View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2880_low_6 (Length: 625)

Name: NF2880_low_6
Description: NF2880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2880_low_6
NF2880_low_6
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-599)||(43564031-43564617)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-617)||(36431986-36432590)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-612)||(43973972-43974571)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 599
Target Start/End: Original strand, 43564031 - 43564617
Alignment:
Q  13 actttgttctccaccaaagagatcatcaatttcttttatcagttttttgatctttgactcaatctcagccaaatcagaactcttagataaaattgcttgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||| | |    
T  43564031 actttgttctccaccaaagagatcatcaatttcttttattaatttctcgatctttgactcaatttcagccaaatcagaactttcagatgaaattgcctcc 43564130  T
Q  113 tctctttgcttccccaaatgctcatgttcaattccttttgaaatcaactccttaatcgtttttggattaaaaggagctgaattaggacctaataacaatc 212  Q
    | |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43564131 tgtctttgtttcctcaaatgctcatgttcaattccctttaaaatcaactccttaatcgtttttggattaaaaggaggtgaattaggacctagtaacaatc 43564230  T
Q  213 cactttcatgttttttgaacttgtctccttcaccaagcctacgaagccttccgatcatttgttcaccaccaaggacaagattctttgcatcctcgttatg 312  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  |    
T  43564231 cactttcatatttttggaacttgtctccttcaccaaacctatgaagccttccagtcatttgttcacccccaagaacaagattctttgcatcttcatttgg 43564330  T
Q  313 atcagcaccatcgaaactaatgctttgccatccatcatcgatgataacaaaccttggttcaacgccgccttttgaaaaaccctcaagaccatgaaaaaca 412  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43564331 atcagcaccatctaaactaatgctttgccatccatcatcaatgataacaaacctcggttcaactccgcctttagaaaaaccctcaagaccatgaaaaaca 43564430  T
Q  413 ccaataggattaacagttaaatagaaagcatcccaagtgcaccaaccaaatttatcaactaaatttggtagtgttttctcttccaataacctaaaagtgt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43564431 ccaataggattaacagttaaatagaaagcatcccaagtgcaccaaccaaatttatcaactaaatttggtagtgttttctcttccaatagcctaaaagtgt 43564530  T
Q  513 tgagatgaacccttataacactataagcctctttcatcaaatcataaggattttcagaaaaatgaacataagcaatagcattgaaac 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43564531 tgagatgaacccttataacactataagcttctttcatcaaatcataaggattttcagaaaaatgaacataagcaatagcattgaaac 43564617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 617
Target Start/End: Original strand, 36431986 - 36432590
Alignment:
Q  13 actttgttctccaccaaagagatcatcaatttcttttatcagttttttgatctttgactcaatctcagccaaatcagaactcttagataaaattgcttgc 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |    
T  36431986 actttcttctccaccaaagagatcatcaatttctttgactaattgcttgatctttgactcaatctcagccaaatcagaactcttggataaaactgcctcc 36432085  T
Q  113 tctctttgcttccccaaatgctcatgttcaattccttttgaaatcaactccttaatcgtttttggattaaaaggagctgaattaggacctaataacaatc 212  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||    
T  36432086 tctctttgtctctccaaatgctcatgttcaattccctttgtaatcaactccttaattgttttcggattaaaaggaggtgaattaggacccaacaccaatc 36432185  T
Q  213 cactttcatgttttttgaacttgtctccttcaccaagcctacgaagccttccgatcatttgttcaccaccaaggacaagattctttgcatcctcgttatg 312  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |    
T  36432186 cactttcgtattttttgaacttgtcaccttcatcaagcctatgaagcctcccagtcatctgttcaccaccaagaacaagattctttgcatccacattagg 36432285  T
Q  313 atcagcaccatcgaaactaatgctttgccatccatcatcgatgataacaaaccttggttcaacgccgccttttgaaaaaccctcaagaccatgaaaaaca 412  Q
    |||| ||||||| ||  |||| |||||||||||||| || |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||    
T  36432286 atcatcaccatccaagataatactttgccatccatcgtcaatgacaacaaatcttggctcaacgccgccttttgagaaatcatcgagaccatgaaaaaca 36432385  T
Q  413 ccaataggattaacagttaaatagaaagcatcccaagtgcaccaaccaaatttatcaactaaatttggtagtgttttctcttccaataacctaaaagtgt 512  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  36432386 ccaataggattcacagtcaaataaaaagcatcccatgtacaccaaccaaatttatcaaccaaatttggaagtgttttctcttccagtagcctaaaagtgt 36432485  T
Q  513 tgagatgaacccttataacactataagcctctttcatcaaatcataaggattttcagaaaaatgaacataagcaatagcattgaaacatgattctttcac 612  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||    
T  36432486 tgagatgaaccctcaaagcactataagcttctttcatcaaatcataaggattttcagaaaaatgaacataagcaatagcattgaaactcaatgctttcac 36432585  T
Q  613 ctttg 617  Q
    |||||    
T  36432586 ctttg 36432590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 13 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 43974571 - 43973972
Alignment:
Q  13 actttgttctccaccaaagagatcatcaatttcttttatcagttttttgatctttgactcaatctcagccaaatcagaactcttagataaaattgcttgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |  | |    
T  43974571 actttgttctccaccaaagagatcatctatttctcttattacttttttgatatttgactcaatctctgccaaatcagaactcttagataagatagagtcc 43974472  T
Q  113 tctctttgcttccccaaatgctcatgttcaattccttttgaaatcaactccttaatcgtttttggattaaaaggagctgaattaggacctaataacaatc 212  Q
    ||| ||| |||| |||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||| | || | | ||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||    
T  43974471 tctttttccttcaccaatttctcatattcaattccctttgaaatcaactcatgaaacttctttggattataagtaggtgcattaggacctaataacaatc 43974372  T
Q  213 cactttcatgttttttgaacttgtctccttcaccaagcctacgaagccttccgatcatttgttcaccaccaaggacaagattctttgcatcctcgttatg 312  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |||||  ||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||| ||| ||  |    
T  43974371 cactttcatatttcttgaatttgtcaccttcatcaagcctatgaagtcttccagtcatttgttgaccaccaagaataagattcttagcattctcatttgg 43974272  T
Q  313 atcagcaccatcgaaactaatgctttgccatccatcatcgatgataacaaaccttggttcaacgccgccttttgaaaaaccc-tcaagaccatgaaaaac 411  Q
    ||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  43974271 atcacaaccatccaaactaatactttgccatccatcatcaatgataacaaacctaggttcaacaccgc-ttttcaaaaactcatcaagaccatgaaaaac 43974173  T
Q  412 accaataggattaacagttaaatagaaagcatcccaagtgcaccaaccaaatttatcaactaaatttggtagtgttttctcttccaataacctaaaagtg 511  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||     
T  43974172 accaataggaccaacacttaaatagaaagcatcccatgtacaccaaccaaatttatcaaccaaatttggaagtgttttctcttccaaaagcctaaaagta 43974073  T
Q  512 ttgagatgaacccttataacactataagcctctttcatcaaatcataaggattttcagaaaaatgaacataagcaatagcattgaaacatgattctttca 611  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||  |||||||||||||   | ||||||||||||||| |||| |||||  ||| ||||||    
T  43974072 ttgagatgaaccctaatagcactataagcttcattcatcaaagtataaggattttcactcacatgaacataagcaatcgcatcgaaactcgatgctttca 43973973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University