View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2931R-Insertion-3 (Length: 998)

Name: NF2931R-Insertion-3
Description: NF2931R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2931R-Insertion-3
NF2931R-Insertion-3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-946)||(23165125-23166073)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 837; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 837; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 23166073 - 23165125
Alignment:
Q  8 aggtgcttcatccttcatgaagtggacagttaacaaagtaagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgtt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23166073 aggtgcttcatccttcatgaagtggacagttaacaaagtaagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgtt 23165974  T
Q  108 gcaataggttctaacataaagatagaaatgagagaaa----ataaacataccaaaacaagcattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattat 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165973 gcaataggttctaacataaagatagaaatgagagaaagaaaataaacataccaaaacaaacattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattat 23165874  T
Q  204 gaagcaatattgaatcttaattcactatcaatggacatttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatgtg 303  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23165873 ggagcaatattgaatcttaattcactatcaatggacatttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatttg 23165774  T
Q  304 aacggtcacttatatctgattggtataagaggcactctggtaattttgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaata 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165773 aacggtcacttatatctgattggtataagaggcactctggtaattatgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaata 23165674  T
Q  404 gatg-----ttgttgtgcagaacaaaaatcagtagacagatagggtaagtacctgttcaacacttaaacgatcaagtcatttttggtcttaaaataatag 498  Q
    ||||     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165673 gatgaattgttgttgtgcacaacaaaaatcagtagacagatagggtaagtacctgttcaacacttaaacaatcaagtcatttttggtcttaaaataatag 23165574  T
Q  499 tataggacaatggatgtaactatgagagcatataagtcctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcagctgaactccac 598  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23165573 tatagaacaatggatgtaactatgagagcatataagtcctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcggctgaactccac 23165474  T
Q  599 tatctgtatgacatggtagggctggaagatgtaactagaatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacattttagagg 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23165473 tatctgtatgacatggtagggctggaagatgtaactagaatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacgttttagagg 23165374  T
Q  699 aacgtttacaaatagtgcaaggtatgtttctgtgctgcaagtttgcaactaaaccaacctgacccaaagatagatctaagatatcaactatcttgagggt 798  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23165373 aacgtttacaaatagtgcaaggtatgtttctgtgctgcaagtttgcaactaaaccaacctgacccaaagatagatctaagatatcaaccatcttgagggt 23165274  T
Q  799 gatacaggtcagacaagcctgtcgggacacactagagcagttttaattactc-ttttagaacggccggtagagatcattaagtacttgggtcaaatgtgt 897  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23165273 gatacaggtcagacaagcctgtcgggacacactagagcagttttaattactctttttagaacggccggtagagatcattaagtactt-ggtcaaatgtgt 23165175  T
Q  898 aata-ctaccatcagtaattattactcaaatctgattagtccataaccac 946  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23165174 aatatttaccatcagtaattattactcaaatctgataggtccataaccac 23165125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University