View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2911-3-Insertion-10 (Length: 605)

Name: NF2911-3-Insertion-10
Description: NF2911-3
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2911-3-Insertion-10
NF2911-3-Insertion-10
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-605)||(33297495-33298097)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 605
Target Start/End: Original strand, 33297495 - 33298097
Alignment:
Q  8 acacttactcaggtaaattcatttttcaagattctttgtgactatcctttagtaacatttatacacattagacactttagtaacatttattggtaaacat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33297495 acacttactcaggtaaattcatttttcaagattctttgtgactatcctttagtaacatttatacacattagacactttagtaacatttataggtaaacat 33297594  T
Q  108 tatttaggatgtcaacttatgttaatatatatgtgaaacttgaaaggtatcaaagagacaattataaatagggacagaggtaaatattttttaccatgtt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33297595 tatttaggatgtcaacttatgttaatatatatgtgagacttgaaaagtatcaaagacacaattataaatagggacagaggtaaatattttttaccatgtt 33297694  T
Q  208 tttcacatgctgataagttaa----taggttatgtactaatgtatgtcatatttggtt-cagatggtgtgtgcatttgttattctctatttgttaaaatc 302  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33297695 tttcacatgctgataagttaactgataggttatgtactaatatatgtcatatttggtttcagatggtgtgtgcatttgttattctctatgtgttaaaatc 33297794  T
Q  303 cttgaagatgatttctttcacaactggtgaatctcagaacagttctaagtctaccaattcaataatatttgtgtccttcagtacattagtctacacagtt 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33297795 cttgaagatgatttctttcacaactggtgaatctcagaacagttataagtctaccaattcaataatatttgtgtccttcagtacattagtctacacagtt 33297894  T
Q  403 cctctagcattaacatatttgttgtttatggtaagtctttctaaacattgatttgtactacacatgaatttttggtctttattcctagactatatatgaa 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33297895 cctctagcattaacatatttgttgtttatggtaagtctttctaaacattgatttgtactacacatgaatttttggtctttcttcctagactatatatgaa 33297994  T
Q  503 tataaattttcaggtggtgacgatggaagctgtgcgcggcataaatattccaatgtacaccactcttagaagaactagtgtggccttcacaatggttatg 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  33297995 tataaattttcaggtggtgacgatggaagctgtgcgcggcataaatattccaatgtacaccactcttagaagaactagtgtggcattcacaatgattatg 33298094  T
Q  603 gag 605  Q
    |||    
T  33298095 gag 33298097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University