View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2885R-Insertion-3 (Length: 840)

Name: NF2885R-Insertion-3
Description: NF2885R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2885R-Insertion-3
NF2885R-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-840)||(43439243-43440078)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 43440078 - 43439243
Alignment:
Q  9 tcttggtctttgttaaagcctatttccaattgggttgatatatacatgaatcttcgacatgctcatattataaagagtcacgatatatatgttgatactt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43440078 tcttggtctttgttaaagcctatttccaattgggttgatatatacatgaatctccgacatgctcatattataaagagtcacaatatatatgttgatactt 43439979  T
Q  109 gataccaaataacaaacttaataacactcacagaattaatataatgatgtaaaatagcttaaagcaaaataaagccacactatgcatgcnnnnnnngaga 208  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       ||||    
T  43439978 gataccaaataacaaacttgataacactcacagaattaatataatgatgtaaaatagcttaaagtaaaataaagccacactatgcatgcaaaaaaagaga 43439879  T
Q  209 atgtacatttatgagttacatagccaaggacacagtacaaagttaaacttataattggtaatccaaaagaaagaaagaaaattatgaactctaaacaaat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43439878 atgtacatttatgagttacatagccaaggacacagtacaaagttaaacttataattggtaatccaaaagaaagaaagaaaattatgaactctaaacaaat 43439779  T
Q  309 tatggagttaggtcactcttcaagtgaatctccattatcacttaaaaaatgtatataatatcagaaaattctaaattagttttgtagtaagatgaaatgg 408  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43439778 tatggagctaggtcactcttcaagtgaatctccattatcacttaaaaaatgtatataatatcagaaaattctaaattagctttgtagtaagatgaaatgg 43439679  T
Q  409 aaaactaagatataatgaatccatatcatcttacttattggctataatatatgaatat--atattgtcacactcaagttatgaatcaggaaagcagccta 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43439678 aaaactaagatataatgaatccatatcatcttacttattggctataatatatgaatatatatattgtcacactcaagttatgaatcaggaaagcaaccta 43439579  T
Q  507 agatatgattagcttgattttgatgagattgtagctcatgttgactatgaggtatcatcaatggcatgctattttgatttgaaaagtaattagctgtatc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43439578 agatatgattagcttgattttgatgagattgtagctcatgttgactatgaggtatcatcaatggcatgctattttgatttgaaaagtaattagctgtatc 43439479  T
Q  607 tgcaaattgat---ttgaagtgaacaaattgtccaagctttttccaatcaattacttgtccattgttattattaatattattgctcctttcttcactgca 703  Q
    || ||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43439478 tgtaaattgatttgttgaagtgaacaaattgtccaagc-ttttccaatcaattacttgtccattgttattattaatattattgctcctttcttcactgca 43439380  T
Q  704 atattcttcaattgtgagtccattgtgatgagtattttctttgattgcaaaacttgttgttggactatctaactgtggaagttcaatgagttgtttgttg 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43439379 atattcttcaattgtgagtccattgtgatgagtattttctttgattgcaaaacttgttgttggactatctaactgtggaagttcaatgagttgtttgttg 43439280  T
Q  804 tccataataacagcattttggttttatagaaactgtt 840  Q
    ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||    
T  43439279 tccataacaagagtattttggtttgatagaaactgtt 43439243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University