcaaaagttgatctccttgtgta 137  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  |    
T  1211366 taggaaaatgccacaaatattgcttgtatgctgatagtggatgcaagaaaacaggaatacaacccgccaaaatcgaatcaaaaattgatcttctagtaaa 1211267  T
Q  138 agaatcccccggcggttgtaaacaaaaaactgaattcctaaaagcatccataacatgaacaggatcgccacaacgatct---ttggtataaccataatag 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||  | |   ||  || |||||| |||     
T  1211266 agaatcccccggcggttgtaaacaaaaaaccgaattctgaaaattatccataacttgaacaggatcgcgacaactttttttcttactagaaccatgataa 1211167  T
Q  235 catccaacaagtttgcaacccttggaagattcgcaatgttcgattaactcattcctaatagaagatgttacattaggccttggagcaccaacaaatgaaa 334  Q
    ||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |  || ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  1211166 catccaacacgtttacaactcttagaagattcgcaatgttcgattaactgatttctaatagaagatggtgaatcaggccttggagcaccgacaaatgtaa 1211067  T
Q  335 acaaata 341  Q
    |||||||    
T  1211066 acaaata 1211060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 378 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 1211023 - 1210683
Alignment:
Q  378 aaaaatttgagcatcattattaggatgaaaataagttggatatggaattgaaaattcattatcata---acc---acatgattctattgataacatcgac 471  Q
    |||||||| | |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||   ||    ||||||||||||| | || |  |||    
T  1211023 aaaaatttcatcatcatttgtagcatgaaaataagttggatatggaattggaaattcattgtcatataaacatttacatgattctattaacaaaaatgac 1210924  T
Q  472 atgttacttgcttccggtaaaaacatcaactttgttccccaatcttcattttcatcacttcttcttctaaaatcataacttattcttccaccaaccatga 571  Q
    ||||||||| |||| || || ||||| | ||||||||||||||  | || |  ||||| |  ||| | ||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  1210923 atgttacttacttctggcaagaacattagctttgttccccaattatgatctaaatcaccttctctccaaaaatcacaaccaattcttccaccaaccatga 1210824  T
Q  572 aatgatccttaccatatactcttttccattgaggttgttgtgctaaccatttcactaannnnnnnggtgattcatctcttattgaaacattaaatcccca 671  Q
    ||||||| |||||||  | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||       ||||||| |||||| || |||| ||||||| ||||    
T  1210823 aatgatctttaccatgcaatcttttccactgagattgttgtgctaaccatttcac-aattcatttggtgatttatctctcatggaaatattaaattccca 1210725  T
Q  672 aagatattgacttatatcaagaccagcatagtatggtacata 713  Q
     |||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  1210724 tagatattgacctgcatcaagaccagcatagaatggtacata 1210683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 38102671 - 38102604
Alignment:
Q  76 ggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaatcgaatcaaaagttgatctccttgtgtaagaatc 143  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  38102671 ggatgaaaaaacacaggaatacaaccagctaaaattgaatcaaaaattgatcttcttgtgtatgaatc 38102604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 41948635 - 41948307
Alignment:
Q  16 acagagtagttggaactatttgtaggaaaatgccacacatattgcttgtatgttgattttggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaatcgaat 115  Q
    |||||||| || ||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41948635 acagagtaattagaaccgtttttaggaaaatgccacaaatattgcttgtatgctgatagtggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaattgaat 41948536  T
Q  116 caaaagttgatctccttgtgtaagaatcccccggcggttgtaaacaaaaaactgaattcctaaaagcatccataacatgaacaggatcgccacaac-gat 214  Q
    ||||| ||||||  || ||  |||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||  ||    
T  41948535 caaaaattgatcatctagtaaaagaatcccccatcggttgtaaacaaaataccgaattctgaaaattatccataacttgaacaggatcgcgacaacttat 41948436  T
Q  215 ct--ttggtataaccataatagcatccaacaagtttgcaacccttggaagattcgcaatgttcgattaactcattcctaatagaagatgttacattaggc 312  Q
     |  ||  || |||||| ||| ||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| |  || ||||    
T  41948435 tttcttactagaaccatgataacatccaacacgtttacaactcttagaagattcgcaatgtttgattaactgatttctaacagaagatggtgaatcaggc 41948336  T
Q  313 cttggagcaccaacaaatgaaaacaaata 341  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  41948335 cttggagcaccgacaaatgtaaacaaata 41948307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 38 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 41943099 - 41942793
Alignment:
Q  38 taggaaaatgccacacatattgcttgtatgttgattttggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaatcgaatcaaaagttgatctccttgtgta 137  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||   |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| || ||  |    
T  41943099 taggaaaatgccacaaatattgcttgtatgctgacagtggatgcaagaaaacaggaatacaacctgccaaaatcgaatcaaatattgatcttctagtaaa 41943000  T
Q  138 agaatcccccggcggttgtaaacaaaaaactgaattcctaaaagcatccataacatgaacaggatcgccacaacgatct---ttggtataaccataatag 234  Q
    |||||||||   |||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||||| |||||||||||||  ||||  | |   ||  || |||||| |||     
T  41942999 agaatccccaaccggttgtaaacaaaaaaccgaattctgaaaattatccataacttgaacaggatcgcggcaactttttttcttactagaaccatgataa 41942900  T
Q  235 catccaacaagtttgcaacccttggaagattcgcaatgttcgattaactcattcctaatagaagatgttacattaggccttggagcaccaacaaatgaaa 334  Q
    |||| ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  41942899 catcgaacaaatttgcaactcttagaagattcacaatgtttgattaactcatttctaatagaagatgttgaattaggtcttggagcaccgacaaatgaaa 41942800  T
Q  335 acaaata 341  Q
    |||||||    
T  41942799 acaaata 41942793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 446 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 22794699 - 22794428
Alignment:
Q  446 cacatgattctattgataacatcgacatgttacttgcttccggtaaaaacatcaactttgttccccaatcttcattttcatcacttcttcttctaaaatc 545  Q
    |||| |||||||||  ||| ||||  |||||||| |||||||| | |||||| | |||||||||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||||||    
T  22794699 cacacgattctattagtaaaatcgtaatgttactagcttccggcagaaacattagctttgttccccaatcttcatctttatcgcttcctctcctaaaatc 22794600  T
Q  546 ataacttattcttccaccaaccatgaaatgatccttaccatatactcttttccattgaggttgttgtgctaaccatttcactaannnnnnnggtgattca 645  Q
    ||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       || ||||||    
T  22794599 atatccaactcttccaccaaccatgaaatgatccttaccatacattcgtttccattgagattgttgtgctaaccatttcactaattgattcggcgattca 22794500  T
Q  646 tctcttattgaaacattaaa---tccccaaagatattgacttatatcaagaccagcatagtatggtacataa 714  Q
    |||||||| |||| ||||||   ||||||||||||  ||| || ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  22794499 tctcttatggaaatattaaatcctccccaaagataccgacctacatcgagaccagcgtagtatggtacataa 22794428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 378 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 41948270 - 41947929
Alignment:
Q  378 aaaaatttgagcatcattattaggatgaaaataagttggatatggaattgaaaattcattatcata---acc---acatgattctattgataacatcgac 471  Q
    |||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||   |||   ||||||||||||| | || |  |||    
T  41948270 aaaaatttcatcatcatttgtaggatgaaaataagttggatatggaattggaaattcattgtcatataaacctttacatgattctattaacaaaaatgac 41948171  T
Q  472 atgttacttgcttccggtaaaaacatcaactttgttccccaatcttcattttcatcacttcttcttctaaaatcataacttattcttccaccaaccatga 571  Q
    ||||||||| |||| || || ||||| | ||||||||||||||  | || |  ||||| |  ||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  41948170 atgttacttacttctggcaagaacattagctttgttccccaattatgatctgaatcaccttctctcctaaaatcacaaccaattcttccaccaaccatga 41948071  T
Q  572 aatgatccttaccatatactcttttccattgaggttgttgtgctaaccatttcactaannnnnnnggtgattcatctcttattgaaacattaaatcccca 671  Q
    ||||||| |||||||  | ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||       ||||||| |||||| || |||| ||||||| ||||    
T  41948070 aatgatctttaccatgcaatcttttccactgagattgttgtcctaaccatttcacaaattcatttggtgatttatctctaatggaaatattaaattccca 41947971  T
Q  672 aagatattgacttatatcaagaccagcatagtatggtacata 713  Q
     |||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  41947970 tagatattgacctgcatcaagaccagcatagaatggtacata 41947929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 22795110 - 22794935
Alignment:
Q  32 tatttgtaggaaaatgccacacatattgcttgtatgttgattttggatgaaagaaaacaggaatacaacccgccaaaatcgaatcaaaagttgatctcct 131  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||| || | ||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22795110 tatttttaggaaaatgccacatatattgcttatacgctgaatgtggatgaaagaaaacaggaatacagccggccaaaatcgaatcaaaagttgatcttct 22795011  T
Q  132 tgtgtaagaatcccccggcggttgtaaacaaaaaactgaattcctaaaagcatccataacatgaacaggatcgcca 207  Q
     ||  ||||||| || || |||||||||||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  22795010 ggtaaaagaatcaccaggaggttgtaaacaaaaaactgatttctgaaaaacatccagaacatgaacgggatcgcca 22794935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 400 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 41942734 - 41942419
Alignment:
Q  400 ggatgaaaataagttggatatggaattgaaaattcattatcat---aacc---acatgattctattgataacatcgacatgttacttgcttccggtaaaa 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||   ||||   ||| ||||||||| | || |  |||| |||||||  ||| || ||      
T  41942734 ggatgaaaataagttggatatggaattggaaattcattgtcatataaacctttacacgattctattaacaaaaatgacacgttacttaattctggcaagg 41942635  T
Q  494 acatcaactttgttccccaatcttcattttcatcacttcttcttctaaaatcataacttattcttccaccaaccatgaaatgatccttaccatatactct 593  Q
    |||| | |||||||||  |||| ||||    ||| | |  ||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||    
T  41942634 acattagctttgttccaaaatcatcatccaaatctccttctctcctaaaatcacaaccaattcttccaccaaccatgaaatgatctttaccatgcaatct 41942535  T
Q  594 tttccattgaggttgttgtgctaaccatttcactaannnnnnnggtgattcatctcttattgaaacattaaatccccaaagatattgacttatatcaaga 693  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||       ||||||| |||| | || |||| ||||||| |||| |||||||||| |  |||||||    
T  41942534 tttccactgagattgttgtgctaaccatttcacaaattcatttggtgatttatctatcatggaaatattaaattcccatagatattgacctgcatcaaga 41942435  T
Q  694 ccagcatagtatggta 709  Q
    ||||||||||||||||    
T  41942434 ccagcatagtatggta 41942419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 241 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 22794922 - 22794822
Alignment:
Q  241 acaagtttgcaacccttggaagattcgcaatgttcgattaactcattcctaatagaagatgttacattaggccttggagcaccaacaaatgaaaacaaat 340  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22794922 acaagtttgcaactcttagaagattgacaatgatcgattaactcgtttctaattgaagatgttaaatttggccttggagcaccgacaaatgaaaacaaat 22794823  T
Q  341 a 341  Q
    |    
T  22794822 a 22794822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 399 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 22794764 - 22794720
Alignment:
Q  399 aggatgaaaataagttggatatggaattgaaaattcattatcata 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  22794764 aggatgaaaataagttggatatggaattgcaaattcattctcata 22794720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 167
Target Start/End: Original strand, 39485527 - 39485600
Alignment:
Q  94 atacaacccgccaaaatcgaatcaaaagttgatctccttgtgtaagaatcccccggcggttgtaaacaaaaaac 167  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||| | ||||| | |||||||||    
T  39485527 atacaaccagccaacatcgaatcaaaagcagatcttcttgtataagaatcaccctgaggttgaagacaaaaaac 39485600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University