View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2928_low_2 (Length: 379)

Name: NF2928_low_2
Description: NF2928
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2928_low_2
NF2928_low_2
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-365)||(2327090-2327454)
chr2 (1-322)||(2330805-2331126)
chr2 (39-355)||(2321275-2321591)
chr2 (39-365)||(2351149-2351475)
chr2 (1-344)||(2303535-2303878)
chr2 (39-342)||(2293960-2294263)
chr2 (39-342)||(2310291-2310594)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-359)||(41127117-41127478)
chr8 (24-158)||(26506749-26506883)
chr8 (45-158)||(26494725-26494838)
chr8 (192-308)||(26494893-26495009)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (175-222)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (186-307)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Original strand, 2327090 - 2327454
Alignment:
Q  1 caccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  2327090 caccagggcattttgtgttgcctcatgcagtgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcaga 2327189  T
Q  101 gatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatc 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327190 gatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatc 2327289  T
Q  201 aagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcg 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327290 aagatgatgccgtttggagctggtaggagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcg 2327389  T
Q  301 attggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcaccgtgatgatg 365  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2327390 attggaaggttccggagggtggccatgtcgatttgtcagaaaaatttgaattcaccgtggtgatg 2327454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 2330805 - 2331126
Alignment:
Q  1 caccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcaga 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  2330805 caccagggcatttcgtgttgcctcacgcagtgagcgaggatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaagatgggacggtgaattttatggttgcaga 2330904  T
Q  101 gatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatc 200  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  2330905 gatggggttggaccctcgtgtttgggaggatccaatggaatttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagata 2331004  T
Q  201 aagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcg 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2331005 aagatgatgccatttggagctgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgcttcatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcg 2331104  T
Q  301 attggaaggttccagagggtgg 322  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  2331105 attggaaggttcccgagggtgg 2331126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 39 - 355
Target Start/End: Original strand, 2321275 - 2321591
Alignment:
Q  39 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 138  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321275 gatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2321374  T
Q  139 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  2321375 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattatagggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcc 2321474  T
Q  239 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 338  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2321475 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcaattggcagcttccggagggtggccatgttgatttgtcg 2321574  T
Q  339 gaaaaatttgaattcac 355  Q
    ||||||  |||||||||    
T  2321575 gaaaaagatgaattcac 2321591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 39 - 365
Target Start/End: Original strand, 2351149 - 2351475
Alignment:
Q  39 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 138  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351149 gatgtgctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2351248  T
Q  139 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 238  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | || ||| ||||| |||||    
T  2351249 agtttaagccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcc 2351348  T
Q  239 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 338  Q
     ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  2351349 cggatataatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcg 2351448  T
Q  339 gaaaaatttgaattcaccgtgatgatg 365  Q
    ||||||   |||||||| ||| |||||    
T  2351449 gaaaaacaagaattcactgtggtgatg 2351475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 2303535 - 2303878
Alignment:
Q  1 caccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcaga 100  Q
    |||| ||||||||| ||||||| || ||  |||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||    
T  2303535 caccggggcattttctgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctggcgga 2303634  T
Q  101 gatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||     
T  2303635 gatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggttttggaaggatgagaattttgacattacagggagtaaggagata 2303734  T
Q  201 aagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcg 300  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303735 aagatgatgccgtttgaagctgaaaggagaatttgtcctgcacttaatttagctttgctccatttagaatattttgtggctaatttggtttggaatttcg 2303834  T
Q  301 attggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcggaaaaa 344  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  2303835 attggaagcttccagagggcggctatgttgatttgtcggaaaaa 2303878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 39 - 342
Target Start/End: Original strand, 2293960 - 2294263
Alignment:
Q  39 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 138  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  2293960 gatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgtttgggaggacccgttgg 2294059  T
Q  139 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2294060 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcc 2294159  T
Q  239 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 338  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||    
T  2294160 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacg 2294259  T
Q  339 gaaa 342  Q
    ||||    
T  2294260 gaaa 2294263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 39 - 342
Target Start/End: Original strand, 2310291 - 2310594
Alignment:
Q  39 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 138  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |  |||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||| |||    
T  2310291 gatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggaggacccattgg 2310390  T
Q  139 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2310391 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgtcattccaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcc 2310490  T
Q  239 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 338  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||    
T  2310491 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacg 2310590  T
Q  339 gaaa 342  Q
    ||||    
T  2310591 gaaa 2310594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Original strand, 41127117 - 41127478
Alignment:
Q  1 caccagggcattttgtgttgcctcatgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcaga 100  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||  |||  || |||||||||||  | ||||| ||| |||||||||||| |   || ||||| |||||||||||    
T  41127117 caccggggcactttgtgttgccccatgcggtgaaggaggatgtggttttcgacggttacttgctgcctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcaga 41127216  T
Q  101 gatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatc 200  Q
     || ||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||     
T  41127217 catagggagggaccctagtgtttgggaagatccattggagtttaaaccagaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggactaaagagata 41127316  T
Q  201 aagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcg 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||      
T  41127317 aagatgatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcctggatataatttagctttgctccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaatttta 41127416  T
Q  301 attggaaggttccagaggg---tggccatgtcgatttgtcggaaaaatttgaattcaccgtg 359  Q
    |||||||| ||| ||||||   |||  |||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  41127417 attggaagattctagagggagctggttatgttgatttgtcggaaaaaactgaattcaccgtg 41127478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 24 - 158
Target Start/End: Original strand, 26506749 - 26506883
Alignment:
Q  24 catgcaatgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgttt 123  Q
    |||||| ||| ||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||    
T  26506749 catgcagtgaccgaggatgtgatttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtgttt 26506848  T
Q  124 gggaggatccaatggagtttaagccagaaaggttt 158  Q
    |||||||||| ||||  || |||||||| ||||||    
T  26506849 gggaggatcccatggcattcaagccagataggttt 26506883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 45 - 158
Target Start/End: Original strand, 26494725 - 26494838
Alignment:
Q  45 gttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagttta 144  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |  |||||    |||||||||||||| | || |||||    
T  26494725 gttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattttatggtggcagatataggattagatccaacggtttgggaggatcctacggtgttta 26494824  T
Q  145 agccagaaaggttt 158  Q
    ||||||| ||||||    
T  26494825 agccagagaggttt 26494838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 308
Target Start/End: Original strand, 26494893 - 26495009
Alignment:
Q  192 aaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggttt 291  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  || || |||||||| |  ||||| || ||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  26494893 aaagagataaagatgatgccgtttggagcagggaggaggatttgtcctgcctataaattggcaatgctccatttagaatactttgttgctaatttggttt 26494992  T
Q  292 ggaatttcgattggaag 308  Q
     ||| || || ||||||    
T  26494993 tgaactttgagtggaag 26495009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 175 - 222
Target Start/End: Original strand, 55017070 - 55017117
Alignment:
Q  175 ttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctg 222  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  55017070 ttgatattacaggaactaaagagatgaagatgatgccgtttggtgctg 55017117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 15176408 - 15176287
Alignment:
Q  186 gggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatt 285  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  || ||||| ||||| || |||  |||||| ||  | || |||||||| ||||| || ||||    
T  15176408 gggagtaaagagataaagatgatgccatttggagcagggaggagaatgtgtcctggctatggtttagcattgttgcacttggaatactttgttgccaatt 15176309  T
Q  286 tggtttggaatttcgattggaa 307  Q
    | |||| |||||| || |||||    
T  15176308 ttgttttgaattttgagtggaa 15176287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University