View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2944_low_1 (Length: 695)

Name: NF2944_low_1
Description: NF2944
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2944_low_1
NF2944_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-686)||(54847660-54848358)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 54848358 - 54847660
Alignment:
Q  17 attttaagcattgacgtatgaggtagttaattgagtgcaacttggcgcccttcgacaatgatatggattaaggttgatgaattcctttctatgagaatgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54848358 attttaagcattgacgtatgaggtagttaattgagtgcaacttggcgcccttcgacaatgatatggattaaggttgatgaattccttcctatgagaatgt 54848259  T
Q  117 ttctttcttttctttgcatcaggatgttttggtttcttcaaatcctcaaccgaatgtacatcttccatacaaacaaatgatcttgctttccctgagtaat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848258 ttctttcttttctttgcatcaggatgttttggtttcttcaaatcctcaaccgaatgtacatcttccatacaaacaaatgatcttgctttccctgagtaat 54848159  T
Q  217 accttgataatcctcctctcctgctcatacatataacacaaaatttaatcaagcaaaattaattaa------------acaaacaattaaatgctcttac 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||    
T  54848158 accttgataatcctcctctcctgctcatacatataacacaaaatttaatcaagcaaaattaattaattaattaattaaacaaacaattaaatgctcttac 54848059  T
Q  305 ttttgtgagaaacttgttccaagtgaactcatgttgaatatcatgttttcgatttcttgttccatttgttcagcttaagagaaaaattataaaatacaat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848058 ttttgtgagaaacttgttccaagtgaactcatgttgaatatcatgttttcgatttcttcttccatttgttcagcttaagagaaaaattataaaatacaat 54847959  T
Q  405 tgttaaaaaatgttgattatgaatttgtgatattgagtttctttactgttgattatatatgggaagctggtgaatcaactaaatataaaattatggtatg 504  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54847958 tgtta-aaaatgttgattatgaatttgtgatattgagtttctttactgttgattatatatgggaagctggtgaatcaactaaatataaaattatggtatg 54847860  T
Q  505 agaggcacattccgttacttaagaaaatgattggattggattggatttagattcaataattaaatat----------------ggtaaaagagttgtatg 588  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||    
T  54847859 agaggcacatt-cgttacttaagaaaatgattggattggattggatttagattcaataattaaatatgggaatggtgtttataggtaaaagagttgtatg 54847761  T
Q  589 ttatcaccgcatccttgtctacacttactctcaatcattcaagagactactaatttcagatg---aataaaaatatatgcaatgagcctccctttgcttc 685  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  54847760 ttatcaccgcatccttgtctacactttctctcaatcattcaagagactactaatttcagatgaataataaaaatatatgcaatgagcctccctttgtttc 54847661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University