View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2949_high_1 (Length: 734)

Name: NF2949_high_1
Description: NF2949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2949_high_1
NF2949_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-719)||(45448597-45449302)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 719
Target Start/End: Original strand, 45448597 - 45449302
Alignment:
Q  14 agggtcaagaagcaagactcaagcaaattaatgatcaattgggctggtatgctcccagttttgattccatggagtagttaatgtttctattttatgttgc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45448597 agggtcaagaagcaagactcaagcaaattaatgatcaattgggctggtatgctcccagttttgattccatggagtagttaatgtttctattttatgttgc 45448696  T
Q  114 tttaattctttggtttgtgtatagctgaatgcctttattattacattcttccttgttatatacaatttcatggcctttattgttttgcggctaagcttaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45448697 tttaattctttggtttgtgtatagctgaatgcctttattattacattcttccttattatatacaatttcatggcctttgttgttttgcggctaagcttaa 45448796  T
Q  214 tgcttgttattataaacaattttataaatattttgtttgatagcagtttctaaggatgtttgtgttagcttttgccgcatttaacttagcctaaccgttc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45448797 tgcttgttattataaacaattttataaatattttgtttgatagcagtttctaaggatgtttgtgttagcttttgccgcatttaacttagcctaaccgttc 45448896  T
Q  314 aatgatcatcttagtccgagctattttttatttcaacctactacttattcagtgtttagcatttctaattgctctttcctgttttgacttgaagttataa 413  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45448897 gatgattatcttagtccgagctattttttatttcaacctactacttattcattgtttagcatttccaattgctctttcctgttttgacttgaagttatta 45448996  T
Q  414 aggctacttcttttttagaataagatgaaaaaataacctgtctattgtgacttgtaagctataaccttaatacaccttattgccaagnnnnnnnaggaaa 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  45448997 aggctacttcttttttagaataagatgaaaaaataacctgtctattgtgacttgtaagctataaccttaatacaccttattgccaagtttttttaggaaa 45449096  T
Q  514 atattaaggttggttgagaattattgttcaagtattatttcatgaacattatgaatcatgcttcaaaaatcatctcaccaaaacatactttacataggac 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45449097 atattaaggttggttgagaattattgttcaagtattatttcatgaacattatgaatcatgcttcaaaaatcatctccccaaaacatactttacataggac 45449196  T
Q  614 tagcagtaggttgtcggttatgtgccttatccattgttcatcttagaaaacaattatcaagatcacgtcagagcatcaaaaaacttggatttgaccacat 713  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45449197 tagcagtaggttgtcagttatgtgccttatccattgttcatcttagaaaacaattatcaagatcacgtcacagcatcaaaaaacttggatttgaccacat 45449296  T
Q  714 tccttt 719  Q
    ||||||    
T  45449297 tccttt 45449302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University