View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2931_high_2 (Length: 751)

Name: NF2931_high_2
Description: NF2931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2931_high_2
NF2931_high_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-745)||(23165336-23166073)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 23166073 - 23165336
Alignment:
Q  17 aggtgcttcatccttcatgaagtggacagttaacaaagtaagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23166073 aggtgcttcatccttcatgaagtggacagttaacaaagtaagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgtt 23165974  T
Q  117 gcaataggttctaacataaagatagaaatgagagaaa----ataaacataccaaaacaagcattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165973 gcaataggttctaacataaagatagaaatgagagaaagaaaataaacataccaaaacaaacattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattat 23165874  T
Q  213 gaagcaatattgaatcttaattcactatcaatggacatttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatgtg 312  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23165873 ggagcaatattgaatcttaattcactatcaatggacatttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatttg 23165774  T
Q  313 aacggtcacttatatctgattggtataagaggcactctggtaattttgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaata 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165773 aacggtcacttatatctgattggtataagaggcactctggtaattatgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaata 23165674  T
Q  413 gatg-----ttgttgtgcagaacaaaaatcagtagacagatagggtaagtacctgttcaacacttaaacgatcaagtcatttttggtcttaaaataatag 507  Q
    ||||     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165673 gatgaattgttgttgtgcacaacaaaaatcagtagacagatagggtaagtacctgttcaacacttaaacaatcaagtcatttttggtcttaaaataatag 23165574  T
Q  508 tataggacaatggatgtaactatgagagcatataagtcctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcagctgaactccac 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23165573 tatagaacaatggatgtaactatgagagcatataagtcctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcggctgaactccac 23165474  T
Q  608 tatctgtatgacatggtagggctggaagatgtaactagaatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacattttagagg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23165473 tatctgtatgacatggtagggctggaagatgtaactagaatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacgttttagagg 23165374  T
Q  708 aacgtttacaaatagtgcaaggtatgtttctgtgctgc 745  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165373 aacgtttacaaatagtgcaaggtatgtttctgtgctgc 23165336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 25444 times since January 2019
Visitors: 1346