View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2898_high_40 (Length: 263)

Name: NF2898_high_40
Description: NF2898
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2898_high_40
NF2898_high_40
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (9-249)||(4023077-4023317)
chr4 (14-245)||(3985006-3985237)
chr4 (14-245)||(3921921-3922155)
chr4 (14-245)||(3935269-3935515)
chr4 (26-245)||(3998931-3999150)
chr4 (53-245)||(3799920-3800107)
chr4 (14-245)||(4007924-4008155)
chr4 (62-249)||(4000211-4000401)
chr4 (30-244)||(3957378-3957598)
chr4 (31-134)||(3815697-3815800)
chr4 (15-134)||(3808107-3808226)
chr4 (53-125)||(4216867-4216939)
chr4 (113-245)||(4216948-4217075)
chr4 (17-83)||(4000130-4000196)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 9 - 249
Target Start/End: Original strand, 4023077 - 4023317
Alignment:
Q  9 agcataggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacat 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4023077 agcaaaggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacttccaggataaacat 4023176  T
Q  109 acactgcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaacgtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023177 acactgcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaacgtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaa 4023276  T
Q  209 attcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaatgtt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023277 attcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaatgtt 4023317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 3985006 - 3985237
Alignment:
Q  14 aggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacact 113  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  3985006 aggggagagatgaggtggtgagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatatacatacact 3985105  T
Q  114 gcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaacgtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattca 213  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |    
T  3985106 gcttgataagaatcaaggatatctttgtaatcaacatagctttcaactttatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaactccatcaaattga 3985205  T
Q  214 tttgcagattcaacccaatatttatgagagaa 245  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3985206 tttgaagattcaacccaatatttatgagagaa 3985237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 3922155 - 3921921
Alignment:
Q  14 aggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacact 113  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  3922155 aggggagagatgaagtggagagagatcaacaatcatgccatccattgttgtcttgtactccaaccactttggaacactacttccaggatacacatacact 3922056  T
Q  114 gcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaac---gtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  3922055 gcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcagcatattcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaat 3921956  T
Q  211 tcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaa 245  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3921955 tgatttgcagattcaacccaatatttatcagagaa 3921921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 3935515 - 3935269
Alignment:
Q  14 aggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtct------------tgtactccaaccactctggaatactacctccagga 101  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||            ||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |    
T  3935515 aggggagagatgaagtggagagagatcaacaatcatgtcatcgtttgttgtctcgtttgttgtcttgtactcaaaccaatctggaacactacttccagaa 3935416  T
Q  102 taaacatacactgcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaac---gtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaa 198  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||    
T  3935415 tacacatacaatgcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataagtttcaacataatcatcatgttccactgttgataaatcttgatatgcaa 3935316  T
Q  199 actttatcaaattcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaa 245  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3935315 acttcatcaaattgatttgcagattcaacccaatatttatcagagaa 3935269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 245
Target Start/End: Original strand, 3998931 - 3999150
Alignment:
Q  26 atgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacactgcttgataagaa 125  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  3998931 atgtggagagatatcaataatcctgtcatcctttgttgttttgtactccaacgactctgaaacactgcttcctggataaacatacaatgcttgataagaa 3999030  T
Q  126 tcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaacgtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattcatttgcagattca 225  Q
     |||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||| | ||| ||||| | |||||    
T  3999031 ccaaacttatgtttgtaatcaacattactttcaacatagttatgttccaatgtcgaataatgttgatatgcaaactttattatattgatttgaatattca 3999130  T
Q  226 acccaatatttatgagagaa 245  Q
    || ||| ||||||| |||||    
T  3999131 actcaacatttatgtgagaa 3999150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 53 - 245
Target Start/End: Original strand, 3799920 - 3800107
Alignment:
Q  53 atcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacactgcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataa 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||     |||||||||    
T  3799920 atcctttgttgtcttgtactccaaccactatggaacactacttccagaataaacatacggtgcttgataagaagcaaagtaatctt-----tcaacataa 3800014  T
Q  153 ctttcaacgtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaa 245  Q
    |||||| | |  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || || |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3800015 ctttcagcatacttatgttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaacttcatcaaattaatctgtagattcaaccaattatgtatgagagaa 3800107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 4007924 - 4008155
Alignment:
Q  14 aggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacact 113  Q
    ||||| ||||| || |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||   ||| ||| ||||| ||||| | |    
T  4007924 aggggggagatgatttggaaagagatcaacaatcatatcatcctgtgttgttttgtacgccaaccactcaggaacggtacttcctggatacacataaaat 4008023  T
Q  114 gcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaacgtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattca 213  Q
    |||||||||||| ||||  | | |||||||||||||| ||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||| |    
T  4008024 gcttgataagaaccaaacgtttgtttgtaatcaacattactttcaacatagttatgttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaacttcattatattga 4008123  T
Q  214 tttgcagattcaacccaatatttatgagagaa 245  Q
    |||| | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  4008124 tttgaatattcaactcaatatttataagagaa 4008155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 62 - 249
Target Start/End: Original strand, 4000211 - 4000401
Alignment:
Q  62 tgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacactgcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaac- 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||  |  ||||| || ||||||| ||||||| |||||     
T  4000211 tgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatatacatacaatgcttgataagaagaatggttatattcgtaatcagcataactgtcaaca 4000310  T
Q  161 --gtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaatgtt 249  Q
       | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || | ||| |||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4000311 taatcatcatgttccagtgtcaataaatgttgatatgcaaacttgattagattgattttcatattgaacccaatatttacgagagaatgtt 4000401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 3957598 - 3957378
Alignment:
Q  30 ggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacactgcttgataagaatcaa 129  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| || |||| ||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  3957598 ggagagagatcaataatcatatcatcctgtgctgtcctgtacttgaaccactctggaacactacttccaggatacaaatacactgcttgataagaatcaa 3957499  T
Q  130 agttatctttgtaatcaacataactttcaacg------tgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattcatttgcagatt 223  Q
    | ||||||||||||||| |||  ||||||  |        || ||||  ||||| || | ||||| |||||| |||||| |||||||| || |||| |||    
T  3957498 atttatctttgtaatcagcattgctttcattgcttttagcatgatgtaacagtgccgctgaatgtcgatatgcaaacttcatcaaattgatctgcacatt 3957399  T
Q  224 caacccaatatttatgagaga 244  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  3957398 caacccaatatttatgagaga 3957378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 134
Target Start/End: Original strand, 3815697 - 3815800
Alignment:
Q  31 gagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacactgcttgataagaatcaaa 130  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || |||| ||||    
T  3815697 gagagagatcaataatcatatcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacttccaggatacacatacattgcttcatcagaaccaaa 3815796  T
Q  131 gtta 134  Q
    ||||    
T  3815797 gtta 3815800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 134
Target Start/End: Original strand, 3808107 - 3808226
Alignment:
Q  15 ggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacactg 114  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||| ||    
T  3808107 ggggagaggtgaggtggagagagatcaacaatcttgtcatcctttgttgtcttgtactcaaaccactctggaacattacttccaggatacacatacattg 3808206  T
Q  115 cttgataagaatcaaagtta 134  Q
    ||| || |||| ||||||||    
T  3808207 cttcatcagaaccaaagtta 3808226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 53 - 125
Target Start/End: Original strand, 4216867 - 4216939
Alignment:
Q  53 atcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaatactacctccaggataaacatacactgcttgataagaa 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  4216867 atcctttgttgtcttgtactccaaccactatggaacactacttccagaataaacatacggtgcttgataagaa 4216939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 113 - 245
Target Start/End: Original strand, 4216948 - 4217075
Alignment:
Q  113 tgcttgataagaatcaaagttatctttgtaatcaacataactttcaacgtgatcatgttccagtgtcgataaatgttgatatgtaaactttatcaaattc 212  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||     |||||||||||||| | |  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||     
T  4216948 tgcttgataagaagcaaagtaatcttt-----caacataactttcatcatacttatgttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaacatcatctaatta 4217042  T
Q  213 atttgcagattcaacccaatatttatgagagaa 245  Q
    || || |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  4217043 atctgtagattcaaccaaatatgtatgagagaa 4217075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 83
Target Start/End: Original strand, 4000130 - 4000196
Alignment:
Q  17 ggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactct 83  Q
    |||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4000130 ggagagatgaagtggagagatattaacaatcatgtcatcctctgttgtcttgtactccaaccactct 4000196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University