View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2930_low_11 (Length: 389)

Name: NF2930_low_11
Description: NF2930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2930_low_11
NF2930_low_11
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-388)||(7722415-7722780)
chr4 (19-388)||(7481632-7481997)
chr4 (19-388)||(7129141-7129506)
chr4 (19-388)||(7494034-7494399)
chr4 (19-335)||(7506351-7506663)
chr4 (19-388)||(7519701-7520066)
chr4 (19-381)||(7714128-7714486)
chr4 (19-373)||(7527766-7528116)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-337)||(16750451-16750752)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 388
Target Start/End: Original strand, 7722415 - 7722780
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722415 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtctcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 7722514  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722515 ttaaaacttctcttatca----atattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 7722610  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722611 gatgagaagaagatgcaaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 7722710  T
Q  319 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttctctgctcctcctc 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7722711 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgctgctcctc 7722780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7481997 - 7481632
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7481997 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtacgatttgtaaaa 7481898  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    |||||| |||||| | |||     ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  7481897 ttaaaaattctctgaccaac----attaagagcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggat 7481802  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7481801 gatgagaagaagatgtaaaactttttagccttcttgttactggtcatgacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcat 7481702  T
Q  319 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttctctgctcctcctc 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7481701 catcaagagcatctttgagcttttccagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgctgctcctc 7481632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 388
Target Start/End: Original strand, 7129141 - 7129506
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7129141 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgtaaaa 7129240  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    |||||   ||||||    ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  7129241 ttaaagactctctt----atcaaaattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggat 7129336  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7129337 gatgagaagaagatgcgaacctttttagccttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttaaagtcatcaagcaagtcatcggcat 7129436  T
Q  319 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttctctgctcctcctc 388  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  7129437 catcaagagcatccttgagcttttccaaccagagttgaacttgatggttgttggctccctgctgctcctc 7129506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7494399 - 7494034
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  7494399 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcacgatttgtaaaa 7494300  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    |||||   ||||||| |||     ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  7494299 ttaaagactctcttagcaac----attaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggat 7494204  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7494203 gatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacctgtcgcctcaagtcttccgtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcat 7494104  T
Q  319 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttctctgctcctcctc 388  Q
    |||||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  7494103 catcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttggttccttgctgctcctc 7494034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 7506663 - 7506351
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7506663 tttcttctcctcatctcttccaataacttattcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 7506564  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    |||||| |||||||| |||     ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7506563 ttaaaaattctcttaccaac----attaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttggat 7506468  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||    
T  7506467 gatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcat 7506368  T
Q  319 catcaagagcatctttg 335  Q
    |||||||||||||||||    
T  7506367 catcaagagcatctttg 7506351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7520066 - 7519701
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  7520066 tttcttctcctcctctcttccaataacttcttctgcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaag 7519967  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    ||||||||||| ||| |||     ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  7519966 ttaaaacttcttttaccaac----attaagggcctcaattctcttactaagttccttaattatctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggat 7519871  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  7519870 gatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttacaggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcaagcaagttatcggcat 7519771  T
Q  319 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttctctgctcctcctc 388  Q
    |||||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  7519770 catcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttggttccttgctgctcctc 7519701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 381
Target Start/End: Original strand, 7714128 - 7714486
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7714128 tttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaa 7714227  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    |||||||||||||||| |      ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  7714228 ttaaaacttctcttattagc----attaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttgaaagaaaagagaagttggttggat 7714323  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||| ||  || | |||||||||||    
T  7714324 gatgagaagaagatgcaaacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcacctcaggtcttccgtgttgaagtaattgagaaagtcatcggcat 7714423  T
Q  319 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttctctgct 381  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  7714424 cataaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctccctgct 7714486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 19 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 7528116 - 7527766
Alignment:
Q  19 tttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaa 118  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||  | | |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7528116 tttcttttcctcatctcttccaataacatcttctgcactaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgtaaaa 7528017  T
Q  119 ttaaaacttctcttatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggat 218  Q
    |||||   |||||||||||     ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  7528016 ttaaagactctcttatcaac----attaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggat 7527921  T
Q  219 gatgagaagaagatgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcat 318  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||| ||| || | |||||||||||    
T  7527920 gatgagaagaagatgcggacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcagttcttccgtgttgaagtaatcgagaaagtcatcggcat 7527821  T
Q  319 catcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggt 373  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7527820 catcaaaagcatctttgagattttccagccatagttgaacttgatggttgttggt 7527766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 337
Target Start/End: Original strand, 16750451 - 16750752
Alignment:
Q  32 tctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaattaaaacttctct 131  Q
    |||||||| || |||| |||||| ||||| || ||||||||| |||| ||  ||| |||||||| |||||| ||| |||| |||||||| ||| || ||     
T  16750451 tctcttcctatgactttttcctcacgaatgaaggaatgagttactctctgcctcataactcgtttctcaggagtgtgattagtaaaattgaaaattttcc 16750550  T
Q  132 tatcaatcaatattaaggacctcaaatctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggatgatgagaagaaga 231  Q
    ||||||      |||||  |||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||  | ||||||||||| |||||||| || || |||||||    
T  16750551 tatcaacg----ttaagaccctcaattcgcttcctaagtttcttaattttctgagccatgttaaacgaaaagagaagctggttggaagaggataagaaga 16750646  T
Q  232 tgcgaaactttttagccttcttgttaccggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcatcatcaagagcatc 331  Q
    |||||| |||||||||||||||||     ||||  ||||| |||  ||||||||||||   ||  |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  16750647 tgcgaacctttttagccttcttgtcttttgtcagtacttgacgctacaagtcttcagtaaaaacatcatcaagcaagtcatcagcatcatcaagagtatc 16750746  T
Q  332 tttgag 337  Q
    ||||||    
T  16750747 tttgag 16750752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University