View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2947R-Insertion-5 (Length: 931)

Name: NF2947R-Insertion-5
Description: NF2947R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2947R-Insertion-5
NF2947R-Insertion-5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-931)||(54013718-54014637)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 859; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 859; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 54014637 - 54013718
Alignment:
Q  9 cttcctctatggaatataaaaggtattattgttgccatgattctacatgtgggagtttcagagccactttattattgggtacataagaaatttcatggag 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014637 cttcctctatggaatgtaaaaggtattattgttgctatgattctacatgtgggagtttcagagccactttattattgggtacataagaaatttcatggag 54014538  T
Q  109 attatcttttcaaaaactatcactctcttcatcattcatctccggtaccaacgcctttaaccggtgagattctcagatcttcaatttaactttttaagcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014537 attatcttttcaaaaactatcactctcttcatcattcatctccggtaccaacgcctttaaccggtgagattctcagatcttcaatttaactttttaagcc 54014438  T
Q  209 ttatcacatggattatgtttttggaaactgtctatttatacagccatagaggaagaccagttgcatatttattccggttcatgaaccatgatacctccat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014437 ttatcacatggattatgtttttggaaactgtctatttataaagccataaaggaagaccagttacatatttattccggttcatgaaccatgatacctccat 54014338  T
Q  309 gtgtttactatttactttatccacacgatcaattaatcagagtaaacatttttacacacgcatctaattaaattacacaatgatatcgttttcttaaatt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014337 gtgtttactatttactttatccacacgatcaattaatcagagtaaacatttttacacacgcatctaattaaattacacaatgatatcgttttcttaaatt 54014238  T
Q  409 tattgttaaaatatgtacataaatatctatctgattatatggttagatgtgattgaatacacgtgtaattttttgaccgaccctatattagaataggacc 508  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014237 tattgttaaaatatgttcataaatatctatatgattatatggttagatgtgattgaatacacgtgtaattttttgaccgaccctatattagaataggacc 54014138  T
Q  509 tatcctatattggaacctattctatactccttccaaactacatgtaaatattgtattggtgattaagcatgactttgtattggtgcagctggaaatgcaa 608  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014137 gatcctatattggaacctattctatactccttccaaactacatgtaaatattgtattggtgattaagcatgactttgtattggtgcagctggaaatgcaa 54014038  T
Q  609 catttttggaacatctaattttgatggcagtgattggaatacctatctttggggcttcaatgatgggatatggatccggaagtttggtatacggctatgt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014037 catttttggaacatctaattttgatggcagtgattggaatacctatctttggggcttcaatgatgggatatggatccggaagtttggtatacggctatgt 54013938  T
Q  709 tttgatttttgattttctaagatgcttgggtcattgcaacgttgaaataatcccacacaaattgttcaaggcatttccatttcttagatatgtgatatac 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  54013937 tttgatttttgattttctaagatgcttgggtcattgcaacgttgaaataatcccacacaaattgttcaaggcatttccatttcttagatatgtgatacac 54013838  T
Q  809 acaccaacgtaagtttattaaaatttacatttacatttgtcc-aaatttagattacagttaatgcacccttgaggttgagtacaaaacaaagtacgaatc 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  54013837 acaccaacgtaagtttattaaaatttacatttacatttgtccaaaatttagattacagttaatgcacccttgaggttgagt----aacaaagtacgaatc 54013742  T
Q  908 tctcatacttacactcattacttg 931  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  54013741 tctcttacttacactcattacttg 54013718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University