View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2888-Insertion-1 (Length: 883)

Name: NF2888-Insertion-1
Description: NF2888
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2888-Insertion-1
NF2888-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-883)||(46209657-46210532)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 844; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 844; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 46210532 - 46209657
Alignment:
Q  8 catctatattacacttatacctgctaggagcagattttacacaatggtgctcagctgcactactcattcctcacttctcggtgttggatagggttgcact 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46210532 catctatattacacttatacctgctaggagcagattttacacaatggtgctcagctgcactactcattcctcacttctcggtgttggatagggttgcact 46210433  T
Q  108 gcttgagcaaatattttatgcaagtctccattcttccatcaagtgcgttgcacactctatggcctgcatattagttccatcactttgttgccaaagcttc 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46210432 gcttgagcgaatattttatgcaagtctccattcttccatcaagtgcgttgcacactctatggcctgcatattagttccatcactttgttgccaaagcttc 46210333  T
Q  208 aagttcctccgtttgcacacaatccaaagaatggctacaaattgttcgctttgcaccggagtaatttggtgcaatatagtgaaaacaacagtatccatac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46210332 aagttcctccgtttgcacacaatccaaagaatggctacaaattgttcgctttgcaccggagtaatttggtgcaatatagtgaaaacaacagtatccatac 46210233  T
Q  308 gatacgatagtcctgacgaagcactctatctattttatctgataaatttattgcacaattcatctgggagttgtcgattaagcaacttgtaagagaaatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  46210232 gatacgatagtcctgacgaagcactctatctattttatctgataaatttattgcacaattcatctgggagttgtcaattaagcaacttgtaagagaaatt 46210133  T
Q  408 atgcagaattaagcccaatgtttgctaaagcattcggtttgagaaatggtcttactgtggcaaaagaagtgaatttaaacaaggtcattgaggaatctga 507  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46210132 ttgcagaattaagcccaatgtttgctaaagcattcggtttgagaaatggtcttactgtggcaaaagaagtgaatttaaacaaggtcattgaggaatctga 46210033  T
Q  508 tgcaggtgtactacattaatttaatgactgagctgacatggctgcagttaaaccaatactccaagattgtagcacatcaatatctcgtgatttagtttct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46210032 tgcaggtgtactacattaatttaatgactgagctgacatggctgcagttaaaccaatactccaagattgtagcacatcaatatctcgtgatttagtttct 46209933  T
Q  608 ttgtagggatatgatgatcatttagctctcaagtgatggcttctagaattcatgttctaatactaaattaaaccccctctgtacaaaagctgttttgctc 707  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46209932 ttgtagggatatgataatcatttagctctcaagtggtggcttctagaattcatgttctaatactaaattaaaccccctctgtacaaaagctgttttgctc 46209833  T
Q  708 ttaagtggtagcgcaaaccaaccaatcacttgcttaccattctattgtctcgatgattgtcatatttttattttatttatgcttgatgtaaagttcttgt 807  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46209832 tcaagtggtagcgcaaaccaaccaatcacttgcttaccattctattgtctcgatgattgtcatatttttattttatttatgcttgatgtaaagttcttgt 46209733  T
Q  808 tatattatgcagctctacctaactatgtgataaagatatgaataatatggcgtaaaagtttatatgttttgataac 883  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46209732 tatattatgcagctctacctaactatgtgataaagatatgaataatatggcataaaagtttatatgttttgataac 46209657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University