View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2933_low_1 (Length: 802)

Name: NF2933_low_1
Description: NF2933
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2933_low_1
NF2933_low_1
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (15-791)||(51771836-51772612)
chr1 (15-349)||(51807412-51807751)
chr1 (446-761)||(51780133-51780438)
chr1 (473-764)||(51807869-51808160)
chr1 (491-763)||(51803934-51804206)
chr1 (70-336)||(51779764-51780046)
chr1 (80-165)||(51803596-51803681)
chr1 (280-336)||(51803796-51803852)
chr1 (625-710)||(12196136-12196221)
chr1 (601-650)||(51761423-51761472)
[»] scaffold0710 (2 HSPs)
scaffold0710 (446-761)||(6775-7082)
scaffold0710 (70-336)||(6406-6688)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 791
Target Start/End: Original strand, 51771836 - 51772612
Alignment:
Q  15 tcaacatgcagatctcacttcttcatgagctagtttctggaactccaatcatatttgatcagttccaaaattccgttaacagatacttacttgattctac 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51771836 tcaacatgcagatctcacttcttcatgagctagtttctggaactccaatcatatttgatcagttccaaaattccgttaacagatacttacttgattctac 51771935  T
Q  115 ctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagactttcatttcctttacagacgaatcatgaaaatcgatctgtatttatggtttt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51771936 ctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagactttcatttcctttacagacgaatcatgaaaatcgatctgtattgatggtttt 51772035  T
Q  215 accaatatagagtgctttttattgtttcaggtttaacaaattcgaacaagaaaaggcttgctagaaaggctgatagtctctcacaaaaagtccaagaaca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51772036 accaatatagagtgctttttattgtttcaggtttaacaaattcgaacaagaaaaggcttgctagaaaggctgatagtctctcacaaaaagtccaagaaca 51772135  T
Q  315 tggtgagtacccttgtaagactgagatgtgtttccaattgttattgcatatatagtttatgaagtccatgccttttgtctgcaatatctatatcagttta 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51772136 tggtgagtacccttgtaagactgagatgtgtttccaattgttattgcatatatagtttatgaagtccatgccttttgtctgcaatatctatatcagttta 51772235  T
Q  415 tgaactcctcatatagtcatttactcgatcgtttctaatcctattatatataattcttaaatttcagtaagacttagagcaaacatttctgaaacaatta 514  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51772236 tgaactcctcgtatagtcatttactcgatcgtttctaatcctattatatataattcttaaatttcagtaagacttagagcaaacatttctgaaacaatta 51772335  T
Q  515 agagaaaattgagcttaggggctcaaattcttcaagtgggtggagtggagaaagtgtttatgcggtattttagtgtgagtgaggacgagagtctgttgaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51772336 agagaaaattgagcttaggggctcaaattcttcaagtgggtggagtggagaaagtgtttatgcggtattttagtgtgagtgaggacgagagcctgttgaa 51772435  T
Q  615 aatttcgcagtgttatctatccaccacatctggtcctctagctggtctcctcttcatctccaatgagaaggttgccttttgcagtgacagatcaataaaa 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51772436 aatttcgcagtgttatctatccaccacatctggccctctagccggtctcctcttcatctccaatgagaaggttgccttttgcagtgacagatcaataaaa 51772535  T
Q  715 gtctttaatcagaaaggtcaaatgcgtaggatccgctataaggtaagtcccagattaatatacacaaacctattcat 791  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51772536 gtctttaatcagaaaggtcaaatgcgtaggatccgctataaggtaagtcccagattaatatacacaaacctattcat 51772612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 15 - 349
Target Start/End: Original strand, 51807412 - 51807751
Alignment:
Q  15 tcaacatgcagatctcacttcttcatgagctagtttctggaactccaatcatatttgatcagttccaaaattccgttaacagatacttacttgattctac 114  Q
    ||||||||| || |||| ||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||| |    
T  51807412 tcaacatgctgacctcaattaatcatgagctagttgttggaactccaatcatatatcatcagtttcaaaattcgattaacagatacttacttggttctgc 51807511  T
Q  115 ctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagactttcatttcctttacagacgaatcatgaaaatcgatct-------gtattta 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||| |  |       ||||| |    
T  51807512 ctctcatcaatgccaatatccatccaagcatcaaagcaaaagtaagactttcttttccttgacagatgaatcatgaatatcaaatttcgctaagtattga 51807611  T
Q  208 tggttttaccaatatagagtgctttttattgtttcaggtttaacaaattcgaacaagaaaaggcttgctagaaaggctgatagtctctcacaaaaagtcc 307  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  51807612 tggttttaccaacatagagtgcttt--attgtttcaggtttaacaaattcgaacaagaaaagacttgctaggaaggctgatagtctctcacaaagagtcc 51807709  T
Q  308 aagaacatggtgagtacccttgtaagactgagatgtgtttcc 349  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  51807710 aagaacacggtgagtacccttgtaagacttagatgtgtttcc 51807751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 446 - 761
Target Start/End: Original strand, 51780133 - 51780438
Alignment:
Q  446 tttctaatcctattatatataattcttaaatttcagtaagacttagagcaaacatttctgaaacaattaagagaaaattgagcttaggggctcaaattct 545  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  51780133 tttctaatcctattttatataattctgaaatttcattaagactgggagcaaacatttctgaaacaataaggaggaagttgagcttaggggctaaaattct 51780232  T
Q  546 tcaagtgggtggagtggagaaagtgtttatgcggtattttagtgtgagtgaggacgagagtctgttgaaaatttcgcagtgttatctatccaccacatct 645  Q
    | |||||||||||||||| ||| | |||||||  |||||||||||||| |||          |||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||    
T  51780233 ttaagtgggtggagtggataaattttttatgcactattttagtgtgagagag----------tgttgaaagtttctcactgttatctttccaccacatct 51780322  T
Q  646 ggtcctctagctggtctcctcttcatctccaatgagaaggttgccttttgcagtgacagatcaataaaagtctttaatcagaaaggtcaaatgcgtagga 745  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  51780323 ggccctctagctggcctcctcttcatctccaatgaaaaggttgccttttgcagtgacagatcaataaaagtctataatcagaaaggtcaaatgtgtagga 51780422  T
Q  746 tccgctataaggtaag 761  Q
    ||||||||||||||||    
T  51780423 tccgctataaggtaag 51780438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 473 - 764
Target Start/End: Original strand, 51807869 - 51808160
Alignment:
Q  473 aaatttcagtaagacttagagcaaacatttctgaaacaattaagagaaaattgagcttaggggctcaaattcttcaagtgggtggagtggagaaagtgtt 572  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51807869 aaatttcagtgagagttggagcaaacatatctaaaacaataaagagaactttgagcttaggggctcaaattcttcaaatgggtggagtggagaaagtgtt 51807968  T
Q  573 tatgcggtattttagtgtgagtgaggacgagagtctgttgaaaatttcgcagtgttatctatccaccacatctggtcctctagctggtctcctcttcatc 672  Q
    || ||  |||||||||||||  || |  ||||| || |  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51807969 tacgcaatattttagtgtgacagaaggagagaggctatcaaaagtttcacagtgttatctatccaccacatctggtcctctagctggtctgctcttcatc 51808068  T
Q  673 tccaatgagaaggttgccttttgcagtgacagatcaataaaagtctttaatcagaaaggtcaaatgcgtaggatccgctataaggtaagtcc 764  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  51808069 tccaatgaaaaggttgccttctgcagtgagagatcaataaaagtcttcaatcagaaaggtcaaatgcgtaggatccgatataaggtatgtcc 51808160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 491 - 763
Target Start/End: Original strand, 51803934 - 51804206
Alignment:
Q  491 gagcaaacatttctgaaacaattaagagaaaattgagcttaggggctcaaattcttcaagtgggtggagtggagaaagtgtttatgcggtattttagtgt 590  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  51803934 gagcaaacatatctaaaacaataaagaggacgttgaacttaggggctcaaattcttcaaatgggtggagtggagaaaatgtttaggcagtattttagtgt 51804033  T
Q  591 gagtgaggacgagagtctgttgaaaatttcgcagtgttatctatccaccacatctggtcctctagctggtctcctcttcatctccaatgagaaggttgcc 690  Q
    ||| || |  ||||| || |  ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  51804034 gagagaaggagagaggctatcaaaagtttcgcagtgttatctttccaccacatccggtcctctatctggtctcctcttcatctccaatgaaaaggtggcc 51804133  T
Q  691 ttttgcagtgacagatcaataaaagtctttaatcagaaaggtcaaatgcgtaggatccgctataaggtaagtc 763  Q
    || |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51804134 ttctgcagtgagagaacaataaaagtcttcaatcagaaaggtcaaatgcgtaggatccgctataaggtaagtc 51804206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 70 - 336
Target Start/End: Original strand, 51779764 - 51780046
Alignment:
Q  70 tgatcagttccaaaattccgttaacagatacttacttgattctacctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagactttcatt 169  Q
    ||||||||| |||| |||  | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51779764 tgatcagtttcaaagttcgataaacagatacatacttgattctgcctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagactttcttt 51779863  T
Q  170 tcctttac---agacgaatcatgaaaatcgatct-------gtatttatggttttaccaatatagagtgctttttattgtttcaggtttaacaaattcga 259  Q
    ||||| ||   |||||||||||||| ||| |  |       ||||| |  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  51779864 tccttgacgacagacgaatcatgaacatctaatttcgctaggtattgaatgttttaccaatatagagtgcttt--attgtttcaggtttaacaaattcaa 51779961  T
Q  260 acaagaaaaggcttgctaga----aaggctgatagtctctcacaaaaagtccaagaacatg----gtgagtacccttgtaagact 336  Q
    |||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  51779962 acaagaaaaggcttgctagctaggaaggctgatagtctctcacaaaaagtccaagaacatggtgagtgagtacccttgtaagact 51780046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 165
Target Start/End: Original strand, 51803596 - 51803681
Alignment:
Q  80 caaaattccgttaacagatacttacttgattctacctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagacttt 165  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  | || ||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  51803596 caaaaatcagttaacagatacttacttgattctgccactcatcaatgtcaactttcaaccaaacaacaaaacaaaagtaaaacttt 51803681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 280 - 336
Target Start/End: Original strand, 51803796 - 51803852
Alignment:
Q  280 aaggctgatagtctctcacaaaaagtccaagaacatggtgagtacccttgtaagact 336  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51803796 aaggccgatagtctctcacaaagagttcaagaacatggtgagtaccctagtaagact 51803852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 625 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 12196221 - 12196136
Alignment:
Q  625 tgttatctatccaccacatctggtcctctagctggtctcctcttcatctccaatgagaaggttgccttttgcagtgacagatcaat 710  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||| || | | | ||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  12196221 tgttatctatcaacaacatctggtcctctagcaggcctactcttcatatcaactaataaaattgccttttgtagtgagagatcaat 12196136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 601 - 650
Target Start/End: Original strand, 51761423 - 51761472
Alignment:
Q  601 gagagtctgttgaaaatttcgcagtgttatctatccaccacatctggtcc 650  Q
    ||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  51761423 gagaggctgttgaaagtttcacactgttatctgtccaccacatctggtcc 51761472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0710 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 2)
Name: scaffold0710
Description:

Target: scaffold0710; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 446 - 761
Target Start/End: Original strand, 6775 - 7082
Alignment:
Q  446 tttctaatcctattatatataattcttaaatttcagtaagacttagagcaaacatttctgaaacaattaagagaaaattgagcttaggggctcaaattct 545  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  6775 tttctaatcctattttatataattctgaaatttcattaagactgggagcaaacatttctgaaacaataaggaggaagttgagcttaggggctaaaattct 6874  T
Q  546 tcaagtgggtggagtggagaaagtgtttatgcggtattttagtgtgagtgaggacgagagtctgttgaaaatttcgcagtgttatctatccaccacatct 645  Q
    | |||||||||||||||| ||| | |||||||  |||||||||||||| |||          |||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||    
T  6875 ttaagtgggtggagtggataaattttttatgcactattttagtgtgagagag----------tgttgaaagtttctcactgttatctttccaccacatct 6964  T
Q  646 ggtcct--ctagctggtctcctcttcatctccaatgagaaggttgccttttgcagtgacagatcaataaaagtctttaatcagaaaggtcaaatgcgtag 743  Q
    || ||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  6965 ggcccctcctagctggcctcctcttcatctccaatgaaaaggttgccttttgcagtgacagatcaataaaagtctataatcagaaaggtcaaatgtgtag 7064  T
Q  744 gatccgctataaggtaag 761  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7065 gatccgctataaggtaag 7082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0710; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 70 - 336
Target Start/End: Original strand, 6406 - 6688
Alignment:
Q  70 tgatcagttccaaaattccgttaacagatacttacttgattctacctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagactttcatt 169  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6406 tgatcagtttcaaaattcgattaacagatacatacttgattctgcctctcatcaatgtcaatatccatccaaacatcaaagcaaaagtaagactttcttt 6505  T
Q  170 tcctt---tacagacgaatcatgaaaa-------tcgatctgtatttatggttttaccaatatagagtgctttttattgtttcaggtttaacaaattcga 259  Q
    |||||    |||||||||||||||| |       ||| |  ||||| |  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  6506 tccttgacgacagacgaatcatgaatatcaaatttcgctaggtattgaatgttttaccaatatagagtgc--tttattgtttcaggtttaacaaattcaa 6603  T
Q  260 acaagaaaaggctt----gctagaaaggctgatagtctctcacaaaaagtccaagaacatg----gtgagtacccttgtaagact 336  Q
    ||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  6604 acaagaaaaggcttgctagctaggaaggctgatagtctctcacaaaaagtccaagaacatggtgagtgagtacccttgtaagact 6688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University