View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2923_high_30 (Length: 239)

Name: NF2923_high_30
Description: NF2923
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2923_high_30
NF2923_high_30
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (15-223)||(37863260-37863468)
chr3 (15-223)||(37859234-37859442)
chr3 (16-219)||(39030116-39030319)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (17-219)||(5289571-5289773)
chr7 (17-219)||(5310443-5310645)
chr7 (17-219)||(5284354-5284556)
chr7 (17-211)||(5302542-5302736)
chr7 (17-219)||(5315157-5315359)
chr7 (17-219)||(46706862-46707064)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (29-223)||(44128632-44128826)
chr1 (29-223)||(44132837-44133031)
chr1 (29-223)||(44141259-44141453)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-219)||(35250863-35251059)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (20-219)||(1505026-1505225)
chr5 (20-219)||(1478048-1478247)
chr5 (17-219)||(1482239-1482441)
chr5 (17-219)||(1492214-1492416)
chr5 (17-222)||(1509170-1509375)
chr5 (17-204)||(1499286-1499473)
chr5 (20-180)||(1486719-1486879)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-219)||(24163664-24163866)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 37863468 - 37863260
Alignment:
Q  15 caaaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagct 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863468 caaaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagct 37863369  T
Q  115 cacaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863368 cacaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttg 37863269  T
Q  215 gctgaaaac 223  Q
    |||||||||    
T  37863268 gctgaaaac 37863260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 37859442 - 37859234
Alignment:
Q  15 caaaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagct 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  37859442 caaaggccatcaaggaatggggtcaacctaagtccaagattacccacctcatcttttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgactatcagct 37859343  T
Q  115 cacaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttg 214  Q
     |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  37859342 gacaaagctcttgggccttcgtccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttg 37859243  T
Q  215 gctgaaaac 223  Q
    |||||||||    
T  37859242 gctgaaaac 37859234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 39030116 - 39030319
Alignment:
Q  16 aaaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctc 115  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  39030116 aaaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctc 39030215  T
Q  116 acaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttgg 215  Q
    ||||||||||| || ||| | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||||||||||||||||    
T  39030216 acaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttgg 39030315  T
Q  216 ctga 219  Q
    ||||    
T  39030316 ctga 39030319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 5289773 - 5289571
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||    
T  5289773 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactca 5289674  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5289673 caaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggc 5289574  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  5289573 tga 5289571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 5310443 - 5310645
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  5310443 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactca 5310542  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5310543 caaaactcttgggccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggc 5310642  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  5310643 tga 5310645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 5284354 - 5284556
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||    
T  5284354 aaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactca 5284453  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    | || ||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  5284454 ccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagc 5284553  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  5284554 tga 5284556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 211
Target Start/End: Original strand, 5302542 - 5302736
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || ||||| |  ||||| ||||| ||||    
T  5302542 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactca 5302641  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagat 211  Q
    | || ||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5302642 ccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagat 5302736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 5315157 - 5315359
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||    
T  5315157 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactca 5315256  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    | || || || ||||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5315257 ccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggc 5315356  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  5315357 tga 5315359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 46707064 - 46706862
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||  ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || || ||||    
T  46707064 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactca 46706965  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  46706964 caaaactcttcggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggggcttcgtttggctaacgatttggc 46706865  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  46706864 tga 46706862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Original strand, 44128632 - 44128826
Alignment:
Q  29 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgg 128  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| |    
T  44128632 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44128731  T
Q  129 gtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaac 223  Q
    |||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44128732 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaac 44128826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Original strand, 44132837 - 44133031
Alignment:
Q  29 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgg 128  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| |    
T  44132837 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44132936  T
Q  129 gtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaac 223  Q
    |||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44132937 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaac 44133031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Original strand, 44141259 - 44141453
Alignment:
Q  29 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgg 128  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| |    
T  44141259 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44141358  T
Q  129 gtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaac 223  Q
    |||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44141359 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaac 44141453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 23 - 219
Target Start/End: Original strand, 35250863 - 35251059
Alignment:
Q  23 atcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagc 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  35250863 atcaaggaatggggtcaaccaaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaat 35250962  T
Q  123 tcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctga 219  Q
    |  | || ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35250963 tgctaggacttcgtccgtcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcgctggtggtatggttcttcgtttggctaaagatttggctga 35251059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 219
Target Start/End: Original strand, 1505026 - 1505225
Alignment:
Q  20 gctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaa 119  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| |    
T  1505026 gctataaaagaatggggtcagccaaagtcaaagattactcacttaattgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacca 1505125  T
Q  120 agctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctga 219  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  1505126 aactcttaggtcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctga 1505225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 219
Target Start/End: Original strand, 1478048 - 1478247
Alignment:
Q  20 gctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaa 119  Q
    ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| |    
T  1478048 gctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttgatcttttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcacca 1478147  T
Q  120 agctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctga 219  Q
    | ||||| |||||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  1478148 aactcttaggtcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctga 1478247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 1482239 - 1482441
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||  |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || || || ||||    
T  1482239 aaggctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttaatattttgtaccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactca 1482338  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||| | || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  1482339 caaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgctttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggc 1482438  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  1482439 tga 1482441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Original strand, 1492214 - 1492416
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||||| ||||    
T  1492214 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatcaactca 1492313  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    | || ||||| |||||||| || ||||| ||  | || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1492314 ctaaactcttaggtcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcaggtggcacggtacttcgtttggctaaggatttggc 1492413  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  1492414 tga 1492416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 222
Target Start/End: Original strand, 1509170 - 1509375
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||| || || || ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| | ||||| || |    
T  1509170 aaggctataaaagaatggggccagccaaaatcaaagattacacatttaatcttttgcaccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaactta 1509269  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    | || || || ||||||| ||| ||||| ||  | || |||||||| |||||| | |||||||| ||||| || ||||||| |||||| || ||||||||    
T  1509270 ccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaaaggtgttttgcaggtggcactgtgcttcatttggcaaaggatttggc 1509369  T
Q  217 tgaaaa 222  Q
    ||||||    
T  1509370 tgaaaa 1509375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 204
Target Start/End: Original strand, 1499286 - 1499473
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||   |||||||| || ||||||||||| || || || || |    
T  1499286 aaggctatcgaagaatggggtcaaccgaagtcaaatattacacatttaattttttgcacctatagtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaa 1499385  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggc 204  Q
    |||| ||||| ||||||  ||| ||||||||  | || |||||||| |||| ||| |||| ||| ||||| || || |||||||||||    
T  1499386 caaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaactagggtgttatgcaggtggaacagtacttcgtttggc 1499473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 1486719 - 1486879
Alignment:
Q  20 gctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaa 119  Q
    ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||  |||||| | |  ||||||||||| || || || |||||||    
T  1486719 gctataaaagaatagggccaaccaaagtcaaagattacacacttaatattttgcaccatgagtggtataggcatgcctggtgccgattaccaactcacaa 1486818  T
Q  120 agctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgc 180  Q
    | ||||| |||||| ||||| ||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||    
T  1486819 aactcttaggtctttgcccggatgtgaaacggtatatgatataccaacaaggatgctttgc 1486879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 24163866 - 24163664
Alignment:
Q  17 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 116  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||  |||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| || || || ||||    
T  24163866 aaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagatcacacacttaatattttgcactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactca 24163767  T
Q  117 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggc 216  Q
    |||| ||||| ||||||||||| | ||| ||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||    
T  24163766 caaaactcttaggtcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtacttcgcttggccaaggacttggc 24163667  T
Q  217 tga 219  Q
    |||    
T  24163666 tga 24163664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University