View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2889_low_12 (Length: 337)

Name: NF2889_low_12
Description: NF2889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2889_low_12
NF2889_low_12
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (23-337)||(54602476-54602793)
chr4 (23-265)||(39388813-39389055)
chr4 (23-240)||(12024911-12025128)
chr4 (36-218)||(16347123-16347305)
chr4 (291-337)||(12024806-12024852)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (23-337)||(46526346-46526660)
chr7 (23-337)||(42014014-42014330)
chr7 (23-337)||(6272781-6273098)
chr7 (23-337)||(41964209-41964532)
chr7 (23-252)||(10554487-10554716)
chr7 (47-228)||(31593722-31593903)
chr7 (130-265)||(45075574-45075710)
chr7 (41-102)||(28507565-28507626)
chr7 (291-331)||(45415235-45415275)
chr7 (41-212)||(3939825-3939996)
chr7 (180-257)||(11405164-11405241)
chr7 (41-93)||(11405328-11405380)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (24-337)||(41269739-41270054)
chr8 (38-337)||(44115848-44116148)
chr8 (23-265)||(42095768-42096010)
chr8 (23-258)||(8317050-8317285)
chr8 (23-237)||(20477648-20477862)
chr8 (23-238)||(18701199-18701414)
chr8 (41-88)||(2870413-2870460)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (23-337)||(31387407-31387720)
chr1 (26-337)||(42463552-42463863)
chr1 (23-337)||(4911865-4912179)
chr1 (23-337)||(27105953-27106269)
chr1 (23-265)||(15291590-15291832)
chr1 (23-337)||(46192222-46192536)
chr1 (23-259)||(18242832-18243068)
chr1 (36-228)||(50914770-50914962)
chr1 (22-211)||(42055805-42055994)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (36-337)||(10825643-10825945)
chr5 (23-259)||(7262814-7263051)
chr5 (26-242)||(19876462-19876678)
chr5 (23-259)||(37980269-37980504)
chr5 (23-227)||(24169423-24169627)
chr5 (134-243)||(23067167-23067276)
chr5 (291-337)||(7263092-7263138)
chr5 (291-337)||(19876740-19876786)
chr5 (291-337)||(23067336-23067382)
chr5 (23-67)||(23067128-23067172)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (23-337)||(48164684-48164997)
chr3 (23-337)||(177751-178066)
chr3 (23-337)||(45034551-45034865)
chr3 (25-337)||(18942927-18943241)
chr3 (22-259)||(52560966-52561203)
chr3 (23-237)||(55150715-55150928)
chr3 (38-187)||(18908093-18908242)
chr3 (23-178)||(9066-9221)
chr3 (182-337)||(18911880-18912037)
chr3 (23-107)||(54315443-54315527)
chr3 (59-230)||(13825483-13825654)
chr3 (183-259)||(10817-10893)
chr3 (184-238)||(54315312-54315366)
chr3 (281-337)||(23585209-23585265)
chr3 (281-337)||(23600032-23600088)
chr3 (291-337)||(52561248-52561294)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (24-337)||(31501061-31501379)
chr2 (22-265)||(40612853-40613096)
chr2 (23-237)||(2777025-2777239)
chr2 (23-230)||(34458393-34458600)
chr2 (65-259)||(4174696-4174890)
chr2 (26-237)||(2119882-2120093)
chr2 (96-337)||(26393702-26393951)
chr2 (136-337)||(19508503-19508705)
chr2 (23-238)||(15738244-15738459)
chr2 (25-258)||(29902130-29902363)
chr2 (36-146)||(694860-694970)
chr2 (24-98)||(26391522-26391596)
chr2 (23-259)||(21833361-21833597)
chr2 (23-97)||(26172607-26172681)
chr2 (180-218)||(26172745-26172783)
chr2 (131-259)||(20725488-20725616)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (23-337)||(5620197-5620514)
chr6 (25-258)||(19268763-19268996)
chr6 (24-337)||(33523316-33523637)
chr6 (23-150)||(2946114-2946241)
chr6 (23-201)||(33522380-33522558)
chr6 (291-337)||(19268673-19268719)
chr6 (70-258)||(23058627-23058818)
chr6 (291-337)||(2946286-2946332)
[»] scaffold1043 (2 HSPs)
scaffold1043 (36-265)||(2968-3197)
scaffold1043 (291-324)||(2890-2923)
[»] scaffold0079 (1 HSPs)
scaffold0079 (36-218)||(45556-45738)
[»] scaffold0688 (1 HSPs)
scaffold0688 (155-259)||(5439-5543)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (41-102)||(62909-62970)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (131-259)||(29317-29445)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 54602793 - 54602476
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  54602793 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattgtgg 54602694  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54602693 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagattgttggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 54602594  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaagg--nnnnnnnatgtac-ttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatac 319  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||          ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54602593 cagggggccgaggcatgctaggcagcagggttgattaaaattaaggtttttttttttgtactttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatac 54602494  T
Q  320 attttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||||||||    
T  54602493 attttggtatttgtatga 54602476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 39389055 - 39388813
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||    
T  39389055 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagtgagatgtatgacacactgacgatcatccgggatgtggtacatataactgatgatattgtgg 39388956  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  39388955 tcaggcaagccgggatgactaaagaggagattgttcaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgaccttacgtatcagattgccaggtggcg 39388856  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagatta 265  Q
     |||||||  |||||||||||  || ||||||||||| |||||    
T  39388855 tagggggctaaggcatgctaggcagtagggttgattatgatta 39388813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 12025128 - 12024911
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    ||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  12025128 gcgaatgtggagcagatcatagagaaggagcatgccagagagatgtctggcacactgatgatcatccgagatgtggtgcatatagatgacgatattgtgg 12025029  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  12025028 ccaggaaagccgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatacccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattaccaggcggca 12024929  T
Q  223 cagggggccgaggcatgc 240  Q
    ||||||||||||||||||    
T  12024928 cagggggccgaggcatgc 12024911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16347305 - 16347123
Alignment:
Q  36 agatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccga 135  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||| |||  |||   | |||    
T  16347305 agattatagaggaggagcatgccagagagatgtctgacacactgacgatcatccggaatatggtgcagatagctgatgatattgtggccaggagcggcga 16347206  T
Q  136 gatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||   ||| |    ||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||    
T  16347205 gatgactaaagaggagattgttcaggaggtgatttggattggcactactggtcgccttgcccttacatatcggattgccaggc 16347123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 12024852 - 12024806
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||    
T  12024852 gtgatgtataattatgacatgttctatacatttttttatttatatga 12024806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 46526660 - 46526346
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||    
T  46526660 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagttggcgatattgtgg 46526561  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46526560 ctaggcaagccgagatgactaaagaggagattgtccagtaggtgatgcggatagccggtactagtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggcg 46526461  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacatt 322  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  46526460 cagggggccgaggcatgctaggcagcagggttgattatgattagggtttttttatgtacttttttactgtgacgtataattatgacatgttccttacatt 46526361  T
Q  323 ttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||||||||    
T  46526360 ttggtatttgtatga 46526346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Original strand, 42014014 - 42014330
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  42014014 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacattgacgatcatccgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtgg 42014113  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  42014114 ccaggcaagccgagatgactaaagagaagattttccaggaggtgatgcgggtagccggtactggtcgccctacccttacgtatcagattgctaggcggag 42014213  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaagg--nnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccataca 320  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| ||         ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  42014214 cagggggccgaggcatgctaggcagcagagttgattatgattagggtttttttttatgtacttttttactgttatgtataattatgacatattccgtaca 42014313  T
Q  321 ttttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||||||||||    
T  42014314 ttttggtatttgtatga 42014330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 6273098 - 6272781
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  6273098 gcgaacgtcgagcagatcatagaggaggagcatgtcaaatagatgcctgacacattaacgatcatctgggatgtggtgcatatagttgacgatattgtgg 6272999  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6272998 ccaggcaagacgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcaccctgcccttacgtatcagatttccaggcggcg 6272899  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaagg---nnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatac 319  Q
    |||||||||||||||||||||  || | | ||||||| ||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  6272898 cagggggccgaggcatgctaggcagtaagattgattatgattaaggttttttttttatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgtttcgtac 6272799  T
Q  320 attttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||||||||    
T  6272798 attttggtatttgtatga 6272781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Original strand, 41964209 - 41964532
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||    
T  41964209 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggtgcatgccagggagatttttgacagactgacgatcatccgggatgtggtgaatatagttgatgatattgtgg 41964308  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||    
T  41964309 tcaggcaagccgagatgactaaagaggagattttccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgccagacgacg 41964408  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttact---------gtgatgtataattatgacatgtt 313  Q
    ||||||| |||||||||||||  || ||||||||||| |||||||        |||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||    
T  41964409 cagggggtcgaggcatgctaggcagtagggttgattatgattaagctttttttatgtacttttttactgtgatgatcgtgatgtataattatgacatgtt 41964508  T
Q  314 ccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    || ||||||||  ||||| |||||    
T  41964509 ccgtacattttcttatttctatga 41964532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 23 - 252
Target Start/End: Original strand, 10554487 - 10554716
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||    
T  10554487 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccaaggagatgcctgacacattgacgatcatccgggatgtggtgcatattggtgacgatattgtgg 10554586  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||    
T  10554587 ccaggcaagccgagatgactaaagaggagattatccaggaggtgatgtagatagctagtactagtcgccctgcccttacttatcaaattgccaggcgacg 10554686  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcaggg 252  Q
    |||||| | |||||| | ||| ||||||||    
T  10554687 caggggccagaggcagggtagatagcaggg 10554716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 47 - 228
Target Start/End: Original strand, 31593722 - 31593903
Alignment:
Q  47 gaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgagatgactaaag 146  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  31593722 gaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcaaattgctgacgatattgtggctagccaagccgagatgactaaag 31593821  T
Q  147 aggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggg 228  Q
    |||| || ||| ||||  |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  31593822 aggagatcgtctaggatttgatgcggatagctagtactagtcgccctgcccttacttatcagatttccaggcggcgcagggg 31593903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 130 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 45075710 - 45075574
Alignment:
Q  130 agccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgca-gggg 228  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||| ||||||| || || |  |||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  45075710 agccgagataaataaagaggagattatccaagaggtgatgcggatagccggtactgatcaccatatccttacgtatcagattgccaggcggcgtaggggg 45075611  T
Q  229 gccgaggcatgctagttagcagggttgattaagatta 265  Q
    | |||||||||||||  | |||||||||||| |||||    
T  45075610 ggcgaggcatgctaggcaacagggttgattatgatta 45075574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 41 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 28507626 - 28507565
Alignment:
Q  41 atagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  28507626 atagaggaggagcatgccagagagatgtctgacacattgacgatcatcagggatgtcgtgca 28507565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 331
Target Start/End: Original strand, 45415235 - 45415275
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtattt 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  45415235 gtgatgtataattatgacatgttccgtacatttttgtattt 45415275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 41 - 212
Target Start/End: Original strand, 3939825 - 3939996
Alignment:
Q  41 atagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgagatga 140  Q
    |||||||||||||||| || | || | ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||| |||  || || |||  | |   |||||||| |    
T  3939825 atagaggaggagcatgtcatatagctacctgacacactgacgatcattagggatgtcgtgcagatagttgataatgttgtggccatgagcgccgagataa 3939924  T
Q  141 ctaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattg 212  Q
    ||||||||||  | || |||||| |||| | ||| |   |||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  3939925 ctaaagaggagctggtgcaggagatgatccggattggcagtactggtcgccctacccttatgtatcagattg 3939996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 11405241 - 11405164
Alignment:
Q  180 gtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgat 257  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| | |||||||||||  ||||||  |||  ||||||||||||    
T  11405241 gtactggtcgccctgcccttatgtatcaaatggccagacagcgcagggggcataggcatcgtaggcagcagggttgat 11405164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 11405380 - 11405328
Alignment:
Q  41 atagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccggga 93  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||    
T  11405380 atagagtaggaacatgccagagagatgtcggacacaatgacgatcatcaggga 11405328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 24 - 337
Target Start/End: Original strand, 41269739 - 41270054
Alignment:
Q  24 cgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggt 123  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||     
T  41269739 cgaacgtggaacagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggc 41269838  T
Q  124 taggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgc 223  Q
     |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41269839 caggcaaaccgagatgactaaagaggagattgtccaagaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggcgc 41269938  T
Q  224 agggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaagg-nnnnnnnatgtac-ttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacat 321  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||        || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41269939 agggggccaaggcatgctaggcagcagggttgattatgattagggttttttttatttactttttttactgtgatgtataattatgacatgttccgtacat 41270038  T
Q  322 tttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||| |||||    
T  41270039 tttggtatttatatga 41270054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 38 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 44116148 - 44115848
Alignment:
Q  38 atcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgaga 137  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||    
T  44116148 atcatagaggaggagcatgccaaggagacgcctgacacactgacgatcatctaggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggccaggcaagccgaga 44116049  T
Q  138 tgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggca 237  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| || |||    
T  44116048 tgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtaccggtcgccctgcccttacgtatcagattgctaggtggcgcagggggctgatgca 44115949  T
Q  238 tgctagttagcagggttgattaagattaag-gnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatg 336  Q
    ||||||  || ||||||||||  ||||| |         ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  44115948 tgctaggcagtagggttgattgtgattaggcttttttttatgtactttttgactgtgatgtataattatgacatgttccgtacattttggtatttctatg 44115849  T
Q  337 a 337  Q
    |    
T  44115848 a 44115848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 42096010 - 42095768
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||| |||    
T  42096010 gcgaacgtggagcggatcatagaggaggagcatgccagagaaatgtctgacacgctgacgatcatccgagatgtggtgcatatatttgatgatattgtgg 42095911  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42095910 ctaggcaagccgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagtcggtattggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggcg 42095811  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagatta 265  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||| |||| |||||    
T  42095810 cagggggccgaggcatgctaggcagcaaggttcattatgatta 42095768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 23 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 8317285 - 8317050
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  8317285 gcgaacgtggaccagatcatagaggaggagcatgccagggagatgcttgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatattgctgacgatattgtgg 8317186  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      | |||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  8317185 ccaagcaaaccgagatcactaaataggagattgtccaggaggtgatgcggatagctactactagtcgccctgcccttacttatcagattgccaggcggcg 8317086  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatt 258  Q
    || | ||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  8317085 catgaggcagagacatgctaggtagcagggttgatt 8317050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20477862 - 20477648
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  20477862 gcgaacgtggagcagatcatacaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatatgggatgtggtgcatattgctgatgatattgtgg 20477763  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  20477762 ccaggcatgccgagatgactaaagaggagatcgtccaggaggtgatgcggatagctagtactagtcgccctgcccttacttatcatattgcgaggcggcg 20477663  T
Q  223 cagggggccgaggca 237  Q
    |||||||| ||||||    
T  20477662 cagggggcagaggca 20477648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 18701414 - 18701199
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||  ||||| ||     
T  18701414 gcgaacgtggagcagattatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcattagggatgtggtgcagatagctgataatattgtgt 18701315  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
     ||||   | | |||||||||||||||| | |||  |||||||||| | ||| |   |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||    
T  18701314 ctaggagcggcaagatgactaaagaggatactgtttaggaggtgattcggattggcagtaccggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcatcg 18701215  T
Q  223 cagggggccgaggcat 238  Q
    |||||||| |||||||    
T  18701214 cagggggcagaggcat 18701199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 41 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 2870460 - 2870413
Alignment:
Q  41 atagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatc 88  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||    
T  2870460 atagaggaggagcatgtcagagagatgtcggacacattgacgatcatc 2870413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Original strand, 31387407 - 31387720
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  31387407 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtgg 31387506  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31387507 ccaggcaagccgagatgactaaagaggagactgtccaggaggtgatgtggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggcg 31387606  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacatt 322  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||       | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31387607 cagggggccgaggcatgctaggcagcagggttgattgtgatt-aggcttttttacgtactttttgactgtgatgtataattatgacatgttccgtacatt 31387705  T
Q  323 ttggtatttgtatga 337  Q
    ||| ||||| |||||    
T  31387706 ttgatatttctatga 31387720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 26 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 42463863 - 42463552
Alignment:
Q  26 aacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggtta 125  Q
    |||||||||  |||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |    
T  42463863 aacgtggatccgatcatcgaggagaagcatgccagggagatgtctgacacactaacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggtca 42463764  T
Q  126 ggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcag 225  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42463763 ggaaagccgagatgactaacgaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgtcaggcggcgcag 42463664  T
Q  226 ggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacattttg 325  Q
    || |||||||||||||||   ||| ||||||||  ||||| |        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  42463663 ggagccgaggcatgctaggccgcatggttgattgcgattaggctttttttatgtactttttcactgtgatgtataattatgacatgtttcgtacattttg 42463564  T
Q  326 gtatttgtatga 337  Q
    |||||| |||||    
T  42463563 gtatttctatga 42463552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 4912179 - 4911865
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||    
T  4912179 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccaggaagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatataaccgatgatattgtgg 4912080  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  4912079 ccaggcaagccgagatgactaaagagaagattgtccaggaggtgatgcgggtagccggtattggtcgccctgcccttatatatcagattgccaggcggcg 4911980  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacatt 322  Q
    |||||||| ||||||| ||||  |||| ||||||||  ||||| |        ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4911979 cagggggctgaggcatactaggcagcatggttgattgtgattaggctttttttatgtactttttgattgtgatgtataattatgacatgttccgtacatt 4911880  T
Q  323 ttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||| |||||    
T  4911879 ttggtatttctatga 4911865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 27106269 - 27105953
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  27106269 gcgaacgtggagcaaatcatagaggaggagcatgtcagggagatgtctgacacactgacgatcatccgggatatggtgcatatagctgatgatattgtgg 27106170  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  27106169 tcaggcaagccgagatgactaaagaggagattttccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttatgtatcagattgtcaggcggcg 27106070  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaag--gnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccataca 320  Q
     ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||  ||||| |          ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| | ||||    
T  27106069 tagggggccgaggcatgctaggcagcatggttgattgtgattaggctttttttttatgtattttttgactgtgacatataattatgacatgtttcgtaca 27105970  T
Q  321 ttttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||| |||||    
T  27105969 ttttggtatttctatga 27105953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 15291832 - 15291590
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  15291832 gcgaacatggagcagatcatagaggaggagcattccagggagatgtctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtgg 15291733  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15291732 tcaggcaagccgagatgactaaataggagattgtccaggaggtgatacggatagccggtattggtcgtcctgcccttacgtatcagattgccaggcggcg 15291633  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagatta 265  Q
    ||| |||||||||||||||||  || | ||||||||| |||||    
T  15291632 cagagggccgaggcatgctaggcagtaaggttgattatgatta 15291590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 46192536 - 46192222
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||    
T  46192536 gcgaacgtggaacatatcatagaggatgagcatgtcagggagatgtctgacacactcacgatcatccgggatgtggtgcatatagttgatgatattgtgg 46192437  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| | |||||| |||||||| |||||| |||| |||||| |||||| ||    
T  46192436 ccaggcaagccgagatgactaaagaggagattgtcctggaggtgatgcggataaccggtactagtcgccctccccttatgtatcagattgtcaggcgacg 46192337  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacatt 322  Q
     ||||||||||||||| ||||  |||| | ||||||| |||||          ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46192336 tagggggccgaggcattctaggcagcacgtttgattatgattagactttttttatgtaatttttgactgtgatgtataattatgacatgttccgtacatt 46192237  T
Q  323 ttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||||||||    
T  46192236 ttggtatttgtatga 46192222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 259
Target Start/End: Original strand, 18242832 - 18243068
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| |||    
T  18242832 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgttagggagatgcctgacacactgacgatcatcccggatctggtgcatattgctgacgatattgtgg 18242931  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      ||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  18242932 ccaggcaagccgatatgactaaagaggagatcgtctaggaggtgatacagatatctagtactagtcgccctgcccttacttatcagattgccaggcggcg 18243031  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
    |||||||| |||||| | |||  ||||||| ||||||    
T  18243032 cagggggcagaggcagggtaggcagcagggctgatta 18243068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 36 - 228
Target Start/End: Original strand, 50914770 - 50914962
Alignment:
Q  36 agatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccga 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||  |||||||||||    
T  50914770 agatcatagaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgaggatcatccgagatgtggtgcatattgttgacgatattgtggccaggcaagccga 50914869  T
Q  136 gatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggg 228  Q
    || |||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||    
T  50914870 gacgactaaagaggagatcgtccaggaggtgatgcggatagctagtactagccgccctgcccttacttatcaaattgtcaggcggcgcagggg 50914962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 42055994 - 42055805
Alignment:
Q  22 agcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatg 121  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||  |||||| ||    
T  42055994 agcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccaaggagatgcctgacacactgacgatcatccaggatgttgtgcatatagttggtgatattgtg 42055895  T
Q  122 gttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagatt 211  Q
    |  | | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42055894 gccaagaaagctgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagatt 42055805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 36 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 10825945 - 10825643
Alignment:
Q  36 agatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccga 135  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  10825945 agatcatacaggaggagcatgctagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggtcaggcaagccga 10825846  T
Q  136 gatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgagg 235  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10825845 gatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggcgcagggggccgagg 10825746  T
Q  236 catgctagttagcagggttgattaagattaag-gnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgta 334  Q
    ||||||||  || ||||||||||  ||||| |         ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  10825745 catgctaggcagtagggttgattgtgattaggcttttttttatgtactttttgactgtgatgtataattatgacatgttccgtacattttggtatttcta 10825646  T
Q  335 tga 337  Q
    |||    
T  10825645 tga 10825643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 259
Target Start/End: Original strand, 7262814 - 7263051
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7262814 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctaacacaccgacgatcatccgagatgtggtgcatatagctgacgatattgtgg 7262913  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7262914 tcaggcaagccaagatgactaaagaggatattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgcccttcccttacgtatcagattaccaggcggcg 7263013  T
Q  223 ca-gggggccgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
    || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  7263014 caggggggccgaggcatgctaggcagcagggttgatta 7263051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 26 - 242
Target Start/End: Original strand, 19876462 - 19876678
Alignment:
Q  26 aacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggtta 125  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |    
T  19876462 aacgtggagcagatcattgaggaggagcatgccatggagatgcctgacacactaacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggcca 19876561  T
Q  126 ggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcag 225  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  19876562 ggcaagtcgagatgactaaagaggagattgtctaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcagcgcag 19876661  T
Q  226 ggggccgaggcatgcta 242  Q
     ||| ||||||||||||    
T  19876662 aggggcgaggcatgcta 19876678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 23 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 37980504 - 37980269
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  37980504 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagggagatgtctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatattgctgacgatattgtgg 37980405  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  37980404 ccaggcaagccgagatgactaaagaggagattgtccacgaggtgatgctgatagc-agtactagtcgccctgcccttacttatcagattgccaggcggcg 37980306  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
     ||||| | |||||| | |||  ||||||| ||||||    
T  37980305 taggggtcagaggcagggtagacagcagggctgatta 37980269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 227
Target Start/End: Original strand, 24169423 - 24169627
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  24169423 gcgaacgtggagcagattatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacactgacgatcatccaagatgtggtgcatattgctgacgatattgtgg 24169522  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||  |||||||||  ||| |||||| |||||||||    
T  24169523 ccaggcaagccgagatgactaaaaaggagattgtccaggaggtgatgcggatagctagtactagtcgtactgcccttaattatcagattgtcaggcggcg 24169622  T
Q  223 caggg 227  Q
    |||||    
T  24169623 caggg 24169627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 134 - 243
Target Start/End: Original strand, 23067167 - 23067276
Alignment:
Q  134 gagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccga 233  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  23067167 gagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatggggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattaccaggcggcgcagggggccga 23067266  T
Q  234 ggcatgctag 243  Q
    |||| |||||    
T  23067267 ggcaagctag 23067276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Original strand, 7263092 - 7263138
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||    
T  7263092 gtgatgtataattatgacatgttccgtacatttttttatttctatga 7263138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Original strand, 19876740 - 19876786
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||    
T  19876740 gtgatgtataattatgacatgctccatacattttcttatttctatga 19876786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Original strand, 23067336 - 23067382
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||    
T  23067336 gtgatgtataattatgacatgttccgtacattttcttatttctatga 23067382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 67
Target Start/End: Original strand, 23067128 - 23067172
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatg 67  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  23067128 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgctagggagatg 23067172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Original strand, 48164684 - 48164997
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||     
T  48164684 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcataccagagagatgtttgacacactgacgatcatccgagatgtggtgcatataactgatgatattgtga 48164783  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  48164784 ccaggaaagccgagatgactaaagaggatattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgtcaggcggcg 48164883  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacatt 322  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  48164884 cagggggtcgaggcatgctaggcagcagggttgattatgattagggtttttttatgtacttttttactgtgatg-ataattatgacatgttccgtacatt 48164982  T
Q  323 ttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||||||||    
T  48164983 ttggtatttgtatga 48164997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 178066 - 177751
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  178066 gcgaacgtggagcagatcatataggaggagcatgccaaagagatgcctgacacactgacgatcatctgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtgg 177967  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  177966 ccaggcaagccgagatgactaaagagaagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggca 177867  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagatta-aggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacat 321  Q
     ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||| |         ||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  177866 tagggggccgaggcatgctaggcaacagggttgattatgattagacttttttttatgtactttttgaatgtaaagtataattatgacatgttccgtacat 177767  T
Q  322 tttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||| |||||    
T  177766 tttggtatttctatga 177751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Original strand, 45034551 - 45034865
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  45034551 gcgaacgtggagcagatcacagaggaggagcatgtcaggaagatgcctgacacactggcgatcatccgggaggtggtgcatatagctgatgatattgtgg 45034650  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||| ||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  45034651 ccaggcaagctgagatgactaatgaaaagattgtccaggaggtgatgcggatatccggtactgatcgccccgcccttacgtatcaaattgccaggcggcg 45034750  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacatt 322  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||    
T  45034751 cagggggccgaggcatgctaggcagcagggttgattatgattagggtttttttatgtacttttttactctgatgtataattatgacatgttccgtatatt 45034850  T
Q  323 ttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||||||||    
T  45034851 ttggtatttgtatga 45034865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 25 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 18943241 - 18942927
Alignment:
Q  25 gaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggtt 124  Q
    |||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||      
T  18943241 gaacgtggaccagattatagaggaagagcatgccagagagatgcttgacacactgatgatcatcctgtatgtggtgcatatacctgacgatattgtggcc 18943142  T
Q  125 aggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgca 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||    
T  18943141 aggcaagccgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatacggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtatcaaattgcgaggcggtgca 18943042  T
Q  225 gggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaagg--nnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacatt 322  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||         ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  18943041 gggggtcgaggcatgctaggcagcagggttgattatgattagggtttttttttatgtactttgtgactgtgatttataattatgacatgttccgtacatt 18942942  T
Q  323 ttggtatttgtatga 337  Q
    |||||||||||||||    
T  18942941 ttggtatttgtatga 18942927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 22 - 259
Target Start/End: Original strand, 52560966 - 52561203
Alignment:
Q  22 agcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatg 121  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  52560966 agcgaacgtggagcatatcatagaggaggagcatgccagggagatgtctgacacactgacaatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtg 52561065  T
Q  122 gttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggc 221  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  52561066 gccaggcaagccgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcgccctgcccttacgtaacagattgtcaggcggc 52561165  T
Q  222 gcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  52561166 gcagggggccgaggcatgctaggcagtagggttgatta 52561203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Original strand, 55150715 - 55150928
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55150715 gcgaatgtggatcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgc-tgacacactgatgatcatccgagatgtggtgcatattgctgacgatattatgg 55150813  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  55150814 tcaggcaagccgagaggactaaagaggagatcgtctaggaggtgatgcggataactagtactagtcgccctgcccttacttatcagattgccaggcggcg 55150913  T
Q  223 cagggggccgaggca 237  Q
    |||||||| ||||||    
T  55150914 cagggggcagaggca 55150928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 38 - 187
Target Start/End: Original strand, 18908093 - 18908242
Alignment:
Q  38 atcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgaga 137  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| |    
T  18908093 atcatagaggaccagcatgtcagagagatgcctgacacactgatgatcatctgggatgtggtgcatatagctgacgatactgtggccaggcaagccgaaa 18908192  T
Q  138 tgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggt 187  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  18908193 tgcctaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggt 18908242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 178
Target Start/End: Original strand, 9066 - 9221
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  9066 gcgaacgtggagcagatcataaaggaggagcatgccagggaaatgcctgacacagtgacgatcatccgggatgtggtgcatattgctgatgatattgtgg 9165  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagct 178  Q
      |||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  9166 ccaggcaagccgagatgagtagaaaggagattgtccaggaggtgatgcggatagct 9221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 182 - 337
Target Start/End: Original strand, 18911880 - 18912037
Alignment:
Q  182 actggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaag---gnnnnnnnatg 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||| ||||||||| ||||| |           |||    
T  18911880 actggtcgccctgcccttacatatcagattgccaggcggcgcagggggccaaagcatgctaggcagcaaggttgattatgattaggtttttttttttatg 18911979  T
Q  279 tacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18911980 cac-tttttactgtgatgtataattatgacatgttccgtacattttggtatttgtatga 18912037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 23 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 54315527 - 54315443
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatag 107  Q
    |||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  54315527 gcgaacgtggaacagaatatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacattgacgatcatcagggatgtggtgcagatag 54315443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 59 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 13825654 - 13825483
Alignment:
Q  59 agagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtcc 158  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||  || || ||| || |   |||||||||||||||| |||  | || |    
T  13825654 agagagatgcctgacacacttacgatcatcagggatgtcgtgcagatagctgataatgttgtggctatgagtgccgagatgactaaagcggagctggtgc 13825555  T
Q  159 aggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggc 230  Q
    ||||| ||||   ||| | | ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  13825554 aggagatgatttggattgatagtactagtcgccctgcccttatgtatcggattgccaggcagcgcagggggc 13825483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 259
Target Start/End: Original strand, 10817 - 10893
Alignment:
Q  183 ctggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||  ||||||| ||||||    
T  10817 ctggtcgccctgcccttacttatcagattgtcaggcggcgcagggggcagaggcagggtaggcagcagggctgatta 10893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 54315366 - 54315312
Alignment:
Q  184 tggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcat 238  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  54315366 tggtcgccctgcccttacgtatcagtttgccaggcagcgcagagggcagaggcat 54315312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 281 - 337
Target Start/End: Original strand, 23585209 - 23585265
Alignment:
Q  281 cttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  23585209 ctttttgattgtgatgtataactatgacatgttccgtacatttttgtatttctatga 23585265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 281 - 337
Target Start/End: Original strand, 23600032 - 23600088
Alignment:
Q  281 cttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  23600032 ctttttgattgtgatgtataactatgacatgttccgtacatttttgtatttctatga 23600088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Original strand, 52561248 - 52561294
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||    
T  52561248 gtgatgtataattatgacatgttccgtacattttcttatttctatga 52561294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 24 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 31501379 - 31501061
Alignment:
Q  24 cgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggt 123  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||     
T  31501379 cgaacgtggagtagagcatggaggaggagcatgccagagagatgcctgacaaactgacgattatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggc 31501280  T
Q  124 taggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgc 223  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||| |||    
T  31501279 caggcaagccgagatgactaaagaggatattgtccaggaggtgatgtggatagccggtactggtcgccttgcccttacgtatcagattttcaggcgacgc 31501180  T
Q  224 agggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaag-----gnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccata 318  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||| |             ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  31501179 agggggccgaggcatgctaggcagcagggttgattgtgattaggcttttttttttttatgtactttttgactatgatgtataattatgacatgttccgta 31501080  T
Q  319 cattttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  31501079 cattttggtatttctatga 31501061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 22 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 40613096 - 40612853
Alignment:
Q  22 agcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatg 121  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||    
T  40613096 agcgaatgtggagcagattatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggttcatatagctaatgatattgtg 40612997  T
Q  122 gttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggc 221  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||    
T  40612996 gccaagcaagccgagatgactaaagaggagattgtctaggaggtgatgcggatggccggtactgatcgccctgcccgtacgtatcagattgtcaggtggc 40612897  T
Q  222 gcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagatta 265  Q
    ||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||| |||||    
T  40612896 gcagggggcagaggcatggtaggcagcagggttgattatgatta 40612853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Original strand, 2777025 - 2777239
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||    
T  2777025 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacattgacgatcatccgggatgtgatgcatattgttgacgatattgtgg 2777124  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  2777125 ccaggcaagccgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagctagtactagtggccctccccttacttatcagatttccaggcggcg 2777224  T
Q  223 cagggggccgaggca 237  Q
    |||||||| ||||||    
T  2777225 cagggggcagaggca 2777239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 230
Target Start/End: Original strand, 34458393 - 34458600
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  34458393 gcgaacatggagcagattatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacactgacgatcattcgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtgg 34458492  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  34458493 ccaggcaagccgagatgattaaagaggtgattgtccaggaggtgatacagatagcaggtaccggtctccctgcccttacatatcagattgccaggcggcg 34458592  T
Q  223 cagggggc 230  Q
    ||||||||    
T  34458593 cagggggc 34458600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 65 - 259
Target Start/End: Original strand, 4174696 - 4174890
Alignment:
Q  65 atgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggagg 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4174696 atgcctaacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggccagacaagccgagatgactaaagaggagattgtccaggagg 4174795  T
Q  165 tgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | ||| ||||| |||||||  || |||||||||||    
T  4174796 tgatgcggatagccggtactggtcgccctgccgttacgtatcagattgccaagcggcgctgtgggtcgaggtatgctaggcagtagggttgatta 4174890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 26 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 2120093 - 2119882
Alignment:
Q  26 aacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggtta 125  Q
    ||||||||  ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| | |||| |||  |    
T  2120093 aacgtggagcagatcatcgatgaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgagatggggtgcatatagttgatggtattgtggcca 2119994  T
Q  126 ggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcag 225  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||    
T  2119993 gacaagccgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagctagtactagtcgcgttgcccttacttatcagattttcaggcggcgcag 2119894  T
Q  226 ggggccgaggca 237  Q
    ||||| ||||||    
T  2119893 ggggcagaggca 2119882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 96 - 337
Target Start/End: Original strand, 26393702 - 26393951
Alignment:
Q  96 tggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgc 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| |||||||    
T  26393702 tggtgcatatagctgacgatattgtggccaggcaatccgagatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgtggatagccagtactggttgccctgc 26393801  T
Q  196 ccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttact----- 290  Q
    |||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |        ||||||||||| |||         
T  26393802 ccttacgtatcagattacccggcgacgcagggggccgaggcatgctagtcagcagggttgattatgattaggctttttatatgtactttttgacttgatc 26393901  T
Q  291 ---gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  26393902 atggtgatgtataattatgacatgttccatacatttttttatttctatga 26393951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 136 - 337
Target Start/End: Original strand, 19508503 - 19508705
Alignment:
Q  136 gatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgagg 235  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  19508503 gatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatagccggtactggtcg-catgtccttacgtatcagattgccaggcggcacagggggccaagg 19508601  T
Q  236 catgctagttagcagggttgattaagattaagg--nnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgt 333  Q
    ||||||||  ||||| |||||||| ||||| ||         ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  19508602 catgctaggcagcagtgttgattatgattagggtttttttttatgtacttttggactgtgatgtataattatgacatgttccgtacattttggtatttct 19508701  T
Q  334 atga 337  Q
    ||||    
T  19508702 atga 19508705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15738459 - 15738244
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||  ||||| ||     
T  15738459 gcgaacgtggagcagattatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcattagggatgtggtgcagatagctgataatattgtgt 15738360  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
     ||||   | | |||||||||||||||| | |||  |||||||||| | ||| |   |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||    
T  15738359 ctaggagcggcaagatgactaaagaggatactgtttaggaggtgattcggattggcagtaccggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcatcg 15738260  T
Q  223 cagggggccgaggcat 238  Q
    |||||||| |||||||    
T  15738259 cagggggcagaggcat 15738244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 258
Target Start/End: Original strand, 29902130 - 29902363
Alignment:
Q  25 gaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggtt 124  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||     
T  29902130 gaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgcgagagagatgctcgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcagatagctgataatattgtggtc 29902229  T
Q  125 aggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgca 224  Q
    |||   | |||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| | ||| |    ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||| |    
T  29902230 aggagtggcgagatgactaaagaggagatatttcaggaggtgattcggattggcactactggtcgccctgcccttacatattggatttccaggcagcgta 29902329  T
Q  225 gggggccgaggcatgctagttagcagggttgatt 258  Q
    |||||| ||| |||  |||  |||||||||||||    
T  29902330 gggggcagagacatcgtaggcagcagggttgatt 29902363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 36 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 694970 - 694860
Alignment:
Q  36 agatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccga 135  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||    
T  694970 agatcatagaggaggagcacgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatataactgatgatattgtggctaggcaagccga 694871  T
Q  136 gatgactaaag 146  Q
    |||||||||||    
T  694870 gatgactaaag 694860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 24 - 98
Target Start/End: Original strand, 26391522 - 26391596
Alignment:
Q  24 cgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtgg 98  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26391522 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactaacgatcatccgagatgtgg 26391596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 259
Target Start/End: Original strand, 21833361 - 21833597
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||  | |||||  || || |||    
T  21833361 gcgaacgtggagcagattatagaggaggagcatggtagagagatccctgacacattgacaatcatcagggatgtcgtgcaggtggctgataatgttgtgg 21833460  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      | ||| |  |||||||||||||||||  |||| |||||| |||| | ||| | | |||||||||||||||||||||| |||   |||| |||||  |     
T  21833461 ccatgcaggaagagatgactaaagaggagcttgtgcaggagatgatccggattggtagtactggtcgccctgcccttacatatcgaattgtcaggcatct 21833560  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
    |||||||| |||||||  |||  ||||| ||||||||    
T  21833561 cagggggcagaggcatcgtaggcagcagagttgatta 21833597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 26172607 - 26172681
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtg 97  Q
    |||||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26172607 gcgaacgtggagcatattatagaggaggagtatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatcagggatgtg 26172681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 218
Target Start/End: Original strand, 26172745 - 26172783
Alignment:
Q  180 gtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26172745 gtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggc 26172783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 259
Target Start/End: Original strand, 20725488 - 20725616
Alignment:
Q  131 gccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggc 230  Q
    ||||||||||||||||||||  | || |||||| |||| | ||| |   ||||||||||||||||||||| |||| |||||| || || || ||||||||    
T  20725488 gccgagatgactaaagaggagctcgtgcaggagatgatccggattggcagtactggtcgccctgcccttatgtatcagattgtcatgcagcacagggggc 20725587  T
Q  231 cgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
      ||||||  |||  ||||||||| ||||    
T  20725588 ataggcatcgtaggcagcagggttaatta 20725616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 23 - 337
Target Start/End: Original strand, 5620197 - 5620514
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  5620197 gcgaacatggagcagatcatagaggacgagcatgccagagatatgcctgacacactgatgatcatccgagatgtggtgcatatagttgacgatattgtgg 5620296  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcg 222  Q
      || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5620297 acagacaagccgagatgactaaagaagagattgtccaggaggtgatgcggatagccgatactagtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggcg 5620396  T
Q  223 cagggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaag---gnnnnnnnatgtacttttttactgtgatgtataattatgacatgttccatac 319  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |           ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||    
T  5620397 cagggagccgaggcatgctaggcagcagggttgattatgattaggcttttttttttatgtacttttttactatgatgtataattatgacacattccgtac 5620496  T
Q  320 attttggtatttgtatga 337  Q
    |||||| |||||||||||    
T  5620497 attttgatatttgtatga 5620514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 19268996 - 19268763
Alignment:
Q  25 gaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggtt 124  Q
    |||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||      
T  19268996 gaacgtggagcaaatcatagaggacgagcatgccagagagacacgtgacacactgacgatcatctgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtggca 19268897  T
Q  125 aggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgca 224  Q
    ||| | | |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  19268896 aggaacgacgagatgattaaagaggagattgtccaagaggtgattcagatagccagtactggtcgccctgcccatacgtatcagattgccaggcggcgca 19268797  T
Q  225 gggggccgaggcatgctagttagcagggttgatt 258  Q
    |||||| |||||||| |||  |||||||||||||    
T  19268796 gggggcagaggcatggtaggcagcagggttgatt 19268763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 24 - 337
Target Start/End: Original strand, 33523316 - 33523637
Alignment:
Q  24 cgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggt 123  Q
    ||||||||||  | || ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||     
T  33523316 cgaacgtggagcaaattataaaggaggagcatgc-agagagatgtctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatataactgatgatattgtggc 33523414  T
Q  124 taggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgc 223  Q
     ||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  |||||  ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  33523415 caggaaagacgagatgactaaggaggagattgtccaggaggtgatacgaatagccagtactggccgccctgcccttacatatcagattgctaggcggcgc 33523514  T
Q  224 agggggccgaggcatgctagttagcagggttgattaagattaaggnnnnnnnatgtacttttttact---------gtgatgtataattatgacatgttc 314  Q
    ||||||| | |||| | |||  || ||||||||||| ||||| |        ||||||||||  |||         ||||||||||||||||||||||||    
T  33523515 agggggcagcggcagggtagacagtagggttgattatgattaggctttttttatgtacttttggactatgattatggtgatgtataattatgacatgttc 33523614  T
Q  315 catacattttggtatttgtatga 337  Q
    | |||||||| |||||| |||||    
T  33523615 cgtacattttcgtatttctatga 33523637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 150
Target Start/End: Original strand, 2946114 - 2946241
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||    
T  2946114 gcgaacgtggagcagatcatagagaaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacaatcatccgggatgtggtgcatatagttgatgatattgtgg 2946213  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagagga 150  Q
      ||||||||||||||||||||||||||    
T  2946214 ccaggcaagccgagatgactaaagagga 2946241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 33522558 - 33522380
Alignment:
Q  23 gcgaacgtggattagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatgg 122  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  33522558 gcgaacgtggagcagattatagaggagtatcatgccagagatatgtctgacacattgaagatcatccgagatgtggtgcatatagctgatgatattgttg 33522459  T
Q  123 ttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttac 201  Q
      ||  | |||||   ||||||| |||| ||| |||||||||| ||||  ||||  |||||| |||||| |||||||||    
T  33522458 ccagaaaggccgacgggactaaaaaggagattttccaggaggttatgcgaatagtcggtactagtcgccttgcccttac 33522380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 19268719 - 19268673
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  19268719 gtgatgtataattatgacatgttccgtacattttcgtatttctatga 19268673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 258
Target Start/End: Original strand, 23058627 - 23058818
Alignment:
Q  70 tgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatg 169  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||  | |   |  ||||||||||||||||| ||||| || |||||| |     
T  23058627 tgacccactgaggatcatccgagatgtggtgcagatagctgatgatattgtggccatgagcggtgagatgactaaagaggagattgttcatgaggtgttt 23058726  T
Q  170 cagatagctggtactggtcgcc---ctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcatgctagttagcagggttgatt 258  Q
    | ||| |    |||||||||||   ||||||||||||||  |||| |||||  ||||||| ||| |||||||  |||  |||||||||||||    
T  23058727 cggattggcactactggtcgccctgctgcccttacgtatcggatttccaggtagcgcaggtggcagaggcatcgtaggcagcagggttgatt 23058818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Original strand, 2946286 - 2946332
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacattttggtatttgtatga 337  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||    
T  2946286 gtgatatataattatgacatgttccgtatattttggtatttctatga 2946332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1043 (Bit Score: 146; Significance: 7e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold1043
Description:

Target: scaffold1043; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 36 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 3197 - 2968
Alignment:
Q  36 agatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccga 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | |  |||||| ||||    
T  3197 agatcatagaggaggagcatgccagagagatgtctgacacactaacggtcatctgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtagccaggcaaaccga 3098  T
Q  136 gatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgagg 235  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3097 gatgactaaagaggagattgtccaggaggtgatgcggatatccggtactggtcgccctgcccttacgtatcagattgccaggcggcgcagggggccgagg 2998  T
Q  236 catgctagttagcagggttgattaagatta 265  Q
    | ||||||  | |||||||||||| |||||    
T  2997 cgtgctaggcaacagggttgattatgatta 2968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1043; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 2923 - 2890
Alignment:
Q  291 gtgatgtataattatgacatgttccatacatttt 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2923 gtgatgtataattatgacatgttccgtacatttt 2890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 218
Target Start/End: Original strand, 45556 - 45738
Alignment:
Q  36 agatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattatggttaggcaagccga 135  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||| |||  |||   | |||    
T  45556 agattatagaggaggagcatgccagagagatgtctgacacactgacgatcatccggaatatggtgcagatagctgatgatattgtggccaggagcggcga 45655  T
Q  136 gatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||   ||| |    ||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||    
T  45656 gatgactaaagaggagattgttcaggaggtgatttggattggcactactggtcgccttgcccttacatatcggattgccaggc 45738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0688 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0688
Description:

Target: scaffold0688; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 155 - 259
Target Start/End: Original strand, 5439 - 5543
Alignment:
Q  155 gtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggccgaggcatgctagttagcagggtt 254  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||  ||||||| |    
T  5439 gtccaggaggtgatgcggatagctagtactagtcgccctgcccttacttattagattgctaggcggcgcagggggcagaggcaaggtaggcagcagggct 5538  T
Q  255 gatta 259  Q
    |||||    
T  5539 gatta 5543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 41 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 62970 - 62909
Alignment:
Q  41 atagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgca 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||    
T  62970 atagatgaggagcatgccagagagatgcctgacacattgacgatcatcaaggatgtcgtgca 62909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 259
Target Start/End: Original strand, 29317 - 29445
Alignment:
Q  131 gccgagatgactaaagaggaaattgtccaggaggtgatgcagatagctggtactggtcgccctgcccttacgtattagattgccaggcggcgcagggggc 230  Q
    ||||||||||||||||||||  | || |||||| |||| | ||| |   ||||||||||||||||||||| |||| |||||| || || || ||||||||    
T  29317 gccgagatgactaaagaggagctcgtgcaggagatgatccggattggcagtactggtcgccctgcccttatgtatcagattgtcatgcagcacagggggc 29416  T
Q  231 cgaggcatgctagttagcagggttgatta 259  Q
      ||||||  |||  ||||||||| ||||    
T  29417 ataggcatcgtaggcagcagggttaatta 29445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University