View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2960_high_12 (Length: 285)

Name: NF2960_high_12
Description: NF2960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2960_high_12
NF2960_high_12
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (12-273)||(10665746-10666004)
chr3 (20-266)||(9841145-9841388)
chr3 (20-266)||(10129212-10129455)
chr3 (13-266)||(10373374-10373624)
chr3 (20-266)||(10519772-10520015)
chr3 (20-266)||(10361340-10361583)
chr3 (20-266)||(10431580-10431823)
chr3 (8-266)||(11779509-11779764)
chr3 (20-270)||(10262984-10263231)
chr3 (20-266)||(10034290-10034533)
chr3 (34-266)||(11771521-11771750)
chr3 (20-273)||(9852019-9852269)
chr3 (34-255)||(10091092-10091310)
chr3 (34-255)||(10197974-10198192)
chr3 (67-266)||(10582898-10583094)
chr3 (16-269)||(13852996-13853246)
chr3 (15-241)||(10502894-10503117)
chr3 (149-269)||(11244188-11244308)
chr3 (16-241)||(10530973-10531195)
chr3 (145-264)||(10967364-10967483)
chr3 (17-180)||(10679833-10679993)
chr3 (12-79)||(10085732-10085799)
chr3 (12-79)||(10192652-10192719)
chr3 (144-264)||(13397769-13397889)
chr3 (152-197)||(11230092-11230137)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (13-273)||(55134-55391)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (12-197)||(11487385-11487567)
chr8 (13-113)||(44955191-44955291)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-255)||(26909186-26909425)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (128-269)||(17850570-17850711)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 12 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 10666004 - 10665746
Alignment:
Q  12 atgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaag 111  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10666004 atgaaggactttctaaaatacaaatggaaaccagactcctacaattctgtatccaaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaag 10665905  T
Q  112 tgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaata 211  Q
    ||  |    |||||||   |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||    
T  10665904 tgcatc---acaactttgacataaatctagacgcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaccacaaaata 10665808  T
Q  212 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagtga 273  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10665807 ttaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtga 10665746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9841388 - 9841145
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |       
T  9841388 ctttctgaaatataaatggaatctagactcctacaatcaagtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgggaaggatgtaagtgtatc-- 9841291  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     ||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    | ||||| ||||||    
T  9841290 -acagctccaccataactgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaactacgaatatgaagtga 9841192  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841191 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 9841145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 10129455 - 10129212
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |    
T  10129455 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattatgtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---cat 10129359  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| ||||||    
T  10129358 cacaactactccgtaaatcaatactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatatgaagtga 10129259  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129258 ttgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaag 10129212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 266
Target Start/End: Original strand, 10373374 - 10373624
Alignment:
Q  13 tgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10373374 tgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagattcctacaattcagtatcataagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatataagt 10373473  T
Q  113 gtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatat 212  Q
    |   | | ||| || |   |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||  | | ||| |    
T  10373474 g---aatcacagctacgatataaataaagccacacaagtgatgtgtaattgctccacatttcaagaggaaggaaggataaattctcacagtatctaattt 10373570  T
Q  213 caagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373571 caagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 10373624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 10520015 - 10519772
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |       
T  10520015 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctgcactcacatatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtgtatc-- 10519918  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     ||| || |   | || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |   ||||| ||||||    
T  10519917 -acagctacgatagaacttaagactcacaagtgatgtgtaattgatccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaacattgaatattaagtga 10519819  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519818 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 10519772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 10361340 - 10361583
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |      
T  10361340 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaatcacgtatggtaagtgttcggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg---aac 10361436  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     ||| ||      |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| ||||||    
T  10361437 cacagctatgatctaaatgtagagtcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtga 10361536  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361537 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 10361583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 10431580 - 10431823
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| |  ||||  ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||   | |    
T  10431580 ctttctgaaatataaatggaatccagacttctgcaattaaatatgtcaagtaattggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg---aat 10431676  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||| ||||||||    
T  10431677 cacaactgctccataaataaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatttcaagtga 10431776  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10431777 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcagtgagagaag 10431823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 8 - 266
Target Start/End: Original strand, 11779509 - 11779764
Alignment:
Q  8 tgagatgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatg 107  Q
    |||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  11779509 tgaggtgaaggtgtttctaaaatataaatggaatccagactcctacaatcacttaagtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcaagtgggaaggatg 11779608  T
Q  108 taagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgacca 207  Q
    ||||||     | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||| |||          
T  11779609 taagtg---catcacaactactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaattgctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatcttt 11779705  T
Q  208 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11779706 aatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 11779764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 10263231 - 10262984
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| | || ||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||   | |    
T  10263231 ctttctaaaatataaatggaatccagacttctacacttatatatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg---aat 10263135  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     ||| || |    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||| ||||||||    
T  10263134 cacagctacgatttaactcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaatttacaatttcaagtga 10263035  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaag 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10263034 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaaggaag 10262984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 10034533 - 10034290
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    |||   ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |       
T  10034533 ctttctgaaatataaatggaaaccagactcctacaattccatatctgaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatc-- 10034436  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| ||||||    
T  10034435 -acaactatgaattaaataaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacattttacaatatgaagtga 10034337  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034336 ttgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaag 10034290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 34 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11771750 - 11771521
Alignment:
Q  34 aatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccat 133  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | |||||| ||||||    
T  11771750 aatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---catcacaactactccat 11771654  T
Q  134 aaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgg 233  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| |||| |||      ||||| ||||  ||||||||||||||    
T  11771653 aaataaagactcacaagtgaagtgtaatagctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtatttgcaatgaagtgg 11771554  T
Q  234 gtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11771553 gtagaccacttgggggaaatgcagtgagagaag 11771521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9852269 - 9852019
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtact 119  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||   | |    
T  9852269 ctttctaaaatataaatggaatccagacttctccaatcatcaatgtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcgagtggaaaggatttaagtg---aat 9852173  T
Q  120 tacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtga 219  Q
     ||| || |   | ||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||||||||||    
T  9852172 cacagctacgatagaaccgaagactcacaagtgatgtgtagttgctccatgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatcaagtga 9852073  T
Q  220 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagtga 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  9852072 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcattgagagaagaaagtga 9852019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 10091310 - 10091092
Alignment:
Q  34 aatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccat 133  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||| ||    | |    
T  10091310 aatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---catcacagctatgactt 10091214  T
Q  134 aaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgg 233  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| |||||||||||||||||    
T  10091213 aaataaagtctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgg 10091114  T
Q  234 gtagaccacttgagggaaatgc 255  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  10091113 gtagaccacttgagggtaatgc 10091092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 10198192 - 10197974
Alignment:
Q  34 aatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccat 133  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||| ||    | |    
T  10198192 aatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---catcacagctatgactt 10198096  T
Q  134 aaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgg 233  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| |||||||||||||||||    
T  10198095 aaataaagtctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgg 10197996  T
Q  234 gtagaccacttgagggaaatgc 255  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  10197995 gtagaccacttgagggtaatgc 10197974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 67 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 10583094 - 10582898
Alignment:
Q  67 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 166  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | ||| || |   | || | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10583094 aagtgttcggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---aatcacagctacgatagaactaaagactcacaagtgatgtgtagttgctc 10582998  T
Q  167 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 266  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10582997 cacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcgatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaag 10582898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 269
Target Start/End: Original strand, 13852996 - 13853246
Alignment:
Q  16 aggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtg 115  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||  |||   |||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||      
T  13852996 aggactttctaaaatattaatggaatccagattcctacactcacttatccgaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgca 13853095  T
Q  116 tacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaa 215  Q
    |    ||| || |||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||       || ||||    
T  13853096 tc---acagctactccgtaaagtaagactcgcaagcgatgtgtaattgctccatgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacatttttctatttcaa 13853192  T
Q  216 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaa 269  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  13853193 gtgattgcaatggagttggcagaccacttgacggaaatacagtgagagatggaa 13853246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 10503117 - 10502894
Alignment:
Q  15 aaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgt 114  Q
    ||||||||| | || || |||||||||||| | ||||||| | |   ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  10503117 aaggactttttaaagtaaaaatggaatccaaattcctacagttactaatgttaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgttagtcc 10503018  T
Q  115 gtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatca 214  Q
     |    ||| || |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||     ||||  |    
T  10503017 atc---acagctactccataaatcaagactcacaagcaatgtgtaattgctccacgtttcagcaggaagaaaggataaattctcacaccttttaatacta 10502921  T
Q  215 agtgattgcaatgaagtgggtagacca 241  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  10502920 agtgactgcaaagaagtgggtagacca 10502894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 269
Target Start/End: Original strand, 11244188 - 11244308
Alignment:
Q  149 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagg 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||  | | |||    | ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  11244188 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaatgttaagctgtcacaattgcgaatatgaagtgtttgcaaagaagtgggtagaccatttgtag 11244287  T
Q  249 gaaatgcagtgagagaaggaa 269  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  11244288 gaaatgcagtgagagatggaa 11244308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 10531195 - 10530973
Alignment:
Q  16 aggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtg 115  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||      
T  10531195 aggactttctgaaataaaaaccgaatccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgca 10531096  T
Q  116 tacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaa 215  Q
    |    ||| || |||||||||  ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||| | ||| | ||| |||| |||      ||||  ||    
T  10531095 tc---acagctactccataaaataagactctcaagcgatgtgtatctgctccacgtttcaggaggcatgaatgctaacttctcacaattatcaatacaaa 10530999  T
Q  216 gtgattgcaatgaagtgggtagacca 241  Q
    |||| |||||||||||||||||||||    
T  10530998 gtgactgcaatgaagtgggtagacca 10530973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 264
Target Start/End: Original strand, 10967364 - 10967483
Alignment:
Q  145 cacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| | ||||||||||||     ||||||||||||| | |||||||||||| || ||| |     
T  10967364 cacaagtgatgtgtaattgctccacatttccggaggcaagaatgctaaattcttacagtcggaaatatcaagtgacttcaatgaagtgggaagtccatta 10967463  T
Q  245 gagggaaatgcagtgagaga 264  Q
    || | |||||||||||||||    
T  10967464 gatgaaaatgcagtgagaga 10967483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 10679993 - 10679833
Alignment:
Q  17 ggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgt 116  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |    
T  10679993 ggactttctgaaataaaaactgaatccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcat 10679894  T
Q  117 acttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggagg 180  Q
        ||| || |||||||||  |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  10679893 c---acagctactccataaaataagactcacaagcgatgtatatctgctccacgtttcaggagg 10679833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 10085799 - 10085732
Alignment:
Q  12 atgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagc 79  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  10085799 atgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacgtatgtcaagtgtttggagc 10085732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 10192719 - 10192652
Alignment:
Q  12 atgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagc 79  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  10192719 atgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacgtatgtcaagtgtttggagc 10192652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 144 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 13397889 - 13397769
Alignment:
Q  144 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||| | |||||||| ||||      |||  |||||| ||||| |||||||| |||||| |    
T  13397889 tcacaagtgatgtgtaattgctccatgtttcaggacgcaagaatgctaaattctgacactcatctatacgaagtgactgcaacgaagtgggaagaccatt 13397790  T
Q  244 tgagggaaatgcagtgagaga 264  Q
    ||  |||||||||||||||||    
T  13397789 tgctggaaatgcagtgagaga 13397769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 197
Target Start/End: Original strand, 11230092 - 11230137
Alignment:
Q  152 gatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattct 197  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||    
T  11230092 gatgtgtaattgctccacgtatcaagaggaagaaacgataaattct 11230137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 273
Target Start/End: Original strand, 55134 - 55391
Alignment:
Q  13 tgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |  ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55134 tgaaggactttctgaaatacaaatggaaaccagactcctacatctacttatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 55233  T
Q  113 gtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatat 212  Q
    |   | | ||||||     ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      |||||    
T  55234 g---aatcacaactatatgatatattaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatat 55330  T
Q  213 caagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagtga 273  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55331 gaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtga 55391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11487567 - 11487385
Alignment:
Q  12 atgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaag 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||   | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487567 atgaaggactttctaaaataaaaatggaatccagacacctacaatcatatagttttagtctttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaag 11487468  T
Q  112 tgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattct 197  Q
    ||     | ||| || ||  |||| | |||   |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11487467 tg---catcacagctactaaataactcaagcgacacaagagacttgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaatgataaattct 11487385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 113
Target Start/End: Original strand, 44955191 - 44955291
Alignment:
Q  13 tgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  44955191 tgaaggactttccaaaatgaaaattgaatccagactcctacaaccactaatgttaagtctttggagcacagggaaaccatcaagtgggaatgatttaagt 44955290  T
Q  113 g 113  Q
    |    
T  44955291 g 44955291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26909425 - 26909186
Alignment:
Q  13 tgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||  ||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||  ||||    
T  26909425 tgaaggagtttctgaaatataaatggaatccacactcctacaatcgtaaattttaagactttggagagcagggaaaccatcaagcggaaatgattcaagt 26909326  T
Q  113 gtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatat 212  Q
    |     | ||| ||     |||| | ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |    
T  26909325 g---catcacagctatgatataactcaatgttcacaagtgatgtgtaattgctccaggtttcaagaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaattt 26909229  T
Q  213 caagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgc 255  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26909228 caattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgc 26909186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 269
Target Start/End: Original strand, 17850570 - 17850711
Alignment:
Q  128 ctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatg 227  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||   | ||||| |||||| |||||||    
T  17850570 ctccataactcaagactcgcaagtgatgtgtaattgttccacgtttcaggaggcatgaaggataaattcttacacatactaatatgaagtgactgcaatg 17850669  T
Q  228 aagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaa 269  Q
    ||||| || || ||   |  ||||||||||||||||| ||||    
T  17850670 aagtgagttgaacatccgtcggaaatgcagtgagagacggaa 17850711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University