View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2966-Insertion-2 (Length: 923)
Name: NF2966-Insertion-2
Description: NF2966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2966-Insertion-2 |
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| [»] chr2 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 923
Target Start/End: Complemental strand, 36136131 - 36135216
Alignment:
| Q |
8 |
acaacttctatattcagcgaacaaattaacgnnnnnnncttacacgtatgtaacagaaacatcttaaataaaaagaattgttccgatgtaggttttaaag |
107 |
Q |
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| T |
36136131 |
acaacttctatattcagcgaacaaattaacgtttttttcttacacgtatgtaacagaaacatcttaaataaaaagaattgttccgatgaaggttttaaag |
36136032 |
T |
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| Q |
108 |
ttaaatacctttactgttgctacgctgctacgccccaggttgttgcttgcccgcagagaatcaataatattgatgtgtttgaaaacaaaatgcttctcgt |
207 |
Q |
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| T |
36136031 |
ttatatacctttactgatgctacgcggctacgccccaggttgttgcttgcccgcagagaatcaataatattgatgtgtttggaaacaaaatgcttctcgt |
36135932 |
T |
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| Q |
208 |
gattttcctggttgcaccaaccataatagaacttacaagcaataagaaagctttctgtgagcagtaagtcttggcgatcttttcttggacatccggctgt |
307 |
Q |
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| T |
36135931 |
gattttcctggttgcaccaaccataacagaacttacaagcaataagaaagctttctgtgagcagtaagtcttggcgatcttttcttggacatccggctgt |
36135832 |
T |
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| Q |
308 |
cacgattttgaattcaggatnnnnnnngagagtaaaggctatcattcataatgaagagaacatattattcaagatatatgatcaactcaatcatatatgc |
407 |
Q |
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| T |
36135831 |
cgcgattttgaattcaggataaaaaaagagagtaaaggctatcattcataatgaagagaacatattattcaagatatatgatcaactcaatcatatatgc |
36135732 |
T |
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| Q |
408 |
ataacaataggatcaaaataacataaatttaattttcttattcttcataagccatattaatgttaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctca |
507 |
Q |
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| T |
36135731 |
ataacaataggatcaaaataacataaatttaattttcttattcttcataagccatattaatgttaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctca |
36135632 |
T |
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| Q |
508 |
aatggtccaacaaattcattgttgtaaagattaaatatgtagaggactaaaatttccaacacataagttgaaaagagtccgctcttagaacccaagagac |
607 |
Q |
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| T |
36135631 |
aatggtccaacaaattcattgttgtaaagattaaatatgtagaggactaaaatttccaacacataagttgaaaagagtccactcttagaacccaagagac |
36135532 |
T |
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| Q |
608 |
gactctcatggtaacaccaagcttttatcaatataacaatgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaatgatcaacttgaaataaccaaatattttt |
707 |
Q |
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| T |
36135531 |
gactctcatggtaacaccaagcttttatcaatataacaatgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaatgatcaacttgaaataaccaattattttt |
36135432 |
T |
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| Q |
708 |
aagagattttgcaaaataaaaaatatggttgaaaatcacaacttcccataataatatattacctcctccnnnnnnncaaagtgagcataaaccactcaat |
807 |
Q |
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| T |
36135431 |
aagagatcttgcaaaataaaaaatatggttgaaaatcacaacttcccataataatatattacctcctcc-aaaaaacaaagtgagcataaaccactcaat |
36135333 |
T |
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| Q |
808 |
tggttgaaagatatgtcaattacaaatttttcaaccaaacacttaatgatcttcacttgccattgaacaagaagaagaaacacgcgaaggttgag-cata |
906 |
Q |
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| T |
36135332 |
tggttgaaagatatgtcaattacaaatttttcaaccaaacacttaatgatcttcacttgccattgaacaagaagaagaaacacgcgaaggttgagaaata |
36135233 |
T |
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| Q |
907 |
tttttatcaattactta |
923 |
Q |
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| T |
36135232 |
cttttatcaattactta |
36135216 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 410 - 901
Target Start/End: Complemental strand, 41337161 - 41336675
Alignment:
| Q |
410 |
aacaataggatcaaaataacataaatttaattttcttattcttcataagccatattaatgttaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctcaaa |
509 |
Q |
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| T |
41337161 |
aacaataagatcaaaataacataaattttatcttcttatccttcataagccatattaatattaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctcaag |
41337062 |
T |
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| Q |
510 |
tggtccaacaaattcattgttgtaaagattaaatatgtagaggactaaaatttccaacacataagttgaaaagagtccgctcttagaacccaagagacga |
609 |
Q |
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| T |
41337061 |
tggtccaacaaattcattgttgtaaagattaaataagtataggactaaaatttccaacgcataagttgaaaagagtccactcttagaacccaagagacga |
41336962 |
T |
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| Q |
610 |
ctctcatggtaacaccaagcttttatcaatataacaatgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaatgatcaacttgaaataaccaaatatttttaa |
709 |
Q |
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| T |
41336961 |
ctctcatggtaacaccaagcttttatcaatataacactgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaataatcaacctgcaataatcgattatttttta |
41336862 |
T |
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| Q |
710 |
gagattttgcaaaataa-aaaatatggttgaaaatcacaacttcccataataatatattacctcctccnnnnnnncaaagtgagcataaaccactcaatt |
808 |
Q |
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| T |
41336861 |
gagatcttgcaaaataaaaaaatatgcttg-aaatcacaacttactataataa-atattacctcgtcc-aaaaaacaaagtgagcataaaccactcaatt |
41336765 |
T |
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| Q |
809 |
ggttgaaagatatgtcaattacaaatttttcaaccaaacacttaatgatcttcacttgccattgaacaagaagaagaaacacgcgaaggttga |
901 |
Q |
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| T |
41336764 |
ggttgaaagatatgtcaattacaaatttttcaaccaagcacttaatgatcttcacctggcattgaac---aacaaaaaacacgcgaaggttga |
41336675 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 12 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 41337673 - 41337294
Alignment:
| Q |
12 |
cttctatattcagcgaacaaattaacgnnnnnnn-cttacacgtatgtaacagaaacatcttaaataaaaagaattgttccgatgtaggttttaaagtta |
110 |
Q |
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| T |
41337673 |
cttctatattcagcgaacaaatcaacgttctttttcttacacgtatgtaacagaatcatctttgataaaa-gaattgtttcaatgaaggttttaaagtga |
41337575 |
T |
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| Q |
111 |
aatacctttactgttgctacgctgctacgccccaggttgttgcttgcccgcagagaatcaataatattgatgtgtttgaaaacaaaatgcttctcgtgat |
210 |
Q |
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| T |
41337574 |
aatacctctactgatgctatgc--------cccaggttgttgttttcctgcagaggatcaataatattgatgtgtttggaaacaaaatgcttctctcgat |
41337483 |
T |
|
| Q |
211 |
tttcctggttgcaccaaccataatagaacttacaagcaataagaaagctttctgtgagcagtaagtcttggcgatcttttcttggacatccggctgtcac |
310 |
Q |
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| T |
41337482 |
ttttctggttgcgccaaccataacagaactttgaagcaataagaaagctttctgtgagcagcaagtcttggcgatcttttcttggacaatcagctatcgc |
41337383 |
T |
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| Q |
311 |
gattttgaattcagga--tnnnnnnngagagtaaaggctatcattcataatgaagagaacatattattcaagatatatgatcaactcaa |
397 |
Q |
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| T |
41337382 |
aattttgaattcagaaagaaaaaaaaaagagtaaatgctatcattcataatgaagagaacatattattcaagatatatgatcaactcaa |
41337294 |
T |
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