View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2942-Insertion-1 (Length: 1035)

Name: NF2942-Insertion-1
Description: NF2942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2942-Insertion-1
NF2942-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1035)||(46476650-46477679)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 960; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 960; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1035
Target Start/End: Original strand, 46476650 - 46477679
Alignment:
Q  8 catcaacaatttaactcatctcagtggtttgttcttggagaataacacattctccggtagtcttccaagtatcactgcaaatttgaacggtttcgatgtt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46476650 catcaacaatttaactcatctcagtggtttgttcttggagaataacacattctccggtagtcttccaagtatcactgcaaatttgaacggtttcgatgtt 46476749  T
Q  108 tccaataacaatctcaatggttcaatcccaaagacactctcgaagttccccgaagcatcattcgctggaaacttagatctctgtggtccaccgttaaaaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46476750 tccaataacaatctcaatggttcaatcccaaagacactctcgaagttccccgaagcatcattcgctggaaacttagatctctgtggtccaccgttgaaaa 46476849  T
Q  208 catcatgtagtccgtttttcccggcgccggcgccgtcaccggacaacattccaccggcggacaaaccaaagnnnnnnnnnnnnnnnctttccaccggagc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||    
T  46476850 catcatgtagtccgtttttcccggcgccggcgccgtcaccggacaacattccaccggcggacaaaccaaagaaaaaatccaaaaaactttccaccggagc 46476949  T
Q  308 cattgtcgcaattgtagttggttcaattctcttcctagcaatactgctattactattattactctgtctccgaaaacgccgtcgacggacaccagcaaaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46476950 cattgtcgcaattgtagttggttcaattctcttcctagcaatactgctattactattattactctgtctccgaaaacgccgtcgccggacaccagcaaaa 46477049  T
Q  408 ccaccaaaaccagtagtagcagcacgttcagctccagctgaagccggtacatcgtcttcaaaagacgatataacaggcggttcagccgaagcagagaggg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46477050 ccaccaaaaccagtagtagcagcacgttcagctccagctgaagccggtacatcgtcttcaaaagacgatataacaggcggttcagccgaagcagagaggg 46477149  T
Q  508 agaggaacaaactggtgtttttcgacggtggaatatacagttttgatttggaggatttgcttagagcttctgcggaggtattaggaaagggaagtgttgg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46477150 agaggaacaaactggtgtttttcgacggtggaatatacagttttgatttggaggatttgcttagagcttctgcggaggtattaggaaagggaagtgttgg 46477249  T
Q  608 aacttcgtataaagcggtgttggaagaaggaacaacggtggttgttaaaaggttgaaagatgtwgttgttactaaaaaagagtttgagatgcaaatggag 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46477250 aacttcgtataaagcggtgttggaagaaggaacaacggtggttgttaaaaggttgaaagatgttgttgttactaaaaaagagtttgagatgcaaatggag 46477349  T
Q  708 attttgggaaagattaagcatgataatgtggttccattaagagctttttactactctaaagatgaaaaattgcttgtttatgattacatgcccgccggaa 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46477350 attttgggaaagattaagcatgataatgtggttccattaagagctttttactactctaaagatgaaaaattgcttgtttatgattacatggccgccggaa 46477449  T
Q  808 gcttatctgcacttcttcacggtaccactttttaaattcattgaataacta--atatatctatatctggtttgtagtatagactaaatatgtacattctg 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46477450 gcttatctgcacttcttcacggtaccactttttaaattcattgaataactaatatatatctatatctggtttgtagtatagactaaatatgtacattctg 46477549  T
Q  906 attaattgtctgataattatgtaattaattgattaattattcatgctatttgattgttgtagactttgtagaacatagcaaagtggaatatgatatgatt 1005  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46477550 attaattgtctgataattatgtaattaattgattaattattcatgctatttgattgttgtagactttgtagaacatagcaaagtggaatatgatatgatt 46477649  T
Q  1006 ttgatagtttcgaggggttgtgtttccgac 1035  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46477650 ttgatagtttcgaggggttgtgtttccgac 46477679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University