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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2884_high_1 (Length: 918)

Name: NF2884_high_1
Description: NF2884
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2884_high_1
NF2884_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-910)||(41954888-41955774)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 726; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 726; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 910
Target Start/End: Original strand, 41954888 - 41955774
Alignment:
Q  15 actaatatcgtacaattgtacttacaaacaaaataattcattccgtaagatttctcgagtagaaaagtactgatgcatccccgatatatagtgtttgttt 114  Q
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T  41954888 actaatatcgtacaattgtacttacaaacaaaataattcattccgtaagatttctcgagtagaaaagtactcatgcatccccgatatatagtgtttg--- 41954984  T
Q  115 ttgtttgagtcatgggttgtgtatgtgaggtaggacctacaaacatattattattttgatggggttcacatgaagagatgggttctgtagtgaagttcat 214  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41954985 ---tttgagtcatgggttgtgtatgtgaggtaggacctacaaacatattattattttgatggggttcacatgaagagatgggttctgtagtgaagttcat 41955081  T
Q  215 cccctcgagcttttgctatccaacctctcagcatgctcctccttcaatttccatgtctatttacttttgcttcatcagaaatttatcatcatgccataga 314  Q
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T  41955082 cccctcgagcttttgctatccaacctctcagcatgctcctccttcaatttccatgtctatttacttttgcttcatcagaaatctatcatcatgccataga 41955181  T
Q  315 atctagaatattgttatgaatagaaaatgagattccaaccaccacatgttagataaatggggcctaaacatgtgcttacaagtagataaattttcacatc 414  Q
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T  41955182 atctagaatattgttatgaatagaaaatgagattccaaccaccacatgttagataagtggggcctaaacatgtgcttactagtagataaattttcacatc 41955281  T
Q  415 acagaccgattttataagaataagttaaacccaatataaaaatttaattcaatgttaaacatgaaaaaatattaatatacaagaaattactcccaaacat 514  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41955282 ccagaccgattttataagaataagttaaatccaatataaaaatttaattcaatgttaaacacg-aaaaatattaatatacaagaaattactcccaaacat 41955380  T
Q  515 ga---nnnnnnnnnnnnnacaagaccctcaagcatgatttacnnnnnnnaaggaaaaatatacatacccttaaatcatcattatagtgtagaaatagaaa 611  Q
    ||                |||||| |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41955381 gaattttttttattttttacaagatcctcaagcatgatttactttttttaaggaaaaatatacatacccttaaatcatcattatagtgtagaaatagaaa 41955480  T
Q  612 tacacgagttatcaaattaatttctgtatattatcgaagtatttatataaatgctaaataatatactttacacttaagaactttacttgaagatgcatgc 711  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41955481 tacacgaattatcaaattaatttctgtatattatcgaagtatttatataaatgctacataatatactttacacttaagaactttacttgaagatgcatgc 41955580  T
Q  712 tctcaaccagaaacaaaaatattctcgcccatccaatagtccccactctatttcacatctcattcatcctttcccctatttgtgtatgtcttattagcca 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41955581 tctcaaccagaaacaaaaatattcttgcccatccaatagtccccactctatttca-----cattcatcctttcccctatttgtgtatgtcttattagcca 41955675  T
Q  812 ggttcaccatgcatgggtatattaactcccatcatttttaacccaaaagaaaaccaaataaataaaagcctatccattactcacgataatattgatgat 910  Q
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T  41955676 ggttcaccatgcatgggtatattaactcccatcatttttaacccaaaagaaaaccaaataaataaaagcttatccattactcacgataatattgatgat 41955774  T

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