View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2943_low_1 (Length: 867)

Name: NF2943_low_1
Description: NF2943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2943_low_1
NF2943_low_1
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (9-843)||(38242199-38243034)
chr4 (426-674)||(38237169-38237417)
chr4 (437-674)||(38219663-38219900)
chr4 (426-674)||(38252662-38252910)
chr4 (429-674)||(38247631-38247876)
chr4 (426-674)||(38213265-38213513)
chr4 (388-674)||(38225750-38226036)
chr4 (13-162)||(38220026-38220175)
chr4 (25-197)||(38253194-38253371)
chr4 (9-149)||(38237919-38238059)
chr4 (31-157)||(38226372-38226498)
chr4 (31-158)||(38213992-38214119)
chr4 (672-787)||(38237029-38237147)
chr4 (717-788)||(38247496-38247567)
chr4 (25-67)||(38248176-38248218)
chr4 (258-319)||(38253005-38253066)
chr4 (672-727)||(38225670-38225728)
chr4 (672-726)||(38213186-38213243)
chr4 (258-295)||(38247998-38248035)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (387-674)||(17453577-17453861)
chr6 (426-672)||(17432693-17432927)
chr6 (9-162)||(17433384-17433537)
chr6 (9-162)||(17454463-17454616)
chr6 (672-727)||(17432612-17432669)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (458-606)||(48989-49137)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (458-606)||(21547807-21547955)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (458-616)||(11475169-11475327)
chr2 (456-616)||(11486400-11486560)
chr2 (533-612)||(11480655-11480734)
chr2 (71-147)||(11485810-11485886)
chr2 (533-604)||(11463351-11463422)
chr2 (83-147)||(11479728-11479792)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 804; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 38243034 - 38242199
Alignment:
Q  9 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38243034 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 38242935  T
Q  109 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagttaaagatagattatactaattcttaaatacttggaagtaccgacactt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242934 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagttaaagatagattatactaattcttaaatacttggaagtaccgacactt 38242835  T
Q  209 gagattaaagatgtatagtcggactccgagacaacactactttgtgattatatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgagattagc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38242834 gagattaaagatgtatagtcggactccgagacaacactactttgtgattatatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgaggttagc 38242735  T
Q  309 aaatgtttaattaacaagtaaatgatgtgaataattagcagttgaggactatcggtgcttgttttcattgtatactggtttgtttaagaagttaaacatg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242734 aaatgtttaattaacaagtaaatggtgtgaataattagcagttgaggactatcggtgcttgttttcattgtatactggtttgtttaagaagttaaacatg 38242635  T
Q  409 gtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcg 508  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38242634 gtataatagatcaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttccaaaccaagttatggaaatggaagcg 38242535  T
Q  509 aagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtc 608  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242534 aagcaggaaatgaagtgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtc 38242435  T
Q  609 taactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaacattctactcgttcttcat-ttttatggacaaataa 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38242434 taactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaacattctactcgttcttcattttttatggacaaataa 38242335  T
Q  708 tatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgattaattgttaagggcaaccga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242334 tatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgattaattgttaagggcaaccga 38242235  T
Q  808 atacttatacttctctctattcagctagctatgtga 843  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242234 atacttacacttctctctattcagctagctatgtga 38242199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 426 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 38237417 - 38237169
Alignment:
Q  426 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 525  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38237417 cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 38237318  T
Q  526 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 625  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |     
T  38237317 ggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcacca 38237218  T
Q  626 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 674  Q
    | || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38237217 aggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38237169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 437 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 38219900 - 38219663
Alignment:
Q  437 aaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgt 536  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  | || ||||||||    
T  38219900 aaatttatggattatgttttcaggatgagagggttatatgctcttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggctacattgt 38219801  T
Q  537 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacact 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  38219800 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctatcaagattattgatggtgaaactttaactttagtctctatctacaacaatagccaagaacacaat 38219701  T
Q  637 ggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 674  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38219700 ggtgtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38219663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 426 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 38252910 - 38252662
Alignment:
Q  426 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 525  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  38252910 cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatca 38252811  T
Q  526 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 625  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |     
T  38252810 ggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcacca 38252711  T
Q  626 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 674  Q
    | || ||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  38252710 aggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaaca 38252662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 429 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 38247876 - 38247631
Alignment:
Q  429 gttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcggga 528  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| ||        
T  38247876 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 38247777  T
Q  529 tacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaag 628  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |   |    
T  38247776 tatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggg 38247677  T
Q  629 aacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 674  Q
    | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38247676 agcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38247631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 426 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 38213513 - 38213265
Alignment:
Q  426 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 525  Q
    |||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||     
T  38213513 cttgttttctgaaatatgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggca 38213414  T
Q  526 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 625  Q
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||     
T  38213413 aactatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagca 38213314  T
Q  626 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 674  Q
    | || |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  38213313 aggagcacactggagtaatgggacttttctacttattggtggcagaaca 38213265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 388 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 38226036 - 38225750
Alignment:
Q  388 ttgtttaagaagttaaacatggtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaac 487  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||    
T  38226036 ttgtttaagaagttaaatatggtataatagattaatagcttgttttgcgaaatatgtggatcatgttttcaggatggcagagttatatgttcctctatac 38225937  T
Q  488 caagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatgg 587  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||| || |||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  38225936 caagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagatagttgatgg 38225837  T
Q  588 tgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 674  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | | | || |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  38225836 tgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaaggagcacactggagtaatgggacttttctacttgttggtggcagaaca 38225750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 38220175 - 38220026
Alignment:
Q  13 cacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcat 112  Q
    |||| |||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38220175 cacaaaccataaggatggaaatggttgtgttcatgtgaagaggataagtctcccatttcaaactggtggttatgtgatctatggtgttgcacatcaacat 38220076  T
Q  113 tcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 162  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220075 tcgggtggaatcggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 38220026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 38253371 - 38253194
Alignment:
Q  25 ggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaatt 124  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38253371 ggagggaaatgggtgtgttcatgtaaaaaggacaagtctcccactacaaaccggtggctatgtgatctatggtgttgctcatcagcattcaggtggaatt 38253272  T
Q  125 ggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagt-----taaagatagattatactaattcttaaatacttggaag 197  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||     || | |||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  38253271 ggatcaaccctatttggacaggtaatttgcaatagtcacagtacatatagattgcagtaattcttaaatacttggaag 38253194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 38238059 - 38237919
Alignment:
Q  9 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 108  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||    
T  38238059 gcagcacagaccataaggagggaaattcctgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggctatatgatctatggtgctgctcatca 38237960  T
Q  109 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaa 149  Q
     |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  38237959 acattcaggcggaattggatcaactctatatggacaggtaa 38237919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 38226498 - 38226372
Alignment:
Q  31 aaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatcc 130  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  38226498 aaatggttgtgttgatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactggtggctatgtgatctatggtgttgctcatcagcattcaggtggaattggatca 38226399  T
Q  131 accctatatggacaggtaatttccaat 157  Q
    || ||||| || |||||||||| ||||    
T  38226398 actctatacgggcaggtaatttacaat 38226372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 38214119 - 38213992
Alignment:
Q  31 aaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatcc 130  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  38214119 aaatggttgtgttcatgtgatgaggacaagtctcccactacaaactggtggctatgttgtctatgctgttgctcatcagcattcaggcggaattggatca 38214020  T
Q  131 accctatatggacaggtaatttccaata 158  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||    
T  38214019 actctatatggacaggtaatttgcaata 38213992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 672 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 38237147 - 38237029
Alignment:
Q  672 acattctactcgttcttcattttt-atggaca--aataatatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatc 768  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||| || |||| |||||| ||    
T  38237147 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatacttttagataattagttacatatatgataatataagtggagtttcatggatggtgtc 38237048  T
Q  769 aaagtaaaatatgagtgat 787  Q
    ||||||| |||||| ||||    
T  38237047 aaagtaatatatgattgat 38237029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 717 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 38247567 - 38247496
Alignment:
Q  717 agataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgatt 788  Q
    ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38247567 agataattagttacacatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatt 38247496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 38248218 - 38248176
Alignment:
Q  25 ggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctccca 67  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38248218 ggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctccca 38248176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 258 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 38253066 - 38253005
Alignment:
Q  258 atatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgagattagcaaatgtttaat 319  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||  || ||||||||||||    
T  38253066 atatataatcacctctatttgatcatgtaatagttttcgatagagggtaacaaatgtttaat 38253005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 672 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 38225728 - 38225670
Alignment:
Q  672 acattctactcgttcttcat-ttttatgg--acaaataatatacttttagataattagt 727  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  38225728 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatgcttttagataattagt 38225670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 672 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 38213243 - 38213186
Alignment:
Q  672 acattctactcgttcttcat-ttttatgg--acaaataatatacttttagataattag 726  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||    
T  38213243 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatgcttttagataattag 38213186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 38248035 - 38247998
Alignment:
Q  258 atatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttc 295  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  38248035 atatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttc 38247998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 387 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 17453861 - 17453577
Alignment:
Q  387 tttgtttaagaagttaaacatggtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaa 486  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |    
T  17453861 tttgattaagaagttaaacattgtattatacataag---cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagagttatatgttcttctgta 17453765  T
Q  487 ccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatg 586  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  17453764 ccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggcagggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataattgatg 17453665  T
Q  587 gtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 674  Q
    |||||| ||||||||  || |||||||||||||| | | |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17453664 gtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaaagagcatactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 17453577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 426 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 17432927 - 17432693
Alignment:
Q  426 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 525  Q
    |||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||            |||| ||     
T  17432927 cttgttctgtaaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctacaccaagttatggcaatggaa------------atgaggca 17432840  T
Q  526 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 625  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | |     
T  17432839 gggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaactacaccaacacca 17432740  T
Q  626 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaa 672  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17432739 aagaccacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaa 17432693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 17433537 - 17433384
Alignment:
Q  9 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 108  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  17433537 gcagcagagaccatgaggaggaaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactggtggatatgtgatctatgctgttgctcatca 17433438  T
Q  109 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 162  Q
     ||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  17433437 acattcaggtggaactggatcaactctatacggacaggtaatttgcaatagtta 17433384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 17454616 - 17454463
Alignment:
Q  9 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 108  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  17454616 gcagcacagaccatgaggagggaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactgcaaactggtggctatgtgatctatgctgttgctcatca 17454517  T
Q  109 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 162  Q
     |||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  17454516 acattcagggggagttggatcaactttatatggacaggtaatttgcaatagtta 17454463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 672 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 17432669 - 17432612
Alignment:
Q  672 acattctactcgttcttcattttt-atggac-aaataatatacttttagataattagt 727  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  17432669 acattccactagttcttcattttttatggattaaataatatacttttagataattagt 17432612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 458 - 606
Target Start/End: Original strand, 48989 - 49137
Alignment:
Q  458 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 557  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||| |||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||   |||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  48989 aggatgggaaggtaatatgtaattcaaaaccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttatcc 49088  T
Q  558 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagag 606  Q
    | |||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  49089 tcaaccaggttctatcaagatatttaatggtgaaactttaactctagag 49137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 458 - 606
Target Start/End: Original strand, 21547807 - 21547955
Alignment:
Q  458 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 557  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| || ||||  |||||||||||||  |||||||||||||||   || ||  ||||||||||| |||| ||||||||    
T  21547807 aggatgggaaggttatatgtaattcaaatccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaagggtatgttgtaggaatgaccacttgttatcc 21547906  T
Q  558 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagag 606  Q
    | |||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| |||||||    
T  21547907 tcaaccaggttctatcaagatacttaatggtgaaactttaattctagag 21547955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 51; Significance: 9e-20; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 458 - 616
Target Start/End: Original strand, 11475169 - 11475327
Alignment:
Q  458 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 557  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |  ||||  || ||||| |||||  |||||||||||||    || || |||||||||||||| |||||||| ||    
T  11475169 aggatgggagagttatatgtacttcaatcccaaagtacggaaaaggaaggaaagcaggaaatgagaaagggtatattgtaggaatgtcaacatgttaccc 11475268  T
Q  558 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactaca 616  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||    
T  11475269 taaaccaggttctatcaagatatttgatggtgagactttaacattagagagtaactaca 11475327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 456 - 616
Target Start/End: Original strand, 11486400 - 11486560
Alignment:
Q  456 tcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttat 555  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||| |  ||||  |||||||| ||||    ||||||||||||    |||||  ||||||| ||||| ||||||||     
T  11486400 tcaggatggaagagttatatgtacttcaatcccaaaatatggaaaaggaaagagagcaggaaatgagaaaggatatgttgtaggcatgtcaacatgttac 11486499  T
Q  556 cctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactaca 616  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  11486500 cctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactaca 11486560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 533 - 612
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480734
Alignment:
Q  533 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaac 612  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  11480655 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaac 11480734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 147
Target Start/End: Original strand, 11485810 - 11485886
Alignment:
Q  71 caaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggt 147  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  11485810 caaaatggtggttatgtcatctatggagttggtcatcagcattcaggtgcaattggatcaactctatatggaaaggt 11485886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 533 - 604
Target Start/End: Original strand, 11463351 - 11463422
Alignment:
Q  533 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctag 604  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| |  |||||||||||| |||||| ||||    
T  11463351 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatggtgaaattttaacactag 11463422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 147
Target Start/End: Original strand, 11479728 - 11479792
Alignment:
Q  83 tatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggt 147  Q
    ||||| || ||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  11479728 tatgtcatatatggagttggccatcagcattcaggtgcaattggatcaactctatatggacaggt 11479792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University