View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2885R-Insertion-1 (Length: 1030)

Name: NF2885R-Insertion-1
Description: NF2885R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2885R-Insertion-1
NF2885R-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-944)||(47459819-47460766)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 878; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 878; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 47460766 - 47459819
Alignment:
Q  8 acaatatttcatctaccaagaatcacttccctttgaaccatgacaataagaaacgaagattttctcaactc--------------agaaacaaccaacct 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||    
T  47460766 acaatatttcatctaccaagaatcacttccctttgaaccatgacaataagaaacgaagattttctcaactcttggagcatgcagcagaaacaaccaacct 47460667  T
Q  94 tcccactctttctcttctaccattaactcctggccactcagatgatcatgatcatgatgatcaacactgctctcacagctccactaccactatcaccaag 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47460666 tcccactctttctcttctaccattaactcctggccactcagatgatcatgatcatgatgatcaacactgctctcacagctccactaccactatcaccaag 47460567  T
Q  194 taattaatattattagttactctccaatattcaatgttagtacttagtaaattaacaatatcaatatgatatatgattgaatattaatttatttgattga 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47460566 taattaatattattagttactctccaatattcaatgttagtacttagtaaattaacaatatcaatatgatatatgattgaatattaatttatttgattga 47460467  T
Q  294 tttaggagcaatgaagatgatgaagaagctcttgttggatggcctccggttaattgtaggaggaagaaacttcgttctaatgaaaatgatgttgaggatc 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47460466 tttaggagcaatgaagatgatgaagaagctcttgttggatggcctccggttaattgtaggaggaagaaacttcgttgtaatgaaaatgatgttgaggatc 47460367  T
Q  394 acgtggtccctattgatggttctcataatcataggaattacgtgaaggtgaaaatggaaggtgtaggaatagctcgaaaggttaatcttggcatgcacca 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47460366 acgtggtccctattgatggttctcataatcataggaattacgtgaaggtgaagatggaaggtgtaggaatagctcgaaaggttaatcttggcatgcacca 47460267  T
Q  494 ttcatttcatactctcaatcaaactttaatggacatgtttgaaaaatgtacgtacgtcttatgtatgttgtttattcaaatttctaattaaatttccaag 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47460266 ttcatttcatactctcaatcaaactttaatggacatgtttgaaaaatgtacgtacgtcttatgtatgttgtttattcaaatttctaattaaatttccaag 47460167  T
Q  594 ttaataattagtactactaattagttgaggtatgtatagtatatgcacggcattaattcatgtagttggaaattaacaggtgatcatgatcaacaacagt 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47460166 ttaataattagtactactaattagttgaggtatgtatagtatatgcacggcattaattcatgcagttggaaattaacaggtgatcatgatcaacaacagt 47460067  T
Q  694 atgaactggtttatcaagacaaagaaggtgattggcttcttgctcaagatatttcatggaggtaattatcattaattagtgcaagctagctactccttgt 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47460066 atgaactggtttatcaagacaaagaaggtgattggcttcttgctcaagatatttcatggaggtaattatcattaattagtgcaagctagctactccttgt 47459967  T
Q  794 atgactaattataaacattcaaggaaaaaagattgtctctagatataagtcatatttcaaattataagatgtatatattattttaaacatgatcttaatt 893  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47459966 atgactaattataaacattcaaggaaaaaagattgtctctagatataagtcatatttcaaattataagatgtatatattattttaaacatgatcttaatt 47459867  T
Q  894 agtttgcattaaaatgtgttaggaggagttgagaggatgggtaactcactt 944  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  47459866 agtttgcattaaaatgtgtta---ggagttgagaggatgggtaactcactt 47459819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University