View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2922_high_1 (Length: 790)

Name: NF2922_high_1
Description: NF2922
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2922_high_1
NF2922_high_1
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (181-766)||(38242199-38242785)
chr4 (1-218)||(38247998-38248215)
chr4 (349-597)||(38237169-38237417)
chr4 (360-597)||(38219663-38219900)
chr4 (349-597)||(38252662-38252910)
chr4 (352-597)||(38247631-38247876)
chr4 (349-597)||(38213265-38213513)
chr4 (311-597)||(38225750-38226036)
chr4 (49-242)||(38253005-38253199)
chr4 (595-710)||(38237029-38237147)
chr4 (640-711)||(38247496-38247567)
chr4 (1-46)||(38253323-38253368)
chr4 (3-51)||(38214072-38214120)
chr4 (3-51)||(38226451-38226499)
chr4 (4-40)||(38242976-38243012)
chr4 (595-650)||(38225670-38225728)
chr4 (595-649)||(38213186-38213243)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (310-597)||(17453577-17453861)
chr6 (349-595)||(17432693-17432927)
chr6 (4-51)||(17433468-17433515)
chr6 (1-51)||(17454547-17454597)
chr6 (595-650)||(17432612-17432669)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (381-529)||(48989-49137)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (381-529)||(21547807-21547955)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (381-539)||(11475169-11475327)
chr2 (379-539)||(11486400-11486560)
chr2 (456-535)||(11480655-11480734)
chr2 (456-527)||(11463351-11463422)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 181 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 38242785 - 38242199
Alignment:
Q  181 atatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcgattgagattagcaaatgtttaattaacaagtaaatgatgtgaataattagcagttgaggac 280  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38242785 atatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgaggttagcaaatgtttaattaacaagtaaatggtgtgaataattagcagttgaggac 38242686  T
Q  281 tatcggtgcttgttttcattgtatactggtttgtttaagaagttaaacatggtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttc 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242685 tatcggtgcttgttttcattgtatactggtttgtttaagaagttaaacatggtataatagatcaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttc 38242586  T
Q  381 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242585 aggatgggagggttatatgttcttccaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagtgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 38242486  T
Q  481 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctac 580  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242485 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctac 38242386  T
Q  581 ctattggtggcagaacattctactcgttcttcat-ttttatggacaaataatatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtc 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242385 ctattggtggcagaacattctactcgttcttcattttttatggacaaataatatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtc 38242286  T
Q  680 attgatggtatcaaagtaaaatatgagtgattaattgttaagggcaaccgaatacttatacttctctctattcagctagctatgtga 766  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242285 attgatggtatcaaagtaaaatatgagtgattaattgttaagggcaaccgaatacttacacttctctctattcagctagctatgtga 38242199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 38248215 - 38247998
Alignment:
Q  1 gggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctggaagggtctaatcaatcatgattctgccccttaagagggattctatattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248215 gggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctggaagggtataatcaatcatgattctgccccttaagagggattctatattt 38248116  T
Q  101 acacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgtagtgtcggacaccgagacaatattgacattttttatcatatataatcacctctattt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248115 acacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgtagtgtcggacaccgagacaatattgacattttttatcatatataatcacctctattt 38248016  T
Q  201 gttcatgtaatagttttc 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  38248015 gttcatgtaatagttttc 38247998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 349 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 38237417 - 38237169
Alignment:
Q  349 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 448  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38237417 cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 38237318  T
Q  449 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 548  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |     
T  38237317 ggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcacca 38237218  T
Q  549 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 597  Q
    | || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38237217 aggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38237169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 360 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 38219900 - 38219663
Alignment:
Q  360 aaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgt 459  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  | || ||||||||    
T  38219900 aaatttatggattatgttttcaggatgagagggttatatgctcttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggctacattgt 38219801  T
Q  460 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacact 559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  38219800 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctatcaagattattgatggtgaaactttaactttagtctctatctacaacaatagccaagaacacaat 38219701  T
Q  560 ggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 597  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38219700 ggtgtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38219663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 349 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 38252910 - 38252662
Alignment:
Q  349 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 448  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  38252910 cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatca 38252811  T
Q  449 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 548  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |     
T  38252810 ggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcacca 38252711  T
Q  549 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 597  Q
    | || ||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  38252710 aggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaaca 38252662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 352 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 38247876 - 38247631
Alignment:
Q  352 gttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcggga 451  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| ||        
T  38247876 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 38247777  T
Q  452 tacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaag 551  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |   |    
T  38247776 tatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggg 38247677  T
Q  552 aacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 597  Q
    | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38247676 agcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38247631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 349 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 38213513 - 38213265
Alignment:
Q  349 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 448  Q
    |||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||     
T  38213513 cttgttttctgaaatatgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggca 38213414  T
Q  449 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 548  Q
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||     
T  38213413 aactatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagca 38213314  T
Q  549 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 597  Q
    | || |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  38213313 aggagcacactggagtaatgggacttttctacttattggtggcagaaca 38213265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 311 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 38226036 - 38225750
Alignment:
Q  311 ttgtttaagaagttaaacatggtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaac 410  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||    
T  38226036 ttgtttaagaagttaaatatggtataatagattaatagcttgttttgcgaaatatgtggatcatgttttcaggatggcagagttatatgttcctctatac 38225937  T
Q  411 caagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatgg 510  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||| || |||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  38225936 caagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagatagttgatgg 38225837  T
Q  511 tgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 597  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | | | || |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  38225836 tgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaaggagcacactggagtaatgggacttttctacttgttggtggcagaaca 38225750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 38253199 - 38253005
Alignment:
Q  49 tggaagggtctaatcaatcatgattctgccccttaagagggattctatatttacacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgta-gtg 147  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||  || ||||||||||||||||||||   | |||    
T  38253199 tggaagggtctaatcaataatgattctgcctcttaagagggattccatatttacactcaatatagcaccgacacttgagattaaagatgtgtaacacgtg 38253100  T
Q  148 tcggacaccgagacaatattgacattttttatcatatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcgattgagattagcaaatgtttaat 242  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  || ||||||||||||    
T  38253099 tcggacaccgagacaatattggcattttttatcatatataatcacctctatttgatcatgtaatagttttcgatagagggtaacaaatgtttaat 38253005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 595 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 38237147 - 38237029
Alignment:
Q  595 acattctactcgttcttcattttt-atggaca--aataatatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatc 691  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||| || |||| |||||| ||    
T  38237147 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatacttttagataattagttacatatatgataatataagtggagtttcatggatggtgtc 38237048  T
Q  692 aaagtaaaatatgagtgat 710  Q
    ||||||| |||||| ||||    
T  38237047 aaagtaatatatgattgat 38237029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 640 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 38247567 - 38247496
Alignment:
Q  640 agataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgatt 711  Q
    ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38247567 agataattagttacacatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatt 38247496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Complemental strand, 38253368 - 38253323
Alignment:
Q  1 gggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaa 46  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38253368 gggaaatgggtgtgttcatgtaaaaaggacaagtctcccactacaa 38253323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 38214120 - 38214072
Alignment:
Q  3 gaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 51  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38214120 gaaatggttgtgttcatgtgatgaggacaagtctcccactacaaactgg 38214072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 38226499 - 38226451
Alignment:
Q  3 gaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 51  Q
    ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38226499 gaaatggttgtgttgatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactgg 38226451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 40
Target Start/End: Complemental strand, 38243012 - 38242976
Alignment:
Q  4 aaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctccca 40  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38243012 aaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctccca 38242976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 595 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 38225728 - 38225670
Alignment:
Q  595 acattctactcgttcttcat-ttttatgg--acaaataatatacttttagataattagt 650  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  38225728 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatgcttttagataattagt 38225670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 595 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 38213243 - 38213186
Alignment:
Q  595 acattctactcgttcttcat-ttttatgg--acaaataatatacttttagataattag 649  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||    
T  38213243 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatgcttttagataattag 38213186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 310 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 17453861 - 17453577
Alignment:
Q  310 tttgtttaagaagttaaacatggtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaa 409  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |    
T  17453861 tttgattaagaagttaaacattgtattatacataag---cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagagttatatgttcttctgta 17453765  T
Q  410 ccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatg 509  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  17453764 ccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggcagggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataattgatg 17453665  T
Q  510 gtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 597  Q
    |||||| ||||||||  || |||||||||||||| | | |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17453664 gtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaaagagcatactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 17453577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 349 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 17432927 - 17432693
Alignment:
Q  349 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 448  Q
    |||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||            |||| ||     
T  17432927 cttgttctgtaaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctacaccaagttatggcaatggaa------------atgaggca 17432840  T
Q  449 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 548  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | |     
T  17432839 gggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaactacaccaacacca 17432740  T
Q  549 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaa 595  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17432739 aagaccacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaa 17432693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 17433515 - 17433468
Alignment:
Q  4 aaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 51  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  17433515 aaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactgg 17433468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 17454597 - 17454547
Alignment:
Q  1 gggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 51  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17454597 gggaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactgcaaactgg 17454547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 595 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 17432669 - 17432612
Alignment:
Q  595 acattctactcgttcttcattttt-atggac-aaataatatacttttagataattagt 650  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  17432669 acattccactagttcttcattttttatggattaaataatatacttttagataattagt 17432612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 381 - 529
Target Start/End: Original strand, 48989 - 49137
Alignment:
Q  381 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 480  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||| |||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||   |||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  48989 aggatgggaaggtaatatgtaattcaaaaccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttatcc 49088  T
Q  481 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagag 529  Q
    | |||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  49089 tcaaccaggttctatcaagatatttaatggtgaaactttaactctagag 49137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 381 - 529
Target Start/End: Original strand, 21547807 - 21547955
Alignment:
Q  381 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 480  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| || ||||  |||||||||||||  |||||||||||||||   || ||  ||||||||||| |||| ||||||||    
T  21547807 aggatgggaaggttatatgtaattcaaatccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaagggtatgttgtaggaatgaccacttgttatcc 21547906  T
Q  481 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagag 529  Q
    | |||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| |||||||    
T  21547907 tcaaccaggttctatcaagatacttaatggtgaaactttaattctagag 21547955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 51; Significance: 8e-20; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 381 - 539
Target Start/End: Original strand, 11475169 - 11475327
Alignment:
Q  381 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 480  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |  ||||  || ||||| |||||  |||||||||||||    || || |||||||||||||| |||||||| ||    
T  11475169 aggatgggagagttatatgtacttcaatcccaaagtacggaaaaggaaggaaagcaggaaatgagaaagggtatattgtaggaatgtcaacatgttaccc 11475268  T
Q  481 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactaca 539  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||    
T  11475269 taaaccaggttctatcaagatatttgatggtgagactttaacattagagagtaactaca 11475327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 379 - 539
Target Start/End: Original strand, 11486400 - 11486560
Alignment:
Q  379 tcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttat 478  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||| |  ||||  |||||||| ||||    ||||||||||||    |||||  ||||||| ||||| ||||||||     
T  11486400 tcaggatggaagagttatatgtacttcaatcccaaaatatggaaaaggaaagagagcaggaaatgagaaaggatatgttgtaggcatgtcaacatgttac 11486499  T
Q  479 cctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactaca 539  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  11486500 cctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactaca 11486560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 456 - 535
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480734
Alignment:
Q  456 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaac 535  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  11480655 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaac 11480734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 456 - 527
Target Start/End: Original strand, 11463351 - 11463422
Alignment:
Q  456 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctag 527  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| |  |||||||||||| |||||| ||||    
T  11463351 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatggtgaaattttaacactag 11463422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University