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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2943_low_8 (Length: 327)

Name: NF2943_low_8
Description: NF2943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2943_low_8
NF2943_low_8
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (55-315)||(31492207-31492458)
chr6 (55-315)||(31497596-31497847)
chr6 (55-315)||(31502982-31503234)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 55 - 315
Target Start/End: Original strand, 31492207 - 31492458
Alignment:
Q  55 caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31492207 caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga 31492306  T
Q  155 tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcca 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||         ||||||    
T  31492307 tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcca 31492397  T
Q  255 cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31492398 cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc 31492458  T

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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 55 - 315
Target Start/End: Original strand, 31497596 - 31497847
Alignment:
Q  55 caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31497596 caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga 31497695  T
Q  155 tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcca 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||         ||||||    
T  31497696 tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcca 31497786  T
Q  255 cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31497787 cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc 31497847  T

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Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 55 - 315
Target Start/End: Original strand, 31502982 - 31503234
Alignment:
Q  55 caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31502982 caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga 31503081  T
Q  155 tattttgttc-aagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcc 253  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||         |||||    
T  31503082 tattttgttcaaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcc 31503172  T
Q  254 acagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31503173 acagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc 31503234  T

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