View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2964_low_6 (Length: 680)

Name: NF2964_low_6
Description: NF2964
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2964_low_6
NF2964_low_6
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (6-664)||(39675747-39676405)
chr5 (325-664)||(10873464-10873803)
chr5 (325-664)||(10878535-10878874)
chr5 (325-664)||(10883606-10883945)
chr5 (325-664)||(10866502-10866841)
chr5 (325-664)||(10887524-10887863)
chr5 (341-664)||(10046138-10046461)
chr5 (50-258)||(10866218-10866426)
chr5 (50-258)||(10873879-10874087)
chr5 (50-258)||(10878950-10879158)
chr5 (50-258)||(10884021-10884229)
chr5 (39-264)||(10887942-10888167)
chr5 (41-241)||(10045775-10045975)
chr5 (479-664)||(37948116-37948301)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (479-664)||(30709503-30709688)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 664
Target Start/End: Original strand, 39675747 - 39676405
Alignment:
Q  6 agaagcaaaggcagcagaattcactgtcacaaacttcttcactttacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttct 105  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39675747 agaaccaaaagcagcagaattcactgtcacaaacttcttcactttacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttct 39675846  T
Q  106 taaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccatgtcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39675847 taaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccatgtcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctac 39675946  T
Q  206 cttacggctttcttcggcgttgccttcatccttcattacgatgaagaagaagatgaagttgctgacattgctgcgaaaaccaccaaagtcatgccaaatc 305  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39675947 cttacggctttctttggcgttgccttcatccttcattacgatgaagaagaagatgaagttgctgacattgctgcgaaaaccaccaaagtcatgccaaatc 39676046  T
Q  306 taccggaggaaatccttgtccaaaaagttttgtcgatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatc 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676047 taccggaggaaatccttgtccaaaaagttttgtccatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatc 39676146  T
Q  406 gaagcttggagattgccgacgtgctgctgtgattaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676147 gaagcttggagattgccgacgtgctgctgtgattaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgat 39676246  T
Q  506 tatgattctatattaggacaatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaataca 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676247 tatgattctatattaggacaatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaataca 39676346  T
Q  606 ccgtgccaatggcaaccactgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676347 ccgtgccaatggcaaccactgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 39676405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 325 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 10873803 - 10873464
Alignment:
Q  325 ccaaaaagttttgtcgatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatcgaagcttggagattgccga 424  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10873803 ccaaaaagttatgtccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccga 10873704  T
Q  425 cgtgctgctgtgattaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggac 524  Q
    ||||| ||    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10873703 cgtgcagcaaatattaggaaccaagccgtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgattacgattctatattaggac 10873604  T
Q  525 aatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccac 624  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  10873603 agtgttgcgagatgcccatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaac 10873504  T
Q  625 tgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  10873503 cgaaggttgtttggttgcaagcaccaatagaggctgtaaa 10873464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 325 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 10878874 - 10878535
Alignment:
Q  325 ccaaaaagttttgtcgatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatcgaagcttggagattgccga 424  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10878874 ccaaaaagttatgtccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccga 10878775  T
Q  425 cgtgctgctgtgattaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggac 524  Q
    ||||| ||    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10878774 cgtgcagcaaatattaggaaccaagccgtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgattacgattctatattaggac 10878675  T
Q  525 aatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccac 624  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  10878674 agtgttgcgagatgcccatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaac 10878575  T
Q  625 tgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  10878574 cgaaggttgtttggttgcaagcaccaatagaggctgtaaa 10878535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 325 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 10883945 - 10883606
Alignment:
Q  325 ccaaaaagttttgtcgatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatcgaagcttggagattgccga 424  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10883945 ccaaaaagttatgtccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccga 10883846  T
Q  425 cgtgctgctgtgattaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggac 524  Q
    ||||| ||    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10883845 cgtgcagcaaatattaggaaccaagccgtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgattacgattctatattaggac 10883746  T
Q  525 aatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccac 624  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  10883745 agtgttgcgagatgcccatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaac 10883646  T
Q  625 tgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  10883645 cgaaggttgtttggttgcaagcaccaatagaggctgtaaa 10883606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 325 - 664
Target Start/End: Original strand, 10866502 - 10866841
Alignment:
Q  325 ccaaaaagttttgtcgatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatcgaagcttggagattgccga 424  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10866502 ccaaaaagttatgtccatggaagacgaggaggttgtcagtgcagtggtgtcaggatcaattccatcttactcgcttgaatccaagcttggagattgccga 10866601  T
Q  425 cgtgctgctgtgattaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggac 524  Q
    ||||| ||    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  10866602 cgtgcagcaaatattaggaaccaagcggtggagagagttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatggaaggttttgactacaattctatattaggac 10866701  T
Q  525 aatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccac 624  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  10866702 agtgttgcgagatgccgatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgagtacacggtgcccatggcaacaac 10866801  T
Q  625 tgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  10866802 cgaaggttgtttggttgcaagcaccaatagaggctgtaaa 10866841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 325 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 10887863 - 10887524
Alignment:
Q  325 ccaaaaagttttgtcgatggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatcgaagcttggagattgccga 424  Q
    |||||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||     
T  10887863 ccaaaaagttatgtccatggaagacgaagaggttgtcggtgcagtggtatcgggatcaattccttcttactcccttgagtcgaagctcggagattgccgt 10887764  T
Q  425 cgtgctgctgtgattaggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggac 524  Q
    ||||| ||   ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10887763 cgtgcagcaaagattaggaaccaagcagtggagagggttaccggaaggtcacttgaaggtttaccgatgaaaggttttgactacgattctatattaggac 10887664  T
Q  525 aatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccac 624  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| ||    
T  10887663 agtgttgcgagatgccgatagggtttgttcaaattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgacgggaatgaatacacggtgcccatggcaacaac 10887564  T
Q  625 tgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10887563 cgaaggttgtttggttgcaagcaccaacagaggctgtaaa 10887524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 341 - 664
Target Start/End: Original strand, 10046138 - 10046461
Alignment:
Q  341 atggaagatgaggaggttgttggtgcagtggtgtctggatcaattccatcttactcgcttgaatcgaagcttggagattgccgacgtgctgctgtgatta 440  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||| |||||  | ||  ||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||  |||||| || | |||      
T  10046138 atggaagatgacgaggttgtccgtgcggtggtaaccggtacaattccgtcatactcgcttgaatcaaaactcggagattgcaaacgtgcggcggcgatac 10046237  T
Q  441 ggaaccaagctgtggagagagttactggaaggtcacttgaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggacaatgttgcgagatgcc 540  Q
    | |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10046238 gtaaccaagcggtggagagagttaccggaaagtcactctcgggtttaccaatggaaggttttgattatgattcgatattaggacagtgttgtgagatgcc 10046337  T
Q  541 aatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtcctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccactgaaggttgtttagtt 640  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||    
T  10046338 gataggatttgttcagattccggtgggagttgccggacctttgttgcttgatgggaaagagtacacggtgccgatggcaacgacggaaggttgtttggtt 10046437  T
Q  641 gcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
    |||||||| || ||||||||||||    
T  10046438 gcaagtactaatagaggttgtaaa 10046461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 50 - 258
Target Start/End: Original strand, 10866218 - 10866426
Alignment:
Q  50 tacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttcttaaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccatg 149  Q
    |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10866218 tacttaacaaatgttgttttctttggtctcttcttctccgtcgcctactttcttctcaacaggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccacg 10866317  T
Q  150 tcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctaccttacggctttcttcggcgttgccttcatccttcattacgatga 249  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10866318 tcctcacaatctctgagattctcgctcttgtttccctcatcgcttcctttgtctaccttatcactttcttcggcattgccttcatccttcattacgatga 10866417  T
Q  250 agaagaaga 258  Q
    |||||||||    
T  10866418 agaagaaga 10866426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 50 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 10874087 - 10873879
Alignment:
Q  50 tacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttcttaaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccatg 149  Q
    |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10874087 tacttaacaaatgttgttttctttggtctcttcttctccgtcgcctactttcttctcaacaggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccacg 10873988  T
Q  150 tcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctaccttacggctttcttcggcgttgccttcatccttcattacgatga 249  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10873987 tcctcacaatctctgagattctcgctcttgtttccctcatcgcttcctttgtctaccttatcactttcttcggcattgccttcatccttcattacgatga 10873888  T
Q  250 agaagaaga 258  Q
    |||||||||    
T  10873887 agaagaaga 10873879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 50 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 10879158 - 10878950
Alignment:
Q  50 tacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttcttaaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccatg 149  Q
    |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10879158 tacttaacaaatgttgttttctttggtctcttcttctccgtcgcctactttcttctcaacaggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccacg 10879059  T
Q  150 tcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctaccttacggctttcttcggcgttgccttcatccttcattacgatga 249  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10879058 tcctcacaatctctgagattctcgctcttgtttccctcatcgcttcctttgtctaccttatcactttcttcggcattgccttcatccttcattacgatga 10878959  T
Q  250 agaagaaga 258  Q
    |||||||||    
T  10878958 agaagaaga 10878950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 50 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 10884229 - 10884021
Alignment:
Q  50 tacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttcttaaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccatg 149  Q
    |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10884229 tacttaacaaatgttgttttctttggtctcttcttctccgtcgcctactttcttctcaacaggtggcgtgaaaagatccgaacctctacacctctccacg 10884130  T
Q  150 tcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctaccttacggctttcttcggcgttgccttcatccttcattacgatga 249  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10884129 tcctcacaatctctgagattctcgctcttgtttccctcatcgcttcctttgtctaccttatcactttcttcggcattgccttcatccttcattacgatga 10884030  T
Q  250 agaagaaga 258  Q
    |||||||||    
T  10884029 agaagaaga 10884021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 10888167 - 10887942
Alignment:
Q  39 cttcttcactttacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttcttaaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctac 138  Q
    |||||||||| || ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10888167 cttcttcactgtatttaacaaacgctgttttctttggtctcttcttctccgccgcgtactttcttcttaacaggtggcgtgaaaagatccgaacctctac 10888068  T
Q  139 acctctccatgtcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctaccttacggctttcttcggcgttgccttcatcctt 238  Q
    |||||||||  |||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| | |  |||||||||  ||||||||||||  |||||||||| ||    
T  10888067 acctctccacatcctcacagtctctgagattgttgctgtagtttccctcatcgcttccttcgtctaccttattgctttcttcggcactgccttcatcatt 10887968  T
Q  239 cattacgatgaagaagaagatgaagt 264  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||    
T  10887967 cattacgatgatgatgaagacgaagt 10887942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 41 - 241
Target Start/End: Original strand, 10045775 - 10045975
Alignment:
Q  41 tcttcactttacttaacaaacacttttttcttcggtctcttcttctccgtcgcatactttcttcttaaccggtggcgtgaaaagatccgaacctctacac 140  Q
    |||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10045775 tcttcactctacttaacaaacgcaattttcttcggtcttttcttctccgtcgcgtattttcttcttcacaggtggcgtgagaagatccgaacctccacac 10045874  T
Q  141 ctctccatgtcctcacaatctccgagattcttgctctagtttccctcattgcttgccttatctaccttacggctttcttcggcgttgccttcatccttca 240  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||   | | | ||||||||||| |||| | |||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  10045875 ctcttcatgttctcacaatctctgagattgccggtgttgtttccctcatagcttcctttatttaccttatggctttcttcggcattggcttcattcttca 10045974  T
Q  241 t 241  Q
    |    
T  10045975 t 10045975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 479 - 664
Target Start/End: Original strand, 37948116 - 37948301
Alignment:
Q  479 gaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggacaatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtc 578  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||| ||  | || ||||| || ||||| || |||||  |||||| | |||| |||||||||||||| || || |    
T  37948116 gaaggtttaccattagaaggatttgattacgaagcgattttagggcagtgttgtgaaatgccggtagggtatattcaaattccggtgggtgtggcgggac 37948215  T
Q  579 ctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccactgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
    | |||||| | |||||    |||||||| || |||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  37948216 cattgttgttggatggatttgaatacactgttccaatggcgactacagaagggtgtttggttgctagtactaatagagggtgtaaa 37948301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 479 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 30709688 - 30709503
Alignment:
Q  479 gaaggtttaccaatggaaggttttgattatgattctatattaggacaatgttgcgagatgccaatagggtttgttcagattccggtgggtgttgccggtc 578  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  30709688 gaaggtttaccgttggaaggttttgattacgattcgatattgggacagtgttgtgagatgccgatagggtttgttcaaattccggttggtgttgcgggtc 30709589  T
Q  579 ctttgttgctcgatggtaaagaatacaccgtgccaatggcaaccactgaaggttgtttagttgcaagtaccaacagaggttgtaaa 664  Q
    |  ||||| | |||||    || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  30709588 cactgttgttagatggagttgagtacactgtgcccatggctaccactgaagggtgtcttgttgcaagtactaatagagggtgtaaa 30709503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University