View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2935R-Insertion-5 (Length: 813)

Name: NF2935R-Insertion-5
Description: NF2935R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2935R-Insertion-5
NF2935R-Insertion-5
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-813)||(29645686-29646490)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 813
Target Start/End: Original strand, 29645686 - 29646490
Alignment:
Q  9 caaagtggtgcagctggaataattgtgtccaaccatggagcaaggcagcttgattatgttccagccaccataagtgccttagaagaggtactttaaaaat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29645686 caaagtggtgcagctggaataattgtgtccaaccatggagcaaggcagcttgattatgttccagccaccataagtgccttagaagaggtactttaaaaat 29645785  T
Q  109 tccaagttattattaatctgaatcgagttgtataaatcattctacacaataagattgtttatatcataattgtgccgttgaaactacttaggttgtgaaa 208  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29645786 tccaaattattattaatctgaatcgagttgtataaatcattctacacaataagattgtttatatcataattgtgccgttgaaactacttaggttgtgaaa 29645885  T
Q  209 gctgctcaaggtcgtgttcctgtatttttggatggaggtgtacgccgtggaaccgatgtcttcaaggctttggcacttggtgcctctggcatatttgtga 308  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29645886 gctgctcaaggccgtgttcctgtatttttggatggaggtgtacgccgtggaaccgatgtcttcaaggctttggcacttggtgcctctggcatatttgtaa 29645985  T
Q  309 gtatactcataacatttcccaatatatcacatgctcattgcctcattagtggtaatttcttaattcggatcgtctatggtcacaatgtccacgcattcat 408  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29645986 gtatactcataaaatttcccaatatattacatgctcattgcctcattagtggtaatttcttaattcggatcgtctatggtcacaatgtccacgcattcat 29646085  T
Q  409 gtagttaatggtttggagccgttgtgactctgattttaatctatataaatcaaccttaaaagcaaacttaccaaattcatttgattttgatcaaatagct 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29646086 gtagttaatggtttggagccgttgtgactctgattttaatctctataaatcaaccttaaaagcaaacttatcaaattcatttgattttgatcaaatagct 29646185  T
Q  509 ccgaagtgttgattgcgcatctgaattcataattcttgagtgactatagtaccctagtgattgaaatatgcgagtagtaccctaactcgacctctggctg 608  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29646186 ccgaagtgttgattgtgcatctgaattcataattcttgagtgactatagtaccctagtgattgaaatatgcaagtagtaccctaactcgacctctggctg 29646285  T
Q  609 aaataatcggaaacaatcattgatcaacataatttacctcccgaccagacttttatcatgacacttgtcttctataatatatggagtattaagacaaaca 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  29646286 aaataatcggaaacaatcattgatcaacttaatttacctcccgaccaaacttttattacaacacttgtcttctataatatatggaggattaagacgaaca 29646385  T
Q  709 aaaacaaaataatttatcgttataaccaccattagtactgctgttatcttaacaatatataaacaatgattaacgaacaaattatgctatgtctagatcg 808  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29646386 aaaacaaaataatttatccttataaccaccattagtactgctgttatcttaacaatatataaacaatgattaacgaacaaattatgctatgtctagatcg 29646485  T
Q  809 gacgc 813  Q
    |||||    
T  29646486 gacgc 29646490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University