View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2885R-Insertion-2 (Length: 940)

Name: NF2885R-Insertion-2
Description: NF2885R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2885R-Insertion-2
NF2885R-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-938)||(45476874-45477802)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 45477802 - 45476874
Alignment:
Q  9 attggagctggagaagttgctggtccaccgcagcaggcacaagatgggggtgattgatcaaaatctgagaaagaaactgaccgattggagactgaaactg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45477802 attggagctggagaagttgctggtccaccgcagcaggcacaagatgggggtgattgatcaaaatctgagaaagaaactgaccgattggagattgaaactg 45477703  T
Q  109 aagaggtgcaatcttatgagatgagtctgggtctggcgaggaggaagaggatgttgctgctctaactacaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||    
T  45477702 aagaggtgcaatcttatgagatgagtctgggtctggcgaggaggaagaggatgttgctgctctaactacaaagcttcttcttcttcttcttcttgttatc 45477603  T
Q  209 gtatttgcagcaattccaacggagagtctctcatgcttatgcctagggatggggacggaagtgcacacctagcaaccaaggaatggatcaataatcaata 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45477602 gtatttgcagcaattccaacggagagtctctcatgcttatgcctagggatggggacggaagcgcacacctagcaaccaaggaatggatcaataatcaata 45477503  T
Q  309 ataataatta---gaaattaatataagtattttgtttttgaatgcaaaattaaactgcaagattactacatagggacttttgaatgatactattaacttg 405  Q
    |||||||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45477502 ataataataataagaaattaatataagtattttgtttgtgaatgcaaaattaaactgcaagattactacatagggacttttgaatgatactattaacttg 45477403  T
Q  406 agaagacagcataaacaaagcattagtttggttgtaattccaacaactagtggtaattattattatccagcagcagcagcaacaatcaatgaattaatca 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45477402 agaagacagcataaacaaagcattagtttggttgtaattccaacaactagtggtaattattattatccagcagcagcagcaacaatcaatgaattaatca 45477303  T
Q  506 atcaaataaacaaaacagagatagtaccttattattagaaggaggaaagtgaagaaggcggcaggatccggttgtaattgaagaagacggcggtgatagg 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45477302 atcaaataaacaaaacagagatagtaccttattattagaaggaggaaagtgaagaaggcggcaggatccggttgtaattgaagaaggcggcggtgatagg 45477203  T
Q  606 aggaggacggcggtggctgccacgtccatacggctaggttggattagacgaacagatgaacgaagaaatggatggatccttgtttgggttggtttgcttc 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||    
T  45477202 aggaggacggcggtggctgccacgtccatacggctaggttggattagacgaacagatgaac------------ggatccttgtttgggttggtttgcttc 45477115  T
Q  706 nnnnnnnnnnnnnnnnacaagcgaaacgggatcatgtgccttctatttatcacttcccctccaatatttatttta--atgtaaataaataaattctcggg 803  Q
                    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| |    
T  45477114 ttttcttttcttttttacaagcgaaacgggat-atgtgccttctatttatcacttcccctccaatatttattttaatatataaataaataaattctcgcg 45477016  T
Q  804 cctactattcatatttat-----ttacatgtttcatcctccattttattgtacgactagg-agaaaataaatgttcgcg-acgtg-ttccgtgggtctga 895  Q
    |||||||||||||| |||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  45477015 cctactattcatatatatttacattacatgtttcatcctccattttattgtacgactaggaagaaaataaatgttcgcgaacgtgtttccgtgggtctga 45476916  T
Q  896 attcctatttttctgaggtagagatgcttttgtcctaattatg 938  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45476915 attccta-ttttctgaggtagagatgcttttgtcctgattatg 45476874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University