View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2931-Insertion-3 (Length: 880)

Name: NF2931-Insertion-3
Description: NF2931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2931-Insertion-3
NF2931-Insertion-3
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (8-880)||(34291054-34291927)
chr7 (10-880)||(34565544-34566422)
chr7 (10-279)||(34553873-34554142)
chr7 (510-685)||(34554377-34554552)
chr7 (55-152)||(34372517-34372614)
chr7 (636-679)||(34371977-34372020)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-877)||(15895245-15896109)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-685)||(130244-130923)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 880
Target Start/End: Original strand, 34291054 - 34291927
Alignment:
Q  8 cgttgcaatttgacaaatccaataatcttagactgcccagatttcctatttcaaatgggagctctttaatattagaatctgcaaaacttaggacttctag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291054 cgttgcaatttgacaaatccaataatcttagactgcccagatttcctatttcaaatgggagctctttaatattagaatctgcaaaacttaggacttctag 34291153  T
Q  108 gtgtttaagttccttaccaattatagatatatctccaacatcacaatgttccacttgcaacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291154 gtgtttaagttccttaccaattatagatatatctccaacatcacaatgttccacttgcaacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagt 34291253  T
Q  208 tttggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaagttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtactta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291254 tttggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaagttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtactta 34291353  T
Q  308 cttgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291354 cttgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttc 34291453  T
Q  408 ttttagactcttaaaggcgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgttatagatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcaca 507  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291454 ttttagactcttaaaggtgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgctatagatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcaca 34291553  T
Q  508 gcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291554 gcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaa 34291653  T
Q  608 tcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctttattg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291654 tcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctttattg 34291753  T
Q  708 ccc-aaaactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacacccaaggaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgcatctt 806  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291754 cccaaaaactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacacccaaggaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgcatctt 34291853  T
Q  807 cacatgcagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaagcggtaagccaccacattcc 880  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34291854 cccatgcagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaagcggtaagccgccacattcc 34291927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 880
Target Start/End: Original strand, 34565544 - 34566422
Alignment:
Q  10 ttgcaatttgacaaatccaataatcttagactgcccagatttcctatttcaaatgggagctctttaatattagaatctgcaaaacttaggacttctaggt 109  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34565544 ttgcaatttgacaaatctaataatcttacactgcccagatttcctatttcaattgggagttctttaatattagaatgtgcaaaacttaggacttctaggt 34565643  T
Q  110 gtttaagttccttaccaattatagatatatctccaacatcacaatgttccacttgcaacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttt 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34565644 gtttaagttccttaccgattatagatatatctccaacatcacagtgttctacttgcaatgtgtggagattgactgaagcttgggataaatatggcagttt 34565743  T
Q  210 tggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaagttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtacttact 309  Q
    ||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  34565744 tggaatgcataaatttttcatggataaaactttaagtgtgctcatgctttggaagaaaagttcaggccaaaacattggttccttgctttttgaacttact 34565843  T
Q  310 tgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttctt 409  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  34565844 tgtaaaattttaagtgtcggacagtgtaagccattttctaactctttagtatcatccaaaataagtgatattgcattgatctcgttcaatttctcttctt 34565943  T
Q  410 ttagactcttaaaggcgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgttatagatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcaca-- 507  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||      
T  34565944 ttagactcttaaaggtgtactttaccatgaatttatcttctgcatttttaaatgctactgatataacaacattacgcacaatatcatgcatcttcacaca 34566043  T
Q  508 -----gcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttg 602  Q
         ||||| |||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| | |||| ||||    
T  34566044 ccctggcacactgctatccaacaataaaaactttctccttagatcttccaccaatgtatgcactcgatttcttgcttcccatgatgcactgatgtctttg 34566143  T
Q  603 aacaatcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctt 702  Q
    |||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  34566144 aacggacccaagccaaaaccatgacacaataaactttcaatgggaatgtcaaagtcttctggatacaatccacaaagcataaggaagagcttatgttctc 34566243  T
Q  703 tattg-cccaaaactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacacccaaggaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgc 801  Q
    |  || || |||||||||||||||||||||| | |||||||| |  |||||||||  |  || ||| |||||||||||  |   |||| ||||| |||||    
T  34566244 tgctgtccaaaaactttaaactaagctcaatgctggggtagacaaattttccaacgtctgagaagggagatgattgaaaatttcttaaatgtctaagtgc 34566343  T
Q  802 atcttcacatgcagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaagcggtaagccaccacattcc 880  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||    
T  34566344 atcctcccatgccgacttcccttcattacttagtgctcttccaactgtcacaattgcaagaggcaagccaccacattcc 34566422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 34553873 - 34554142
Alignment:
Q  10 ttgcaatttgacaaatccaataatcttagactgcccagatttcctatttcaaatgggagctctttaatattagaatctgcaaaacttaggacttctaggt 109  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  34553873 ttgcaatttgtcaaatccaataatcttagaatgctcaagtttcctatttcaactggaagttctttaattttagagtgtgcaaaacttaagacttctaggt 34553972  T
Q  110 gtttaagttccttaccaattatagatatatctccaacatcacaatgttccacttgcaacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttt 209  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||| | | |||||  | | |||  |||| |||| | |||| |||||    
T  34553973 gtataagttccttaccaattatagatatatctccaacatcacaatattctaatagcagcatatggaggctaactgagacttgagatagagatggaagttt 34554072  T
Q  210 tggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaagttcaggccaa 279  Q
    ||||||| ||| |||||| |  || |||||||| ||||   |||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  34554073 tggaatgtacacattttgcatagacaaaactttgagtgatttcatgcattggaagaaatgttccggccaa 34554142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 510 - 685
Target Start/End: Original strand, 34554377 - 34554552
Alignment:
Q  510 acattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatc 609  Q
    |||||||| ||||||||||||||   ||   ||||||| ||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||   ||   ||   |||||||||||    
T  34554377 acattgctatccaacaacaagaagcatctctttagatcgtccacaaaactattcactcggtttcttgctttccatggctcaccgatagctttgaacaatc 34554476  T
Q  610 ccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataag 685  Q
    ||||||| |  || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  34554477 ccaagcccattgcgtgacataataaactttcaataggtatgtcaaagtcttccggaaacaatccacaaagcataag 34554552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 34372614 - 34372517
Alignment:
Q  55 atttcaaatgggagctctttaatattagaatctgcaaaacttaggacttctaggtgtttaagttccttaccaattatagatatatctccaacatcaca 152  Q
    ||||||| ||| || |||| |||||||||||  ||||| || |||| |||||| |  || |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34372614 atttcaagtggaagttcttcaatattagaattggcaaagctcaggatttctagtttatttaactctttaccaattatagatatatctccaacatcaca 34372517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 636 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 34372020 - 34371977
Alignment:
Q  636 ctttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaag 679  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  34372020 ctttctataggaatgtcaaagtcctctggaaacaatccacaaag 34371977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 21 - 877
Target Start/End: Original strand, 15895245 - 15896109
Alignment:
Q  21 caaatccaataatcttagactgcccagatttcctatttcaaatgggagctctttaatattagaatctgcaaaacttaggacttctaggtgtttaagttcc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||  |||||||||||||||||  ||  ||||| |    
T  15895245 caaatccaataatcttagactgcccaaatctcctatttcaattgggagttctttaacattggaatgtgacaaacttaggacttctagaagtaaaagtttc 15895344  T
Q  121 ttaccaattatagatatatctccaacatcacaatgttccacttgcaacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttttggaatgcaca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||  |||||||||| | | |  ||||| ||||||||||    
T  15895345 ttaccaattatagatatatctccaacatcacaatgttctactttcaatgtgtggagattgaatggggcttgggatagagacgagagtttaggaatgcaca 15895444  T
Q  221 aattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaagttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtacttacttgtaaaagttt 320  Q
    ||||||| |  |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||| |||||  |||||||| ||||||||    
T  15895445 aattttgcatagataaaactttaagagcacacattccttggaagaaaagttcgggccaagagattggttccttgctttttgaccttacttgaaaaagttt 15895544  T
Q  321 aagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttcttttagactctta 420  Q
    ||| |||||||| | ||||||| ||||||||   |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||    
T  15895545 aagtgtcggacactctaagccactttctaacttgtttgaatcatccaagataagtgatattgctttgatgtcattcaatttctcttcttttaaactctta 15895644  T
Q  421 aaggcgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgttatagatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcaca-------gcacat 513  Q
    |||  |||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||   |  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||       ||||||    
T  15895645 aagttgtattgcaccataaatttatgttcttcacttttaaataaaaatgatataacaacatttcgcacaatatcatgcatctttacacatcctcgcacat 15895744  T
Q  514 tgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatcccaa 613  Q
    | || |||| |||||| |||||||   ||||||  || ||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  15895745 tactttccagcaacaaaaactttctctttagattatctaccaatgtatgcacttggtctcttgcttcccatgatgcagtaatgtgtttgaacattcccaa 15895844  T
Q  614 gccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctttattgccc-aa 712  Q
     || |  ||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| | |||||| || ||| ||    
T  15895845 acccactgcatgatgcaacaaacattcaataggaatatcaaagtcttcaggaaacaatccacaaagcataaggaatagcttgtattctttgtttcccaaa 15895944  T
Q  713 aactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacacccaaggaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgcatcttcacatg 812  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| || |  |||| ||||| |  | ||||||||||||||||  |   |||||||| | ||||  ||||| ||||    
T  15895945 aactttaaactaagctcaatgcgagggtggacaaatttttcaacatctgacgaggaagatgattgaaaatttcttaattgtttaagtgtgtcttcccatg 15896044  T
Q  813 cagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaagcggtaagccaccacat 877  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  15896045 cagacttcccttcaatgcttagtgctcttccaactgtcacaattgcaaggggcaagccaccacat 15896109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 130923 - 130244
Alignment:
Q  10 ttgcaatttgacaaatccaataatcttagactgcccagatttcctatttcaaatgggagctctttaatattagaatctgcaaaacttaggacttctaggt 109  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  130923 ttgcaatttgtcaaatctaataatcttagaatgctcaagtttcctatttcaattggaagttctttaatattagagtgtgcaaaacttaggacttctatgt 130824  T
Q  110 gtttaagttccttaccaattatagatatatctccaacatcacaatgttccacttgcaacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttt 209  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |  || || ||| | |   ||||||| || ||| |||  |||||    
T  130823 gtgtaagttccttaccaattatagatatatcaccaacatcacaatattctacttgtagtgtatgaagactaaccaaagcttgtgaaaaagatgaaagttt 130724  T
Q  210 tggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaagttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtacttact 309  Q
    | |||||   ||||| || |  || |||||||| ||||| ||||| |||  ||||||| |||| |||||      ||||   |  |||||||  |  |||    
T  130723 ttgaatgtgtaaattgtgcatagacaaaactttgagtgctctcattcctctgaagaaatgttctggccattgatttggtccatctccttttgatcgcact 130624  T
Q  310 tgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttctt 409  Q
    |||| ||||| |||||| ||||| | |||||  ||||||||| || | || | |||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||    
T  130623 tgtagaagttgaagcgtaggacaatctaagctgttttctaactctatagtgtgatccaagataagtgatattgcattgatgtcattcaatttttcttctt 130524  T
Q  410 ttagactcttaaaggcgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgttatagatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcaca-- 507  Q
    | || ||||| | | | ||||  |||||||| || | ||   || |||||||||  |   | || |||||||  || ||||| |||||||||||||||      
T  130523 tcagcctcttcatgtcatatttcaccataaacttgtgtt---cagttttaaatgaaactaagatgacaacatcacgtacaatgtcgtgcatcttcacaca 130427  T
Q  508 -----gcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttg 602  Q
         | |||||||||||||||||||||||   ||   |||||||  |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||   ||  || |  ||||    
T  130426 ccctggaacattgctgtccaacaacaagaaacatctctttagatcgcccaccaaactacgcactcgatttcttgctttcaatggctcaccaacggctttg 130327  T
Q  603 aacaatcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataag 685  Q
    |||||||||||||| |  ||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  130326 aacaatcccaagcctattgcatgacgcaataaaatttcaataggaatatcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataag 130244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 40927 times since January 2019
Visitors: 8634