View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2898_low_4 (Length: 667)

Name: NF2898_low_4
Description: NF2898
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2898_low_4
NF2898_low_4
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-648)||(14774298-14774939)
chr5 (1-643)||(15016371-15017012)
chr5 (201-539)||(15049336-15049680)
chr5 (1-423)||(17881588-17882019)
chr5 (499-588)||(17882054-17882143)
chr5 (92-151)||(15049255-15049314)
chr5 (27-73)||(15048844-15048890)
chr5 (597-643)||(15049739-15049785)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (92-440)||(36875041-36875384)
chr1 (101-266)||(36875706-36875869)
chr1 (205-255)||(36875582-36875632)
chr1 (597-650)||(36874844-36874897)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (247-427)||(53867379-53867559)
chr4 (229-342)||(54159736-54159849)
chr4 (383-449)||(43528020-43528086)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Original strand, 14774298 - 14774939
Alignment:
Q  1 accaggaaaacccatgtataccaagttctccacactaaatattgggtttagaagtgccatgagtgcccactgttcggaaaacacataatataaatcaaca 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  14774298 accatgaaaacccatgtataccaagttctccacactaaagattgggtttagaagtgtcatgagtgcccactgttcagaaaacacataatataaatcaacg 14774397  T
Q  101 gtgatgcaaattaaatgctatatacattgaaaagatacacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaatact 200  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  14774398 gtgatgcaaattaaatcctatatgcattgaaaagatacacagaccagaca-------atacatcatgtaaaactgaggcaaatttgattctcagaatact 14774490  T
Q  201 tttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagag----acaaagat 296  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||    
T  14774491 tttcaaattgagtgataaaactatgcatagaaggccaccacttttcttcaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagagagacaaagat 14774590  T
Q  297 aatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactg 396  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14774591 aaaagacttgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcattcctttctacagcatccttgtatggatattcaatccagggactg 14774690  T
Q  397 caattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacattcagactcgggaaa--catacatataaaaaatgtcgtagcttgactt 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||    
T  14774691 caattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacattcagatttgggaaaggcatacatat---aaatgtcgtagcttgactt 14774787  T
Q  495 tgtaaaaaacaatgaagaaaagtcacaagtatagaccacatccttaaagcatgtatgtacatttgaataattgcacgacataagaaagattacaagcaat 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14774788 tgtaaaaaacaatgaagaaaagtcacaagtat--accacatccttcaagcatgtatgtacatttgaataattgcacgacataagaaagattacaagaaat 14774885  T
Q  595 ctatctacctttccggagcggtagaaaacaattcttcaatttcatggggccgca 648  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14774886 ctatctacctttccggagcggtggaaaacaattcttcaatttcatggggccgca 14774939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 643
Target Start/End: Original strand, 15016371 - 15017012
Alignment:
Q  1 accaggaaaacccatgtataccaagttctccacactaaatattgggtttagaagtgccatgagtgcccactgttcggaaaacacataatataaa--tcaa 98  Q
    ||||||| |||| ||||| | ||  ||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||     
T  15016371 accaggataaccaatgtacatcagattctccacactaaaggtcgggtttagaagtgtcatgagtgcccactgtttggaaaacatataatataaaaatcag 15016470  T
Q  99 cagtgatgcaaattaaatgctatatacattgaaaagatacacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaata 198  Q
    | ||||||||||| |||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||    
T  15016471 cggtgatgcaaataaaatactatatgcagggaaaagatacacagaccagacgtacagtcatacatcatgtaaaactgaggcaaccatgattctcaaaata 15016570  T
Q  199 cttttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataa 298  Q
    ||||||||||  |||||||||  ||| |        |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15016571 cttttcaaatatagtgataaa--tattc--------ccaccatttttctataaacattgttcaacaaaatataaggaagagggcctagagacaaagataa 15016660  T
Q  299 tagacatg-----tgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccaggga 393  Q
      ||| ||     ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15016661 atgacttgtgcactgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgacaatcctccagatgcattcctttctacagcatccttgtatggattttcaatccaggga 15016760  T
Q  394 ctgcaattaaaagtcat-aaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacattcagactcgggaaa--catacatataaaaaatgtcgtagct-t 489  Q
    |||||||||||| |  | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||| ||| | |||||      
T  15016761 ctgcaattaaaaattttaaaaatatcaaaaagcattgccaagagtcctaattgacattcagactcgggaaaggcatgcctataaaagatgccatagctgg 15016860  T
Q  490 gactttgtaaaaaacaatgaaga---aaagtcacaagtatagaccacatccttaaagcatgtatgtacatttgaataattgcacgacataagaaagatta 586  Q
    ||||||||  |||||| ||||||   |||||||  |||||| ||||||||||||||   || ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  15016861 gactttgt-taaaacagtgaagaagcaaagtcagcagtataaaccacatccttaaaaattgaatgtacatttgaaaaattccacaacataagaaagatta 15016959  T
Q  587 caagcaatctatctacctttccggagcggtagaaaacaattcttcaatttcatgggg 643  Q
        ||||| | ||||||||  || ||  ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  15016960 ----caatcaacctacctttttggggcactagaaaacagttcttcaagttcatgggg 15017012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 201 - 539
Target Start/End: Original strand, 15049336 - 15049680
Alignment:
Q  201 tttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  15049336 tttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacttgcatttttcaacaaaatattaggaagaaggactagacacaaagataaaa 15049435  T
Q  301 gacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaat 400  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15049436 gacttgtgcacctctgataaaaatgcatctaatgatagttctccaaatatattccttcctacagcatccttgtatggattttcaatccagggactgcaat 15049535  T
Q  401 taaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacattcagactcgggaaa--catacatat-aaaaaatgtcgtagcttgactttgt 497  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||    
T  15049536 taaaaatcataaaatatcaaataacattgctatgagttcaaattgacattcagactcgggaaaggcatacatataaaaaaatgtcatagctggacttcgt 15049635  T
Q  498 aaaaaacaatgaaga---aaagtcacaagtatagaccacatcctt 539  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||    
T  15049636 aaaaaacaatgaagaagcaaagtcacaagtatataccacatcctt 15049680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 17881588 - 17882019
Alignment:
Q  1 accaggaaaacccatgtataccaagttctccacactaaatattgggtttagaagtgccatgagtgcccactgttcggaaaacacata----atataaatc 96  Q
    ||||||| |||| ||| ||| || |||||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||| |||    ||| || ||    
T  17881588 accaggataaccaatgcatatcaggttctccacactaaaggttggatttagaagtgtcatgagtgcccactgtccaaaaaacatatatgttataaaattc 17881687  T
Q  97 aacagtgatgcaaattaaatgctatatacattgaaaagatacacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaa 196  Q
    ||  || |||||| |||||||||  ||  | |||||  || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||| | || |     
T  17881688 aatggtaatgcaagttaaatgctgcatgtactgaaat-atgcacagaccagacgtacagtcatacatcatgtaaaactgagataaccttgattcccaaag 17881786  T
Q  197 tacttttcaaattgagtgataaaactatc---catagaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagg---gactagagac 290  Q
     |||| |||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||   ||||||||||    
T  17881787 aacttatcaaattgagtgatcaaactattattcatagaagcccaccactcttctacaaacattgttcaacaaaatataaggaagaggagtgactagagac 17881886  T
Q  291 aaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccag 390  Q
    |||||||| |||| | | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  | |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  17881887 aaagataaaagacttattcacctctgacaaaaacgcatcgagtgatagtcctccacatgctttactttttacagcatcctcatatggatattcaatccag 17881986  T
Q  391 ggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaata 423  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17881987 ggactgcaattaaaaatcataaaatatcaaata 17882019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 499 - 588
Target Start/End: Original strand, 17882054 - 17882143
Alignment:
Q  499 aaaaacaatgaagaaaagtcacaagtatagaccacatccttaaagcatgtatgtacatttgaataattgcacgacataagaaagattaca 588  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||    
T  17882054 aaaaacaaagaagcaaagtcaaaagtatataccacatccttaaagcatgtgtgtacatttgaaaaattgcacagcatatgaaagattaca 17882143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 151
Target Start/End: Original strand, 15049255 - 15049314
Alignment:
Q  92 aaatcaacagtgatgcaaattaaatgctatatacattgaaaagatacacagaccagacat 151  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15049255 aaatcaattgtgatgcaaatgaaatgatacacacactgaaaagatacacagaccagacat 15049314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 73
Target Start/End: Original strand, 15048844 - 15048890
Alignment:
Q  27 tctccacactaaatattgggtttagaagtgccatgagtgcccactgt 73  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15048844 tctccacactaagggttgggtttagaagtgtcatgagtgcccactgt 15048890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 597 - 643
Target Start/End: Original strand, 15049739 - 15049785
Alignment:
Q  597 atctacctttccggagcggtagaaaacaattcttcaatttcatgggg 643  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  15049739 atctacctttccggagcagtagaaaacagttcttcaagttcacgggg 15049785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 92 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36875384 - 36875041
Alignment:
Q  92 aaatcaacagtgatgcaaattaaatgctatatacattgaaaagatacacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcct 191  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   |||| ||    
T  36875384 aaatcaacagcgatgcaaat-aaatgttatatgcattgaaaagatacacagacaagacatacagtcatacatcatgcaaaactgaggcaaccgtgattct 36875286  T
Q  192 cagaatacttttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagaca 291  Q
    || || |||  | ||||||||| |||| ||| | ||||||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||   | | |||||||||||||||||    
T  36875285 ca-aacactaattaaattgagtaataagactttacatagaagcccgccactcttctatgaacattgttcaacaaaa---atgtaagagggactagagaca 36875190  T
Q  292 aagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagg 391  Q
    || |||  |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||  ||| ||| | | |||||||    
T  36875189 aaaatagaagatgtgtgcacctcagacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcatttctttcaacagcatcctcatatagatttccgatccagg 36875090  T
Q  392 gactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcct 440  Q
    |||| ||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36875089 gactacaatttaaaattgtaaaatatcaaataacattgccaagggtcct 36875041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 101 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 36875869 - 36875706
Alignment:
Q  101 gtgatgcaaattaaatgctatatacattgaaaagatacacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaatact 200  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||| | ||||  ||||| |||| || |||    
T  36875869 gtgatgcaaat-aaatgttatatgcattgaaaagatacacagaccatacatacaatcatatatcatgtaaaactgaagcaatcttgattctca-aacact 36875772  T
Q  201 tttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaa 266  Q
     || |||| ||||||||||||| ||||||||| | ||| ||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  36875771 atttaaatagagtgataaaactttccatagaaactcacaactcttctacgaacattgttcaacaaa 36875706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 205 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36875632 - 36875582
Alignment:
Q  205 aaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacat 255  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  36875632 aaattgagtgagaaaaccatccatagaagcccaccactcttatacgaacat 36875582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 36874897 - 36874844
Alignment:
Q  597 atctacctttccggagcggtagaaaacaattcttcaatttcatggggccgcaac 650  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  36874897 atctacctttccggggcagtggaaaacaattcttcaagttcacggggacgcaac 36874844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 247 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 53867559 - 53867379
Alignment:
Q  247 tacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaa 346  Q
    |||| |||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||  || | ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53867559 tacacacattgttcaacaaaatgcgaggaagagggaatagagactaaggaaaaaaactcgagcacctttgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctctaa 53867460  T
Q  347 atgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacat 427  Q
    ||||  ||   ||| || |||||| ||| |||  | | ||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  53867459 atgcgctctcatctgcagcatcctcgtagggagctccgatccaaggactgaaattaacagtcataaaatattaaataacat 53867379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 229 - 342
Target Start/End: Original strand, 54159736 - 54159849
Alignment:
Q  229 agaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcat 328  Q
    ||||||||| |||| | |||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||||  |||||| ||| | | || | || |||||| |||||||||||| |    
T  54159736 agaagcccatcactctcctacaaacattgttcagtaaaattcaaggacgagggaacagagaccaaggtgaaaggcttgagcacctttgacaaaaatgctt 54159835  T
Q  329 caagtgatagtcct 342  Q
    ||||||||||||||    
T  54159836 caagtgatagtcct 54159849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 383 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 43528086 - 43528020
Alignment:
Q  383 caatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacat 449  Q
    ||||||| |||| | |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  43528086 caatccaaggacggaaattaaaaatcctaaaatatcaaatatcattggcaagagtcctcattgacat 43528020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University