View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2949_low_3 (Length: 541)

Name: NF2949_low_3
Description: NF2949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2949_low_3
NF2949_low_3
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (12-521)||(30264373-30264883)
chr4 (12-521)||(30287305-30287815)
chr4 (13-321)||(30271268-30271576)
chr4 (13-321)||(30280613-30280921)
chr4 (13-321)||(30304335-30304643)
chr4 (12-164)||(30048571-30048723)
chr4 (12-164)||(30062912-30063064)
chr4 (12-170)||(30032325-30032483)
chr4 (12-152)||(30228710-30228850)
chr4 (12-157)||(30220209-30220354)
chr4 (408-521)||(30271695-30271808)
chr4 (408-521)||(30304736-30304846)
chr4 (408-510)||(30280421-30280520)
chr4 (419-521)||(30219791-30219893)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (34-146)||(79567-79679)
scaffold0024 (37-143)||(72506-72612)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (28-95)||(2311381-2311448)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 521
Target Start/End: Original strand, 30264373 - 30264883
Alignment:
Q  12 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264373 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 30264472  T
Q  112 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30264473 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcttgatcat 30264572  T
Q  212 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264573 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggatttacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 30264672  T
Q  312 cacctatatacatggttgcatgcacatgcacatgttaatatttgttatatgatagatatgtaaggaaatataaacactaaaacacat-aaaaagtacgta 410  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30264673 cacctatatacatggttgcatgcatatgcacatgttaatatttgttatatgataaatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaaagtacgta 30264772  T
Q  411 ctattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaatcc 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264773 ctattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaatcc 30264872  T
Q  511 aaaaacatatg 521  Q
    |||||||||||    
T  30264873 aaaaacatatg 30264883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 30287815 - 30287305
Alignment:
Q  12 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287815 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 30287716  T
Q  112 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30287715 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcttgatcat 30287616  T
Q  212 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287615 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggatttacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 30287516  T
Q  312 cacctatatacatggttgcatgcacatgcacatgttaatatttgttatatgatagatatgtaaggaaatataaacactaaaacacata-aaaagtacgta 410  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30287515 cacctatatacatggttgcatgcatatgcacatgttaatatttgttatatgataaatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaaagtacgta 30287416  T
Q  411 ctattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaatcc 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287415 ctattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaatcc 30287316  T
Q  511 aaaaacatatg 521  Q
    |||||||||||    
T  30287315 aaaaacatatg 30287305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Original strand, 30271268 - 30271576
Alignment:
Q  13 tcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgc 112  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      |||||| |    
T  30271268 tcatcagctctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcatttc 30271367  T
Q  113 ttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcata 212  Q
    |||||||||| || || | ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  30271368 ttgttggatatttaattaaatgtatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcata 30271467  T
Q  213 gaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctc 312  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| | |||||| |  | ||||||||  || || |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  30271468 caattcaattgattcacttttagggaatattggaacgtgcatatgatcttcaggcttcacctctacctttttccatttcattttgccatctttgtctctc 30271567  T
Q  313 acctatata 321  Q
    |||||||||    
T  30271568 acctatata 30271576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 30280921 - 30280613
Alignment:
Q  13 tcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgc 112  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||    
T  30280921 tcatcagctctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgc 30280822  T
Q  113 ttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcata 212  Q
    |||||||||| || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  30280821 ttgttggatatttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcata 30280722  T
Q  213 gaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctc 312  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||||  || ||  |||||| |||||||||  |||| || ||||||| |||||||    
T  30280721 caattcaattgattcacttttagggaatattggaaccttcatatgatcttcaggcttcgcctctatttttttccacatcattttgccatcttgatctctc 30280622  T
Q  313 acctatata 321  Q
    |||||||||    
T  30280621 acctatata 30280613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Original strand, 30304335 - 30304643
Alignment:
Q  13 tcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgc 112  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||    
T  30304335 tcatcaactctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgc 30304434  T
Q  113 ttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcata 212  Q
    |||||||||| || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  30304435 ttgttggatatttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcata 30304534  T
Q  213 gaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctc 312  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||||  || ||  |||||| |||||||||  |||| || ||||||| |||||||    
T  30304535 caattcaattgattcacttttagggaatattggaaccttcatatgatcttcaggcttcgcctctatttttttccacatcattttgccatcttgatctctc 30304634  T
Q  313 acctatata 321  Q
    |||||||||    
T  30304635 acctatata 30304643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 164
Target Start/End: Original strand, 30048571 - 30048723
Alignment:
Q  12 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30048571 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttgaatattatggtgcaagcagcattg 30048670  T
Q  112 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 164  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30048671 gttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30048723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 164
Target Start/End: Original strand, 30062912 - 30063064
Alignment:
Q  12 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30062912 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttgaatattatggtgcaagcagcattg 30063011  T
Q  112 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 164  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30063012 gttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30063064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 170
Target Start/End: Original strand, 30032325 - 30032483
Alignment:
Q  12 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  30032325 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccgtcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgcaagcttcattg 30032424  T
Q  112 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttc 170  Q
     |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  30032425 gttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgttctttc 30032483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 152
Target Start/End: Original strand, 30228710 - 30228850
Alignment:
Q  12 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30228710 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcactcatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgattaagtttgaatattatggtgcaagcagcattg 30228809  T
Q  112 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggttt 152  Q
     |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  30228810 gttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggttt 30228850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 30220354 - 30220209
Alignment:
Q  12 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 111  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      |||||||    
T  30220354 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattg 30220255  T
Q  112 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtctt 157  Q
    ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30220254 cttgttggatatttaatcaaatgaatttcccaaaggggtttatctt 30220209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 408 - 521
Target Start/End: Original strand, 30271695 - 30271808
Alignment:
Q  408 gtactattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaa 507  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30271695 gtaccattatggaggagaaacgtggattgataggtaagaagacatgttggaacaaatacatagtttgagaatcatcaattggaatttgtgattccaaaaa 30271794  T
Q  508 tccaaaaacatatg 521  Q
    ||| ||||||||||    
T  30271795 tccgaaaacatatg 30271808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 408 - 521
Target Start/End: Original strand, 30304736 - 30304846
Alignment:
Q  408 gtactattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaa 507  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||| ||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  30304736 gtaccattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaa---attttggaacaaatacattgtttgagagtcgtccattggaatttctaattctaaaaa 30304832  T
Q  508 tccaaaaacatatg 521  Q
    ||| ||||||||||    
T  30304833 tccgaaaacatatg 30304846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 408 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 30280520 - 30280421
Alignment:
Q  408 gtactattatggaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaa 507  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| ||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  30280520 gtaccattatggaggagaagcgtggattgataggtaag---aaattttggaacaaatacattgtttgagagtcgtccattggaatttctaattctaaaaa 30280424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 30219893 - 30219791
Alignment:
Q  419 gaggagaagcgtggattgataggtaagaacaaatgttggatcaaatacatagcttgagagtcatcaattggaatttctaattccaaaaatccaaaaacat 518  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||| | || ||  | ||||  ||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||    
T  30219893 gaggagaaacgtggattgataggaaggaagacatctttaagcaaaggcatagtttgtgagtcatcaattggaatagctaattccagaaacccaaaaacat 30219794  T
Q  519 atg 521  Q
    |||    
T  30219793 atg 30219791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 146
Target Start/End: Original strand, 79567 - 79679
Alignment:
Q  34 gaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacat 133  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||| |||||  |||||||||| || |||| ||    
T  79567 gaaagaagtgcacccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtaccagctgcattttttgttggatatttaataatat 79666  T
Q  134 gtatttcccaaag 146  Q
    |||| ||||||||    
T  79667 gtatctcccaaag 79679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 143
Target Start/End: Original strand, 72506 - 72612
Alignment:
Q  37 agaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgta 136  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||| |||||  |||||||||| || |||| ||| |    
T  72506 agaagagctcccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtaccagctgcattttttgttggatatttaataatatgaa 72605  T
Q  137 tttccca 143  Q
    |||||||    
T  72606 tttccca 72612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 28 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 2311448 - 2311381
Alignment:
Q  28 agacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattat 95  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2311448 agacaagaaagaagtgcacccattagagaataaccatctccaagtgcatggtgaagtttgaatattat 2311381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University